종합부동산세 계산시 공제할 재산세액을 종합부동산세 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO을 영위하는 법인으로 2016년 과세기준일 당시 보유 중인 과세대상물건(종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지)에 대하여 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제5조의3 제1항․제2항(이하 “쟁점시행령 조항”이라 한다)에서 규정하는 산식에 따라 ‘종합부동산세액에서 공제하는 과세표준 금액에 대한 재산세로 부과된 세액’을 계산하여 2016년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 신고․납부하였다가, 이후 2021.12.8. 쟁점시행령 조항이 종합부동산세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 한 상위 법률인 종합부동산세법(2015.8.28. 법률 제13499호로 개정된 것) 제14조 제3항 및 제6항(이하 “쟁점법률 조항”이라 한다)에 위배된다고 주장하며 기 납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 2022.1.27. 쟁점시행령 조항에 따른 산식이 적법하다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.4.20. 이의신청을 거쳐 2022.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점시행령 조항에 따른 종합부동산세 계산산식은 공제할 재산세액을 대법원(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)이 이미 위법하다고 판단한 종전 종합부동산세법 시행규칙에 따른 산식과 같이 [(감면후 공시가격 – 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]의 산식으로 계산하도록 하여 공제할 재산세액을 축소하고 있는바, 이로 인해 중복하여 과세되는 부분이 발생하게 되어 이중과세에 해당하고, 쟁점시행령 조항은 모법인 쟁점법률 조항의 취지에 반하는 조항으로서 그에 따른 이 건 처분 또한 위법하다.
• 나. 처분청 의견 종합부동산세법 제14조 제7항 에 따르면 ‘종합부동산세 과세표준 금액에 대해 재산세로 부과되는 세액공제에 대해 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있어 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택 등의 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 함으로써 공제되는 재산세액의 계산방법을 시행령에 위임하도록 규정하고 있고, ① 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 공제한다고만 하였지, ‘전부’ 공제하여야 한다고 규정하지 않은 점, ② 대통령령으로 위임한 ‘재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항’에는 그 공제의 범위도 포함되어 있다고 해석하는 것이 합목적적 해석에 부합하고, 포괄위임입법 금지원칙에 반한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면 ‘공제의 구체적 범위’까지도 대통령령에 위임하였다고 보는 것이 타당한바, 종합부동산세 과세표준에 대하여만 안분비율에 따라 이중부과된 재산세 부분을 조정하는 쟁점시행령 조항은 이중과세로 인한 문제를 해결할 수 있는 방법 중 입법자가 선택할 수 있는 합리적인 조정 모형을 규정한 것으로서 입법재량의 한계를 일탈하였다거나 조세법률주의에 반하여 헌법에 위배된다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 종합부동산세 계산시 공제할 재산세액을 종합부동산세 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2016년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2016.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세대상물건(종합합산과세대상 토지 36필지 및 별도합산과세대상 토지 655필지)에 대하여 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 쟁점시행령 조항에 따라 계산하여 2016.12.5. 2016년 귀속 종합부동산세를 신고․납부하였다가 이후 2018.12.28. 지방세법제115조 제2항에 따른 재산세 토지분 세액 변경으로 기 신고․납부한 2016년 귀속 종합부동산세 OOO원을 환급해달라는 취지의 경정청구를 제기한 결과 2016년 귀속 종합부동산세 OOO원을 환급받았고, 2021.12.8. 쟁점시행령 조항이 상위 법률인 쟁점법률 조항에 위배되어 무효이므로 ‘공제할 재산세액’을 재계산하여야 한다고 주장하면서 기납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세의 환급을 구하는 이 건 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 2022.1.27. 쟁점 시행령 조항이 위임입법의 취지를 벗어난 위법한 조항이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다. <표1> 2016년 귀속 종합소득세 신고 내역 (단위: 원) OOO <표2> 이 건 경정청구 내역 (단위: 원) OOO

(2) 기획재정부 발간 ‘2015 간추린 개정세법’에 따르면, 기획재정부는 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 종합부동산세 시행령제4조의2 및 제5조의3에 의한 계산식을 다음과 같이 개정하였다. 종전 개정

□ 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세 공제액 산식 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 전체 재산세 표준세액

□ 공제액 산식 명확화 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × {(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율] × 재산세 표준세율 전체 재산세 표준세액 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2016년 귀속 종합부동산세 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 재산세 공정시장가액비율만을 적용하여 산정하여야 한다고 주장하나, 종합부동산세법상 재산세액 공제규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인바, 종합부동산세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 지방세법에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 2015.11.30. 종합부동산세법 시행령개정으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 쟁점시행령 조항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점, 쟁점시행령 조항은 쟁점법률 조항의 위임에 따라 구체적인 공제금액을 산출하기 위한 계산식을 규정한 것으로서 위임입법의 범위를 벗어난 것으로 보기 어려운 점, 대법원이 쟁점시행령 조항이 위법·무효라는 판결을 확정한 사실이 없는 점, 법률의 헌법 위반 여부는 헌법재판소에서 심리․판단하여야 할 영역인 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 종합부동산세법(2015.8.28. 법률 제13499호로 개정된 것) 제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것) 제5조의3(토지분 종합부동산에의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 5억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 지방세법 시행령제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 지방세법제111조 제1항 제1호 가목에 따른 표준세율 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 < 개정전 > 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제1항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 × 지방세법 시행령제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 지방세법제111조 제1항 제1호 나목에 따른 표준세율 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 < 개정전 > 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

(3) 지방세법 제107조(납세의무자) ① 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 자를 납세의무자로 본다.

3. 신탁법에 따라 수탁자 명의로 등기ㆍ등록된 신탁재산의 경우: 위탁자별로 구분된 재산에 대해서는 그 수탁자. 이 경우 위탁자별로 구분된 재산에 대한 납세의무자는 각각 다른 납세의무자로 본다. 제110조(과세표준) ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장 가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다. (4) 지방세법 시행령 제109조(공정시장가액비율) 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

2. 주택: 시가표준액의 100분의 60