청구인이 조합원입주권을 양도한 것으로 보아 관리처분계획인가일부터 그 양도일까지의 기간에 대한 장특공제를 배제한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1988.6.27. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 매매를 원인으로 취득하였다.
• 나. 쟁점주택은 OOO아파트주택재건축정비사업(이하 “쟁점재건축사업”이라 한다) 대상지역에 포함되었고, 쟁점재건축사업이 2018.10.5. 도시 및 주거환경정비법(이하 “도시정비법”이라 한다) 제74조에 따른 관리처분계획인가를 받음에 따라, 신탁을 원인으로 하여 2019.3.4. OOO아파트주택재건축정비사업조합(이하 “쟁점조합”이라 한다)으로 소유권을 이전하는 신탁등기가 경료되었으나, 청구인은 2019.9.2. 쟁점주택을 양도가액 OOO원에 매매를 원인으로 AAA 외 1인(이하 “양수인들”이라 한다)에게 양도(이하 “쟁점양도”라 한다)하였고, 이에 따라 2019.9.3. 신탁등기를 말소하고 청구인에게 소유권을 이전하는 등기 및 쟁점주택을 양수인들에게 소유권을 이전하는 등기를 한 후, 다시 신탁을 원인으로 쟁점주택의 소유권을 쟁점조합에게 이전하는 신탁등기를 하였다.
• 다. 청구인은 쟁점양도 관련 양도가액 중 OOO원을 초과하는 부분에 대해 쟁점주택 취득 시(1988.6.27.)부터 쟁점양도일(2019.9.2.)까지 기간에 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득금액을 계산하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 라. 국세청장은 처분청에 대한 기획감사를 실시하여, 쟁점주택의 경우 쟁점재건축사업에 대한 관리처분계획인가일부터 소득세법제88조 제9호에 따른 “조합원입주권”으로 전환되었으므로, 쟁점양도에 따른 양도차익을 쟁점재건축사업에 대한 관리처분계획인가일 전ㆍ후로 나누어 관리처분계획인가일 이후 부분에 대해서는 장기보유특별공제를 적용하지 않고 양도소득금액을 계산해야 한다고 감사지적함에 따라, 처분청은 관리처분계획인가일(2018.10.5.) 이후부터 쟁점양도일(2019.9.2.)까지의 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제를 적용하지 않고 양도소득금액을 계산하여 2022.7.7. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2022.7.18. 이의신청을 거쳐 2022.10.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점조합에 쟁점주택을 제공하였으나, 신탁등기가 말소되어 다시 쟁점주택을 인계받아 재건축 후에 신축되는 주택에 대한 입주권을 취득하지 못한 상태에서 조합원입주권이 아닌 쟁점주택을 양도하였다.

(1) 쟁점재건축사업의 경우, 2023년 5월부터 조합원 분양신청을 시작하므로, 청구인이 쟁점양도를 한 2019.9.2. 당시 쟁점주택은 ‘조합원 입주권’이 아니었다.

(2) 쟁점주택의 신탁등기를 말소하고 이를 청구인에게 다시 소유권을 이전하는 등기를 함으로써 신탁등기 말소로 인하여 청구인에게 주어진 분양신청 자격이 상실되었고, 이에 따라 청구인은 조합원입주권을 취득한 사실이 없으며, 결과적으로 주택을 양도하였을 뿐 조합원입주권을 양도하지 않았다.

(3) 청구인은 신탁등기 말소에 따라 쟁점조합에 쟁점주택을 제공한 것이 취소되었으므로 쟁점주택을 쟁점조합에 제공한바가 없어 재건축 후 주택을 취득할 조합원입주권자로서의 지위에 있지 않고, 분양계약 전에 쟁점주택을 양도하여 재건축 후 신축될 주택을 분양받을 권리도 갖추지 못하였으므로, 조합원입주권을 취득하지 못한 상태에서 쟁점주택을 양도한 것이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 소득세법제89조 제2항은 도시정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 지위를 조합원입주권으로 규정하고 있으므로, 쟁점주택의 멸실 여부 등과 무관하게 주택이 조합원입주권으로 전환되는 시기는 관리처분계획인가일이다.

(2) 소득세법제95조 제2항 표 외의 본문에 따르면, 조합원입주권에 대한 양도소득금액을 계산할 때, 관리처분계획인가일 전에 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하도록 규정되어 있는바, 청구인이 쟁점양도로 양도한 것은 조합원입주권임이 명백하므로, 쟁점재건축사업의 관리처분계획인가일 이후 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지 않은 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점양도 당시 청구인이 조합원입주권을 양도한 것으로 보아 관리처분계획인가일 이후 기간에 대하여 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점주택의 취득․양도 및 쟁점재건축사업의 진행과 관련한 사항은 아래 <그림1>과 같다. <그림1> 쟁점주택 취득ㆍ양도 및 쟁점재건축사업의 진행상황 ㅇㅇㅇ

(2) 청구인의 양도소득세 신고 당시 및 처분청의 경정 당시 양도소득금액 계산의 주요내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 양도소득금액 계산내역 ㅇㅇㅇ

(3) 청구인 및 처분청이 제출한 자료에 따라 확인되는 사실관계는 다음과 같다. (가) 이의신청 결정서에 따르면, 처분청은 아래 <그림2>와 같이 쟁점조합으로부터 쟁점주택에 대한 “조합원통지서(아파트)”를 회신받은 것으로 나타난다. <그림2> 쟁점주택에 대한 쟁점조합의 조합원 통지서(아파트) ㅇㅇㅇ (나) 청구인은 2019.6.24. 양수인들과 쟁점주택을 양도하는 내용의 쟁점양도계약을 체결하였고, 쟁점양도계약의 특약사항은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ (다) 쟁점주택의 등기사항전부증명서 갑구(소유권에 관한 사항)는 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점주택 등기사항전무증명서의 갑구 내역 ㅇㅇㅇ (라) 청구인이 제출한 ‘조합원 자격 확인서’에 따르면, 쟁점조합이 청구인의 조합원 자격을 박탈하고, 쟁점주택의 양수인들에게 조합원 자격을 부여한 사실이 확인된다. <그림3> 조합원 자격 확인서 ㅇㅇㅇ (마) 청구인이 제출한 ‘소유권 이전 및 신탁계약 해지 약정서’는 다음과 같다. <그림4> 소유권 이전 및 신탁계약 해지 약정서 ㅇㅇㅇ

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인은 쟁점재건축사업과 관련한 분양신청 전인 2019.9.2. 쟁점양도를 하였고, 쟁점양도를 하면서 신탁등기를 말소하여 쟁점주택을 쟁점재건축사업에 제공하지 않았으며, 청구인이 양도한 것은 조합원입주권이 아닌 주택이므로 취득일부터 쟁점양도일까지 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장한다. (나) 소득세법제88조 제9호는 도시정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 조합원입주권으로 규정하고 있는바, 청구인은 관리처분계획의 인가일 이후에 쟁점양도를 하였고, 쟁점양도계약의 특약사항에는 “청구인은 1세대 1주택으로 10년 보유, 5년 거주로 조합원 지위양도가 가능함”이라고 기재되어 있으며, 조합원 자격 확인서에 따르면, 쟁점조합이 청구인의 조합원 자격을 박탈하고 그 양수인들에게 조합원 자격을 부여한 사실이 확인되는 등 청구인은 쟁점조합으로부터 조합원입주권을 획득하여 쟁점양도일 현재 그 지위를 유지하고 있었던 것으로 보인다. (다) 설사, 청구인이 쟁점양도를 하면서 쟁점주택에 대한 신탁등기를 말소하는 과정을 거쳤다 하더라도, 양수인들이 같은 날 쟁점주택의 소유권을 취득하고 신탁등기를 다시 경료하여 쟁점조합의 조합원지위를 취득하였으므로, 이러한 신탁등기의 말소는 청구인이 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 양도하기 위하여 거친 절차에 불과한 것으로 보이는바, 국세기본법제14조의 실질과세 원칙에 따라 청구인은 쟁점양도를 통해 조합원입주권을 양도한 것으로 보는 것이 타당하다. (라) 따라서, 소득세법제95조 제2항에서 조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익에 한정하여 장기보유특별공제를 적용하도록 하고 있으므로, 처분청이 쟁점재건축사업의 관리처분계획의 인가일 이후 기간에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지 않고 양도소득금액을 계산하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한

• 다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.

9. “조합원입주권”이란 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조 제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도 하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

• 가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것
• 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가 및빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 <표 1>에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. (3) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. 제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

• 가. [양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비]
• 나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일전후”는 “관리처분계획등 인가일 전후”로 본다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 제1항 제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

• 가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
• 나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간