관리처분계획인가일 이후에는 기존 주택이 신규주택을 취득할 수 있는 권리로 전환되므로 소득세법상 별도의 규정이 없는한 원칙적으로 이를 기존 주택과 동일한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청에서 청구인이 관리처분계획인가일 이후 주택이 아닌 조합원입주권으로 전환된 쟁점물건을 양도한 것으로 보아 장기보유특별공제가 적용되는 보유기간을 쟁점물건의 취득일부터 관리처분계획인가일인 18.10.5.까지로 하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(2) 처분청은 관리처분계획인가일 이후에는 획일적으로 기존 부동산이 조합원입주권으로 전환된다는 의견이나, 조합원입주권이란 재건축조합에 기존 부동산을 제공한 후 신탁등기가 경료되고 그로 인해 취득한 입주자로서 선정된 지위를 말하는 것이며, 기존 부동산을 제공하지 않아 입주자로 선정된 지위를 취득하지 못하였다면 조합원입주권으로 전환된 것으로 볼 수 없는 것인바, 청구인은 쟁점물건을 OOO 주택재건축정비사업의 사업시행자인 OOO(이하 “재건축조합”이라 한다)에 제공한 사실 없이 2019.6.7. 쟁점물건을 쟁점물건의 양수인에게 양도하여 그 소유권을 이전하였고, 쟁점물건의 양수인이 2019.7.26. 쟁점물건을 재건축조합에 소유권을 이전하고 신탁등기를 경료하였으므로, 쟁점물건의 양도는 조합원입주권의 양도가 아닌 주택의 양도로 보아야 한다.
(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구인은 1980.12.11. 쟁점물건을 매매로 취득하여 보유하다가 2019.3.30. AAA과 쟁점물건을 양도가액 OOO원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결하고 2019.6.7. 쟁점물건의 소유권을 이전하였다. (나) 쟁점물건의 등기사항전부증명서에 의하면 쟁점물건의 양수인인 AAA은 2019.7.26. 쟁점물건을 재건축조합에 제공하여 소유권을 이전한 후 신탁등기를 경료하였고, 2021.2.24. 멸실된 것으로 나타난다. (다) OOO구청장은 2018.10.11. OOO 주택재건축정비사업 관리처분계획인가 고시(OOO)를 하였고, 쟁점물건이 포함된 OOO 주택재건축정비사업의 관리처분계획인가일은 2018.10.5.로 확인된다. (라) 청구인은 쟁점물건이 양도 당시 주택에 해당하고 쟁점물건의 양도가 1세대 1주택 비과세 규정 적용대상인 것으로 보아 쟁점물건의 전체 보유기간에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 2018.10.5. OOO 주택재건축정비사업 관리처분계획 인가일에 쟁점물건이 조합원입주권으로 전환된 것으로 보아 쟁점물건의 양도차익을 관리처분인가 전․후로 구분하되, 장기보유특별공제는 관리처분인가 전의 양도차익에 대하여만 적용하여 이 건 처분을 하였다.
(2) 재건축조합의 조합원 대상 신규주택 분양신청의 경우 2023년 2분기 진행될 예정이고, 청구인의 경우 쟁점물건을 조합에 제공하거나 신규주택 분양신청을 한 사실이 없으므로 쟁점물건의 양도 당시 쟁점물건은 조합원입주권이 아닌 주택에 해당한다고 주장하면서 재건축조합 소식지 등을 제출하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 주택인 쟁점물건을 양도하였으므로 보유기간 전체에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세법제89조 제1항 제4호 및 제2항은 조합원입주권을 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위라고 규정하고 있고, 같은 법 제95조 제2항은 조합원입주권을 양도하는 경우 장기보유특별공제 적용은 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다고 규정하고 있는바, 청구인의 경우 OOO 주택재건축정비사업 관리처분계획 인가일(2018.10.5.) 이후인 2019.6.7. 쟁점물건을 양도하여 신탁등기 여부나 기존 주택의 멸실여부와는 관계없이 위 규정에 따라 주택이 아닌 조합원입주권을 양도한 것으로 보아야 하고 이에 따라 처분청은 관리처분계획인가 전 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제를 적용한 것으로 나타나는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바, 관리처분계획인가일 이후에는 기존 주택이 신규 주택을 취득할 수 있는 권리로 전환되므로 소득세법상 별도의 규정이 없는 한 원칙적으로 이를 기존 주택과 동일한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청에서 청구인이 관리처분계획인가일 이후 주택이 아닌 조합원입주권으로 전환된 쟁점물건을 양도한 것으로 보아 장기보유특별공제가 적용되는 보유기간을 쟁점물건의 취득일부터 관리처분계획인가일인 2018.10.5.까지로 하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표2 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 80 (2) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제155조(1세대1주택의 특례) ⑰ 법 제89조 제1항 제4호 각 목 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우”란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우를 말한다. 제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조에 따라 양도차익을 산정함에 있어 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.
[양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 다른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도차익”이라 한다) + 〔(기존건물과 그 부수토지의 평가액 – 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제9조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비〕(이하 이조에서 “관리처분계획인가전 양도차익”이라 한다)
2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액
③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. 기존건물과 그부수토지의 평가액 × 취득일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가 관리처분계획인가일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 및 제2항 제12호의 규정에 의한 기준시가
④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.
1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.
2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일전후”는 “관리처분계획등 인가일 전후”로 본다.
⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.
1. 제1항 제1호의 관리처분계획 등 인가 전 양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간
(3) 도시 및 주거환경정비법 제39조(조합원의 자격 등) ① 제25조에 따른 정비사업의 조합원(사업시행자가 신탁업자인 경우에는 위탁자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)은 토지등소유자(재건축사업의 경우에는 재건축사업에 동의한 자만 해당한다)로 하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 그 여러 명을 대표하는 1명을 조합원으로 본다. 다만, 국가균형발전 특별법 제18조 에 따른 공공기관지방이전 및 혁신도시 활성화를 위한 시책 등에 따라 이전하는 공공기관이 소유한 토지 또는 건축물을 양수한 경우 양수한 자(공유의 경우 대표자 1명을 말한다)를 조합원으로 본다. 제72조(분양공고 및 분양신청) ① 사업시행자는 제50조 제9항에 따른 사업시행계획인가의 고시가 있은 날(사업시행계획인가 이후 시공자를 선정한 경우에는 시공자와 계약을 체결한 날)부터 120일 이내에 다음 각 호의 사항을 토지등소유자에게 통지하고, 분양의 대상이 되는 대지 또는 건축물의 내역 등 대통령령으로 정하는 사항을 해당 지역에서 발간되는 일간신문에 공고하여야 한다. 다만, 토지등소유자 1인이 시행하는 재개발사업의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물의 명세 및 사업시행계획인가의 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행계획인가 전에 제81조 제3항에 따라 철거된 건축물은 시장ㆍ군수등에게 허가를 받은 날을 기준으로 한 가격)
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제74조(관리처분계획의 인가 등) ① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수등에게 신고하여야 한다.
3. 분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액(임대관리 위탁주택에 관한 내용을 포함한다)
4. 다음 각 목에 해당하는 보류지 등의 명세와 추산액 및 처분방법. 다만, 나목의 경우에는 제30조제1항에 따라 선정된 임대사업자의 성명 및 주소(법인인 경우에는 법인의 명칭 및 소재지와 대표자의 성명 및 주소)를 포함한다.
5. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물 명세 및 사업시행계획인가 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행계획인가 전에 제81조 제3항에 따라 철거된 건축물은 시장ㆍ군수등에게 허가를 받은 날을 기준으로 한 가격)
6. 정비사업비의 추산액(재건축사업의 경우에는 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금에 관한 사항을 포함한다) 및 그에 따른 조합원 분담규모 및 분담시기
7. 분양대상자의 종전 토지 또는 건축물에 관한 소유권 외의 권리명세
8. 세입자별 손실보상을 위한 권리명세 및 그 평가액
9. 그 밖에 정비사업과 관련한 권리 등에 관하여 대통령령으로 정하는 사항
결정 내용은 붙임과 같습니다.