쟁점농지들의 양도를 하나의 양도로 보아 자경감면한도를 제한한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 AAA(이하 “양수법인”이라 한다)과 2019.11.25. OOO 소재 전 813㎡(1994.12.15. 증여로 취득하였고, 이하 “쟁점농지①”이라 한다)를 OOO원에 매도하기로 계약한 후 같은 날 매매대금 전액을 지급받고, 같은 날 OOO 소재 전 760㎡(1980.3.11. 매매로 취득하였고, 이하 “쟁점농지②”라 하며, 쟁점농지①과 함께 “쟁점농지들”이라 한다)를 OOO원에 매도하기로 계약(계약금 OOO원)한 후 2020.2.25. 중도금 OOO원, 2020.12.31. 잔금 OOO원을 지급받고 각각 2019년 및 2020년 귀속 양도소득세로 하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면세액을 각 OOO원, 총 OOO원으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 양도소득세 신고내용 확인 결과, 위 매매계약은 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 함)의 8년 이상 자경농지에 대한 과세기간별 양도소득세 감면한도인 1억원을 부당하게 회피하고자 형식적으로 대금을 별도로 수령하여 서로 다른 거래인 것처럼 양도소득세를 과소신고하였다고 보아, 쟁점농지②의 최종 대금지급일인 2020. 2.25.을 양도일로 하고 감면세액을 총 1억원으로 적용하여 2021.12.22. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.2.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구인이 쟁점농지들의 매매를 동일한 매매건으로 보아 쟁점농지②의 매매대금을 받은 날에 일괄하여 매도한 것으로 보았으나, 쟁점농지①은 1994.12.15. 증여로 취득하였고, 쟁점농지②는 1980.3.11. 매매로 취득하여 당초부터 별도의 지번으로 소유하고 있던 농지였던바, 이를 하나의 매매단위로 과세한 처분은 부당하다. 각각의 필지에 대하여 각각의 계약서를 작성하고 별도로 대금을 수령하였는데, 이는 부동산거래의 특성상 가능한 거래이고, 유사한 사례에서 조세심판원이 납세자의 주장을 받아들인 사례도 있다(조심 2021구1547, 2021.10.19.). 청구인은 평생을 농업에만 종사한 사람으로, 처분청의 의견대로라면 농지를 소유하다가 감면의 한도가 적용되는 기간에 동일인에게 양도하는 경우에는 이유를 불문하고 일괄하여 매도해야 하는 논리에 이르게 된다. 이는 사적자치의 원칙에도 위배된다. 따라서 농지의 경우에도 매매당사자의 자유계약에 의하여 개별매매를 할 수 있는바, 당초부터 별개의 번지로 되어 있고 각각 매매계약을 체결하였으며 각각 잔금을 받아서 그 매매의 개별성이 있는 경우에는 일괄 매매가 아닌 개별매매로 인정되어야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점농지들이 구분등기된 별개의 토지이므로 별개의 거래라고 주장하나, 구분등기된 별개 번지의 토지라고 하더라도 양수법인이 쟁점농지들 중 일부만 매입하여서는 주택 개발사업이 불가능하므로 쟁점농지들 전체를 매수해야만 하는 점, 쟁점농지①의 경우 통상적인 거래 관행과 달리 계약일, 중도금 및 잔금 지급일이 구분되어 있지 않고, 쟁점농지①의 계약 및 양도일에 쟁점농지②의 계약이 이루어진 점 등을 고려할 때 사실상 하나의 거래로 보는 것이 타당하다. 쟁점농지들 각각의 계약서는 대금 지급시기만 다르게 기재되었을 뿐 제1조 계약의 목적 조항부터 제6조 특약사항 및 기타 조항까지 모두 동일한 내용으로 작성되었고, 각 토지의 등기원인일 또한 2019.11.25.자로 동일하며 계약금의 지급 또한 동일한 날짜에 이루어졌는바, 별개의 거래로 볼만한 특별한 사정이 없어, 이미 당사자간 협의가 이루어지고 대금을 지급받기 직전 각각의 계약서를 동시 작성한 것으로 확인된다. 이 계약체결의 목적과 여러 가지 사실관계를 놓고 볼 때, 청구인이 쟁점농지들을 2회에 걸쳐 양도한 데에 양도소득세 감면 한도 회피 목적 외에 다른 사정이 없으며, 회피된 양도소득세를 매매가엑에 반영할 경우 청구인과 양수법인 모두 혜택을 나눌 수 있어 조세회피 목적의 거래형식을 갖출 충분한 유인이 있으므로 당초 고지 결정은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점농지들의 양도를 하나의 양도로 보아 자경감면한도를 제한한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지>에 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기사항 전부증명서에 의하면 쟁점농지들은 연접한 토지로서, 청구인은 이를 취득하면서 쟁점농지①에 대하여는 증여를 원인으로 1994.12.5. 소유권이전등기를 마쳤고, 쟁점농지②에 대하여는 매매를 원인으로 1980.3.11. 소유권이전등기를 마친 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 2019.11.25. 쟁점농지들에 대하여 동일한 서식의 계약서를 작성하여 계약을 체결하였고, 아래 <표1>과 같이 쟁점농지①에 대하여는 2019.11.25. 대금 전액을 수령하였고, 쟁점농지②에 대하여는 2019.11.25. 계약금을, 2020.2.25. 중도금(잔금 OOO원은 2020.12.31.)을 각 수령하였다. <표1> 양도대금 지급약정 및 지급내역 (단위: 백만원) OOO

(3) 청구인은 쟁점농지①에 대하여 2019.11.30. 2019년 귀속 양도소득세로, 쟁점농지②에 대하여 2020.3.31. 2020년 귀속 양도소득세로 각각 신고를 하였고, 각 과세기간별로 조특법 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면(1억원)을 적용하였다.

(4) 처분청은 아래 <표2>와 같이 청구인의 쟁점농지들 매도거래를 하나의 양도거래로 보아 최종적으로 매매대금의 대부분(잔금 OOO원 제외)을 받은 2020.2.25.을 양도일로 하여 2019년 귀속 양도소득신고분(쟁점농지①)과 2020년 귀속 양도소득신고분(쟁점농지②)을 합산하고 양도소득세 감면한도 총 1억원을 적용하여 경정하였다. <표2> 처분청 경정 내역 (단위: ㎥, 백만원) OOO

(5) 부동산등기사항 전부증명서상으로 청구인이 쟁점농지들을 양수법인에게 양도한 후 쟁점농지들에 대하여 모두 2019.11.27. 소유권이전등기청구권의 가등기(수탁자는 주식회사BBB, 등기원인은 2019. 11.25. 신탁예약)가 마쳐진 상태로 나타난다.

(6) 청구인이 쟁점농지들을 8년 이상 자경한 사실 및 쟁점농지의 양도가액 및 취득가액에 대하여는 청구인과 처분청 간 다툼이 없다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점농지들의 매매거래를 하나의 거래로 보아 조특법 제69조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 1억원으로 적용한 처분은 부당하다고 주장하나, 매매계약서에 의하면, 쟁점농지들에 대하여 동일한 날짜(2019.11.25.)에 동일한 양수법인에게 각각 매매계약이 체결된 후 부동산등기사항 전부증명서상으로 모두 같은 날(2019.11.27.) 수탁자를 주식회사 BBB으로 하여 소유권이전등기청구권의 가등기가 마쳐진 점, 쟁점농지들은 양수법인이 지역주택의 조성을 목적으로 취득한 토지로서 양수법인이 쟁점농지들의 용도나 목적을 구분하여 순차적으로 취득할 특별한 사유가 없어 보이고, 청구인은 쟁점농지들을 두 과세기간에 걸쳐 각각 양도한 것에 대하여 조세회피목적 외에 다른 특별한 사정이 있었다는 것에 대한 객관적인 입증을 하지 못하고 있는바, 청구인이 쟁점농지들의 잔금을 두 과세기간에 걸쳐 수취함으로써 양도시기의 차이를 둔 것은 쟁점농지들에 대하여 8년 이상 자경농지의 1과세기간 감면한도를 각각 적용하기 위한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한