[요지] 청구인은 쟁점①·②토지를 구분하여 양도하였으나 쟁점토지 양도에 따른 조세회피를 위하여 불법적인 행위를 하였다고 보기 어려운 점, 청구인이 쟁점토지 양도 시점에 이르러 필지 분할을 한 것이 아니라, 수 개월 전에 이미 분할되어 등기가 이루어진 토지를 양도하였고, 토지별로 잔금지급일을 달리하여 매매계약서를 작성한 사실에서 그 거래형식을 부인하기는 어려워 보이는 점 등에서 처분청이 쟁점①토지와 쟁점②토지의 매매거래를 하나의 거래로 보아 1과세기간 감면한도를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
[주 문] OOO서장이 2021.11.5. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지 거래는 구분 등기된 서로 다른 필지(공용도로인 OOO 토지는 제외)에 대한 거래이고, 양수인이 각각 상이하며, 쟁점②토지 매매대금의 경우 구분 입금이 되어 각각 독립된 별건의 거래로 보아야 하므로 처분청이 이를 하나의 거래로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다. (가) 청구인은 쟁점①토지와 쟁점②토지의 분할 전 모 지번인 OOO, 같은 리 674 및 OOO 토지를 소유하고 있던 중, 당해 토지를 공장용지로 분할 양도하기 위하여 공용도로 용지인 OOO(OOO에서 도로용지로 분할) 토지 입구를 중심으로 좌측은 쟁점①토지, 우측은 쟁점②토지(분할합병 등으로 현재 지번과는 상이)로 분할등기(실제 등기는 매매계약일 이후 이루어짐) 한 후, 쟁점①토지는 2015.10.14. AAA에게, 쟁점②토지는 2016.1.28. 다른 경제적 실체인 BBB에게 각각 양도하였고, 매매계약시 쟁점①토지는 AAA AAA를 매수인으로 하여, 쟁점②토지는 BBB 조건식을 매수인으로 하여 각각 계약서를 작성(매매계약 후 지번이 분할되어 등기이전서류 준비를 위해 분할 후 지번으로 계약서를 수정하여 작성)하였으며, 매매계약서상 쟁점①토지 매매대금은 OOO원(청구인 해당분 OOO원), 쟁점②토지 매매대금은 OOO원(청구인 해당분 OOO원)이다. (나) 이처럼 공용도로로 이용되고 있는 OOO 토지를 제외한 쟁점①토지와 쟁점②토지는 각각 서로 다른 필지로 등기되어 각 필지별로 매매가 가능하였고, 실제로 서로 다른 경제적 실체를 양수인으로 하여 각각의 매매계약서가 작성된 후, 소유권 이전등기 되었는바, 청구인은 쟁점①토지에 대한 매매대금 OOO원을 수령한 후, 2015.10.14. 매수인 AAA 명의로 소유권을 이전등기 해 주었고, 쟁점②토지에 대한 매매대금 OOO원을 2015.5.6.부터 2016.1.28.까지 청구인 명의 계좌로 수령(지번 분할 비용 등 미세조정 후 실제 입금액은 OOO원임)한 후(아래 OOO 참조), 2016.1.28. 매수인 BBB 명의로 소유권 이전등기를 해 주었다. (다) 쟁점①토지와 쟁점②토지에 대한 매매계약서는 계약의 조건, 이행 및 권리·의무관계가 서로 다른 별도의 계약서로 작성되었고, 청구인은 계약내용을 근거로 쟁점①토지는 소유권이전등기 접수일인 2015.10.14.을 양도일로 보아 양도소득세 과세표준과 세액을, 쟁점②토지는 소유권이전등기 접수일 겸 잔금청산일인 2016.1.28.을 양도일로 보아 양도소득세 과세표준과 세액을 각각 신고·납부하였는바, 위와 같이민법상 사적자치의 원칙에 따라 당사자 간 자유로운 의사에 따라 서로 다른 경제주체를 상대로 매매계약을 체결하고 정상적인 절차를 거쳐 등기까지 마친 쟁점①토지와 쟁점②토지에 대하여, 처분청이 법령에서 정하는 엄격한 과세기준에 반하여 하나의 부동산 거래로 보아 양도소득세를 부과한 것은 계약자유의 원칙을 심각하게 침해하는 재량권의 일탈 내지 남용에 해당한다. 또한, 처분청은 청구인이 쟁점①토지를 2015년에, 쟁점②토지를 2016년에 양도하고 양도소득세를 각각 신고한 것에 대하여 구체적 증빙도 없이 2016년에 일괄 양도한 것으로 거래내용을 재구성 하였는 바, 이 경우 청구인은 처분청의 처분시까지 거래내용을 확정할 수 없는 상황에 처하게 되어 법적 안정성 및 예측가능성을 부당히 침해당하는 결과를 초래하게 된다. (라) 국세청 유권해석(국세청 서면 2015부동산-0339, 2015.7.14.)에서는 1필지의 농지를 지분으로 분할하여 양도 연도를 달리하는 경우에도 각각의 과세기간에 따라 양도소득세 감면의 종합한도를 적용하는 것으로 회신하였고, 국세청에서 매년 발간·보급하고 있는 세금절약가이드에서도 “두 건 이상의 부동산을 양도하는 경우 양도시기를 조절하면 세부담을 줄일 수 있다.”라고 하여 부동산의 양도시기를 달리하는 방법으로 절세할 수 있다고 홍보하고 있으면서도 이를 신뢰하여 부동산의 거래시기를 달리한 납세자에게 불이익을 주는 것은 신뢰보호원칙에 심각히 위배되므로 부당하다. (마)국세기본법제14조 제3항에서 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.”라고 규정한 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서 실질과세원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다. 그렇지만 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이고(대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결 같은 뜻임), 설령 그것이 과중한 세금의 부담을 회피하기 위한 행위라고 하더라도 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 유효하다고 보아야 하며, 실질과세의 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인할 수 있으려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인 규정이 마련되어야 하는 것이고(대법원 1999.11.9. 선고 98두14082 판결, 같은 뜻임), 여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지 여부는 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2003.5.16. 선고 2000다54659 판결 참조). 이 건의 경우 매매거래가 용이하도록 쟁점①·②토지로 분할 등기한 후, 각 필지별로 서로 상이한 경제적 실체에게 양도하고, 매매대금 또한 각각 구분하여 수령하였다면 하나의 거래가 아닌 각각 독립된 별건의 거래로 보아 양도시기를 판단하여야 한다. (바) 처분청은 쟁점②토지 매매대금의 입금자가 계약서와 상이하고 쟁점①토지의 대금청산내역이 불분명하여 쟁점토지 거래를 하나의 거래계약에 따른 양도로 보고 있으나, 청구인 입장에서는 약정된 매매대금을 수령하면 되는 것이지 매매대금 입금 명의자가 누구이고 금원이 어디인지까지 고려할 필요가 없는 것이고,소득세법제98조 등에 의하면 부동산의 양도시기는 잔금청산일 또는 등기접수일 중 빠른 날을 양도시기로 보도록 규정하고 있어, 쟁점①토지의 대금청산내역이 불분명하다 하여 쟁점①·②토지의 거래를 하나의 거래계약에 따른 양도로 본 것은 법적근거가 없어 부당하다. (사) 또한, 처분청은 특정인이 쟁점①토지 매수법인과 쟁점②토지 매수법인의 주주로 동시에 등재되어 있고, 유사업종을 영위한다는 이유를 들어 실지 거래내용을 부인하고 있으나, 쟁점①토지 매수법인인 AAA는 제조업을, 쟁점②토지 매수법인인 BBB은 도·소매업을 영위하고 있어 업태가 서로 상이할 뿐 만 아니라 개업일자와 대표자 또한 서로 상이한 별개의 법인에 해당하고, 대법원 판례에서도 회사가 그 법인격의 배후에 있는 타인의 개인기업에 불과하다고 보려면 원칙적으로 문제가 되고 있는 법률행위나 사실행위를 한 시점을 기준으로 하여 회사와 배후자 사이에 재산과 업무가 구분이 어려울 정도로 혼용되었는지 여부, 주주총회나 이사회를 개최하지 않는 등 법률이나 정관에 규정된 의사결정절차를 밟지 않았는지 여부, 회사 자본의 부실정도, 영업의 규모 및 직원의 수 등에 비추어 볼 때 회사가 이름뿐이고 실질적으로는 개인영업에 지나지 않는 상태로 될 정도로 형해화되어야 한다고 하고 있으므로(대법원 2008.9.11. 선고 2007다90982 판결 참조), 단지 쟁점①토지 매수법인과 쟁점②토지 매수법인의 일부 주주가 겹친다는 이유만으로 법인격을 부인하기는 어렵다.
(2) 설령, 쟁점토지 거래를 하나의 거래로 본다 하더라도 부과제척기간 5년이 이미 경과하였으므로 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하다. 청구인은 쟁점①토지의 양도에 대하여 2015.12.31. 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였고, 쟁점②토지 의 양도에 대하여는 2016.3.31. 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용받기 위하여 실질적으로는 하나의 거래를 둘 이상의 거래를 거치는 방법으로 쟁점토지를 거래한 것으로 보고, 쟁점토지의 양도시기를 모두 2016년으로 보아 이 건 양도소득세를 부과하였으나, 청구인이 하나의 거래 단위인 쟁점토지를 2015년과 2016년의 거래로 가장하였다고 전제한다면, 2016년에 완성된 하나의 거래를 시간을 거슬러 2015년과 2016년의 거래로 분리한 후, 2015년 중에 소유권이전등기를 마치고 양도소득세를 신고·납부까지 할 수는 없는 것이어서 하나의 거래가 이루어진 시점은 2016년이 아닌 2015년일 수 밖에 없음에도 처분청이 2016년을 귀속시기로 하여 양도소득세를 부과한 처분은 논리의 일관성 측면에서 모순이 있다. 결국, 처분청 의견과 같이 실질과세원칙을 적용한 하더라도 쟁점토지의 양도시기는 2015년이라 할 것이므로, 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 2016년으로 하여 양도소득세를 부과한 처분은국세기본법제26조의2 제1항 제3호에 따른 부과제척기간 5년이 경과되어 이루어 진 것으로 부당하다.
(1) 쟁점①토지와 쟁점②토지의 분할 거래는 다음과 같은 이유로 그 실질이 하나의 거래에 해당하므로 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다. (가) 쟁점토지의 각 매매계약서에 의하면, 쟁점①토지의 계약일은 2015.5.6.이고, 쟁점②토지의 계약일은 2015.5.4.로 쟁점②토지의 계약일이 2일 빠름에도, 쟁점①토지의 잔금지급일은 2015.12.1., 쟁점②토지의 잔금지급일은 다음 해인 2016.1.31.로 기재되어 있는바, 청구인은 이러한 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등에 대하여 구체적인 소명을 하지 못하고 있다. (나) 청구인은 쟁점②토지의 양도소득세 예정신고 시 부동산매매계약서가 존재함에도 부동산매매계약신고필증을 첨부하였고, 추후에 제출된 쟁점②토지의 부동산매매계약서상 기재된 계약일자·중도금 지급일자·잔금 지급일자·계약금·중도금·잔금 등이 부동산매매계약신고필증에 기재된 내용과 상이한 것으로 확인된다. (다) 청구인은 쟁점②토지에 대한 부동산매매계약서와 함께 계좌거래내역을 제출하였으나, 쟁점①토지의 계좌거래내역은 제출되지 않아 실제 입금을 한 매수인 및 거래내용이 확인되지 아니한다. (라) 쟁점①ㆍ②토지의 일부 지번(OOO, OOO 등)은 2015.7.22. 모 지번(OOO, OOO)에서 분할등기 접수되었으나, 쟁점①ㆍ②토지 부동산매매계약서상의 계약일은 분할등기 접수 이전인 2015.5.6.임에도 계약일에 이미 분할된 지번·면적이 기재되어 있다. (마) 쟁점②토지의 부동산매매계약서상 계약일과 계약금은 2015.5.4. OOO원으로 기재되어 있으나, 청구인이 제출한 계좌거래내역에는 2015.5.6. BBB이 아닌 BBB이 OOO원을 3차례 나눠서 입금한 내역이 있는 것으로 보아 계약일이 2015.5.6.인 쟁점①토지의 계약과 별개라고 단정할 수 없다. (바) 쟁점①·②토지를 양도할 당시 AAA의 대표이사이자 주주(지분율 50%)인 AAA는 BBB의 주주(지분율 50%)로서 AAA와 BBB은 특수관계인에 해당하고, AAA와 BBB은 동일 장소에 사업장이 소재하면서 유사한 업종을 영위하고 있으며, 쟁점①·②토지를 2019.10.1. 소유권 이전한 후 2020.11.12. 같은 날짜에 폐업한 점, 조건식은 폐업일 기준 AAA와 BBB의 대표자인 것으로 확인되는 점 등을 종합하면, 청구인이 하나의 거래를 두 개의 매매계약을 체결하는 형식으로 그 과세기간을 달리하여 AAA와 BBB에게 양도한 것은 8년 이상 자경농지에 대한 과세기간별 감면한도를 부당하게 회피하기 위한 것으로 보이므로, 처분청이 실질과세의 원칙에 따라 이를 사실상 하나의 거래계약에 따른 양도로 보아 상기 감면한도를 적용하여 청구인에게 두 과세기간(2015년, 2016년)에 걸친 양도소득세 신고를 부인하고 2016년 과세연도 거래로 보아 양도소득세 부과 처분한 것은 정당하다. (2)소득세법제98조에 따르면 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호에서는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일로 규정하고 있는바, 청구인이 제출한 쟁점②토지의 부동산매매계약서상의 잔금지급일은 2016.1.31.이고(청구인이 제출한 통장거래내역에 잔금 OOO원이 입금된 날짜는 2016.1.28.인 것으로 확인), 등기사항전부증명서상의 등기이전 접수일은 2016.1.28.이며, 청구인과 공동매도인(CCC)이 쟁점②토지의 양도소득세 예정신고시 양도일을 2016.1.28.로 하여 신고한 사실이 있으므로, 쟁점토지 거래에 대한 부과제척기간은 쟁점토지의 최종 잔금 입금일이 속하는 과세연도에 대한 양도소득세 확정신고기한(2017.5.31.)의 다음날부터 5년간(2022.5.31.까지)이 라 할 것이므로, 설령 이 건 양도소득세의 부과제척기간을 5년으로 본다 하더라도 국세부과제척기간 내에 이루어진 정당한 과세이다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점①·②토지 거래를 하나의 거래로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분의 당부(주위적 청구)
② 쟁점토지 거래를 하나의 거래로 보는 경우에도 부정행위가 없었으므로 일반부과제척기간을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)
(1) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
(2) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나도시개발법또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.
1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.
(3) 국세기본법 제26조의2【국세의 부과제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는국제조세조정에 관한 법률제25조에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[국제조세조정에 관한 법률제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여법인세법제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아법인세법제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다. 1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간 가.소득세법제81조 제3항 제4호 나.법인세법제76조 제9항 제4호 다.부가가치세법제60조 제2항 제2호·제3항 및 제4항
2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간
(4) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.
(5) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일
(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 이 건 주요 사실관계 등의 내용은 다음과 같다. (가) 청구인이 쟁점토지의 양도와 관련하여 처분청에 제출한 양도소득세 예정신고 내역과 이에 대한 처분청의 양도소득세 경정·결의 내역은 아래 OOO와 같은바, 청구인은 쟁점①토지의 양도에 대하여 양도일자를 2015.10.14.로 하고 양도가액은 OOO원, 취득가액은 OOO원으로 하여 양도차익을 계산한 후, 8년 자경감면세액 OOO원을 적용하여 납부할 세액 OOO원을 산정하였고, 쟁점②토지의 양도에 대하여 양도일자를 2016.1.28.로 하고 양도가액은 OOO원, 취득가액은 OOO원으로 하여 양도차익을 산정한 후, 8년 자경감면세액 OOO원을 적용하여 납부할 세액 OOO원을 산정한 것으로 나타난다. 반면, 처분청은 청구인의 양도소득세 예정신고분에 대하여 쟁점토지 양도거래의 실질이 하나의 거래에 해당한다고 판단한 후, 쟁점②토지의 최종 잔금수령일이자 소유권이전등기 접수일인 2016.1.28.을 쟁점토지의 양도일자로 하고, 양도차익에 8년 자경감면세액 OOO원을 적용하여 납부할 세액 OOO원을 산정한 것으로 나타난다. (나) 청구인은 쟁점토지 양도에 대한 양도소득세 예정신고 당시, 쟁점①토지와 관련하여 2015.5.6. 작성된 부동산매매계약서와 자경농지감면 관련 기타서류를 제출하였고, 쟁점②토지와 관련하여 2016.1.21. OOO이 발급한 부동산거래계약신고필증(부동산매매계약서 미제출)과 자경농지감면 관련 기타서류를 제출하였는바, 2015.5.6. 작성된 쟁점①토지 부동산매매계약서에는 매수인이 AAA AAA로, 대금지급과 관련하여 계약금 OOO원 지급일은 2015.5.6., 잔금 OOO원 지급일은 2015.12.1.로 기재된 것으로 나타나고(공동매도인 CCC의 다른 양도토지 가액 포함), 2016.1.21. 발급된 쟁점②토지 부동산거래계약신고필증에는 계약일이 2015.12.1., 매수인이 BBB, 대금지급과 관련하여 계약금 OOO원 지급일은 2015.12.1., 잔금 OOO원 지급일은 2016.2.15.로 기재된 것으로 나타난다. (다) 청구인은 처분청의 이 건 양도소득세 과세예고통지 당시 처분청에 과세전적부심사청구를 제기하면서 쟁점②토지 양도관련 부동산매매계약서를 제출하였는바, 위 (나)의 부동산거래계약신고필증과 달리 계약일자가 2015.5.4.이고, 매수인은 조건식이며, 잔금지급일이 2016.1.31.인 것으로 나타난다. (라) 청구인이 쟁점②토지의 매매거래와 관련하여 대금수령 증빙으로 제출한 OOO계좌(OOO) 예금거래내역서에 의하면, 2015.5.6. BBB으로부터 3회에 걸쳐 OOO원이 입금(스마트당행 OOO원, 자기앞수표 OOO원)되었고, 2015.7.29. (주)AAA로부터 OOO원이 대체입금되었으며, 2016.1.28. 주식회사 BBB으로부터 OOO원이 대체입금된 것으로 나타난다(쟁점②토지 관련 금융증빙은 미제출 하였다). (마) 쟁점토지의 양도 전후 분할 및 합병 등 내역 현황표에 의하면, 2015.7.22. 분할 전 모지번인 OOO, OOO, OOO 지번에서 쟁점①토지, 쟁점②토지로 분할된 것으로 나타난다. (바) 처분청은 쟁점①토지와 쟁점②토지의 매수법인인 AAA와 BBB이 서로 별개의 사업자번호를 가진 법인이나, 같은 장소에 사업장이 있고, 사업자등록상 동일한 업종을 영위하고 있으며, AAA가 양측의 과점주주로 되어 있고, 설립시기가 쟁점토지의 매매 시점과 가까운 사실 등에서 매도자인 청구인이 부당하게 양도소득세를 감면받게 할 목적으로 매수자가 법인을 신설했을 가능성이 있다는 의견을 제시하며, 매수자인 AAA와 BBB의 사업자 기본사항 조회내역서를 제시하였다.
(2) 청구인이 쟁점①토지와 쟁점②토지 매매거래가 별개의 독립된 거래라고 주장하며 제시하는 세부 주장내역은 다음과 같다. (가) 청구인이 추후에 제출한 쟁점②토지의 부동산매매계약서에는 쟁점②토지 뿐만 아니라 CCC 소유의 농지가 포함되어 있어 양도소득세 예정신고시 편의상 청구인 소유의 쟁점②토지만 구분 표시된 부동산거래계약신고필증을 제출하였던 것이고, 부동산거래계약신고필증과 부동산매매계약서상 계약일자와 잔금지급일자가 다르게 표시되게 된 것은 당초 BBB의 대표이사인 조건식을 포함한 여러 명의 매수인이 지분투자 형식으로 쟁점②토지를 공동매수하려 했으나 자금조달 과정에서 상호 다툼이 생겨 수차례 매매계약서가 수정되었기 때문이다. (나) 처분청은 쟁점①토지의 매매대금 거래내역이 없으므로 쟁점②토지의 양도시기인 2016.1.28.을 쟁점①토지의 양도시기로 보겠다고 하고 있으나, 부동산의 양도시기와 관련하여 대금을 청산하기 전에 소유권이전 등기를 한 경우에는 등기접수일을 양도시기로 보도록 규정하고 있으므로, 쟁점①토지의 등기접수일인 2015.10.14. 이전에 대금을 청산했는지 여부와는 상관없이 쟁점①토지의 양도시기는 등기접수일인 2015.10.14. 이전이 명백하다. (다) 처분청은 쟁점토지의 부동산매매계약서 작성일 이후에 분할 등기된 지번이 부동산매매계약서에 기재되어 있으므로, 계약내용에 신빙성이 없다고 하나, 매매계약서 작성일 이후에 분할이 이루어진 지번이 매매계약서에 기재되게 된 것은 당초 여러명의 매수인이 지분투자 형식으로 쟁점②토지를 공동 매수하려 하였다가 자금조달 과정에서 상호 다툼이 생겨 수차례 매매계약서가 수정되는 과정에서 매매계약서 작성일 이후에 분할등기된 지번이 기재되게 되었고, 또한, 토지에 대한 지번분할을 신청하게 되면 건축사 등이 작성한 가분할 도면을 참고하여 임시 지번이 부여되고 추후 임시 지번이 반영된 공부를 작성하게 되어 분할등기시점 이전이라 할지라도 미리 분할지번을 알 수 있는 것이 일반적인 절차이므로 처분청 의견은 타당하지 아니하다. (라) 쟁점②토지의 계약서상 계약일과 실제 계약금 입금일, 계약서상 매수인과 실제 계약금 입금자가 다른 것은 앞에서 언급한 바와 같이 공동매수인 일부가 매수인 자격을 포기하게 되었고, 매수인간에 각자가 부담한 매매대금에 대한 그들 상호간의 정산과정을 거쳤기 때문에 최종매수인이 아닌 청구외 BBB 등이 매매계약금을 입금하게 된 것이며, 또한 청구인 입장에서는 약정된 매매대금을 수령하면 되는 것이지 매매대금 입금명의자가 누구이고 금원이 무엇인지까지 고려할 필요가 없다. (마) 처분청은 쟁점①토지 매수자인 AAA 대표이사가 쟁점②토지 매수자의 주주이고, 같은 지번에서 유사업종을 영위하고 있다고 하고 있으나, AAA는 도소매업을, BBB은 제조업을 영위하고 있고, 개업일자와 대표자 및 주주 구성원이 서로 상이하므로 별개의 법인격체에 해당한다. (바) 국세청에서 매년 발간하여 보급하고 있는 세금절약가이드에서는 ‘두 건 이상의 부동산을 양도하는 경우 양도시기를 조절하면 세부담을 줄일 수 있다.’라고 하여 부동산의 양도시기를 달리하는 방법으로 절세할 수 있다고 홍보하고 있는바, 이를 신뢰하여 부동산의 거래시기를 달리한 청구인에게 불이익을 주는 것은 신뢰보호원칙에 심각히 위배되므로 부당하다(국세청 발간 2020 세금절약 가이드Ⅱ, 99면 사본 제출).
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점①토지와 쟁점②토지를 분리하여 양도함에 있어 과세기간을 달리하여 감면을 중복하여 받기 위한 목적 외에는 다른 이유가 없다고 보아 쟁점①토지와 쟁점②토지의 거래를 일련의 단일 거래로 보아 1과세기간의 감면한도를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과하였으나, 이 건과 같이 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다 하여 특별한 사정없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 적법하게 이루어진 계약형식이나 세법상 기간과세의 원칙을 무시하고 과세권을 행사하는 것은 법적 실질에 위배되어 부당하다고 보이는 점, 청구인은 쟁점①·②토지를 구분하여 양도하였으나 쟁점토지 양도에 따른 조세회피를 위하여 불법적인 행위를 하였다고 보기 어려운 점, 청구인이 쟁점토지 양도 시점에 이르러 필지 분할을 한 것이 아니라 수 개월 전에 이미 분할되어 등기가 이루어진 토지를 양도하였고, 토지별로 잔금지급일을 달리하여 매매계약서를 작성한 사실에서 그 거래형식을 부인하기는 어려워 보이는 점 등에서 처분청이 쟁점①토지와 쟁점②토지의 매매거래를 하나의 거래로 보아 1과세기간 감면한도를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
(4) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리실익이 없으므로 생략한다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.