소득법§95②은 1세대 1주택에 해당하는지에 따라 장기보유특별공제의 공제율을 본문과 단서에서 달리 정하고 있을 뿐, 그 양도차익의 범위에 대해서는 1세대 1주택인 경우와 그렇지 않은 경우를 따로 구분하고 있지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점조합원입주권의 관리처분계획인가 이후의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다고 봄이 타당한 것으로 판단됨
소득법§95②은 1세대 1주택에 해당하는지에 따라 장기보유특별공제의 공제율을 본문과 단서에서 달리 정하고 있을 뿐, 그 양도차익의 범위에 대해서는 1세대 1주택인 경우와 그렇지 않은 경우를 따로 구분하고 있지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점조합원입주권의 관리처분계획인가 이후의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다고 봄이 타당한 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 장기보유특별공제와 관련하여 관리처분계획 인가일 전 양도차익으로 한정되는 조합원입주권은 소득세법 시행령 제155조 제17항 의 요건을 충족하지 못해 소득세법 제94조 제1항 제2호 에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리로 분류되는 조합원입주권에 한한 것이고, 소득세법 시행령 제155조 제17항 의 요건을 충족하여 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 주택으로 의제되는 경우에는 소득세법 제94조 제1항 제1호 의 건물로 의제된 것이므로 쟁점조합원입주권의 장기보유특별공제 적용대상 양도차익은 관리처분계획 인가 전․후의 전체 양도차익으로 보아야 한다.
(2) 1세대 1주택에 해당하는 입주권의 경우 장기보유특별공제의 적용기간은 관리처분계획 인가일까지가 아니라 입주권의 양도일까지를 기준으로 해야 한다는 조세심판원의 결정례가 있고(국심 2006서8489, 2006.5.9.), 조합원입주권을 주택으로 보는 경우 양도하는 주택은 기존주택이 아니라 조합원입주권에 의해 새로 취득할 주택으로 봄이 합리적이므로 장기보유특별공제율 적용시 보유기간은 종전주택의 취득일로부터 조합원입주권 양도시까지 계산하는 것이 타당하다는 소득세법 집행기준도 있다(소득세법 집행기준 95-159의 2-7).
(3) 처분청에서 고가주택으로 의제하여 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하는 것이 적정하다고 결정처리하였음에도, 결정처리 후 3년이 지나서 OOO청장의 감사지적으로 인해 양도소득세를 부과한 경우 가산세 부과는 위법하므로 이를 감액하는 것이 타당하다.
(1) 청구인은 부동산이 아닌 조합원입주권을 양도한 것으로 부동산이 조합원입주권으로 전환되는 시점은 관리처분계획 인가일이며, 쟁점주택의 관리처분인가일은 2015.1.27.이다. 소득세법 제89조 제2항 에 따르면 조합원입주권이란 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말하는 것으로 기존 주택의 멸실 여부와 관계없이 관리처분계획인가일을 기준으로 부동산에서 권리(조합원입주권)로 전환되는 것이다(소득세법 집행기준 89-156의2-5).
(2) 쟁점조합원입주권은 조합원입주권에 해당하므로 관리처분계획 인가일 이후 발생한 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다. 소득세법 제95조 제2항 에 따르면 조합원입주권에 대하여 그 자산의 양도차익에 장기보유특별공제율을 적용하나, 관리처분계획 인가전 토지분 또는 건물분 양도차익으로 한정하고 있다. 따라서 청구인은 조합원입주권을 양도한 것으로 이 경우 전체 양도차익에서 기존 주택에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당하므로 조합원입주권 상태에서 발생한 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 배제한 처분은 정당하다. 소득세법 시행령 제155조 제17항 은 소득세법 제89조 의 비과세 양도소득세 관련된 내용으로 청구인이 주장하는 1세대 1주택 비과세에 해당하는 조합원입주권의 경우 장기보유특별공제의 적용기간을 입주권의 양도일까지를 기준으로 해야 한다는 심판원 결정(국심 206서8489, 2006.5.9.)은 조회되지 않는다.
(3) 청구인이 주장하는 과세관청의 결정은 양도소득세 신고기한 이후 2달 이내에 처리하는 양도소득세 신고ㆍ납부의 사유를 규명한 것으로 처분청의 결정이 아니고, 장기보유특별공제가 정당하다고 하는 처분청의 결정은 없었다. 또한 세법상 가산세는 납세자의 고의 또는 과실은 적용되지 아니하는 것으로 감사지적사항에 따라 양도소득세를 수정신고한 것은 가산세가 부과되지 않는 정당한 사유에 해당하지 않는다.
(1) 소득세법(2018.1.1. 법률 제15225호로 일부개정된 것) 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표1 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 4년 이상 5년 미만 100분의 12 5년 이상 6년 미만 100분의 15 6년 이상 7년 미만 100분의 18 7년 이상 8년 미만 100분의 21 8년 이상 9년 미만 100분의 24 9년 이상 10년 미만 100분의 27 10년 이상 100분의 30 표2 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 80
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 일부개정된 것) 제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 제155조【1세대 1주택의 특례】① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
⑰ 법 제89조 제1항 제4호 각 목 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우”란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우를 말한다. 제159조의3 【 장기보유특별공제 】 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. (3) 국세기본법 제47조 【가산세 부과】
① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. 제48조 【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(1) 청구인은 2001.12.27. 쟁점주택(OOO)을 취득하였고, 쟁점주택은 2015.1.27. 주택재건축을 위한 관리처분계획 인가를 받았으며, 이와 관련하여 청 구인은 쟁점조합원입주권(OOO의 입주권)을 취득하였다가, 2018.3.15. 쟁점조합원입주권을 OOO원에 양도하였는데, 이에 대한 양측의 다툼은 없다.
(2) 청구인이 한 2018년 귀속 양도소득세 신고 및 경정청구의 내용은 다음과 같다. (가) 청구인은 쟁점조합원입주권을 양도한 후, 1세대 1주택(고가주택) 비과세 및 장기보유특별공제를 적용하면서 관리처분계획 인가 전․후의 전체 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다가 OOO청장의 감사지적에 따라 관리처분계획 인가 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제액을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세를 수정신고하였다. (나) 이후 청구인은 1세대 1주택으로 의제되는 쟁점조합원입주권은 관리처분계획 인가 전ㆍ후 전체의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 계산하여야 한다며 2018년 귀속 양도소득세 OOO원에 대한 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 이를 거부하였다. <표> 양도소득세 신고 및 경정청구 내역 ㅇㅇㅇ
(3) 2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 소득세법 제95조 제2항 은 장기보유특별공제 적용대상을 조합원입주권까지 확대하였는데, 그 개정 내용 및 취지는 다음과 같다. <2013.1.1. 개정전·후의 소득세법 제95조 제2항 > 제95조 제2항 개정전 제95조 제2항 개정후
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 1세대 1주택으로 의제되는 쟁점조합원입주권의 장기보유특별공제는 관리처분계획 인가 전․후의 전체 양도차익에 대하여 적용하여야 한다고 주장하나, 2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 소득세법 제95조 제2항 에서 장기보유특별공제 적용대상을 조합원입주권까지 확대하면서 도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다고 명시하고 있고, 해당 규정은 신설 당시 조합원입주권에 대하여는 양도차익 중 재개발ㆍ재건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분계획인가 전으로 한정한 것으로 보이는 점, 소득세법 제95조 제2항 은 1세대 1주택에 해당하는지에 따라 장기보유특별공제의 공제율을 본문과 단서에서 달리 정하고 있을 뿐, 그 양도차익의 범위에 대해서는 1세대 1주택인 경우와 그렇지 않은 경우를 따로 구분하고 있지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점조합원입주권의 관리처분계획 인가 이후의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다고 봄이 타당한 것으로 판단된다(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52504 판결, 같은 뜻임). 또한 청구인은 가산세를 감면하여야 한다는 취지로도 주장하나, 법률의 부지는 가산세 감면의 사유에 해당하지 아니하고, 청구인이 관리처분계획 인가 전․후의 전체 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고․납부하였다가, OOO청장의 감사지적에 따라 관리처분계획 인가 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제액을 적용하여 수정신고를 하는 과정에서 가산세를 감면할 만한 처분청의 귀책사유가 있다고 볼 만한 사정이 없어 보이는 점 등에 비추어 가산세를 감면해야 한다는 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.