장기보유특별공제 대상은 조합원입주권 양도차익 중 관리처분계획인가 이전 토지 및 건물분 양도차익에 한정되는 것으로 조합원입주권 전체의 양도차익으로 볼 수 없음
장기보유특별공제 대상은 조합원입주권 양도차익 중 관리처분계획인가 이전 토지 및 건물분 양도차익에 한정되는 것으로 조합원입주권 전체의 양도차익으로 볼 수 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 청구인은 관리처분계획인가와 무관하게 쟁점물건의 소유권을 조합에 제공하지 않았다. (가) 조합원입주권은 소득세법 시행령제166조 제1항에 따라 재건축조합의 조합원이 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 의미하는 바, 해당 규정의 문리해석 상 기존건물 등을 제공하지 않으면 동 규정의 적용을 받을 수 없는 것으로 보아야 한다. 부동산 소유권 이전은 등기에 의하지 않으면 이루어질 수 없으며 청구인은 2019.3.4. 조합에 쟁점물건을 신탁하였으나 2020.9.10. 이를 취소하였으므로, 양도 당시 관리처분계획인가 또는 신탁에 따라 쟁점물건이 조합에 제공되었다고 볼 수 없다. (나) 쟁점물건의 매매계약서에도 “아파트 매매계약서”, “부동산” 등용어가 사용되고 있어 조합원입주권이 아닌 주택을 매매하는 것을 전제로 계약이 체결된 것을 알 수 있다.
(2) 아울러, 조합원 분양은 양도일 이후인 2023년으로 예정되어 있어 양도일 당시 분양신청이 이루어지지 않았다는 점 등을 감안할 때 청구인이 입주자로 선정될 지위를 취득하였다고도 볼 수 없다.
(1) 소득세법제89조 제2항에 따르면 조합원입주권은 도시 및 주거환경정비법제72조에 따른 관리처분계획의 인가 등으로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말하는 것으로 관리처분계획인가일을 기준으로 기존 부동산에 대한 소유권이 새로 건설되는 주택에 입주할 수 있는 조합원입주권으로 변경된다고 보아야 한다.
(2) 쟁점물건은 조합원입주권에 해당하므로, 관리처분계획인가일 이후 발생한 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제를 적용할 수 없다.
(1) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. [표 2] 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 80 (2) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.
[양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제1호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도차익”이라 한다) + [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 – 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전양도차익”이라 한다)
2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액
④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.
1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.
(3) 도시 및 주거환경정비법 제74조【관리처분계획의 인가 등】① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장·군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경·중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장·군수등에게 신고하여야 한다.
3. 분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액(임대관리 위탁주택에 관한 내용을 포함한다)
5. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물 명세 및 사업시행계획인가 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행계획인가 전에 제81조 제3항에 따라 철거된 건축물은 시장·군수등에게 허가를 받은 날을 기준으로 한 가격) 제81조【건축물 등의 사용ㆍ수익의 중지 및 철거 등】① 종전의 토지 또는 건축물의 소유자ㆍ지상권자ㆍ전세권자ㆍ임차권자 등 권리자는 제78조 제4항에 따른 관리처분계획인가의 고시가 있은 때에는 제86조에 따른 이전고시가 있는 날까지 종전의 토지 또는 건축물을 사용하거나 수익할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 사업시행자의 동의를 받은 경우
2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 손실보상이 완료되지 아니한 경우
(1) OOO 고시 OOO “OOO 주택재건축정비사업 관리처분계획인가 고시” 등에 따르면 쟁점물건이 포함된 재건축사업의 관리처분계획인가일은 2018.10.5.인 것으로 나타나며, 세부 진행 경과는 아래 <그림>과 같다. <그림> 재건축사업 진행 경과 ◯◯◯
(2) 처분청이 OOO재건축정비사업조합(이하, “조합”이라 한다)으로부터 회신받은 문서 “도시 및 주거환경정비법제48조 제1항에 따른 조합원 통지서(아파트)”(2017.11.24.)에 따르면 사업시행인가의 고시가 있는 날 기준 쟁점물건의 평가액은 OOO원인 것으로 나타난다.
(3) 관리처분계획인가 전 청구인은 조합 에 분양신청을 하고, 조합으로부터 2017.11.4. 분양신청서 접수 확인증을 발부받은 것으로 나타나나, 2022.7.15. 조합이 발간한 재건축사업 소식지 중 개략적인 사업일정에 따르면 2023년 5월부터 6월까지 조합원분양신청(변경)이, 2023년 10월부터 11월까지 조합원 동호수 추첨이 진행될 예정인 것으로 나타난다.
(4) 이후 청구인은 조합 에 쟁점물건을 신탁하여 쟁점물건을 관리, 운용, 처분할 수 있도록 하고, 소유권 이전시 조합은 신탁계약을 해지하여 위탁자와 제3취득자간의 소유권이전에 차질이 없도록 협조하는 것 등을 주요 내용으로 하는 부동산 신탁계약(이하 “부동산 신탁계약”이라 한다)을 2019.3.4. 체결한 바, 부동산 신탁계약의 주요 내용은 아래와 같다. ◯◯◯
(5) 청구인과 aaa는 2020.6.17. 쟁점물건을 아래와 같이 2020.9.10. OOO원에 매매하는 것으로 계약하였으며, 매매계약서에는 “아파트”, “부동산” 등의 용어가 사용된 것으로 나타난다. ◯◯◯
(6) 이후 청구인은 아래 표 <표2>와 같이 2020.9.10. 조합과 체결한 부동산 신탁계약을 해지하고, 신탁재산의 귀속을 원인으로 소유권을 청구인으로 이전한 후 aaa에게 소유권을 이전한 것으로 나타난다. <표2> 쟁점물건의 등기부등본 상 소유권 이전 주요 내역 ◯◯◯ (7) 2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 소득세법제95조 제2항은 조합원입주권을 장기보유특별공제 적용대상에 추가하면서 조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가 전 주택분의 양도차익에 한정하여 장기보유특별공제를 적용하는 것으로 규정하고 있는 바, 동 개정사항에 관한 기획재정부 2012 간추린 개정세법의 주요 내용은 아래와 같다. ◯◯◯
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점물건을 재건축조합에 제공하지 않았으며 입주자로 선정된 지위를 취득하지도 않았다고 주장하나, 도시 및 주거환경정비법제81조 제1항에 따라 별도의 절차 없이도 토지소유자 등은 관리처분계획인가 이후 종전 토지 또는 건축물을 사용하거나 수익할 수 없게 되는 점, 소득세법 시행령제166조 제1항에서 관리처분계획인가전양도차익과 관리처분계획인가후양도차익을 구분하여 계산하도록 규정하고 있어 관리처분계획인가로 주택이 조합에 제공되고 조합원입주권을 취득함을 전제로 하고 있는 점, 도시 및 주거환경정비법제74조 제1항에 따르면 관리처분계획인가가 이루어지기 위해서는 조합원 분양신청이 전제되어야 하는바, 구체적인 동ㆍ호수가 확정되지는 않았다고 하더라도 분양신청이 이루어지지 않았다고 볼 수는 없는 점, 부동산 신탁계약 제5조에서 전체 조합원의 손실을 방지하기 위하여 신탁재산의 해지, 매매, 재신탁을 할 수 있도록 규정하고 있고, 쟁점물건의 신탁등기 말소, 매매, 재신탁이 동일한 날짜(2020.9.10.)에 이루어진 점 등을 고려할 때 이는 조합원의 재산권 행사 편의를 위한 것으로 보이는 점, 장기보유특별공제의 대상은 소득세법제95조 제2항 괄호 규정에 따라 조합원입주권의 양도차익 중 ‘관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정되는 것이지, 장기보유특별공제의 대상이 조합원입주권의 전체 양도차익으로까지 확대되는 것은 아니라고 할 것인 점(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52504 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 쟁점물건을 조합원입주권으로 보아 관리처분계획인가후양도차익에 대해 장기보유특별공제를 적용하지 않고 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.