조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 경정청구기한을 도과하여 경정청구를 제기한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

사건번호 조심-2022-서-8274 선고일 2023.11.30

조특법 제100조의23 및 제100조의24 등으로 볼 때, 배분소득에 대한 법인세 법정원천징수납부기한은 각 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3월 15일까지로 봄이 타당하고, 그 전에 미리 법인세를 신고ㆍ납부하였다고 하더라도, 배분소득에 대한 과세표준과 세액이 ‘소득의 계산 및 배분명세의 신고’와 함께 확정됨을 고려할 때, 동 과세표준과 세액에 대한 경정청구기한은 위 납부기한일의 다음날부터 기산한다고 봄이 타당한 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 경정청구가 경정청구기한을 도과하여 제기된 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있음

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2013.1.8. 설립된 경영참여형 사모집합투자기구로서, 2014사업연도부터 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)이 적용되는 동업기업이고, 2016.3.25. 청구법인의 외국법인인 수동적동업자 OOO(2016.1.1. 현재 출자금액 OOO원, 지분비율 99.38%, 이하 “쟁점동업자”라 한다)에게 OOO원(2016사업연도 배당수익 OOO원 중 쟁점동업자 지분비율 상당액, 이하 “쟁점분배금”이라 한다)을 지급(분배)하였고, 이에 따라 2016사업연도 법인세(원천징수분) OOO원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 원천징수한 후 2016.4.5. 원천징수이행상황신고서를 제출하였으며, 2016.4.11. 쟁점세액을 납부하였고, 2017.2.28. 이자ㆍ배당소득 지급명세서를 제출하였으며, 2017.3.15. 쟁점동업자에 대한 소득배분금액을 OOO원(이하 “쟁점배분금액”이라 한다)으로 하여 2016사업연도 동업기업 소득계산 및 배분명세 신고서를 제출하였다.
  • 나. 청구법인은 2022.3.11. 처분청에게 쟁점분배금은 당기 및 전기에 발생한 운용수수료 및 사무관리 수수료 등(이하 “쟁점수수료”라 한다)을 차감하지 아니한 금액이므로, 기획재정부 유권해석(기획재정부 법인세제과-52, 2022.1.28., 이하 “쟁점유권해석”이라 한다)에 따라 쟁점분배금에서 2014∼2016사업연도에 발생한 쟁점수수료 합계 OOO원 중 쟁점동업자 지분비율 상당액인 OOO원을 차감하고 2016사업연도 중 발생한 이자소득 배분금액 OOO원을 가산한 OOO원을 쟁점동업자의 2016사업연도 법인세 과세대 상 소득(배분소득)으로 보아 기 납부한 법인세 원천징수분 OOO 원을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2022.8.5. 청구법인에게 쟁점세액에 대한 경정청구기한은 쟁점세액의 납부기한인 2016.4.11.부터 5년 이내이므로 이 건 경정청구는 경정청구기한이 도과하였다는 취지로 경정청구 처리결과 통지를 하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.10.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 쟁점분배금은 지분가액 범위 내의 금액으로서 쟁점동업자의 배당소득이 아닌바, 청구법인에게는 쟁점분배금의 분배일이 속하는 달의 다음 달 10일이 아닌 2016사업연도에 대한 동업기업 소득계산 및 배분명세 신고기한인 2017.3.15.까지 쟁점배분금액에 대한 법인세 원천징수분을 납부할 의무가 있을 뿐이고, 이 건 경정청구는 법인세 원천징수분의 납부기한인 2017.3.15.로부터 5년 이내인 2022.3.11.에 청구되었으므로 경정청구 기한 내에 적법하게 이루어졌음에도, 경정청구기한이 도과한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(1) 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업 및 그 동업자의 납세의무와 관련된 사항에 대해서는 조특법의 관련 규정이 각 세법의 규정에 우선하여 적용된다. (가) 동업기업과세특례(Partnership Taxation)는 동업기업을 도관으로 보아 발생한 소득에 대해 동업기업 단계에서는 과세하지 않고, 소득의 실제 분배 여부와 상관없이 과세연도의 종료일에 소득금액 등의 배분을 통해 동업자의 소득으로 귀속시켜 과세하는 제도이다. (나) 조특법 제10절의3에서는 이러한 동업기업과세특례제도에 대해 제100조의14 내지 제100조의26의 규정에서 상세하게 규정하고 있는데, 제100조의15 제2항에서 “동업기업과세특례를 적용받는 동업기업과 그 동업자에 대해서는 각 세법의 규정에 우선하여 이 절의 규정을 적용한다고”하여 조특법의 우선적 효력을 명시적으로 규정하고 있다.

(2) 조특법 제100조의24 제1항에서 규정하고 있는 청구법인의 2016사업연도 외국법인인 수동적동업자에 대한 원천징수세 납부기한은 2017.3.15.이다. (가) 동업기업과세특례제도의 대원칙은, ① 각 사업연도의 종료일에 이루어지는 배분을 통해 동업자의 소득금액이 확정되어 동업기업에게도 그에 대한 원천징수의무가 발생하고, ② 각 사업연도 중의 분배 즉, 배분 전 자산의 이전이 이루어진 경우에 대해서는 그 자산이 동업자의 지분가액을 초과하는 경우에 한해 예외적으로 동업자의 배당소득으로 되어 동업기업에게 그에 대한 원천징수의무가 발생한다는 것이다. (나) 구체적으로, ① 동업자는 조특법 제100조의18에 따라 배분받은 동업기업의 소득에 대하여 법인세를 납부할 의무를 지는데(조특법 제100조의16 제2항), ② 여기서 배분이란 동업기업의 소득금액을 ‘각 사업연도의 종료일’에 자산의 실제 분배 여부와 관계없이 동업자의 소득금액으로 귀속시키는 것을 의미하고(조특법 제100조의14 제3호), ③ 동업기업은 과세연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이 되는 날이 속하는 달의 15일까지 동업기업 소득의 계산 및 배분명세를 관할 세무서장에게 신고하여야 한다(조특법 제100조의23 제1항). (다) 그리고 동업기업은 외국법인인 동업자에게 배분된 소득에 대한 원천징수의무와 관련해서는 위 제100조의23 제1항에 따른 동업기업 소득계산 및 배분명세 신고기한(본 건의 경우 2017.3.15.)까지 원천징수세를 납부할 의무가 있다(조특법 제100조의24 제1항). 조특법 제100조의24 제1항 괄호부분에서는 제100조의23에 따라 신고하지 아니한 금액을 분배하는 경우에는 해당 분배일이 속하는 달의 다음 달 10일과 제100조의23 제1항에 따른 신고기한 중 빠른 날까지 원천징수의무가 있음을 규정하고 있는데, 이는 소득금액의 배분일인 각 사업연도의 종료일 이후와 동업기업 소득계산 및 배분명세 신고기한 사이에 분배가 이루어진 경우에 대한 것으로 쟁점분배금에 대한 원천징수기한과는 관련이 없는 규정이다. (라) 청구법인의 경정청구는 동업기업 소득계산 및 배분명세신고에 대한 경정청구와 그에 따른 원천징수 과세표준에 대한 경정청구가 결합되어 있는데, 외국법인 동업자의 동업기업으로부터의 소득금액은 동업기업으로부터 사업연도말에 배분받는 금액임에도 불구하고 처분청의 의견과 같이 원천징수에 대한 경정청구기한과 동업기업소득계산 및 배분명세에 대한 경정청구기한을 달리보는 경우, 동업기업소득계산 및 배분명세서상의 외국법인 동업자의 소득금액은 경정이 이루어지나 막상 실제로 납부한 원천징수세는 환급되지 아니하여 납세자의 경정청구권의 실효적인 행사를 형해화시키는 부당한 결과를 초래하게 된다. (마) 한편, 구국세기본법제45조의2 제1항 및 제5항에 따른 경정청구기한의 기산일은 납세자의 신고·납부 이행일(실제로 과세표준신고서를 제출한 날 또는 원천징수세액을 납부한 날)이 아닌 법정신고기한 또는 법정납부기한이다. 따라서 청구법인이 2016사업연도에 있어 외국법인인 동업자에 대해 배분하는 소득에 대한 원천징수를 법정납부기한보다 일찍 신고․납부하였다고 하더라도 경정청구의 기산일은 여전히 조특법 제100조의24 제1항에 따른 법정납부기한인 2017.3.15.이고, 청구법인의 본 건 경정청구는 그로부터 5년 이내인 2022.3.11.에 경정청구기한을 준수하여 적법하게 제기되었다.

(3) 조특법 제100조의22 제1항에 의하면 쟁점분배금은 외국법인 동업자의 지분가액을 초과하는 배당소득이 아니므로, 청구법인에게는 그 지급일(분배일)이 속하는 다음 달 10일까지 원천징수 납부의무가 없다. (가) 처분청은 분배는 무조건 소득의 지급에 해당함을 전제로 하고 있으나, 분배는 동업기업의 자산이 동업자에게 실제로 이전되는 것 즉, 자산의 단순한 물리적 이전(조특법 제100조의14 제8호)을 의미하는 것이지 분배 그 자체로 소득의 지급을 의미하는 것은 아니다. (나) 동업자가 동업기업으로부터 분배받은 자산이 소득에 해당하는지 여부 역시 특례규정인 조특법에 따라 판단하여야 하는데, 조특법 제100조의22 제1항은 분배받은 자산의 시가가 분배일의 해당 동업자의 지분가액을 초과하면 그 초과하는 금액이 비로소 소득세법 제17조 제1항 에 따른 소득(배당소득)에 해당함을 규정하고 있고, 쟁점분배금은 당시 외국법인 동업자의 지분가액(OOO원)을 초과하지 않으므로 쟁점분배금은 배당소득에 해당하지 않는다. (다) 기획재정부에서 발간한 2007년 간추린 개정세법 역시 청구법인의 주장과 마찬가지로 분배받은 자산의 시가가 지분가액을 초과하는 경우에 한해 그 금액에 대해 배당소득으로 보아 소득세 또는 법인세를 과세하고, 지분가액을 초과하지 않는 경우에는 동업자의 지분가액만 감액조정하는 것으로 기재하고 있다. (라) 이와 관련하여 처분청은 ① 청구법인이 쟁점분배금을 배당으로 회계처리하여 출자원본을 반환한 사실이 없고, 쟁점분배금은 도관회사에 불과한 청구법인이 투자대상회사로부터 수령한 배당금을 그대로 외국법인인 동업자에게 지급한 실질적 배당에 해당하며, ② 쟁점분배금은 분배 전ㆍ후의 지분가액의 감소가 없으므로 조특법 제100조의22에 의한 배당소득에 해당한다는 의견이나, 처분청의 위와 같은 의견은 기본적으로 동업기업과세특례가 적용되는 동업기업인 청구법인에 대해 조특법의 우선적용을 부인하여 동업자의 소득금액, 귀속시기, 그리고 원천징수의무자의 원천징수기한을 자의적으로 적용하는 것일 뿐만 아니라, 동업기업과세특례제도에 대한 조특법 규정 특히 제100조의22의 법리를 오인하였다는 점에서도 부당하다. (마) 동업기업과세특례제도에서 동업기업이 얻은 소득은 그 자체가 그 즉시 바로 동업자의 소득이 되는 것이 아니라, 조특법에서 규정하는 바에 따라 동업자의 소득금액, 귀속시기, 그리고 동업기업의 원천징수의무가 정해진다. 청구법인의 경우와 같이 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 “자본시장법”이라 한다)상 기관전용 사모집합투자기구인 동업기업의 외국법인 동업자의 소득금액과 관련해서는, 동업기업이 지출한 자본시장법에 따른 보수ㆍ 수수료를 뺀 금액이 동업자의 소득금액이 되고(조특법 시행령 제100조의18 제8항), 그 소득금액은 각 사업연도말 동업기업의 배분을 통해 외국법인 동업자의 소득금액으로 귀속되며, 동업기업은 각 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이 되는 날이 속하는 달의 15일까지 동업기업 소득계산 및 배분명세신고와 함께 배분소득에 대한 법인세를 원천징수ㆍ납부하는 것이다. (바) 청구법인이 투자대상회사로부터 배당으로 지급받은 쟁점분배금의 경우도 위와 마찬가지로, 청구법인이 배당을 수령하여 이를 동업자에게 지급한 시점이 아니라 청구법인의 2016사업연도 종료일인 2016.12.31. 청구법인이 지급한 보수․ 수수료를 뺀 금액에 외국법인인 동업자의 손익분배비율을 곱한 금액의 배분을 통해 비로소 동업자의 배당소득금액으로 귀속되는 것이고, 청구법인은 2017.3.15.까지 그에 대한 원천징수세를 납부하여야 하는 것이다. (사) 그리고 소득금액이 동업자에게 배분되기 전에 지급된 쟁점분배금은 사업연도말인 2016.12.31.에 동업자에게 배분ㆍ귀속될 소득금액을 미리 지급한 것에 불과하고, 동업자의 지분가액을 초과하는 금액도 아니어서 그 지급시점에는 동업자의 배당소득에 해당하지 아니하며, 청구법인이 취하고 있는 상법상 합자회사의 손익분배는 정관에서 정한 바에 따라야 하는데(상법제195조, 제269조), 청구법인의 정관 제23조는 배분의 방법에 대해 관련 비용을 공제한 순투자회수금을 기준으로 각 사원들의 원본에 달할 때까지 우선적으로 배분하는 것으로 되어 있으므로, 쟁점분배금을 이익배당으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 청구법인은 이익배당을 위한 결의도 달리 한 사실도 없으므로, 각 사업연도 종료일에 배당으로 처리될 항목을 미리 지급하면서 그 지급일에 배당으로 회계처리하였다는 사정만으로는 쟁점분배금을 배당소득으로 볼 수 있는 근거가 될 수 없다. (아) 아울러 청구법인의 외국법인 동업자는 쟁점분배금의 수령으로 쟁점분배금에 상당하는 금액만큼 지분가액이 감액되었고, 그 내역은 청구법인이 2017.3.15. 신고한 동업기업 소득계산 및 배분명세서 중 조특법 시행규칙 별지 제108호 서식인 지분가액 조정명세서를 통해 명확히 확인됨에도 불구하고, 쟁점분배금은 그 분배 전․후에 지분가액의 감소가 없는 분배라는 처분청의 의견은 쟁점분배금의 지급으로 인한 지분가액의 변동에 대한 사실관계를 오인한 것이다. (자) 마지막으로 처분청이 제시하는 국세청 유권해석(법규과-1232, 2012.10.24., 법인세과-658, 2012.10.26.)은 쟁점분배금의 경우와 달리 분배 당시 지분가액을 초과하는 금액에 대한 것으로 쟁점분배금의 경우와 사실관계가 다를 뿐만 아니라, 오히려 이 유권해석은 분배금액 중 지분가액의 범위 내의 금액에 대해서는 단지 지분가액을 감액조정하는 것을 전제로 하고 있으므로 이는 오히려 청구법인의 주장을 뒷받침하는 것이다.

  • 나. 처분청 의견 조특법의 동업기업과세특례규정에서 별도로 규정하고 있지 않거나 개별 세법의 규정을 명시적으로 배제하지 않은 과세요건 등은 일반적인 경우에 적용되는 각 세법의 규정을 적용해야 하고, 조특법 제100조의16 제2항에서 동업자는 동업기업 배분소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 진다고 규정한 것은, 동업기업 배분소득에 대해서도 소득세법상 과세소득의 범위 또는 법인세법상 익금의 범위에 포함하여 세법상 의제소득(의제익금)으로 선(先) 과세하기 위한 규정이며, 쟁점분배금은 조특법 제100조의22의 규정에 비추어 볼 때, 그 분배 전ㆍ후의 지분가액의 감소도 없어 소득세법제17조 제1항에 따른 배당소득으로 보는 지분초과분배소득에도 해당되고, 조특법 제100조의 24에 따른 비거주자 또는 외국법인인 동업자에 대한 원천징수 규정은, 과세소득으로 의제되는 동업기업 배분소득에 대한 원천징수세액의 납부기한, 지급의제시기, 수동적동업자와 능동적동업자에게 배분되는 각 소득구분 등의 원천징수절차를 개별 세법에서 구체적으로 규정할 수 없어 별도로 위 특례조항에서 원천징수 특례를 정한 것인바, 위와 같은 사실관계 및 관련 법령의 취지를 종합하고, 법문언에 따라 엄격해석하여 볼 때, 청구법인이 제기한 쟁점경정청구는 국세기본법제45조의2 제1항 및 제5항에 따른 청구사유에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 법정 청구기한이 도과한 부적법한 경정청구에 해당한다.

(1) 조특법의 동업기업 과세특례 규정에서 별도로 규정하고 있지 않거나 개별 세법의 규정을 명시적으로 배제하지 않은 과세요건 등은 일반적인 경우에 적용되는 각 세법의 규정을 적용해야 한다. (가) 쟁점분배금의 실질내용은 기관전용 사모집합투자기구인 청구법인이 자본시장법 및 정관에 따라 투자대상회사로부터 수취한 배당금 수익을 사원에게 분배한 이익금의 분배가 명확하다.

1. 청구법인 스스로 쟁점분배금을 동업자에 대한 지급배당금으로 회계처리하였고, 세법에 따라 당초 국내원천 배당소득의 지급으로 하여 법인세 원천징수의무를 이행하였다.

2. 청구법인의 정관을 보더라도 특정투자에 대한 투자자금이 회수된 때 등 업무집행사원이 적절하다고 판단하는 때에만 출자원본의 분배를 할 수 있다고 되어 있고, 청구법인의 2016사업연도 재무상태표와 주식등변동상황명세서를 보더라도 출자원본의 반환사실이 없다는 것이 명확하다. (나) 위와 같이 쟁점분배금이 출자원본의 환급이 아니라 이익금의 분배가 명확한 것에 대해서, 조특법 특례규정에서 이를 부인하고 출자원본 또는 지분가액 전액 분배시까지는 이익금의 분배를 계상할 수 없다는 명시적인 규정은 찾아볼 수 없다.

1. 쟁점분배금의 분배에 따른 세법상의 납세의무 성립 여부는 조특법에 따른 동업기업과세특례의 적용 신청 여부에 관계없이 거래사실의 실질내용에 따라 기업회계기준을 준용하여 작성된 재무제표를 기초로 하여 개별 세법 또는 조특법 특례규정에 따른 계정과목별 소득금액의 세무조정을 거쳐 계산된 과세소득을 기준으로 판단해야 하는 것이다.

2. 조특법 특례규정에서 동업기업 과세특례 적용 신청 법인이라 하여 거래사실의 실질내용까지를 달리 보도록 하는 규정은 찾아볼 수 없다.

3. 기업회계기준의 적용과 관련한 금융감독원의 ‘사모부동산투자 신탁에서 지급한 배당에 대한 투자자의 회계처리’ 질의회신(2007.12.31, 금감원 2007-039)을 보면, 분배금이 원본의 반환임이 확인되는 경우를 제외하고는 해당 분배금을 당기이익으로 인식하는 것이 타당하다고 하였다. (다) 조특법 제100의14 제3호에서 “배분”이란 동업기업의 소득금액을 각 과세연도의 종료일에 자산의 실제 분배 여부와 관계없이 동업자의 소득금액으로 귀속시키는 것을 말한다고 규정한 것은, 소득세법제3조(과세소득의 범위) 제3항 및 법인세법제15조(익금의 범위) 제2항 제3호에 따라 동업기업 배분소득도 과세소득 또는 익금의 범위에 포함한다는 규정으로 보아야 하고, 자산의 실제 분배에 대한 세법상의 일반적 과세의 원칙을 배제한 것으로 볼 만한 명확한 법문언이나 특별한 조세정책적 필요성도 없는 것으로 보인다.

(2) 조특법 제100조의16 제2항에서 동업자는 동업기업 배분소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 진다고 규정한 것은, 동업기업 배분소득에 대해서도 소득세법상 과세소득의 범위 또는 법인세법상 익금의 범위에 포함하여 세법상 의제소득(의제익금)으로 선(先) 과세하기 위한 규정이다. (가) 동업기업 과세특례의 경우에는 동업기업 단계에서 과세하지 않고, 동업기업의 소득금액을 각 과세연도 중에 동업자에게 실제 분배를 하지 않더라도 해당 과세연도 종료일에 동업기업의 소득금액을 동업자에게 배분하여 선(先) 과세하고, 실제로 자산을 분배받을 때에는 기과세된 소득금액이 다시 과세되지 않도록 함으로써 이중과세를 완전히 조정한다는 것이다 (나) 조특법 제100조의18에 따라 과세연도 종료일의 동업기업 배분소득은 해당 과세연도 종료일에 지급이 확정된 것이 아니어서 소득세법상 귀속된 소득 또는 법인세법상 해당 법인의 순자산증가로 보기는 어렵지만, 과세소득을 열거주의에 의하고 있는 소득세법제3조 제3항에 동업기업 배분소득 및 지분초과분배소득을 동업자의 과세소득의 범위에 포함하였고, 익금을 순자산 증가로 파악하고 있는 법인세법제15조 제2항에 동업기업 배분소득을 의제익금의 범위에 추가하였다. (다) 조특법 특례규정과 개별 세법인 소득세법법인세법의 관련 규정들을 종합하여 볼 때, 실제 지급받는 분배소득에 대해서는 비과세소득으로 본다거나, 익금불산입 대상이라고 명시적으로 규정하지도 않았고 다만, 특례규정은 출자원본의 환급이 아니라 이익금의 분배일 경우에 지분가액 중 기과세된 유보소득을 우선적으로 분배하고 나머지 지분초과분배소득에 대해 배당소득으로 본다는 규정만 있을 뿐이다.

(3) 쟁점분배금은 조특법 제100조의22의 규정에 비추어 볼 때, 그 분배 전ㆍ후의 지분가액의 감소도 없어 소득세법제17조 제1항에 따른 배당소득으로 보는 지분초과분배소득에도 해당한다. (가) 위 규정 제1항은 자산의 분배일 현재의 당초 지분가액(출자금 + 기과세유보소득)의 감소(소멸)를 전제로 하여, 분배받는 자산의 시가가 ‘감소되는 지분가액’(취득가액으로 봄)을 초과한 경우에 그 지분초과분배소득을 배당소득(분배받은 자산의 시가 – 감소되는 지분가액)으로 과세한다는 것이다. (나) 이는 지분가액을 초과하는 자산의 분배는 각 사업연도 소득에 반영되지 않았거나 배분되지 않은 지분의 가치상승분으로서 동업기업에 대한 지분가액을 감소하는 과정에서 생긴 동업자의 소득으로, 법인의 출자자가 해당 법인의 자본감소로 인하여 주식 또는 출자지분이 소멸되는 대가로 법인으로부터 받은 재산가액이 해당 주식 또는 출자지분의 취득가액을 초과하는 차이와 유사한 성격 즉, 주식발행법인의 감자로 인하여 발생하는 의제배당 성격(소득세법제17조 제2항 제1호)이므로 배당소득으로 보도록 한 것이다. (다) 즉, 동업기업의 소득은 현실적으로 분배되는 것과 상관없이 과세연도 종료일에 각각의 동업자에게 손익배분비율에 따라 배분되어 귀속되고, 배분되는 과세연도의 동업자의 소득으로 그 즉시 선(先) 과세되기 때문에, 나중에 동업자가 동업기업으로부터 실제적으로 자산을 분배받은 경우에도 동업기업에 대한 이중과세를 완전 조정하기 위한 것이다. (라) 위 규정 제1항 및 제3항에 따르면, 분배받은 자산의 시가 중 지분가액을 초과하는 금액을 배당소득으로 본다고 하면서, 동업기업으로부터 분배일의 해당 동업자의 지분가액 상당액은 익금불산입한다고 규정하였는바, 지분가액 상당액 중에서 ‘출자원본의 환급액과 기과세유보소득의 분배금액을 합한 금액 즉 ‘지분가액의 감소 금액’을 초과한 분배금에 대해서만 그 소득구분을 배당소득으로 하여 과세한다는 것을 명확히 한 것이다. (마) 따라서 위 특례조항에서의 분배일의 해당 동업자의 지분가액이라는 법문언의 의미는 분배 당시의 해당 동업자의 감소되는 지분가액으로 보아야 한다.

1. 위 특례조항 제1항에서의 배당소득으로 간주하는 지분초과분배소득 해당 여부는 의제배당의 성격과 유사한 것이어서, 전체 지분가액이 아니라, 감소되는 지분가액을 기준으로 판단하는 것이 경제적인 이익 또는 소득이라는 개념에 비추어 타당한 것이다.

2. 지분가액의 감소 없이 전체 지분가액 범위 내에서 자산의 분배가 이루어지더라도 그 분배금은 현실적으로 분배일에 동업자의 당기이익으로 귀속되거나, 내국법인 동업자의 경우 순자산증가가 있는 것이어서, 특례규정에서 동 분배금에 대해 해당 과세연도의 총수입금액불산입 또는 익금불산입 대상으로 명시하지 않았다면 추가적인 과세대상 소득이 발생하는 것인데, 청구법인의 주장처럼 그 분배금액이 전체 지분가액 내의 금액이라 하여 배당소득(내국법인의 경우 익금)으로 보지 않는다면, 기업회계기준에도 맞지 않을 뿐만 아니라, 총수입금액 또는 당기익금에 포함하도록 하는 개별 세법의 규정과 배치되는 것이다.

(4) 조특법 제100조의24에 따른 비거주자 또는 외국법인인 동업자에 대한 원천징수 규정은, 과세소득으로 의제되는 동업기업 배분소득에 대한 원천징수세액의 납부기한, 지급의제시기, 수동적동업자와 능동적동업자에게 배분되는 각 소득구분 등의 원천징수절차를 개별 세법에서 구체적으로 규정할 수 없어 별도로 위 특례조항에서 원천징수 특례를 정한 것이다. (가) 소득세법제156조(비거주자의 국내원천소득에 대한 원천징수의 특례) 제1항 및 법인세법제98조(외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례) 제1항은, 국내사업장이 없는 비거주자ㆍ외국법인에게 소득세법제119조 및 법인세법제93조에 따른 국내원천소득 중 이자소득·배당소득·사업소득 등 9가지 국내원천소득을 지급하는 자에 대해서 원천징수의 특례를 규정하였고, 국내원천 배당소득에 대해서는 소득세법제17조 제1항에 따른 배당소득을 포함한다고 하였다. (나) 소득세법제3조는 과세소득의 범위를 열거하면서 조특법 특례규정에 따른 동업기업 배분소득도 과세소득의 범위에 포함하였기 때문에, 배당소득의 경우에는 동업기업 배분소득에 대해서도 지급의무가 확정되지 않았지만 지급의제시기에 소득세법제17조 제1항에 따른 배당소득으로 본다는 것이다. (다) 따라서 동업자가 해당 과세연도 중에 동업기업으로부터 지분초과분배소득 등 실제 분배받은 소득으로서 개별 세법에 따라 과세소득(익금)의 범위에 해당되는 경우에는 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세를 납부할 의무가 있는 것이므로, 소득세법 제17조 제1항 제9호 에 따라 이익분배의 성격이 있는 것으로 볼 수 있는 쟁점분배금에 대해서는 청구법인이 외국법인인 동업자에게 지급하는 때에 국내원천 배당소득으로 보아 법인세법 제98조 제1항 및 제120조의2 제1항에 따른 원천징수절차를 적용해야 하는 것이다.

(5) 위와 같이 여러 사실관계 및 관련 법령의 취지를 종합하고, 법문언에 따라 엄격해석하여 볼 때, 청구법인이 제기한 쟁점경정청구는 국세기본법제45조의2 제1항 및 제5항에 따른 청구사유에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 법정 청구기한이 도과한 부적법한 경정청구에 해당한다. (가) 동업기업인 청구법인이 2016.3.25. 외국법인인 동업자 OOO에게 지급한 쟁점분배금의 실질내용은 출자원본의 환급이 아니라 이익분배금이라는 것이 명확하고, 조특법 제100조의22 제1항에 비추어 보아도 쟁점분배금은 ‘감소되는 지분가액’을 초과하는 지분초과분배소득으로서 배당소득으로 보아야 한다. (나) 따라서 청구법인은 쟁점분배금을 쟁점동업자에게 지급할 때 국내원천 배당소득의 지급으로 보아 법인세를 원천징수하여 납부기한인 2016.4.11. 납부하고, 법인세법제120조의2에 따라 그 지급명세서를 제출기한인 2017.2.28.까지 제출한 원천징수의무자로서, ‘2016년 3월 귀속 법인세(원천분) 원천징수영수증’에 기재된 과세표준과 세액이 조특법 제100조의22 제1항 등 세법에 따라 납부하여야 할 과세표준과 세액을 초과하였다고 볼 수 없으므로, 청구법인이 제기한 쟁점경정청구는 국세기본법제45조의2 제4항에 따른 경정청구 사유에 해당하지 아니하는 부적법한 경정청구이다. (다) 또한, 쟁점분배금을 지급할 때인 2016.3.25.에 원천징수한 세액의 납부할 의무가 성립ㆍ확정되는 것이고, 그 원천징수세액의 법정 납부기한일은 2016.4.11.이며, 쟁점분배금을 지급하면서 쟁점동업자에게 발급한 ‘2016년 3월 귀속 법인세(원천분) 원천징수영수증’에 기재된 과세표준과 세액에 대한 경정청구는 원천징수세액의 법정 납부기한이 지난 후 5년 이내인 2021.4.11.까지 제기해야 하는데, 쟁점경정청구는 2022.3.11. 제기하였으므로 법정 경정청구기간이 도과한 부적법한 경정청구이다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구법인이 경정청구기한을 도과하여 경정청구를 제기한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 대표자 겸 업무집행사원은 OOO 소재 외국인투자법인인 ‘AAA파트너스 유한회사’(이하 “AAA”라 한다)이고, 청구법인을 구성하는 동업자는 AAA 및 쟁점동업자이고, AAA는 내국법인군 동업자로서 능동적동업자에 해당하며, 쟁점동업자는 외국법인군 동업자로서 수동적동업자에 해당하고, 양측의 다툼이 없는 일자별 주요 사실관계는 아래 <표1>과 같다. <표1> 일자별 주요 사실관계 OOO (2) 청구법인의 동업기업 소득계산 및 배분명세신고 내역은 아래와 같다. (가) 청구법인은 2014사업연도부터 2016사업연도까지의 사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다)에 대한 동업기업 소득계산 및 배분명세 신고서(이하 “동업기업배분신고서”라 한다)를 제출하였고, 해당 3개 사업연도별 결산서 상의 운용수익, 운용비용 및 당기순손익(=각 사업연도 소득금액)의 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점사업연도 당기순손익 등의 내역 OOO (나) 청구법인의 쟁점사업연도의 동업자군별 지분가액 조정내역은 아래 <표3> 및 <표4>와 같다. <표3> 쟁점사업연도의 내국법인군(능동적동업자) 지분가액 조정내역 OOO <표4> 쟁점사업연도의 외국법인군(수동적동업자) 지분가액 조정내역 OOO (다) 청구법인의 쟁점사업연도의 「동업기업 소득계산 및 배분명세 신고서」 상의 동업자군별 손익배분비율은 아래 <표5>와 같다. <표5> 사업연도별 동업자군별 손익배분비율 내역 OOO

(3) 청구법인은 당초 청구법인의 수동적동업자인 쟁점동업자가 2016사업연도에 배분받은 소득금액의 산정 시, 아래 <표6>과 같이 2014사업연도와 2015사업연도에 발생한 쟁점수수료 합계 OOO원 및 2016사업연도에 발생한 쟁점수수료 OOO원(이자소득 차감 후 잔액) 총합계 OOO원이 차감되지 아니한 결과 법인세 OOO원이 과다하게 원천징수・납부된 것으로 보아 이 건 경정청구를 제기하였다. <표6> 경정청구세액의 산출과정 OOO

(4) 처분청은 분배받은 자산의 시가가 지분가액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 소득세법 제17조 제1항 에 따른 소득으로 본다는 내용의 조특법 제100조의22 제1항 및 같은 법 시행령 제100조의23은 기과세된 배분 소득 상당액에 대한 이중과세를 방지하기 위한 규정이라고 주장하면서 아래 기획재정부가 발간한 2007년 간추린 개정세법을 제시하였다. OOO

(5) 청구법인은 공제되는 보수 등의 범위를 명확히 확인하기 위해 2021.9.2. 기획재정부에 세법해석질의를 하였고, 기획재정부는 2022.1.28. “전체 투자기간 동안에 발생한 보수 중 이전에 차감되지 아니한 금액”을 의미하는 것이라고 청구법인에게 회신한 것으로 나타나며, 2014∼2015년 발생한 쟁점수수료를 2016년 배분하는 소득에서 차감할 수 있는지 여부에 대하여는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점분배금이 분배일 현재 원천징수 대상 소득에 해당하므로, 경정청구 사유가 존재하지 아니하고, 쟁점분배금에 대한 원천징수․납부기한은 분배일이 속하는 달의 다음 달 10일인 2016.4.11.(2016.4.10.이 공휴일임)인바, 경정청구기한이 도과되어 경정청구를 하였으므로 경정청구를 거부한 처 분은 정당하다는 의견이나, 동업기업과세특례제도(Partnership Taxation)는 동업기업을 도관으로 보아 발생한 소득에 대해 동업기업 단계에서는 과세하지 않고, 소득의 실제 분배 여부와 상관없이 과세연도의 종료일에 소득금액 등의 배분을 통해 동업자의 소득으로 귀속시켜 과세하는 제도로서, 동업기업 및 그 동업자의 납세의무와 관련된 사항에 대해서는 조특법의 관련 규정이 각 세법의 규정에 우선하여 적용되는 것이고, 동업기업과세특례제도는 각 사업연도의 종료일에 이루어지는 ‘배분’을 통해 동업자의 소득금액이 확정되어 동업기업에게도 그에 대한 원천징수의무가 발생하며, 각 사업연도 중의 분배 즉, 실제 자산의 이전이 이루어진 경우에 대해서는 그 자산이 동업자의 세법상 지분가액을 초과하는 경우에 한해 예외적으로 동업자의 배당소득으로 되어 동업기업에게 그에 대한 세액을 원천징수하도록 규정하고 있는 점, 조특법 제100조의22에서 동업기업으로부터 분배받은 자산의 시가 중 분배일의 해당 동업자의 지분가액 상당액은 해당 동업자의 분배일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하고, 분배받은 자산의 시가가 분배일의 해당 동업자의 지분가액을 초과하면 동업자는 분배일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 초과하는 금액을 소득세법 제17조 제1항 에 따른 소득으로 본다고 규정한 바, 동업기업과세특례제도에서의 ‘지분가액’은 동업자가 보유하는 동업기업 지분의 세무상 장부가액으로서 조특법 제100조의20 및 같은 법 시행령 제100조의21에서 그 증감사유를 규정하고 있으며, 조특법 제100조의20 제1항 및 같은 법 시행령 제100조의21 제2항 제3호에서는 동업자가 동업기업으로부터 소득을 배분받는 경우 소득금액을 동업자의 지분가액을 증액조정하고, 조특법 제100조의20 제2항 및 같은 법 시행령 제100조의21 제3항 제1호에서는 동업자가 동업기업의 자산을 분배받는 경우 분배일 현재의 자산의 시가만큼 지분가액을 감액조정하라고 규정하고 있는 점, 청구법인은 소득의 계산 및 배분명세의 신고서(2017.3.15.) 상 쟁점배분금 및 쟁점분배금 상당액에 대하여 지분가액을 증액․감액하여 신고하였으므로 2016.3.25. 쟁점분배금의 ‘분배’만으로 조특법령상의 동업기업과세특례의 취지와 목적상 법인세 원천징수납세의무가 성립하였다고 보기 어려운 점, 조특법 제100조의14 제3호에서 “배분”은 각 과세연도의 종료일에 자산의 실제 분배 여부에 관계없이 동업자의 소득금액 또는 결손금 등으로 귀속시키는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제100조의23 및 제100조의24에서 배분된 소득에 대해서는 각 과세연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이 되는 날이 속하는 달의 15일까지 소득의 계산 및 배분명세의 신고와 함께 외국법인인 동업자에게 배분된 소득에 대한 법인세를 원천징수하여 납부하도록 규정하고 있는바, 2016년 귀속분 배분소득에 대한 법인세 법정원천징수납부기한은 2017.3.15.로 봄이 타당하고, 청구법인이 2016.4.11.에 미리 해당 법인세를 신고ㆍ납부하였다고 하더라도, 2016년 귀속분 배분소득에 대한 과세표준과 세액이 소득의 계산 및 배분명세의 신고와 함께 확정됨을 고려할 때, 동 과세표준과 세액에 대한 경정청구기한은 2017.3.15.부터 기산한다고 봄이 타당한 점, 처분청의 의견과 같이 배분 전에 선분배한 소득에 대하여 분배일에 분배금액 전체에 대하여 예납적 성격의 법인세 원천징수의무가 발생한다고 보는 경우, 해당 과세연도 말에 비용 등을 공제한 후 ‘배분’되는 실제 과세대상 소득 및 세액과 기(초과)원천징수된 소득 및 세액 간의 정산․환급을 위한 별도의 절차가 마련되어 있지 아니하여 불합리한 결과가 초래되는바, 청구법인에게 예납적 성격의 법인세 원천징수의무가 발생하였다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 경정청구가 경정청구기한을 도과하여 제기된 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법 제20조[기업회계의 존중] 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다. 제21조[납세의무의 성립시기] ③ 다음 각 호의 국세를 납부할 의무의 성립시기는 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 원천징수하는 소득세ㆍ법인세: 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때 제45조의2 [경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

소득세법 제73조 제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자, 소득세법 제119조 제1호 ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 법인세법 제93조 제1호 ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 "원천징수대상자"라 한다)의 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자"는 "연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 소득세법 제164조, 제164조의2 및 법인세법 제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자(소득세법 제1조의2 제1항 제2호 에 따른 비거주자 및 법인세법 제2조 제3호 에 따른 외국법인은 제외한다. 다만, 원천징수의무자의 폐업 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 원천징수의무자가 경정을 청구하기 어렵다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다)"로, 제1항 각 호 외의 부분 중 "법정신고기한이 지난 후"는 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후"로, 제1항 제1호 중 "과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액"으로, 제1항 제2호 중 "과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액"은 "원천징수영수증에 기재된 환급세액"으로 본다.

(2) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것) 제100조의14 [용어의 뜻] 이 절에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "동업자"란 동업기업의 출자자인 거주자, 비거주자, 내국법인 및 외국법인을 말한다.

3. "배분"이란 동업기업의 소득금액 또는 결손금 등을 각 과세연도의 종료일에 자산의 실제 분배 여부에 관계없이 동업자의 소득금액 또는 결손금 등으로 귀속시키는 것을 말한다.

7. "지분가액"이란 동업자가 보유하는 동업기업 지분의 세무상 장부가액으로서 동업기업 지분의 양도 또는 동업기업 자산의 분배시 과세소득의 계산 등의 기초가 되는 가액을 말한다.

8. "분배"란 동업기업의 자산이 동업자에게 실제로 이전되는 것을 말한다. 제100조의16 [동업기업 및 동업자의 납세의무] ① 동업기업에 대해서는 소득세법 제2조 제1항 및 법인세법 제2조 제1항·제2항에도 불구하고 소득세법 제3조 및 법인세법 제3조 제1항 각 호의 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 부과하지 아니한다.

② 동업자는 제100조의18에 따라 배분받은 동업기업의 소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 진다. 제100조의18 [동업기업 소득금액 등의 계산 및 배분] ① 동업자군별 배분대상 소득금액 또는 결손금은 각 과세연도의 종료일에 해당 동업자군에 속하는 동업자들에게 동업자 간의 손익배분비율에 따라 배분한다. 다만, 동업기업의 경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 자로서 대통령령으로 정하는 동업자(이하 이 절에서 "수동적동업자"라 한다)에게는 결손금을 배분하지 아니하되, 해당 과세연도의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 그 수동적동업자에게 소득금액을 배분할 때 배분되지 않은 결손금을 그 배분대상 소득금액에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제하고 배분한다.

③ 동업자는 동업기업의 과세연도의 종료일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 제1항에 따라 배분받은 소득금액 또는 결손금을 대통령령으로 정하는 구분에 따른 익금 또는 손금으로 보아 계산한다. 다만, 수동적동업자(자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제19항 제1호 에 따른 경영참여형 사모집합투자기구의 수동적동업자 중 우리나라와 조세조약이 체결된 국가에서 설립된 연금·기금 등으로서 배분받는 소득이 해당 국가에서 과세되지 아니하는 대통령령으로 정하는 수동적동업자는 제외한다)의 경우에는 배분받은 소득금액을 소득세법 제17조 제1항, 제119조 제2호 및 법인세법 제93조 제2호 에 따른 소득으로 본다. 제100조의20 [지분가액의 조정] ① 동업자가 동업기업으로부터 소득을 배분받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 동업자의 지분가액을 증액 조정한다.

② 동업자가 동업기업으로부터 자산을 분배받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 동업자의 지분가액을 감액 조정한다. 제100조의22 [동업기업 자산의 분배] ① 동업자가 동업기업으로부터 자산을 분배받은 경우 분배받은 자산의 시가가 분배일의 해당 동업자의 지분가액을 초과하면 동업자는 분배일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 초과하는 금액을 소득세법 제17조 제1항 에 따른 소득으로 본다.

② 동업자가 동업기업의 해산 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생함에 따라 동업기업으로부터 자산을 분배받은 경우 분배받은 자산의 시가가 분배일의 해당 동업자의 지분가액에 미달하면 동업자는 분배일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 미달하는 금액을 소득세법 제94조 제1항 제3호 또는 제4호 다목에 따른 자산을 양도함에 따라 발생한 손실로 본다.

③ 제1항 및 제2항의 경우 동업기업으로부터 분배받은 자산의 시가 중 분배일의 해당 동업자의 지분가액 상당액은 해당 동업자의 분배일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세 과세표준을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다. 제100조의23 [동업기업의 소득의 계산 및 배분명세 신고] ① 동업기업은 각 과세연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이 되는 날이 속하는 달의 15일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 과세연도의 소득의 계산 및 배분명세를 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제100조의24 [비거주자 또는 외국법인인 동업자에 대한 원천징수] ① 동업기업은 비거주자 또는 외국법인인 동업자에게 배분된 소득에 대해서는 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 소득세 또는 법인세를 징수하여 제100조의23 제1항에 따른 신고기한(제100조의23에 따라 신고하지 아니한 금액을 분배하는 경우에는 해당 분배일이 속하는 달의 다음 달 10일과 제100조의23 제1항에 따른 신고기한 중 빠른 날)까지 납세지 관할 세무서장에게 납부하여야 한다.

1. 수동적 동업자인 경우에는

소득세법 제156조 제1항 제3호 및 법인세법 제98조 제1항 제3호 에 따른 세율. 다만, 제3항 단서 및 제100조의18 제3항 본문이 적용되는 경우에는 소득세법 제156조 제1항 각 호 및 법인세법 제98조 제1항 각 호에 따른 세율

② 동업기업은 제1항에 따라 원천징수를 하는 경우 소득세법 제164조의2 및 법인세법 제120조의2 에 따라 지급명세서를 제출하여야 한다. 이 경우 해당 소득은 동업기업이 제100조의23에 따른 신고를 할 때(제100조의23에 따른 신고를 하지 아니한 금액이 분배되는 경우에는 분배할 때)에 비거주자 또는 외국법인인 동업자에게 지급된 것으로 본다.

③ 수동적 동업자에게 배분되는 소득의 구분은 제100조의18 제3항 단서에 따른다. 다만, 수동적 동업자가 소득을 직접 받지 아니하고 동업기업을 통하여 받음으로써 소득세 또는 법인세를 부당하게 감소시킨 것으로 인정될 때에는 제100조의18제3항 단서에 따른 소득구분에 따르지 아니하고 동업기업이 받는 소득을 기준으로 소득세법 제119조 또는 법인세법 제93조 의 소득구분에 따른다.

⑦ 제1항 제1호, 제3항 및 제5항 제2호의 원천징수의 적용방법에 관하여는 소득세법 제156조의2 부터 제156조의5까지, 법인세법 제98조의3 부터 제98조의5까지 및 국제조세조정에 관한 법률 제29조 를 준용한다. 제100조의25 [가산세] ① 관할 세무서장은 동업기업이 제100조의23 제1항에 따른 신고를 하지 아니하거나 신고하여야 할 소득금액보다 적게 신고한 경우 다음 각 호의 금액을 가산세로 징수하여야 한다. 이 경우 신고하여야 할 소득금액의 계산방법은 대통령령으로 정한다.

1. 신고하지 아니한 경우: 신고하여야 할 소득금액의 100분의 4

2. 신고하여야 할 소득금액보다 적게 신고한 경우: 적게 신고한 소득금액의 100분의 2

② 관할 세무서장은 동업기업이 제100조의24에 따라 원천징수하였거나 원천징수하여야 할 세액을 납부기한에 납부하지 아니하거나 적게 납부하는 경우에는 다음 각 호에 해당하는 금액 중 큰 금액(납부하지 아니하거나 적게 납부한 세액의 100분의 10을 한도로 한다)을 가산세로 징수하여야 한다.

1. 납부하지 아니하거나 적게 납부한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

2. 납부하지 아니하거나 적게 납부한 세액의 100분의 5 (3) 조세특례제한법 시행령 제100조의21 [지분가액의 조정] ① 동업자의 최초 지분가액은 동업기업과세특례를 적용받는 최초 과세연도의 직전 과세연도의 종료일(기업의 설립일이 속하는 과세연도부터 적용받는 경우에는 그 과세연도의 개시일) 현재의 동업기업의 출자총액에 해당 동업자의 출자비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

② 법 제100조의20 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사유"와 그에 따라 증액조정하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따른 사유와 금액을 말한다.

1. 동업기업에 자산을 출자하는 경우: 출자일 현재의 자산의 시가

2. 동업기업의 지분을 매입하는 경우 또는 상속ㆍ증여받는 경우: 지분의 매입가액 또는 상속ㆍ증여일 현재의 지분의 시가

3. 동업기업으로부터 소득금액을 배분받는 경우: 소득금액(소득세법, 법인세법 및 법에 따른 비과세소득을 포함한다)

③ 법 제100조의20 제2항에서 "대통령령으로 정하는 사유"와 그에 따라 감액조정하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따른 사유와 금액을 말한다.

1. 동업기업의 자산을 분배받는 경우: 분배일 현재의 자산의 시가

2. 동업기업의 지분을 양도하거나 상속ㆍ증여하는 경우: 지분의 양도일 또는 상속ㆍ증여일 현재의 해당 지분의 지분가액

3. 동업기업으로부터 결손금을 배분받는 경우: 결손금의 금액

④ 제2항 및 제3항을 적용할 때 둘 이상의 지분가액 조정사유가 동시에 발생하면 다음의 순서에 따른다. 다만, 제100조의23의 경우에는 제2호보다 제3호 또는 제4호를 먼저 적용한다.

1. 제2항 제1호 및 제2호에 따른 증액조정

2. 제3항 제1호 및 제2호에 따른 감액조정

3. 제2항 제3호에 따른 증액조정

4. 제3항 제3호에 따른 감액조정

⑤ 제3항에 따라 지분가액을 감액조정하는 경우 지분가액의 최저금액은 영(零)으로 한다.

(4) 법인세법 제15조[익금의 범위] ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

3. 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 소득금액 제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다. 제43조[기업회계기준과 관행의 적용] 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다. 제91조[과세표준] ② 제1항에 해당하지 아니하는 외국법인의 경우에는 제93조 각 호의 구분에 따른 각 국내원천소득의 금액을 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준으로 한다. 제93조 [외국법인의 국내원천소득] 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

2. 내국법인 또는 법인으로 보는 단체나 그 밖에 국내로부터 지급받는 소득세법 제17조 제1항 에 따른 배당소득(같은 항 제6호에 따른 소득은 제외한다) 및 국제조세조정에 관한 법률 제9조 및 제14조에 따라 배당으로 처분된 금액 제98조 [외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례] ① 외국법인에 대하여 제93조 제1호ㆍ제2호 및 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조 제7호에 따른 소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다)는 제97조에도 불구하고 그 지급을 할 때에 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다. 다만, 제93조제5호에 따른 소득 중 조세조약에 따라 국내원천사업소득으로 과세할 수 있는 소득은 제외한다.

3. 제93조 제1호ㆍ제2호ㆍ제8호 및 제10호에 따른 소득: 그 지급액(제93조 제10호 다목의 소득에 대해서는 대통령령으로 정하는 금액)의 100분의 20. 다만, 제93조 제1호의 소득 중 국가, 지방자치단체 및 내국법인이 발행하는 채권에서 발생하는 이자소득의 경우에는 그 지급액의 100분의 14로 한다.

⑬ 원천징수의무자가 제1항 및 제5항부터 제12항까지의 규정에 따라 법인세를 원천징수할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 지급금액과 그 밖에 필요한 사항을 적은 원천징수영수증을 그 지급받는 자에게 발급하여야 한다. (5) 법인세법 시행령 제137조 [외국법인에 대한 원천징수] ① 법 제98조에 따라 원천징수를 하는 경우 배당소득의 지급시기에 관하여는 소득세법 제131조제2항 및 같은 법 시행령 제191조(제4호는 제외한다)를 준용하고, 기타소득의 지급시기에 관하여는 소득세법 제145조의2 및 같은 법 시행령 제202조 제3항을 준용한다.

③ 제115조 내지 제117조 및 소득세법 시행령 제185조 의 규정은 법 제98조의 규정에 의하여 징수한 원천징수세액의 납부에 관하여 이를 준용한다.

(6) 소득세법 제2조[납세의무] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 거주자

2. 비거주자로서 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 개인 제3조[과세소득의 범위] ① 거주자에게는 이 법에서 규정하는 모든 소득에 대해서 과세한다. (단서 생략)

② 비거주자에게는 제119조에 따른 국내원천소득에 대해서만 과세한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 조세특례제한법 제100조의14 제2호 의 동업자에게는 같은 법 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 소득 및 같은 법 제100조의22 제1항에 따라 분배받은 자산의 시가 중 분배일의 지분가액을 초과하여 발생하는 소득에 대하여 과세한다. 제17조[배당소득] ① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금

3. 의제배당(擬制配當)

9. 제1호부터 제5호까지, 제5호의2, 제6호 및 제7호에 따른 소득과 유사한 소득으로서 수익분배의 성격이 있는 것

③ 배당소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액으로 한다. 제130조[이자소득 또는 배당소득에 대한 원천징수시기 및 방법] 원천징수의무자가 이자소득 또는 배당소득을 지급할 때에는 그 지급금액에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 원천징수한다. 제131조[이자소득 또는 배당소득 원천징수시기에 대한 특례] ③ 제1항 및 제2항 외에 이자소득 또는 배당소득을 지급하는 때와 다른 때에 그 소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수하는 경우에 관하여는 대통령령으로 정한다. (7) 소득세법 시행령 제46조[배당소득의 수입시기] 배당소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다. 3의3. 법 제17조 제1항 제9호 및 제10호에 따른 배당 또는 분배금: 그 지급을 받은 날 제50조의2[동업기업으로부터의 소득의 수입시기] ① 조세특례제한법제100조의18 제1항에 따라 배분받은 소득은 해당 동업기업의 과세연도의 종료일을 수입시기로 한다.

조세특례제한법 제100조의22 제1항 에 따라 분배받은 자산의 시가 중 분배일의 지분가액을 초과하여 발생하는 소득은 분배일을 수입시기로 한다. 제191조[배당소득 원천징수시기에 관한 특례] 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 배당소득에 대해서는 다음 각 호에 따른 날에 그 소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

3. 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받는 소득으로서 해당 동업기업의 과세기간 종료 후 3개월이 되는 날까지 지급하지 아니한 소득: 해당 동업기업의 과세기간 종료 후 3개월이 되는 날

4. 그 밖의 배당소득: 제46조 각 호에 규정된 날

OOO세무서장이 2022.8.5. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세(원천징수분) OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)