[요지] 이 건 처분이 이루어진 경위를 살펴보면 AAA세무서가 청구법인의 거래처인 BBB에 대하여 세무조사를 한 결과, BBB이 부가가치세 2016년 제1기 및 제2기 과세기간 동안 청구법인과 실물 거래 없이 세금계산서를 수수하였다고 보아 이를 가공거래로 확정하여 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고 이에 처분청이 제2차 세무조사를 실시하게 되었으므로, 제2차 세무조사는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 기하여 이뤄진 것으로 적법하다고 볼 수 있음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 국세기본법 제81조의4 제2항은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 등을 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세 기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있다.
(2) 대법원은 최초 세무조사에서 특정항목에 대하여만 세무조사를 하였다 하더라도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 국세기본법이 금지하는 재조사에 해당한다고 판시하고 있다. (가) 대법원은 “세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다.”고 판시하였다(대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결). (나) 또한 대법원은 세무서가 부동산 임대사업과 관련한 부가가치세의 탈루 여부에 대하여 세무조사를 하여 임대수입을 일부 누락한 사실 등을 밝혀내고 그 세무조사 결과에 따라 부가가치세 증액경정처분을 하였음에도 OOO국세청장이 개인제세 전반에 관하여 특별세무조사를 한다는 명목으로 이미 부가가치세 경정조사가 이루어진 과세기간에 대하여 다시 임대수입의 누락 여부 등에 관하여 조사를 하는 것은 위법한 중복조사에 해당한다고 판시하였다(대법원 2006.6.2. 선고 2004두12070 판결).
(3) 제2차 세무조사는 제1차 세무조사와 세목(부가가치세) 및 과세기간(2016년 제1기 및 제2기)이 같으므로 국세기본법 제81조의4 제2항의 금지되는 재조사에 해당한다. 청구법인은 제1차 세무조사를 통하여 2017년 3월부터 약 3개월 동안 부가가치세 2009년 제1기〜2016년 제2기를 조사대상 기간으로 하여 거짓세금계산서 수취에 관한 세무조사를 받았다. 과세관청은 청구법인과 그 대표이사, 대표이사의 배우자인 bbb의 금융계좌를 철저히 조사한 이후 조사결과에 기초하여 청구법인 등에게 법인세, 부가가치세 및 소득세 등을 부과하였고, 청구법인 등은 부과된 모든 세금을 납부하였다. 즉 이미 동일한 과세기간과 동일한 세목에 관하여 세무조사가 2017년에 이루어졌으므로 위법한 중복세무조사에 기초한 이 건 처분은 위법하다.
(1) 청구법인은 제2차 세무조사가 중복세무조사에 해당한다며 OOO국세청 납세자보호담당관에게 권리보호요청을 하였으나, 납세자보호위원회는 제1차 세무조사의 당초 조사대상 기간인 2013〜2015년에는 청구법인과 AAA과의 거래가 없었고, AAA과의 거래는 2016년 최초 발생한바, 제1차 세무조사 당시 조사범위 확대된 범위(2016년 제1기 및 제2기 부가가치세)에 AAA과의 거래분이 포함되었다고 보기 어려우므로 제2차 세무조사는 중복조사에 해당하지 않는다고 의결하여 2022.2.14. 결과통보하였고, 처분청은 그 결과에 따라 세무조사를 하였다.
(2) 제2차 세무조사 착수 당시 처분청은 청구법인에게 “AAA과의 거래분에 대한 확인조사”를 명기하여 조사통지하였다.
(3) OOO세무서가 2020년 AAA의 2016년 제1기 및 제2기 부가가치세에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 AAA 대표 계좌에 매입대금을 입금하면 AAA 대표는 바로 청구법인의 실대표인 bbb에게 부가가치세를 제외한 금액을 입금하는 전형적인 자전거래를 하였다고 보아 이를 가공거래로 확정하여 처분청에 자료통보하였으므로 이는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당한다.
3. 심리 및 판단
(1) (제1차 세무조사) 2017.2.16. 작성된 OOO국세청장의 ‘조사 범위확대(유형전환)통지’ 공문에 따르면, 청구법인에 대한 세무조사 대상이 아래 ＜표1＞과 같이 ‘법인세, 2013.1.1.〜2015.12.31.’에서 ‘부가가치세, 2016.1.1.〜2016.12.31.’로 확대되었다. ＜표1＞ OOO국세청장의 2017.2.16.자 ‘조사 범위확대 통지’ 주요내용 ◯◯◯ (가) 청구법인이 제1차 세무조사시 작성한 확인서(2017년 2월경)에 따르면, 거짓세금계산서 수취 금액은 2016년 제1기 OOO원, 2016년 제2기 OOO원이 각 기재되어 있다. (나) OOO국세청장의 2017.3.8.자 ‘세무조사 결과 통지’ 공문에 따르면, 부가가치세 예상고지세액 중 2016년 제1기 OOO원, 2016년 제2기 OOO원이 각 기재되어 있는 것이 확인된다.
(2) (AAA에 대한 OOO세무서의 세무조사) OOO세무서의 AAA에 대한 세무조사와 관련하여 2020년 6월경 작성된 ‘보충조서’에 따르면, 아래 ＜표2＞와 같은 내용이 확인된다. OOO세무서는 AAA이 실물거래 없이 거짓세금계산서를 발급하였다고 보아 부가가치세를 부과하고, 관련 자료를 처분청에 통보하였다. ＜표2＞ OOO세무서의 AAA에 대한 세무조사 결과 주요내용 ◯◯◯
(3) (제2차 세무조사) 2022.1.9. 작성된 청구법인에 대한 처분청의 ‘세무조사 통지’ 공문에 따르면, 아래 ＜표3＞과 같이 조사사유에 ‘AAA과의 거래분에 대한 확인조사’라는 내용이 확인된다. ＜표3＞ 처분청의 2022.1.9.자 ‘세무조사 통지’ 공문 ◯◯◯
(4) (권리보호 심의요청 결과) 2022.2.11. 작성된 OOO국세청장의 ‘권리보호 심의요청에 대한 의결 결과 통보’ 공문에 따르면, 아래 ＜표4＞와 같은 내용이 확인된다. ＜표4＞ OOO국세청의 권리보호 심의요청에 대한 의결 결과 ◯◯◯
(5) (제2차 세무조사 결과) 처분청의 청구법인에 대한 ‘조세범칙조사 보충조서’에 따르면, 아래 ＜표5＞와 같은 내용이 확인된다. ＜표5＞ 처분청의 ‘조세범칙조사 보충조서’ 주요내용 ◯◯◯
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 제2차 세무조사가 제1차 세무조사와 세목(부가가치세) 및 과세기간(2016년 제1기 및 제2기)이 같으므로 국세기본법 제81조의4 제2항의 금지되는 재조사에 해당한다고 주장하나, 같은 항 제1호는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여도 재조사를 할 수 있다고 규정하고 있는바, 이 건 처분이 이루어진 경위를 살펴보면 OOO세무서가 청구법인의 거래처인 AAA에 대하여 세무조사를 한 결과, AAA이 부가가치세 2016년 제1기 및 제2기 과세기간 동안 청구법인과 실물 거래 없이 세금계산서를 수수하였다고 보아 이를 가공거래로 확정하여 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고 이에 처분청이 제2차 세무조사를 실시하게 되었으므로, 제2차 세무조사는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 기하여 이뤄진 것으로 적법하다고 볼 수 있다(대법원 2009.8.20. 선고 2009두8298 판결, 같은 뜻임). 따라서 처분청이 제2차 세무조사에 따라 청구법인에게 이 건 처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 국세기본법(2022.12.31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것) 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.
1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성·교부·제출, 지급명세서의 작성·제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우
2. 무자료거래, 위장·가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우
3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우
4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한) ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.
② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다. 제81조의11(통합조사의 원칙) ③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호의 사항에 대한 확인을 위하여 필요한 부분에 한정한 조사(이하 "부분조사"라 한다)를 실시할 수 있다.
1. 제45조의2 제3항, 소득세법 제156조의2 제5항 및 제156조의6 제5항, 법인세법 제98조의4 제5항 및 제98조의6 제5항에 따른 경정 등의 청구에 대한 처리 또는 제51조 제1항에 따른 국세환급금의 결정을 위하여 확인이 필요한 경우
2. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항 및 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 사실관계의 확인 등이 필요한 경우
3. 거래상대방에 대한 세무조사 중에 거래 일부의 확인이 필요한 경우
4. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우로서 해당 탈세 혐의에 대한 확인이 필요한 경우
5. 명의위장, 차명계좌의 이용을 통하여 세금을 탈루한 혐의에 대한 확인이 필요한 경우
6. 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 사업장, 특정 항목 또는 특정 거래에 대한 확인이 필요한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의18(납세자보호위원회) ② 제1항에 따라 세무서에 두는 납세자보호위원회(이하 "세무서 납세자보호위원회"라 한다) 및 지방국세청에 두는 납세자보호위원회(이하 "지방국세청 납세자보호위원회"라 한다)는 다음 각 호의 사항을 심의한다.
1. 세무조사의 대상이 되는 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만(부가가치세에 대한 세무조사의 경우 1과세기간 공급가액의 합계액이 50억원 미만)인 납세자(이하 이 조에서 "중소규모납세자"라 한다) 외의 납세자에 대한 세무조사(조세범 처벌절차법 제2조 제3호에 따른 "조세범칙조사"는 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 기간의 연장. 다만, 제81조의8 제1항 제6호에 따라 조사대상자가 해명 등을 위하여 연장을 신청한 경우는 제외한다.
2. 중소규모납세자 이외의 납세자에 대한 세무조사 범위의 확대
3. 제81조의8 제3항에 따른 세무조사 기간 연장 및 세무조사 범위 확대에 대한 중소규모납세자의 세무조사 일시중지 및 중지 요청
4. 위법·부당한 세무조사 및 세무조사 중 세무공무원의 위법·부당한 행위에 대한 납세자의 세무조사 일시중지 및 중지 요청
5. 제81조의10 제4항 단서에 따른 장부등의 일시 보관 기간 연장
6. 그 밖에 납세자의 권리보호를 위하여 납세자보호담당관이 심의가 필요하다고 인정하는 안건
(2) 국세기본법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32424호로 개정된 것) 제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우
2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우
3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우
4. 조세범 처벌절차법 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여 조세범 처벌절차법 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다. 제63조의10(세무조사 범위의 확대) 법 제81조의9 제1항에서 “구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우
2. 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우