08.5.29. 선고된 대법원 판결은 납세의무자인 청구인이 아닌 제3자에 대한 판결로서 청구인이 신고한 양도소득세 과세처분의 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 존부나 법률효과가 다른 것으로 확정된 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다고 판단됨
08.5.29. 선고된 대법원 판결은 납세의무자인 청구인이 아닌 제3자에 대한 판결로서 청구인이 신고한 양도소득세 과세처분의 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 존부나 법률효과가 다른 것으로 확정된 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 각하한다. [이 유]
(1) “아파트재건축조합 조합원의 주택이 신축주택취득기간(2001.5.2.∼2003.6.30.) 경과 후 사용승인(취득)되더라도 동 기간 내에 재건축조합과 일반분양자간에 계약체결 및 납부가 이루어진 경우는 감면 주택에 해당된다.”라는 대법원의 판결(2008.5.29. 선고 2008두2026 판결)에 따라 이 건 종전주택의 양도는 조세특례제한법 제99조의3 제3항 제2호 에 의하여 양도소득세의 감면대상이 되는 신축주택의 취득자에 해당하여 양도소득세의 100분의 100이 감면되어야 한다.
(2) 처분청은 국세기본법 제26조의2 에 따른 국세부과제척기간이 만료되었고, 위 대법원 판결은 제3자에 대한 판결로서 국세기본법제45조의2 제2항에 따른 후발적 사유에 따른 경정청구 사유에도 해당하지 않으므로 청구인에게 환급할 세액이 없어 경정청구를 기각한다는 의견이나, 아래와 같은 이유로 부당하다. (가) 청구인이 양도소득세를 정상적으로 신고․납부한 후 관련 세법의 해석이 대법원 판례를 통해 변경되었다면 납세자가 경정청구를 하지 않더라도 과세관청이 국세환급금의 충당과 환급을 규정하고 있는 국세기본법 제51조 에 따라 납세자가 과오납부한 세금을 환급해 주어야 한다. 또한 납세자가 신고․납부한데 대하여 과세관청이 상당 기간이 경과하도록 이에 대해 경정결정을 하지 않았다는 것은 납세자의 신고 내용이 적정했다고 인정한 것이고, 과세관청이 안내문 하나 없이 경정청구 기간이 경과하였음을 이유로 환급을 거부하는 것은 납세자의 권리를 침해하는 것으로서 위법․부당하다. (나) 과세관청은 관련 법령의 해석이 변경되거나 판결 등에 따라 과세표준과 세액 등이 변경되는 경우 이를 국민에게 알릴 의무가 있고, 청구인과 같이 기 납부세액이 대법원의 판결로 인해 감액될 수 있는 경우에는 납세자의 청구에 따라 대법원의 선고일을 기준으로 국세기본법 제51조 에 따라 잘못 납부한 금액을 환급하여야 한다. 또한 조세법 해석에 있어 비례의 원칙 및 과잉금지의 원칙에 입각하여 과세관청이 국세환급금 결정을 하지 않은 경우에는 국세기본법제26조의2에서 규정하고 있는 국세 부과제척기간 중 최장 15년을 준용하여 대법원 판결이 있은 날로부터 15년이 경과한 2023.5.29. 이전에 청구인이 한 이 건 경정청구에 대해서는 청구인이 잘못 납부한 양도소득세를 환급해 주어야 한다.
(1) 구 소득세법(2009.12.31, 법률 제9897호로 일부개정된 것) 제110조 제1항 및 구 국세기본법(2014.12.23, 법률 제12848호로 일부개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항에 따라 이 건 양도소득세 과세표준 및 세액 경정청구 기한은 법정신고기간 경과 후 3년인 2009.5.31.로 만료되었다.
(2) 구 국세기본법 제45조의2 제2항 에서는 “국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 2개월 이내에 경정을 청구할 수 있다”고 규정하고 있는바, 위 후발적 사유에 의한 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유를 이유로 하는 것으로서 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부나 그 법률효과가 달라지는 경우 등의 사유는 후발적 사유에 포함될 수 있지만, 법령에 대한 해석이 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정 당시와 달라졌다거나 제3자에 대한 판결 등의 사유는 여기에 포함되지 않는다(대법원 2014.11.27. 선고 2012두28254 판결, 수원지방법원 2015.4.14. 선고 2014구합4826 판결 참조). 설령 후발적경정청구 사유에 해당한다고 하더라도 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 2월 이내에 청구할 수 있는 것이므로 2008.5.29. 확정된 위 대법원판결을 근거로 2022.5.27. 제기한 경정청구는 청구기한이 경과한 부적법한 청구이고, 이에 대한 처분청의 거부처분은 단순한 민원회신에 불과하여 불복청구의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없다.
(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인의 종전주택 양도 당시(2005.11.24.) 주택 보유현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구인의 주택보유현황 OOO (나) 이 건 종전주택 양도에 따라 청구인이 2005.11.30. 신고한 2005년 귀속 양도소득세 신고내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 양도소득세 신고 내역 등 OOO
(2) 서울행정법원 2007.6.7. 선고 2007구합5127 판결에 의하면, “주택조합 등이 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 소정의 신축주택취득기간 내에 조합원분양분을 제외한 잔여주택에 관하여 조합원 외의 자와 매매계약을 체결하고 계약금을 납부받은 경우라면, 비록 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사를 받지 않아 같은 항 제2호에 해당하지 않는다 하더라도, 조합원이 조합원분양분으로 취득한 신축주택에 대하여도 같은 항 제1호 소정의 신축주택에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 감면하여야 할 것”이라고 판결하였고, 위 판결에 불복하여 과세관청이 제기한 항소심은 서울고등법원 2008.1.9. 선고 2007누16624 판결로 기각되었으며, 위 항소심 판결은 대법원 2008.5.29. 선고 2008두2026 판결로 확정되었다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 구 국세기본법(2005.12.29. 법률 제7796호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 제1호에서 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한경과후 3년 이내에 최초신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 하고 있는바, 이 건에 있어 청구인은 이 건 양도소득세 최초신고에 대한 경정청구를 양도소득세 법정신고기한(2006.5.31.)으로부터 3년을 경과한 2022.5.27. 제기하였으므로 청구인의 경정청구는 청구기간이 도과된 점, 국세기본법 제45조의2 제2항 각 호 소정의 후발적 사유에 의한 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유를 이유로 하는 것으로서 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부나 그 법률효과가 달라지는 경우 등의 사유는 후발적 사유에 포함될 수 있지만, 법령에 대한 해석이 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정 당시와 달라졌다거나 제3자에 대한 판결 등의 사유는 여기에 포함되지 않는다고 할 것인바(대법원 2014.11.27. 선고 2012두28254 판결, 수원지방법원 2015.4.14. 선고 2014구합4826 판결 참조), 2008.5.29. 선고된 대법원 판결은 납세의무자인 청구인이 아닌 제3자에 대한 판결로서 청구인이 신고한 양도소득세 과세처분의 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 존부나 법률효과가 다른 것으로 확정된 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 이 건 심판청구는 경정청구 요건을 충족하지 못한 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다.
이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 국세기본법(2005.12.29. 법률 제7796호로 개정되기 전의 것) 제26조의2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급・공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간
2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제26조의2(2014.12.23. 법률 제12848호로 일부개정된 것) 【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다. 제45조의2【경정등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 3년이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고・결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때
2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때
3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고・결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때
5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한경과후에 발생한 때 제45조의2(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정된 것)【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. 부칙 제12848호 <2014.12.23.> 제7조 (경정 등의 청구 기간 연장에 관한 적용례 등) ① 제45조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정 또는 경정을 청구하는 분부터 적용한다.
② 제1항에도 불구하고, 이 법 시행 전에 종전의 제45조의2 제1항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (2) 국세기본법 시행령(2005.5.31. 법률 제18849호로 개정되기 전의 것) 제12조의3【국세부과제척기간의 기산일】① 법 제26조의2 제4항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다.
1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음날. 이 경우 중간예납・예정신고 및 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다. 제25조의2【후발적 사유】법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한후에 발생한 때"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.
1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때
2. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 취소된 때
3. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그후 당해 사유가 소멸한 때
4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때
(3) 소득세법(2005.7.13. 법률 제7579호로 개정되기 전의 것) 제110조【양도소득과세표준 확정신고】① 당해년도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해년도의 다음 년도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.