쟁점토지 거래를 하나의 거래로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 2021.11.8. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 ㈜AAA(이하 “양수법인”이라 한다)과 2019.11.26. OOO 전 2,076㎡(이하 “쟁점농지①”이라 한다)를 OOO원에 매도하기로 계약(손실보상협의계약서 체결)한 후 2019.11.28. 매매대금을 지급받고, 2020.1.2. OOO 전 1,891㎡(이하 “쟁점농지②”라 하고, 쟁점농지①과 함께 “쟁점농지들”이라 한다)를 OOO원에 매도하기로 계약한 후 2020.1.8. 매매대금을 지급받은 후 2019년 및 2020년 귀속 양도소득세로 하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 각각 1억원씩, 총 2억원을 감면세액으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 양도소득세 신고내용 확인 결과, 위 매매계약은 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)의 8년 이상 자경농지에 대한 과세기간별 양도소득세 감면한도인 1억원을 부당하게 회피하고자 형식적으로 대금을 별도로 수령하여 서로 다른 거래인 것처럼 양도소득세를 과소신고하였다고 보아, 최종 대금지급일 2020.1.8.을 양도일로 하고 감면세액을 총 1억원으로 적용하여 2021.11.8. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.12.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 조특법상 세액감면을 과다하게 받을 의도로 쟁점농지들의 과세기간을 달리 양도한 것이 아니라, 쟁점농지①을 양도한 이후 쟁점농지②의 재감정이 나오는 것을 확인한 뒤 협의매수 또는 수용재결 등 다양한 방법으로 최대한 유리한 가액으로 양도하고자 하였을 뿐이다. 쟁점농지들은 2011년 OOO 고시 제OOO호(OOO 일반산업단지계획)에 의거하여 산업단지로 승인·지정되어 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 곳으로 토지를 수용하는 주체는 양수법인 한 곳뿐이었는데, 보상을 위한 감정가액을 2008년의 기준시가로 하는 등 인근지역 평균보상액보다 현저히 낮아 사업이 여러 번 좌초될 위기에 있었다. 이러한 상황에서 2019년 양수법인은 원활한 보상진행을 위해 2016년 일부 토지주에게 지급했던 최초 보상가액보다 약 15% 증액한 금액을 보상가액으로 산정하였고, 2019.12.9.부터 2019.12.31.까지 재감정을 시행하여 2019년 계약자에 대해 재감정가액이 증액된 보상가액보다 높을 경우 차액을 지급하는 방식으로 토지주들의 계약을 독려하였다. 당시 청구인은 2019년 5월경 뇌경색 판정을 받아 3개월간 입원 치료에도 완치되지 못한 채 2019.9.1. 퇴원하였고 더는 농사를 짓는 것이 불가능하다고 생각되어 쟁점농지들을 조속히 양도하고자 하였으나, 수용합의서에 서명을 하는 순간 2개월 이내에 퇴거해야 하고, 쟁점농지들의 보상가액이 인근지역의 보상가액 보다 낮아 재감정할 경우 당초 보상가액보다는 증가될 것이라고 기대하였으며, 인근에 대체취득이 가능한 토지가 있어 우선 쟁점농지①만 협의매수에 동의하였고, 쟁점농지②에 대해서는 재감정이 완료된 이후 상황을 보아 협의매수 또는 수용재결 등을 통해 처분하려 하였던 것이다. 2020.1.2. 청구인이 양수법인의 사무실을 방문하여 재감정가액을 확인한 결과, 쟁점농지②가 맹지로서 재감정가액이 기존의 증액된 가액보다 증가되지 않아 수용재결을 통해 보상가액을 높이고 싶었으나, 수용재결의 경우 양도까지 시간이 오래 걸리고 당초 수용가액보다 증가된다는 보장도 없었으며, 한편 인근에 구입 가능한 대체토지가 있어 하루 빨리 처분하고 싶은 생각에 양수법인과 협의하여 퇴거일을 5개월로 연장하는 조건으로 계약하게 된 것이다. 이처럼 쟁점농지들의 양도시기가 다른 것은 쟁점농지①의 수용 이후 바로 퇴거를 할 수 없었던 점, 재감정가액에 대한 기대 및 수용재결 등 다양한 방법을 모색하여 청구인에게 가장 유리한 방법으로 양도하고자 하는 행위였을 뿐이다. 납세의무자는 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하는바(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963), 선결정례는 하나의 토지를 지분으로 쪼개서 양도하는 행위는 그러한 행위에 특별한 당위성이 없는 경우 조세회피목적이 있다고 보아 실질과세가 적용되었으나, 구분 등기되어 있는 토지는 서로 다른 재산에 해당하여 과세기간을 달리 양도하였다는 사유만으로는 조세회피목적이 있었다고 인정되지 아니한다. 청구인은 통지관서가 과세근거로 제시하는 것처럼 하나의 토지를 지분으로 쪼개서 양도한 것이 아니고, 과거부터 서로 구분되어 있던 별개의 토지를 수용 과정에서 청구인에게 유리한 방향으로 보상받기 위해 양도시기가 달라진 것일 뿐이며, 수용의 특성상 해당 계약의 경우 일반적인 매매거래처럼 계약금·중도금·잔금의 형태가 아니라, 공익사업으로 인한 사유로 부득이하게 동일한 사업시행자인 양수법인에게 소유권이전등기가 이루어지는 시점에 보상금액을 한번에 지급받는 계약이므로 쟁점농지들의 양도를 하나의 거래가 아닌 별도의 계약으로 보아야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점농지들이 구분등기 된 별개의 토지이므로 별개의 거래라고 주장하나, 산업단지 지정에 따라 양수법인이 쟁점농지들 중 일부만 매입하여서는 사업이 불가능하므로 쟁점농지들 전체를 매수해야만 하는 점을 고려할 때 사실상 하나의 거래로 보는 것이 타당하다. 해당 산업단지 계획은 2011년 고시(OOO고시 제OOO호)되었고 2016년 보상계획 공고(OOO)되는 등 청구인은 양도일로부터 오래 전에 청구인 소유의 농지가 수용될 계획임을 알 수 있었고, 처분청에 제출된 서류는 아니나 양수법인과의 계약 당시 첨부 서류 내역 목록 중 ‘2017년 손실보상협의 통보서’가 기재되어 있는바 2017년부터 쟁점농지들에 대한 협의가 있었음을 확인할 수 있다. 농지로 사용하던 토지를 계약 후 며칠 이내에 양도하여 소유권등기까지 마친 점 등으로 보아 손실보상 협의계약서는 이미 협의가 이루어지고 대금을 지급받기 직전 작성한 것으로 판단된다. 양수법인이 청구인을 비롯한 토지주들에게 “협의보상 안내문 통지(2019.9.9.)”(이하 ‘1차 통지’) 및 “재감정평가 이후 제2차 손실보상 협의요청(2020.1.21.)”(이하 ‘2차 통지’)을 통보하였는바, 1차 통지 내용에 따르면 양수법인은 기존 2017년 감정평가액에 15%를 증액한 금액을 보상금으로 지급하고 기간 내(2019.9.16.∼2019.10.15.) 계약하는 토지주에 한해 추후 재감정평가액이 더 높게 책정되는 경우 그 차액을 추가 지급하기로 되어 있음을 알 수 있다(이후 계약자는 재감정평가액으로만 계약). 청구주장과 같이 쟁점농지들에 대한 계약이 각각의 계약이라면, 청구인이 2019년에 계약한 쟁점농지①의 보상금은 2017년 감정평가액에 15%를 증액한 금액이고, 양수법인의 1차 통지에서 제시된 기간 이후인 2020년에 계약한 쟁점농지②의 보상금은 2019년에 실시한 재감정평가액이 되어야 한다. 그러나 청구인이 쟁점농지②에 대하여 2019년 재감정평가에 따른 보상금이 아닌 쟁점농지①과 같이 2017년 감정평가액에 15% 증액한 금액을 보상금으로 수령하였음이 확인(토지수용확인원의 금액과 일치)되므로 사실상 하나의 계약으로 볼 여지가 충분하다. 계약체결의 목적과 여러 가지 사실관계를 놓고 볼 때 청구인은 자경농지에 대한 감면세액 한도 회피 외에는 동일한 하나의 거래를 2차례의 계약으로 나눌 목적이 없으며, 회피된 양도소득세를 매매가액에 반영할 경우 청구인과 양수법인 모두 혜택을 나눌 수 있어 조세회피 목적의 거래형식을 갖출 충분한 유인이 있으므로 쟁점농지들에 대한 거래를 실질에 따라 하나의 매매 거래로 본 당초 과세는 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점농지들의 양도(2019년, 2020년)를 하나의 양도로 보아 자경감면한도를 제한한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조 【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (3) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 (4) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[(생략)] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략) 제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다. <개정 2015.12.15>

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기사항 증명서에 의하면 쟁점농지들은 연접한 토지로서 청구인이 1986.12.30. 각각 소유권이전등기를 마쳤고, 2011.12.23. OOO 고시 제OOO호(OOO 일반산업단지계획)에 따라 산업단지로 승인ㆍ지정되었으며, 쟁점농지①은 2019.11.28.(계약일 2019.11.26.), 쟁점농지②는 2020.1.8.(계약일 2020.1.2.) 각각 양수법인에 소유권이전등기를 마쳤으며, 그 이외의 분할이나 양수도 내역은 나타나지 아니한다.

(2) 청구인이 쟁점농지들을 8년 이상 자경한 사실 및 쟁점농지의 양도가액 및 취득가액에 대하여는 청구인과 처분청 간 다툼이 없다.

(3) 청구인의 쟁점농지들에 대한 신고내역 및 처분청의 경정내역은 아래 <표>와 같이 나타난다. <표> 신고 및 경정 내역 (단위: ㎥, 백만원) OOO (가) 청구인은 쟁점농지①에 대해 2019.11.26., 쟁점농지②에 대해 2020.1.2. 손실보상협의계약을 각각 체결하였고, 계약서상 계약금, 중도금, 잔금일은 구분되어 있지 아니하다. (나) 청구인은 계약일로부터 1주 내에 쟁점농지①은 2019.11.28., 쟁점농지②는 2020.1.8. 매매대금 전액을 지급받았다. (다) 청구인은 쟁점농지①의 양도에 대해 2020.1.9. 양도소득세를 신고하였고, 쟁점농지②의 양도에 대하여도 동일자로 신고하고 각 과세기간별로 조특법 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면(각 1억원)을 적용하였다. (라) 처분청은 쟁점농지들의 양도거래를 하나의 양도 거래로 보고 최종 소유권 이전일인 2020.1.8.을 양도일로 하여 2019년 귀속 양도소득 신고분(쟁점농지①)과 2020년 귀속 양도소득 신고분(쟁점농지②)을 합산하고(당초 신고세율 40%에서 합산에 따른 누진세율 42% 적용), 양도소득세 감면한도를 적용(합계 1억원)하였다.

(4) 처분청의 과세근거는 다음과 같다. (가) 산업단지 계획은 2011.12.23. 고시(OOO고시 제OOO호)되었고 2016년 보상계획 공고(OOO)되는 등 청구인은 양도일로부터 오래 전에 청구인 소유의 농지가 수용될 계획임을 알 수 있었고, 보상협의계약서상 첨부서류(2017년 손실보상협의 통보서)로써 2017년부터 쟁점농지들에 대한 협의가 있었던 것으로 보인다. (나) 양수법인의 입장에서는 쟁점농지들 중 일부만 매입하여서는 양수법인의 산업단지 사업이 불가능하였고, 계약서상 통상적인 거래 관행과는 달리 계약일, 중도금, 잔금일이 구분되어 있지 아니하며, 계약 후 며칠 이내에 양도하여 소유권이전등기가 경료된 사실이 확인된다. (다) 양수법인이 2019.9.9. 청구인을 비롯한 토지주들에게 보낸 ‘1차 통지’에 의하면 2019년에 계약체결된 쟁점농지①은 2017년 감정평가액의 15%로 할증보상받을 수 있고 그 기간을 지난 쟁점농지②는 재감정평가액으로만 보상받을 수 있음에도, 양자 모두 동일하게 2017년 감정평가액의 15%로 할증보상받은 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점농지①과 쟁점농지②토지의 거래가 일련의 단일 거래에 해당하므로 1과세기간의 감면한도를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다는 의견이나, 납세의무자가 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 선택한 여러 가지의 법률관계 중 하나가 과중한 세금부담을 회피하기 위한 행위였다 하더라도, 가장행위에 해당한다고 볼만한 특별한 사정이 없는 이상 유효하다 할 것이며, 실질과세원칙에 따라 특정 거래행위를 조세회피행위로 보아 그 효력을 부인하려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 할 것인바(대법원 1991.5.14. 선고 90누3027 판결, 대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결 등 같은 뜻임), 이 건과 같이 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다 하여 과세관청이 조세회피목적에 대한 구체적인 입증 없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 합리적인 경제인의 입장에서 적법하게 이루어진 계약형식이나 세법상 기간과세의 원칙을 무시하고 과세권을 행사하는 것은 법적 실질과세원칙에 위배되어 부당하다고 보이는 점, 이 건 쟁점농지①과 쟁점농지②의 경우 청구인이 양도시점에 임박하여 분필 등 임의적 변경행위 등을 통해 분리하였다거나 결합된 토지의 공유지분을 나누어 양도한 것이 아니라 당초부터 분리되어 있던 개별 필지를 각각 양도하면서 잔금지급 시기만 달리 정한 것으로, 이처럼 당초부터 분리된 별개의 필지를 매매하면서 잔금지급일을 달리하였다는 사정으로 여기에 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 가장된 둘 이상의 행위 또는 거래가 있었다고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점농지①과 쟁점농지②의 거래형식을 부인하고 하나의 양도거래로 보아 1과세기간 감면한도를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.