쟁점사옥의 쟁점면적이 고유목적사업과 수익사업에 공통으로 사용된 것으로 보아 그 처분이익을 공통익금으로 보아 매출액으로 안분하여 법인세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO 등의 업무를 수행하면서 동 업무에 부대하여 출판, 문화콘텐츠 사업 등을 영위하고 있다.
• 나. 청구법인은 2002.4.15. AAA(주)로부터 거래가액 OOO원에 취득한 OOO 대지(3,568.5㎡) 및 건물(연면적 18,491.54㎡, 이하 “쟁점사옥”이라 한다)을 2017.8.31. ㈜BBB (부동산업, 교육 및 연구시설 임대업)에 거래가액 OOO원에 매각하였
• 다. 다. 청구법인은 쟁점사옥의 전체 연면적 18,491.54㎡ 중 15,587㎡(84.3%로 이하 “쟁점면적”이라 한다)는 OOO 등 고유목적사업에 직접 사용한 부분으로, 55㎡(0.3%)는 매점 등 수익사업에 사용한 부분으로, 나머지 2,849.54㎡(15.4%)는 회의실 등 고유목적사업과 수익사업에 공통으로 사용한 부분으로 구분한 후, 쟁점사옥의 처분이익 OOO원을 위 면적비율에 따라 ① 쟁점면적에 대한 금액(OOO원)은 과세소득에서 제외하고, ② 그 외 수익사업에 사용한 부분(OOO원) 및 공통사용한 부분(OOO원)에 대한 금액은 모두 수익사업의 익금에 가산하여 2017사업연도 법인세를 신고하였다.
• 라. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.6.1.부터 2021.7.21.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 쟁점사옥의 매각으로 인하여 발생한 전체 처분이익을 청구법인의 공통익금으로 판단한 후, 전체 처분이익 OOO원을 법인세법 시행규칙제76조 제6항 제1호에 따라 청구법인의 고유목적사업과 수익사업의 매출액(고유목적사업 OOO원, 수익사업 OOO원)에 비례하여 안분계산[고유목적사업 OOO원(28.7%), 수익사업 OOO원(71.3%)]하고, 이에 따라 추가로 계산되는 처분이익 약 OOO원(OOO원-OOO원)을 익금에 가산하여 청구법인의 2017사업연도 법인세를 경정하도록 처분청에 자료 통보하였다.
• 마. 처분청은 이에 따라 2021.12.20. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 바. 청구법인은 이에 불복하여 2022.3.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 고유목적사업에 직접 사용한 쟁점사옥의 쟁점면적을 수익사업에도 사용하였다고 보아 그 처분이익을 공통익금으로 판단하여 매출액 비율로 안분계산 후 과세한 것은 부당하다. (1)법인세법상 “고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산”의 처분이익은 전부 과세소득에서 제외되며, 매출액 비율로 안분할 법적 근거가 없다. (가) 구법인세법제3조 제3항 제5호는 비영리내국법인의 과세소득을 열거하면서 그 중 하나로 ‘고정자산’의 처분으로 인하여 생기는 수입을 규정하고 있고, 그 ‘고정자산’의 괄호 안에 “고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것”은 그 처분이익을 과세소득이 되는 ‘고정자산’에서 아예 제외하여 규정하고 있으며, ‘대통령령으로 정하는 것’에 관하여 구 법인세법 시행령제2조 제2항(법 제3조 제3항 제5호와 합하여 이하 “쟁점규정”이라 한다)은 “해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것”으로 규정하고 있는바, 비영리내국법인의 고정자산을 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하여 비과세요건을 충족하였다면 처분이익 전부가 과세소득에서 제외되는 고정자산에 해당하고, 고유목적사업과 수익사업의 매출액 비율로 안분하여 처분이익 일부만 비과세대상으로 보거나, 비과세 처분이익의 일부를 다시 과세대상으로 포함할 법적 근거가 없다. (나) 예컨대, 고정자산을 고유목적사업에 사용하기는 하였으나 간접적이어서 ‘직접 사용’을 충족할 정도에 이르지 않는다면 해당 고정자산의 처분이익은 전액 과세대상이 될 뿐, 매출액 등의 기준으로 안분하여 고유목적사업에 사용한 일부에 대한 처분이익을 과세소득에서 제외할 수 없고, 고정자산을 계속 고유목적사업에 직접 사용하다가 처분 직전에 직접 사용하지 않게 된 경우에도 해당 고정자산은 ‘처분일 현재’의 요건을 충족하지 못하게 되었으므로 그 처분이익은 전액 과세대상이 될 뿐 고유목적사업에 사용한 기간에 따라 안분하여 처분이익 일부를 과세소득에서 제외할 수는 없는바, 관련 법령에서 처분이익에 대하여 비과세하는 ‘고정자산’의 요건을 규정하고 있으므로, 그 요건을 충족하지 아니하는 한 해당 고정자산이 고유목적사업에 사용된 부분이 있다 하더라도 그 해당분을 과세소득에서 제외할 수는 없기 때문이다. 같은 논리에서 처분이익이 비과세되는 ‘고정자산’의 요건을 충족하는 한 해당 고정자산의 처분이익은 전부 과세대상에서 제외되고, 그 일부를 안분하여 과세할 수는 없는바, 즉 고정자산을 고유목적사업에 ‘직접 사용’하여 비과세 요건을 충족하였다면 간접적으로 다른 사업에 사용하였는지 여부를 불문하고 해당 고정자산의 처분이익은 전부 과세대상에서 제외되는 것이고, 또한 과거 다른 사업에 사용한 기간이 있더라도 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하여 비과세 요건을 충족하면 해당 고정자산의 처분이익은 전부 과세대상에서 제외되는 것이다. (다) 한편, 2017.12.19. 법률 제15222호로법인세법이 개정되면서 제3조 제3항 제5호의 고정자산에 관한 괄호는 삭제하고 ‘다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다’는 내용의 단서를 신설하여 시행령에서 비과세 처분이익의 범위를 조정할 근거를 마련하였고, 이에 따라 법인세법 시행령은 2018.2.13.자 개정(대통령령 제28640호)을 통하여 제2조 제2항에서 ‘“대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. (중략) 비영리법인이 수익사업에 속하는 고정자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 고정자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다’고 규정하였다. 즉, 법령 개정 전에는 고정자산을 수익사업에 사용하다가 처분일 이전 3년간만 고유목적사업에 사용하면 처분이익은 전액 비과세되었으나, 비과세되는 처분이익의 범위를 조정할 수 있는 법률상 근거가 없었기 때문에 비과세범위를 조정할 수 있도록 법령이 개정된 것인바, 위 개정규정은 창설적 규정으로서 시행일(2018.2.13.) 이후 고정자산을 고유목적사업에 전입하는 분부터 적용한다고 명시하고 있다. 위 개정규정에 대한 국세청 해설에서도 그 개정 전에는 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분이익은 “전액” 비과세 대상이고, 법령의 개정 후에도 수익사업에서 고유목적사업으로 전출한 고정자산 외에는 다시 원칙대로 처분이익 “전액”이 비과세임을 밝히고 있는바(2018년 개정세법 해설 121면), 2017.8.31. 매각된 쟁점사옥에 관한 이 사건에는 개정 전 법률이 적용되므로 쟁점면적 처분이익 ‘전액’이 비과세되어야 한다.

(2) 쟁점면적은 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산의 면적이며 이는 처분청도 인정하고 있다. (가) 판례는 “비영리법인이 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용한 경우에 해당하는지 여부는 법인의 사업목적, 당해 자산을 취득하게 된 경위, 사용주체나 실태 및 현황, 취득 후 경과한 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련 정도 등을 종합적으로 고려하여 결정”하여야 한다고 보고 있는바(대법원 2006.7.27. 선고 2005두14370 판결 참조), 청구법인은 OOO 에 근거하여 OOO, 청구법인의 정관도 그와 같으며, 청구법인은 설립목적 달성을 위해 법령 및 정관에서 정하고 있는 위 각 고유목적사업을 수행하여 왔다. (나) 쟁점사옥은 청구법인이 사옥으로 사용하기 위해 매입한 후, 청구법인의 고유목적사업인 OOO 에 직접 15년 넘게 활용하다가 사옥이전을 위해 매각한 것인바, 쟁점사옥에는 OOO 등 관련 부서가 위치하고 있고, 반면 수익사업을 수행하는 부서는 쟁점사옥 외에 별도로 임차하고 있는 OOO빌딩, OOO빌딩, OOO빌딩에 위치하고 있다. 나아가 청구법인은 쟁점사옥(OOO)의 실제 현황에 의해 수익사업에 사용된 부분과 수익사업에도 공통적으로 사용되었다고 볼 만한 부분을 구체적으로 다시 구분하여, 고유목적사업(OOO)에 직접 사용된 면적(쟁점면적, 15,587㎡), 수익사업에 사용된 면적(매점 및 카페 55㎡), 고유목적과 수익사업에 공통적으로 사용된 면적(임원실 및 경영지원 사무실 등 2,849.54㎡)으로 분류하였고, 수익사업과 공통적으로 사용된 면적에 대한 처분이익은 전액 과세대상에 포함하였으며, 고유목적사업에 직접 사용된 쟁점면적에 대한 처분이익은 전액 과세대상에서 제외하였다. (다) 처분청도 쟁점면적이 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 사실은 분명하게 인정하고 있는바, 이 건 부과처분은 조사청의 세무조사 결과에 따른 것인데, 조사청도 쟁점면적이 청구법인이 고유목적사업에 직접 사용한 것이라는 점에 대하여는 이견이 없었다.

(3) 처분청 의견과 같이, 쟁점규정의 법문 해석을 달리하여 고유목적사업에‘만’ 사용할 것을 비과세 요건으로 해석하면 엄격해석 원칙에 반하며 입법취지에도 어긋난다. (가) 조세법의 경우에는 우리 헌법에서 정하고 있는 조세법률주의의 요청으로 법문을 엄격하게 해석·적용하여야 하고, 이는 과세요건 사실은 물론 비과세요건 사실이나 감면요건 사실에서도 동일하게 적용되며(대법원 1995.2.14. 선고 94누13381 판결, 대법원 2007.7.13. 선고 2005두7440 판결 등 참조), 법령이 규정하지 않은 과세요건이나 비과세 요건, 감면요건을 해석에 의하여 창설하는 것이 허용되지 아니함은 분명하고, 판례도 법 문언에 명시되지 않은 요건을 해석에 의하여 임의로 추가하여 비과세, 감면 대상을 축소할 수 없도록 엄격해석의 원칙을 견지하고 있다(대법원 1993.8.24. 선고 93누7075 전원합의체 판결, 대법원 2012.4.6. 선고 2010두28632 판결 등). (나) 처분청은 쟁점규정이 “처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에‘만’ 직접 사용한 고정자산 및 고유목적사업과 수익사업의 공통자산 중 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 ‘고정자산 해당분’”을 의미한다고 의견을 제시하나,법인세법은 ‘고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것’은 그 처분이익이 과세대상이 되는 ‘고정자산’의 범위에서 제외하고 있고, 법인세법 시행령도 이러한 법률의 위임에 따라 과세범위에서 제외되는 ‘고정자산’을 ‘해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용’한 것으로 정하고 있는바, 따라서 위 요건만 충족되면 그 처분이익이 과세대상이 되는 ‘고정자산’에서 제외되는 것일 뿐, 처분청 의견과 같이 법문을 해석할 근거는 전혀 없고, 처분청 의견은 법문과 달리 비과세 범위를 축소하는 것으로서 엄격해석의 원칙 및 판례의 법리에 정면으로 반하여 명백히 위법하다. 또한, 쟁점규정의 취지는 비영리내국법인으로 하여금 상당한 기간 동안 부동산과 같은 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용하도록 유도하기 위한 것이므로(대법원 2013.5.23. 선고 2013두1829 판결), 일정기간 동안 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용하였다면 이로써 입법목적이 달성된 것으로 보아 비과세 대상으로 보아야 하고, 처분청 의견과 같이 고유목적사업에‘만’ 사용하여야 한다거나 공통자산 중 고유목적자산에 직접 사용한 ‘해당분’으로 해석하는 것은 규정의 취지에서도 맞지 않는 자의적인 해석에 불과하다. (다) 처분청이 이 건 처분에 부합하는 선례로 든 국세청 사전답변(사전-2016-법령해석법인-0194, 2016.12.22.) 등은 과세관청의 자체 해석에 불과할 뿐 아니라, 그 내용을 보더라도 수익사업과 고유목적사업에 공통으로 사용하던 고정자산의 양도차익을 안분하여야 한다는 것이고, 쟁점규정에서 정하는 바와 같이 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분이익에 대하여는 법인세가 과세되지 아니한다는 점은 여러 예규가 명확하게 확인하고 있다[국세청 서면-2019-법인-0077, 2020.1.8., 국세청 서면-2020-법인-6110(법인세과-294), 2021.2.4., 국세청 서이46012-11645, 2002.9.16., 국세청 법인세과-313, 2012.5.22., 국세청 법인세과-1437, 2009.12.28. 등].

(4) 이미 법원이 쟁점사옥에 대하여 ‘고유목적사업에 직접 사용한 것이고 수익사업에 사용한 것으로 볼 수 없다’고 판단하였다. (가) 청구법인은 2002.4.15. 쟁점사옥 매입에 대해 구 지방세법 규정을 근거로 취득세, 등록세, 재산세, 종합토지세(이하 “취득세 등”이라 한다)를 비과세 적용받았고, 이후 지방세 관할 과세관청이 쟁점사옥을 수익사업에 이용하고 있는 것으로 보아야 한다고 하면서 비과세된 취득세 등을 부과하여 청구법인이 불복한 사실이 있다. 위 취득세 등에 관하여지방세법은 쟁점규정과 같은 취지에서 ① 일정 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득(등기)에 대하여는 취득세∙등록세를 부과하지 아니하되 취득 후 수익사업에 사용하는 경우와 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세·등록세를 부과하도록 하고[구지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제107조 및 제127조], ② 일정 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여는 재산세·종합토지세를 부과하지 아니하되, 수익사업에 사용되는 경우와 재산(토지)의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여 재산세·종합토지세를 부과하도록 규정(구지방세법제186조 및 제234조의12)하였는바, 즉 수익사업에 사용하는 경우와 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 모두 취득세 등의 비과세 적용이 배제되므로 ‘수익사업에 사용하지 않고’, ‘고유목적사업에 직접 사용’하는 두 요건을 모두 충족하여야 비과세 적용이 유지되므로 ‘고유목적사업에 직접 사용’ 만을 비과세 요건으로 한 쟁점규정보다도 더욱 엄격한 요건을 정하였다. (다) 이 사건에 대하여 OOO고등법원은 공익사업에 대한 비과세의 예외로 수익사업에 사용되는 부동산이라 함은 수익사업에 직접 사용되는 부동산만을 의미하는 것이지 수익사업과 관련된 업무가 수행되는 모든 부동산을 의미하는 것으로 볼 수 없다고 하면서, 쟁점사옥은 고유목적사업에 사용된 부동산에 해당하며, 수익사업에 사용된 부동산으로 볼 수 없다고 인정하여 취득세 등의 비과세 대상으로 판단하였다(OOO고등법원 2007.11.13. 선고 2007누9947 판결). (라) 위 판결은 같은 입법취지에서 “고유목적사업에 직접 사용”한 것인지가 비과세 요건으로 규정된 이 사건에 그대로 적용되어야 하는바, 위 판결에 의하면 쟁점사옥 전부가 고유목적사업에 직접 사용된 것으로서 수익사업에 사용된 것이 아니므로 쟁점사옥 처분이익 전액이 비과세대상이 될 것이나, 청구법인은 쟁점사옥의 실제 사용 현황에 따라 면적을 구분하여 매점 등 수익사업에 사용된 부분, 회의실 등 공통으로 사용된 부분까지 비과세대상에서 제외하여 쟁점면적만 비과세대상으로 보수적으로 처리하였다.

(5) 손익에 관한 세무처리는 청구법인이 영위한 사업의 특수성에서 비롯된 것이며, 이 사건 부과처분과는 별도의 문제이다. (가) 처분청은 청구법인이 쟁점사옥을 포함한 모든 자산을 고유목적사업과 수익사업의 공통자산으로 인식하고 쟁점사옥에서 발생한 매출원가 등 비용을 고유목적사업과 수익사업의 공통손금으로 하여 안분계산하였으므로 쟁점사옥의 처분이익 역시 매출액 비율로 안분계산하여야 한다고 의견을 제시하고 있다. (나) 공통손금은 수익비용대응의 원칙에 따라 각 사업의 매출(수익창출)에 기여한 지출을 해당 사업의 개별 손금으로 인정하여야 하나, 손금이 어떠한 사업에 귀속되는지 불분명한 등 그 구분이 어려운 경우에는 이를 공통손금으로 하고 매출액 등 법령이 정하는 기준으로 안분계산하도록 한 것이고, 이에 반해 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분이익에 대한 비과세 규정은 상당한 기간 동안 부동산과 같은 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용하도록 유도하기 위하여, 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이라면 그것이 매출에 얼마나 기여하였는지는 묻지 않고 그 처분이익을 과세대상에서 제외해주는 것이다. 예컨대, 갑 회사가 A건물은 고유목적사업에 직접 사용하고 B건물은 수익사업에 사용하다가 모두 처분한 경우, 당연히 A건물의 처분이익은 과세대상에서 제외되는 것이지 A건물과 B건물의 전체 처분이익을 갑 회사의 전체 매출액에 비례하여 안분할 이유는 없다. (다) 청구법인은 법률 및 정관, 정부 방침에 의해 OOO 및 부대사업을 수행하면서 관리상의 이유로 OOO 사업을 고유목적사업으로, 그 외 수행하는 모든 사업을 수익사업으로 각 구분하고 있으나, 그 외 사업도 공공성을 가지며 무엇보다 고유목적사업인 OOO 에 의존하는 특성을 갖고 있는바, 예컨대 부대사업 중 출판 사업의 경우, 정부의 OOO 정책에 따라 청구법인이 수행하는 고유목적사업인 OOO 에 부대하여 OOO 를 출판하는 사업이고, 광고 사업의 경우, 청구법인은 법령 및 정관에 따라 상업용 OOO (광고수익 목적의 OOO)은 별도 제작할 수 없으며, 고유목적사업으로서 OOO 목적에 따라 제작·편성한 OOO 에 사후적으로 부가하는 것이다. 즉, 청구법인의 수익사업은 고유목적사업과 별도로, 병렬적으로 수행되는 것이 아니라, 고유목적사업인 OOO 사업이 독립·선행적으로 수행되고 수익사업은 고유목적사업에서 파생되어 후행적으로 수행되는바, 이와 같이 청구법인의 수익사업은 고유목적사업에 의한 OOO 이 없이는 독립적으로 운영될 수 없으므로, 구분손익 계산에 있어 OOO 의 비용도 반영할 필요가 있다고 본 것이다. (다) 쟁점면적이 OOO 사업을 위하여 직접 사용되었다는 점은 명확하므로 그 처분이익은 비과세 대상에 해당하는 고정자산의 처분이익에 해당하고, 수익사업과 기타 사업의 손익을 구분경리하는 경우 매출액에 비례하여 안분계산하는 공통익금은 과세표준이 되는 것에 한하므로 애초에 과세대상에서 제외되는 쟁점면적의 처분이익은 공통익금이 될 수 없으며, 설령 과거의 구분손익 처리가 잘못되었다고 한다면 이에 대한 경정이 되어야 할 뿐, 그와 별도로 비과세요건을 충족한 쟁점면적의 처분이익에 대하여 과세할 수는 없다.

(6) OOO의 처분손익 구분은 국세청 견해에 따른 것에 불과하며, 사안의 내용도 청구법인과 전혀 다르다. (가) 처분청은 OOO의 경우 유형자산 처분손익을 ‘고유목적사업 해당분’, ‘수익사업 해당분’ 및 ‘공통’으로 구분하였으므로 이 건에 있어 쟁점사옥의 처분이익도 공통익금으로 보는 것이 타당하다는 취지로 의견을 제시하나, OOO의 구분방법은 법원의 판결에 의한 것이 아니라, 국세청의 질의회신에 의한 것에 불과하다. (나) 또한 OOO는 고정자산과 관련된 사업 내용이 청구법인의 경우와는 전혀 다른바, OOO는 고유목적사업으로서의 OOO 업을 영위하는 외에 OOO 하는 수익사업(광고업)을 함께 영위하고 있고, 그 사업 구분은 OOO (OOO, OOO 등)별로 구분할 수 없으며, OOO 제작 재원(제작비)도 구분되어 있지 아니하고, 인력 및 시설도 전체적으로 통괄하여 관리되어 혼재되어 있었으므로 OOO 시설로 사용된 고정자산이 고유목적사업에 직접 사용되었는지 그 외 수익사업에 직접 사용되었는지 구분이 어려 울 수 있다(OOO행정법원 2004.8.13. 선고 OOO 판결 9면 참조). 반면, 청구법인은 OOO 만 고유목적사업으로 영위하고 그 외 상업용 OOO 을 제작할 수 없고 실제로 제작하지도 아니하므로, OOO 에 사용된 쟁점면적은 전부 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 보아야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구법인의 쟁점사옥은 고유목적사업과 수익사업의 공통자산이고, 공통자산의 처분으로 발생한 이익은 공통익금이므로 고유목적사업과 수익사업의 매출액 비율로 안분하여 익금에 가산하여 법인세를 부과한 당초 처분은 적법하다.

(1) 비영리법인의 부동산 취득･보유･처분 단계별법인세법상 적용을 예를 들어 설명하면 아래 <표1> 및 <표2>와 같은바, 청구법인은 수익사업과 3년 이상 고유목적사업에 공통으로 사용하던 고정자산을 처분한 것이므로, 쟁점사옥 처분이익을 매출액 비율로 안분계산한 것은 적법하다. <표1> 비영리법인의 부동산 취득 사례 ㅇㅇㅇ <표2> 비영리법인의 부동산 취득･보유･처분단계별법인세법상 취 급 ㅇㅇㅇ (가) 취득단계의 경우 수익사업의 재무제표에는 수익사업에 사용 되는 1층∼5층의 건물분(OOO원)과 고유목적사업과 수익사업에 공통으 로 사용되는 9층∼10층의 건물분(OOO원), 합계 OOO원의 자산이 계상된다. (나) 보유단계에 있어 고유목적사업에 사용하는 건물(6층∼8층)을 수익사업의 재무제표에 자산으로 계상한 후 감가상각비를 관련 손익 으로 계상한 경우, 감가상각비 OOO원 손금불산입 세무조정이 필요하고, 공통사용하는 건물(9층∼10층)에 대하여는 감가상각비를 공통손금으로 보아 매출액 비율로 안분계산하며, 고유목적사업 해당분은 손금불산입 세무조정이 필요하다. (다) 처분단계에 있어 고유목적사업에 사용하는 건물(6층∼8층)에 대한 처분이익은 개별익금으로 계상하나, 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않았다면 수익사업의 과세소득으로 과세하고, 공통사용하는 건물(9층∼10층)에 대한 처분이익은 공통손금으로 보아 매출액 비율로 안분계산하나, 공통자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않았다면 안분계산하지 않고 수익사업의 과세소득으로 과세한다.

(2) 쟁점규정 중 시행령 제2조 제2항에서의 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 직접 사용한 고정자산(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)이란, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에만 직접 사용한 고정자산 및 고유목적사업과 수익사업의 공통자산 중 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산 해당분을 의미하는 것으로 고유목적사업에 간접 사용하였거나 또는 사용하지 않은 고정자산, 수익사업에 직접･간접 사용한 고정자산의 처분이익은 법인세 과세소득에서 제외되는 것이 아닌바, 청구법인의 2017사업연도 손익계산서를 요약해서 제시하면 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인의 2017사업연도 손익계산서 (단위: 억원) ㅇㅇㅇ 위 손익계산서를 보면, 고유목적사업과 수익사업으로 구성되어 있는 OOO 사업은 매출총이익이 △OOO원(OOO원

• OOO원)인 반면, 수익사업으로만 구성되어 있는 부대사업은 매출총이익이 OOO원(OOO원

• OOO원)인 것이 확인되는바, 이에 조사청은 쟁점면적에서 발생한 손금인 OOO 제작비가 고유목적사업의 개별손금임에도 청구법인이 고유목적사업과 수익사업의 공통손금으로 처리한 것인지에 대해 검토하게 된 것이고, 청구법인은 2021.6.24. 개업일부터 현재까지법인세법제113조(구분경리) 및 같은 법 시행령 제156조(구분경리)에 따라 고유목적사업과 수익사업을 다른 회계로 구분경리하지 않고 있는 이유에 대하여 “모든 자산과 부채는 고유목적사업 및 수익사업에 공통으로 사용되는 것이며, 그 결과 매출액을 제외한 대부분의 수익･비용을 고유목적사업과 수익사업에 공통되는 익금 및 손금으로 보아법인세법상 구분경리 방법에 따라 매출액 비율로 안분계산 하였다”라는 소명자료를 아래 <표4>와 같이 제출한 것이다. <표4> 청구법인 소명 자료 ㅇㅇㅇ 이처럼 청구법인은 쟁점사옥을 포함한 모든 자산을 고유목적사업과 수익사업의 공통자산으로 인식하고, 구 법인세법 시행규칙제76조를 적용하여 수익사업에 속하는 것으로 재무제표를 작성한 후, 법인세를 신고하여 왔으며, 또한 위의 소명자료 내용과 같은 이유로 인건비는 물론 쟁점사옥에서 발생한 매출원가, 판관비 등 모든 비용을 고유목적사업과 수익사업의 공통손금에 해당한다고 하여 매출액에 비례하여 안분계산 하였고, 심지어 쟁점사옥에서 발생한 감가상각비, 수선유지비, 세금과공과 등도 기타일반관리비 계정으로 계상한 후 공통손금으로 보아 매출액에 비례하여 안분계산 하였던 것인바, 이상에서 본 것처럼, 청구법인은 3년 이상 고유목적사업과 수익사업에 공통으로 사용하던 쟁점사옥을 처분한 것이므로 이에 대한 처분이익은 고유목적사업과 수익사업의 매출액에 비례하여 안분계산 함이 타당하다.

(3) 청구법인은법인세법상 “고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산”의 처분이익은 전부 과세소득에서 제외되고, 이를 매출액 비율로 안분할 법적 근거가 없다고 주장하나, 이는법인세법을 청구법인에 유리하게 자의적으로 해석한 것이고, 청구법인의 주장대로라면, 쟁점사옥의 공통사용 여부와 관계없이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하기만 하면 과세소득에서 제외되고, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 않으면 과세소득에 포함되는 결과가 되며, 다시 말하면 고정자산의 처분이익은 무조건 개별손금이 되는 것으로 어떠한 상황에서도 공통익금이 될 수 없다는 주장인 것인데, 이는 아래 <표5>의 기존 법령 및 예규 등을 부정하는 것이다. <표5> 기존 법령 및 예규 등 ㅇㅇㅇ 청구법인이 제시한 2018년도 쟁점규정 개정내용은 고유목적사업과 수익사업에 공통으로 사용된 고정자산의 처분수입과 관련된 것이 아닌바, 개정 전에는 고유목적사업에 사용하다가 수익사업에 전출한 고정자산의 처분수입은 전액 과세되었고, 수익사업에 사용하다 고유목적사업에 전출하여 처분일부터 소급(역산)하여 3년 전의 시점에서 3년 이상 계속하여 처분일까지 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분수입은 전액 비과세 되는 비합리적인 내용을 개정한 것이다.

(4) 청구법인은 쟁점면적이 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이라는 점이 분명하다고 주장하나, 조사청은 고유목적사업과 수익사업에 공통사용된 쟁점면적 처분수입과 관련하여 청구법인이 쟁점면적의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 것을 인정하여 처분수입 중 고유목적사업 해당분을 익금불산입 하였는바, 만약 청구법인의 주장을 인정하지 않았다면 처분수입 전부를 익금산입 하였을 것이다. 마지막으로 청구법인의 쟁점사옥 취득세 등 감면과 관련된 법원 판결은 취득세 등의 감면 여부를 판단하기 위해지방세법과평생교육법조문을 참조하여 결정한 것으로법인세법관련 규정(과세소득·구분경리·구분계산 등)을 참조하여 결정한 것이 아니다. (5) 국세청이 OOO고등법원의 조정권고안(OOO고등법원 2004누18001, 2006.1.24.)에 따라 OOO에 회신한 내용에 따르면 유형자산 처분손익을 고유목적사업, 수익사업, 공통으로 구분한 사실을 알 수 있다. 국세청은 조정권고안에 따라 수익사업에 대한 법인세 산출납부 방식에 대해 2006.3.23. OOO에 국세청 법규과-1062호로 회신하였는데, 청구법인의 주장과 달리 유형자산 처분손익을 ‘고유목적사업 해당분’, ‘수익사업 해당분’, ‘공통’으로 구분한 사실을 알 수 있는바, 청구법인 주장대로라면 ‘공통’으로 구분되는 사항이 없어야 한다.

• 가. 쟁 점 쟁점사옥의 쟁점면적이 고유목적사업과 수익사업에 공통으로 사용된 것으로 보아 그 처분이익을 공통익금으로 보아 매출액으로 안분하여 법인세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등 (1) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것) 제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정된 것) 제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한

• 다. 5. 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. (3) 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제2조(수익사업의 범위) ② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일(국가균형발전 특별법 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지∙관리 등을 위한 관람료∙입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다 (4) 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정된 것) 제2조(수익사업의 범위) ② 법 제3조 제3항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 고정자산의 처분일(국가균형발전 특별법 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 고정자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 고정자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ⑤ 법 제29조 제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다. (5) 법인세법 시행규칙 제75조(구분경리의 범위) ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산･부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다. 제76조(비영리법인의 구분경리) ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 이 사건 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인의 쟁점사옥 매각경위 및 쟁점사옥 처분이익 관련 2017사업연도 법인세 신고사항은 아래 <표6>과 같은바, 2002.4.15. AAA(주)로부터 쟁점사옥을 OOO원에 취득하여 15년 넘게 사옥으로 사용하다가 OOO통합사옥으로 이전하기 위하여 2017.8.31. 한국자산관리공사의 자산처분시스템인 OOO를 통해 ㈜BBB(부동산업/교육 및 연구시설 임대)에 OOO원에 전자입찰방식으로 공개매각 한 후, 2017사업연도 법인세 신고 시 쟁점사옥의 연면적 18,491.54㎡ 중 15,587㎡(84.3%, “쟁점면적”)는 OOO 등 고유목적사업에 직접 사용한 것으로, 55㎡(0.3%)는 매점 등 수익사업에 사용한 것으로, 2,849.54㎡(15.4%)는 회의실 등 공통사용한 것으로 하여 쟁점사옥 처분이익 OOO원을 용도별로 안분하여 익금에 반영하였다. <표6> 쟁점사옥 매각경위 및 처분이익 관련 법인세 신고 사항

① 쟁점사옥 매각 경위 ㅇㅇㅇ

② 쟁점사옥 처분이익 관련 법인세 신고 사항(익금산입 내역) ㅇㅇㅇ (나) 국세통합전산망 조회자료에 의하여 확인되는 청구법인의 2013∼2017사업연도 법인세 신고내역상 수입금액 비율은 아래 <표7>과 같다. <표7> 법인세 신고내역상 수입금액 비율 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인의 2017사업연도 소득구분계산서의 주요내용은 아래 <표8>과 같은바, 쟁점사옥에 대한 처분이익의 경우, 사업외수익 중 유형자산처분이익 계정으로 계상하면서 청구법인이 산정한 면적 비율인 고유목적사업(84.3%)과 수익사업(15.7%)으로 안분하여 OOO원은 고유목적사업의 이익으로, OOO원은 수익사업의 이익으로 계상하였음이 확인된다. <표8> 청구법인의 2017사업연도 소득구분계산서의 주요내용 ㅇㅇㅇ (라) 청구법인은 OOO 제7조에 따른 업무를 수행하 고 있는데, 당해 법률과 청구법인의 등기사항전부증명서 및 정관에서 확인되는 청구법인의 주요 목적사업은 아래 <표9>와 같다. <표9> 청구법인의 주요 목적사업 ㅇㅇㅇ (마) 청구법인은 수익사업을 위하여 쟁점사옥과 별도의 3군데의 건물을 임차하여 사용하고 있다고 주장하며 아래 <표10>의 쟁점사옥 사용현황표와 용도별 면적구분표, <표11>의 쟁점사옥 외 청구법인의 건물사용 현황표 등을 제시하였다. <표10> 쟁점사옥 사용현황표 및 용도별 면적구분표

① 쟁점사옥 사용현황표 ㅇㅇㅇ

② 용도별 면적구분표 ㅇㅇㅇ <표11> 쟁점사옥 외 청구법인 건물사용 현황표 ㅇㅇㅇ (바) 청구법인은 쟁점사옥 매각 시 감정평가법인인 CCC에서 작성한 ‘건물 개황도’를 보면 쟁점사옥의 전체 연면적 18,491.54㎡ 이 OOO 등 고유목적사업에 직접 사용한 쟁점면적인 15,587㎡(84.3%)와 매점 등 수익사업에 사용한 부분인 55㎡(0.3%), 회의실 등 OOO 목적사업과 수익사업에 공통으로 사용한 부분인 2,849.54㎡으로 구분 표시되어 있다고 주장하며 그 증빙으로 쟁점사옥의 각 층별 건물 개황도와 당시 촬영된 사진 현황을 제시하였다. (사) 처분청은 국세청이 법원의 조정권고안(OOO고등법원 2004누18001, 2006.1.24.)에 따라 수익사업에 대한 법인세 산출·납부 방식에 대해 OOO에 질의회신(법규과-1062, 2006.3.23.)하였는데, 청구법인의 주장과 달리, 유형자산 처분손익을 ‘고유목적사업 해당분’, ‘수익사업 해당분’, ‘공통’으로 구분한 사실을 알 수 있다는 의견을 제시하며 아래 <표11>의 법인세 산출·납부 방식에 대한 과세기준(안) 체크리스트를 제출하였다. <표11> 법인세 산출·납부 방식에 대한 과세기준(안) 체크리스트 ㅇㅇㅇ (아) 조사청의 세무조사 기간 중인 2021.6.24. 청구법인은 매출원가(OOO 사업비)를 공통손금으로 볼 수밖에 없는 이유에 대해 소명자료를 제출하였는바, 그 주요내용은 아래 <표12>와 같다. <표12> 청구법인의 매출원가 공통손금 취급 관련 소명자료 일부 내 용 ㅇㅇㅇ (자) 청구법인이 제출한 쟁점사옥에 대한 소송 사례(OOO고등법원 2007.11.13. 선고 2007누9947 판결)의 주요 내용은 아래 <표13>과 같은바, 청구법인이 2002.4.15. 쟁점사옥을 취득할 당시지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제107조, 제127조 등에 의해 취득세와 등록세 및 이에 따른 농어촌특별세 등이 비과세되었고, 같은 법 제186조, 제234조의12 등에 의하여 재산세와 종합토지세 및 이에 따른 도시계획세 등도 비과세되었는데, OOO청장은 2006.5.10. 쟁점사옥의 2층 부분을 제외한 나머지가 수익사업에도 사용되고 있다는 이유로 청구법인에게 위의 각 조세를 부과하는 처분을 하였고, OOO고등법원은 청구법인의 재무구조에서 수익사업의 수입 비중이 크다고 하여 실제로 그 수익사업에 사용되지 않는 건물부분도 전부 그 수익사업에 사용되는 것으로 볼 수는 없는 점 등을 들어 OOO청장의 지방세 부과처분이 위법하다고 판단(OOO고등법원 2007.11.13. 선고 2007누9947 판결)하였다(OOO청장이 상고를 취하하여 항소심 판결이 확정되었다). <표13> 쟁점사옥에 대한 소송 사례(OOO고등법원 2007.11.13. 선고 2007누9947 판결)의 주요 내용 ㅇㅇㅇ (차) 청구법인은 이 건 법인세 사업연도인 2017년 전까지 위 쟁점사옥에 대한 소송 판결(OOO고등법원 2007.11.13. 선고 2007누9947 판결) 내용과 같이 재산세 면제를 적용받았으나[구지방세법제186조(현지방세특례제한법제44조)],지방세특례제한법이 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되어 재산세 면제대상에 대하여도 재산세액이 OOO원을 초과하는 경우에는 감면률 85%를 적용하는 제177조의2가 신설되고, 해당법률이 2016.1.1.부터 시행되면서 2016년부터는 세액의 15%에 대하여 재산세가 부과되어 납부하고 있다고 주장하면서 그 증빙으로 2016∼2017년도 재산세(건축물, 토지) 납부고지서 및 납부확인서를 제출하였다. (카) 청구법인은 공익법인이 아니므로 기본재산 처분에 대한 행정청의 승인 및 매각대금 사용보고는 이루어지지 않았고(공익법인의 설립·운영에 관한 법률제11조), 다만 신사옥 건립사업(2011년부터 진행)을 위한 OOO 위원회와 자본금출자협약 체결시 쟁점사옥 매각대금이 신사옥 건립사업의 청구법인 자체 조달자금으로 포함되어 보고된 바가 있다고 하면서, 그 증빙으로 2017년도 청구법인 출자사업협약서와 2017년도 청구법인 자본금 출자금 집행계획(안) 문서(청구법인 쟁점사옥 매각결과표 첨부)를 제출하였다. (타) 청구법인은 2023.5.9. 추가로 제출한 보충자료에서 청구법인의 사업은 고유목적사업인 OOO 사업(OOO)에 후행·부수하여 수익사업의 수익이 창출되는 사업 전반에 연계되어 있는 특성으로 인해 구분경리의 합리적 기준이 불명확하여 2017년 당시 회계상 구분하지 않았다는 의견을 제시하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 처분청이 고유목적사업에 직접 사용된 쟁점사옥의 쟁점면적을 수익사업에도 사용하였다고 보아 그 처분이익을 공통익금으로 판단하여 매출액 비율로 안분계산 후 과세한 것은 부당하다고 주장한다. (나) 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 분명한 경우에는 개별익금 또는 개별손금으로서 그 발생원천이 되는 수익사업 또는 비수익사업의 회계에 구분하여 경리하여야 하고, 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 불분명한 경우에는 공통익금 또는 공통손금으로서 구분경리의 필요 없이 구분계산의 방법에 따라 수익사업과 비수익사업에 안분계산 하여야 하는 것인바, 고유목적사업과 수익사업이 유기적으로 결합된 청구법인의 OOO 사업 특성상 쟁점사옥에 설치된 OOO 시설 등을 전적으로 고유목적사업에만 사용하였다고 단정하기 어렵고, 수익사업이 고유목적사업인 OOO 없이 독립적으로 운영될 수 없으며, 고육목적사업인 OOO 은 수익사업의 매출에 기여하고 있으므로 고정자산 처분이익의 사업구분이 불분명한 경우로 보아 그 처분이익을 공통익금으로 하여 구분계산의 방법인 매출액의 비율대로 안분계산 하는 것이 관련 법령에 비추어 합리적인 점, 청구법인이 OOO 사업과 출판･문화콘텐츠사업 등 부대사업이 연관성이 있다는 이유로 매출원가를 고유목적사업과 수익사업의 공통손금으로 계상하여 온 점 등에 비추어 처분청이 쟁점사옥의 처분이익을 공통익금으로 보아 고유목적사업과 수익사업의 매출액 비율로 안분계산하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 에 의하여 주문과 같이 결정한