조세심판원 심판청구 양도소득세

장기임대주택을 보유한 일시적 2주택자에 해당함에도 1세대 3주택자로 보아 청구인의 경정청구를 거부하였으므로 부당하다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2022-서-7876 선고일 2023.06.29

처분청이 쟁점주택 양도에 대하여 조정대상지역 내 3주택자의 양도로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2016.2.29. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 취득하고 2020.3.26. 이를 양도하면서 취득가액을 OOO원, 양도가액을 OOO원, 양도차익을 OOO원으로 하고 1세대 1주택 비과세 및 9억원 초과 양도차익에 대하여 기본세율 및 장기보유특별공제액 OOO 원을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 나. OOO서장은 2022.3.22. 청구인에게 쟁점주택 양도당시 1세대 3주택을 소유한 경우에 해당한다는 내용의 안내문을 발송하였고, 이에 청구인은 2022.5.26. 쟁점주택 양도당시 OOO(이하 “신규주택”이라 한다)와 OOO(이하 “임대주택”이라 한다)를 소유하고 있는 것으로 하여 중과세율(기본세율+20%p) 적용 및 장기보유특별공제를 배제하여 2022.5.26. 2020년 귀속 양도소득세를 수정신고하면서 OOO원을 추가 납부하였다.
  • 다. 청구인은 2022.5.27. 처분청에 쟁점주택 양도당시 1세대 1주택자로 일반세율 및 장기보유특별공제 적용대상이므로 수정신고·납부한 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2022.6.21. 이를 거부하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2022.9.14. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2016.2.28. 쟁점주택을 취득하고 2016.3.9. 쟁점주택에 전입하여 계속 거주하던 중 2019.11.29. 신규주택의 취득계약을, 2019.12.6. 쟁점주택의 매도계약을 체결한 후 2020.2.28. 신규주택을 취득하고, 2020.3.26. 쟁점주택을 매도하였다. 신규주택은 기존 임차인이 2020.8.30.까지 임대차계약이 되어 있어 청구인이 바로 전입하지 못하고 일단 쟁점주택 양도와 동시에 2020.9.30.까지 전세계약을 하여 계속 거주하다가 2020.8.20. 신규주택에 전입하여 현재까지 거주하고 있다.

(2) 대법원은 일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다고 봄이 상당하다고 판결(대법원 2014.2.27.선고 2010두27806 판결, 참조)한바 있고, 법원은 대체주택과 기존주택을 동시에 보유하고 있던 기간이 2개월 16일로서 기간이 그리 길지 않고 대체주택의 내부공사기간을 반영한 것으로 합리적인 범위 내에 있다고 판단한 사례에 대하여 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 있다고 판단(서울행정법원 2022.7.15. 선고 2021구합63938 판결)한바 있다. (3) 특별한 사정이 있는지에 대해서는 주택의 중복 보유기간, 그 기간 동안의 쟁점주택의 가격상승정도, 쟁점주택과 신규주택에서의 거주여부, 신규주택 취득 후 전입까지의 기간 등을 종합적으로 검토하여 판단하여야 하는바, 위 대법원 판결은 5채의 임대주택을 보유한 채 신규주택을 취득하고 113일이 지나 종전주택을 처분한 사안인데 반해 청구인은 1채의 임대주택을 보유하고 신규주택을 취득한 지 불과 27일만에 쟁점주택을 처분한 것으로 매도·매수가격이 확정되는 계약일로 볼 경우에는 단 7일에 불과하고, 청구인이 재직하고 있는 회사는 2018년 4월 OOO에서 OOO으로 이전하여 청구인은 출퇴근 편의를 위하여 신규주택을 취득한 것으로 청구인에게 투기목적이 있었다면 부동산 가격 상승국면에서 일시적 2주택 비과세 특례기간을 이용하여 쟁점주택을 더 보유하다가 양도하였을 것인데 실제 2021.8.21. 쟁점주택과 동일한 단지 내 동일한 면적의 아파트는 쟁점주 택의 양도가액보다 OOO원이나 더 높은 가액으로 매매되었으며, 신규주택의 임차인은 기 설정된 전세권을 2020.6.29. 해지하여 청구인은 2020.6.30.부터 2020.8.5.까지 총 37일 동안 대체주택의 내부공사를 한 후 2020.8.20. 전입신고를 완료하고 실제 주거를 이전하였는바 이는 사회통념상 인정되는 특별한 사정이 있다고 보아야 한다.

(4) 법원은 1세대 3주택 이상 중과세 규정을 둔 취지는 부동산 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고, 부동산 투기를 차단하여 주택가격의 안정과 주거생활의 안정을 위함이며, 장기임대주택에 대하여 1세대 3주택 중과대상에서 배제하고 1세대 1주택 특례를 인정한 취지는 임대주택의 공급을 활성화하여 서민·중산층의 주거안정을 지원하기 위한 것으로, 이러한 장기임대주택의 소유는 부동산 투기로 보기 어렵고 오히려 국민주거생활의 안정에 기여한다고 보기 때문이며, 일시적 2주택에 대하여 1세대 1주택 특례를 인정하는 취지는 대체주택의 취득목적이 부동산의 투기가 아닌 거주를 위한 것이므로 거주이전의 자유를 실질적으로 보장하려는 데에 있다고 판결(서울행정법원 2021.11.26. 선고 2020구단70819 판결, 참조)하였다. 청구인은 현실적으로 거주를 이전하기 위한 부동산 거래 중 일시적으로 거래상대방과의 일정문제 등으로 인해 불가피하게 신규주택을 먼저 취득하고 쟁점주택을 양도하게 되었고, 이러한 거래들이 무수히 많음에도 불구하고 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하는 경우 해당 처분은 납세자의 거주이전의 자유를 제한하는 부당한 처분에 해당한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 소득세법령상 1세대 1주택 비과세 규정과 다주택자에 대한 중과세 규정은 각각 그 입법취지가 달라 별개로 적용되어야 하고, 소득세법제104조 제7항 제3호에 따른 조정대상지역의 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대해서는 중과세율을 적용하면서 같은 법 제98조 제2항에서 장기보유특별공제를 배제하도록 하고 있으며, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위를 규정하고 있는 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제10호는 장기임대주택을 제외하고 1개의 일반주택만을 소유한 경우의 일반주택을 주택 수에서 제외하고 있는바 청구인은 쟁점주택 양도당시 조정대상지역에 임대주택 외 2주택을 보유하고 있었으므로 1세대 3주택인 경우에 해당한다.

(2) 조세법령은 엄격하게 해석하고 적용해야한다는 원칙에 따라 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간 등의 고려사항은 장기보유특별공제 및 중과세율 적용과는 별개로 판단되어야 하므로 이 건 거부처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 장기임대주택을 보유한 일시적 2주택자에 해당함에도 1세대 3주택자로 보아 청구인의 경정청구를 거부하였으므로 부당하다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 일부개정된 것] 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
  • 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

⑧ 그 밖에 양도소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

⑳ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 않는다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한 다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항 의 전환 규정을 준용한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조 제3항 ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조 제3항 에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

  • 가. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항 의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다) 제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조 제3항 ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조 제3항 에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 제167조의3 제1항 제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

8. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조 제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함한다)에 한정한다]

10. 1세대가 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우 그 해당 주택

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점주택 및 신규주택 매매계약서와 등기사항전부증명서에 의하면 청구인은 2016.2.29. 쟁점 주택을 취득하였고, 2019.12.6. 양수인 AAA 외 1명과 양도가액 OOO원에 쟁점주택 양도계약을 체결하면서 2020.3.30. 잔금 OOO원을 지급받기로 계약하고 2020.3.26. 소유권이전 등기를 경료하였으며, 같은 날 쟁점주택의 임차보증금으로 OOO원을 지급하기로 하고 쟁점주택의 양수인 AAA 외 1명과 2020.9.30.(7개월)까지의 전세 임대차계약을 체결하여 쟁점주택에 거주하였다. (나) 청구인은 2019.11.29. BBB 외 1명과 취득가액 OOO원에 신규주택 취득계약을 체결하면서 2020.2.28. 잔금 OOO원을 지급하기로 하였고, 그 중 OOO원은 현 임차인의 임차보증금을 공제(임대차 만료일 2020.8.30.)하고 실 잔금 OOO원을 매도인에게 지불하기로 하였으며, 2020.2.28. 소유권이전 등기를 경료하였다. (다) 쟁점주택 양도당시 청구인의 소유 주택 현황은 아래 <표1>과 같고, 3개 주택 모두 2017.8.3. 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정 대상지역으로 지정된 지역 내 위치하고 있다. <표1> 쟁점주택 양도 당시 청구인 소유 주택 현황 ㅇㅇㅇ (라) 청구인은 쟁점주택 양도시 1세대 1주택 비과세 및 9억원 초과 양도차익에 대하여 기본세율(38%) 및 장기보유특별공제(80%)를 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고, OOO서장은 청구인이 1세대 3주택을 소유한 경우에 해당하므로 중과세율 적용 및 장기보유특별공제 배제에 관한 안내문을 청구인에게 발송하였으며, 청구인은 1세대 3주택을 보유하고 조정대상지역 내 주택을 양도한 것으로 하여 2022.5.26. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원으로 수정신고 하였다가 2022.5.27. 처분청에 1세대 1주택자로 보아 수정 신고·납부한 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다. <표2> 2020년 귀속 양도소득세 신고 및 경정내역 ㅇㅇㅇ

(2) 청구인은 특별한 사정이 있었다는 점을 입증하기 위하여 아래와 같은 자료를 제출하였다. (가) 청구인의 주민등록 초본에 의하면 2016.3.9. 쟁점주택에 전입신고를 하였고, 2020.8.20. 신규주택에 전입신고한 사실이 나타나고, 투기목적 없이 출퇴근 편의를 위하여 신규주택을 취득하였다는 증빙으로 청구인 직장의 등기사항전부증명서를 제시하였으며, 등기사항전부증명서상 상호는 주식회사 AAA이며, 청구인은 위 법인의 사내이사로 등재되어 있고, 위 법인은 주소지를 OOO에서 2018.4.2. OOO로 이전한 것으로 나타난다. (나) 청구인은 신규주택의 내부공사를 하였다는 자료로 OOO 관리사무소에서 공지한 세대 내부공사 안내문 2부를 제출하였고, 안내문에 의하면 공사명은 주방가구, 도배, 페인트, 욕실, 마루, 조명으로 기재되어 있으며, 공사기간은 2020.6.30.부터 2020.7.31.(24일간), 2020.8.3.〜8.5.(3일간)으로 기재되어 있다. (다) 국토교통부 아파트실거래가 조회내역에 의하면, 쟁점주택이 소재한 아파트의 동일면적 2021년 5월부터 8월까지 OOO원(5층)부터 OOO원(17층)에 거래된 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 거주목적으로 쟁점주택과 신규주택을 취득하였고, 1세대 3주택자의 기간은 27일로 이는 일시적인 1세대 3주택자에 해당하므로 청구인의 특별한 사정을 인정하여 기납부한 양도소득세를 환급하는 것이 타당하다고 주장하나, 매매계약서상으로도 청구인은 신규주택 취득 이후 쟁점주택 양도일까지 기간이 27일로 쟁점주택 양도당시 1세대 3주택자에 해당하는 점, 위 3개의 주택은 모두 조정대상지역에 있는 주택이며, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택이 포함되어 있지 아니하고, 같은 항 본문에서 장기임대주택을 주택 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정도 없는 점, 해당 조문상 신규주택의 취득으로 일시적 2주택에 해당하게 되는 경우 실질적인 주택수를 감안하여 이를 1개의 주택으로 본다는 규정이 없어 장기임대주택과 일시적 2주택(양도대상인 쟁점주택과 대체주택)을 소유한 것을 두고 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 에 해당한다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택 양도에 대하여 조정대상지역 내 3주택자의 양도로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)