처분청에서 청구인이 쟁점주택 양도 당시 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 조정대상지역 내 주택을 양도한 경우로 보아 9억원 초과분 양도차익에 대해 일반세율에 20%를 가산한 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
처분청에서 청구인이 쟁점주택 양도 당시 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 조정대상지역 내 주택을 양도한 경우로 보아 9억원 초과분 양도차익에 대해 일반세율에 20%를 가산한 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 입법자가 물리적 다주택과 세법상 1주택의 특성을 동시에 갖고 있는 소득세법 시행령 제155조 의 “종전의 주택”이 1세대 1주택에 해당됨을 강조하여 제155조 본문과 제154조(1세대1주택의 범위) 제11항을 매개로 제154조의 1세대 1주택으로 보도록 명확히 설계하였으나, “종전의 주택”에 대해 고가주택인지 여부에 따라 주택수를 달리 본다는 명문규정은 없다.
(2) 쟁점주택은 소득세법 제89조 (비과세 양도소득) 제1항 제3호 나목, 같은 법 시행령 제155조, 제154조 제11항, 제154조 제1항, 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목을 순차적으로 적용받아 물리적 1세대 1주택 비과세 상태에서 양도된 것과 같은 세법상 지위를 취득한 것이 명백하므로 다주택 중과세율 조항이 적용될 여지가 전혀 없고, 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목에 해당하는 경우와 나목에 해당하는 경우의 양도소득세 계산방법을 따로 정하고 있지 아니하므로 동일한 방법으로 양도소득세를 계산하여야 한다.
(3) 청구인은 대체주택을 2018.3.27. 매수하고 쟁점주택(종전의 주택)을 2018.6.14. 양도하여 불과 79일간 중복 보유하게 되었으나, 이는 매매계약 체결 후 3개월 정도 지나 잔금을 치르는 통상적인 주택거래 현실에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우로 보아야 하므로 다주택자로 중과할 수 없다(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결 참조). 또한, 청구인은 쟁점주택을 이미 2017년 10월에 매물로 내놓았고 같은 해 11월 16일에 가계약금을 받았다가 파기되는 과정이 있었는바, 대체주택을 매수하는 계약을 하기 전부터 쟁점주택을 양도하고자 하였으나 여의치 않아 대체주택을 먼저 취득하게 되었고 만약 투기목적이 있었다면 일시적 2주택 보유기간 3년을 다 채워서 양도하여 더 많은 시세차익을 얻었을 것이다.
(1) 소득세법제89조 제1항 제3호에서 양도가액 9억원을 초과하는 고가주택에 대해 1세대 1주택 비과세를 배제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제160조 제1항에서 고가주택의 양도차익 및 장기보유특별공제의 계산에 관하여 별도의 산식을 규정하고 있는 점, 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 양도 시 중과세율을 적용하도록 규정하고 있는바, 쟁점주택은 양도 당시 조정대상지역에 있는 주택인 반면, 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 열거하는 주택에 해당되지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점주택의 비과세 양도차익(9억원) 초과분에 대하여 3주택 이상 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 한 당초 처분은 정당하다.
(2) 청구인이 들고 있는 대법원 판례의 1심 판결문(OOO행정법원 2010.6.9. 선고 2009구단16551 판결)을 보면, 해당 사건의 쟁점이 되는 주택의 양도가액은 OOO원으로 양도가액이 9억원에 미달하는 주택의 양도에 있어 1세대 1주택으로 보아 비과세를 적용한 사례로 확인되므로 양도가액이 9억원을 초과하는 쟁점주택의 양도차익 중 비과세가 적용되지 아니하는 9억원 초과부분에 대해 세율과 장기보유특별공제를 어떻게 적용할지를 다투는 이 건에 그대로 원용하는 것은 타당하지 아니하고, 청구인에게 주택거래 현실 등에 비추어 흔히 발생할 수 있는 구체적인 사유가 있었음은 확인할 수 없는바, 단지 중복보유기간이 상대적으로 짧다는 주관적인 이유만으로 판례에서 인정하는 “사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우”로 확장하여 해석하는 것은 엄격해석의 원칙에 위배된다.
(1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. (단서 생략)
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (2) 소득세법 시행령 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (단서 및 각 호 생략)
⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (단서 생략) 20 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (단서 생략)
1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것
2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. (단서 생략)
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액
② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다. 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조 제3항 ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조 제3항 에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). (단서 생략)
5. 조세특례제한법 제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지 및 제99조, 제99조의2 및 제99조의3까지에 따라 양도소득세가 감면되는 주택
10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)
(3) 조세특례제한법 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 주택법 제54조 에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
② 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
(1) 청구인이 제시한 쟁점주택 양도 당시 보유주택현황은 아래 <표2>와 같은바, 청구인 소유 임대주택의 경우 2017.3.16. 관할 세무서 및 지방자치단체에 임대사업자 등록을 한 후 2020.9.25.(지방자치단체에는 2020.9.16.) 폐업한 것으로 나타난다. <표2> 청구인의 보유주택현황 ㅇㅇㅇ
(2) 청구인이 배우자 소유 감면주택과 관련하여 제출한 주택분양계약서는 아래 <표3>과 같다. <표3> 감면주택 관련 분양계약서 ㅇㅇㅇ (3) 소득세법 시행령 제167조의3 등은 2021.2.17. 개정되었는데, 관련 개정세법의 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 개정세법 내용 ㅇㅇㅇ
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 물리적으로 4채의 주택을 보유하였지만 세법상 1주택 상태에서 쟁점주택을 양도한 것이므로 쟁점주택이 고가주택이라 하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용함은 부당하다고 주장하나, 소득세법 제89조 (비과세 양도소득) 제1항 제3호에서 고가주택의 경우는 비과세를 제외하고 있고, 제95조(양도소득금액) 제2항 괄호에서 제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 장기보유특별공제를 제외한다고 규정하고 있으며, 제104조(양도소득세의 세율) 제7항 제3호는 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우 중과세율을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제167조의3 제1항은 법 제104조 제7항 제3호에서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다고 규정하고 있으며, 소득세법 시행령 제167조의3 에 따라 1세대가 3주택 이상을 소유하였는지 여부를 판단할 때에는 같은 조 제1항 제1호에 해당하는 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 주택으로서 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택 양도 당시 3억 원을 초과하지 아니하는 주택)만을 주택 수 산정에서 제외하여야 하는바(서울행정법원 2021.11.3. 선고 2020구단70420 판결 참조), 쟁점주택은 양도 당시 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 조정대상지역에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 소득세법 제95조 제2항 괄호 및 같은 법 제104조 제7항 제3호 등에는 해당하는 하나, 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 점, 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호 외의 본문 및 이외의 조항에서 대체주택과 임대주택 등 같은 법 시행령 제155조에 따른 1세대 1주택의 특례를 적용받는 주택 등을 중과세율 대상 주택 수의 계산에서 배제하도록 명시한 규정이 없는 점 등에 비추어 처분청에서 청구인이 쟁점주택 양도 당시 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 조정대상지역 내 주택을 양도한 경우로 보아 9억원 초과분 양도차익에 대해 일반세율에 20%를 가산한 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.