쟁점수정세금계산서를 수수한 행위에 대하여 가산세를 부과한 처분의 당부

• 가. 청구법인은 ‘A’이라는 상호로 2012.11.30. 기술사업 관련 서비스업을 개시하여 영위하면서 소프트웨어 개발과 관련하여 2020년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 아래와 같이 세금계산서를 수수하였고, 2022.4.13. 현재의 상호로 변경하였다. (1) 청구법인은 주식회사 D(이하 “D”라 한다)에게 공급가액 OOO원, 주식회사 C(구 주식회사 E, 이하 “E”라 한다)에게 공급가액 OOO원의 각 세금계산서(공급가액 합계 OOO원의 세금계산서를 이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발급하였다. (2) 청구법인은 A 주식회사(이하 “A”라 한다) 및 유한회사 B(이하 “B”이라 하고, A와 합하여 이하 “쟁점발전소”라 한다)로부터 각 공급가액 OOO원 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고 쟁점매출세금계산서와 합하여 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였다. <표1> 청구법인의 쟁점세금계산서 수수 내역 (단위: 원) 거래처 거래구분 공급가액 비고 A 매입 OOO 쟁점매입세금계산서 B 매입 OOO E 매출 OOO 쟁점매출세금계산서 D 매출 OOO
• 나. 처분청은 2021.4.2.∼2021.11.26. 청구법인에 대해 거래질서 관련 조사를 실시하였고, 조사기간 중 청구법인은 쟁점세금계산서에 대한 수정세금계산서(공급가액 합계 △OOO원, 이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 수수하였으며, 처분청은 조사 결과, 쟁점세금계산서 및 쟁점수정세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 2021.12.3. 청구법인에게 2020년 제2기 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.3.3. 이의신청을 거쳐 2022.8.23. 심판청구를 제기하였다.

1. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (3) 쟁점세금계산서는 가공세금계산서에 해당하지 아니한다. (가) 쟁점세금계산서와 관련된 거래내용은 아래와 같다. 1) E는 청구법인, 주식회사 F(이하 “F”라 한다)와 함께 AI 기술에 기반하여 발전효율을 제고시키는 EMS(Energy Management System) 솔루션 개발을 기획하였는바, 청구법인 및 E의 대표자 A이 쟁점발전소를 매수하고 청구법인과 F가 쟁점발전소로부터 발전데이터를 구매하여 이를 가공한 다음 E에게 공급하면 E가 EMS 솔루션을 완성하여 다른 태양광발전소에 공급하기로 하였고, 2020년 12월경 20여개의 태양광발전소에 연간 OOO원을 20년간 지급받기로 하는 내용의 사전계약을 체결하였다. ㅇㅇㅇ 2) 청구법인 등은 2020년 12월경 각 계약을 체결하고 ｢부가가치세법｣(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제3항에 따라 적법한 선세금계산서를 수수하였다. 청구법인은 2020.12.1. 쟁점발전소와 에너지관리 기술 개발 및 구축사업 용역계약을 각각 체결하고 쟁점발전소로부터 향후 20년간 태양광 에너지관리 기술 개발을 위한 데이터를 각 제공받고 그 대가로 OOO원을 세금계산서 수취 후 30일 이내에 전액 지급하기로 각각 약정하였다. 이후 쟁점발전소는 2020년 12월경 인버터 및 모듈에 EMS 솔루션 개발에 적합한 데이터 수집기능을 추가하여 데이터 수집을 준비하고 2020.12.31. 계약의 내용에 따라 매출세금계산서를 선발급하였다. 청구법인은 A에게 2021.2.16. OOO원, 2021.2.18. OOO원 합계 OOO원을, B에게 2021.2.15. OOO원, 2021.2.16. OOO원 합계 OOO원을 각각 지급하였다. 3) 위와 같이 청구법인은 쟁점발전소가 태양광발전소를 A에게 매도하는 것을 전제로 태양광 관련 분야 전문가인 A의 관리하에 데이터를 공급받을 계획을 하였다. 그러나 이후 쟁점발전소의 매매대금 인상으로 인해 A의 쟁점발전소 매입이 지연되고 있는 중에 2021.3.3. 쟁점발전소에 세무조사가 실시되었고, 곧바로 청구법인, E, F 모두 강도 높은 세무조사를 받아 다른 사업의 계약마저 무산되거나 보류되고 대금지급마저 지연되는 등의 문제가 생겨 결국 EMS 솔루션 개발 관련 계약을 해제하거나 중지하였다. A이 쟁점발전소를 관리하지 않으면 쟁점발전소의 역량만으로는 청구법인이 원하는 데이터를 제공받을 수 없었기에 청구법인과 쟁점발전소는 발전소 매매계약이 무산되고 관계마저 틀어져 부득이하게 데이터 공급계약을 합의해제하고 수정신고를 한 것이다. (가) 쟁점매입세금계산서는 가공세금계산서가 아니다. 4) 판례는 실제 일부라도 재화 또는 용역의 공급이 있었던 경우는 ｢조세범 처벌법｣ 제10조 에서 말하는 ‘부가가치세법의 규정에 의한 재화 또는 용역을 공급함이 없이 세금계산서를 교부하거나 교부받은 자’에 해당하지 않아 본 죄로 처벌할 수 없다고 판시하였다(대법원 2009.10.29. 선고 OOO 판결). 같은 취지에서 판례는 “재화나 용역을 공급하기로 하는 계약을 체결하는 등 실물거래가 있음에도 세금계산서 교부시기에 관한 ｢부가가치세법｣ 등 관계 법령의 규정에 위반하여 세금계산서를 교부받은 자로 하여금 현실적인 재화나 용역의 공급 없이 부가가치세를 환급받게 하는 경우까지 본 죄로 처벌하려는 것은 아니므로, 생산설비 납품계약을 체결하고 계약금의 일부를 지급받은 상태에서 계약금 전액을 공급가액으로 하여 세금계산서를 발급ㆍ교부한 행위는 본 죄를 구성하지 않는다고 본다.”고 판시하였다(대법원 2004.6.25. 선고 OOO 판결). 따라서 판례의 입장에 따라 쟁점발전소는 위 계약의 내용에 따라 용역제공의 일환으로 데이터 수집기능을 추가하여 데이터 공급을 준비하였고, 청구법인은 대금지급을 하였으므로 쟁점매입세금계산서를 가공세금계산서로 볼 수 없는 것이다. 또한 청구법인은 쟁점발전소로부터 얻은 데이터로 AI기반 EMS 솔루션 프로그램을 개발하고 20개 이상의 발전소에 판매하여 상당한 이익(연간 약 OOO원)을 얻을 수 있었으므로 사업성이 있었으며 데이터의 가치 또한 충분히 입증 가능하다. 청구법인과 쟁점발전소는 ｢부가가치세법｣ 제17조 제3항 에 따라 적법한 선세금계산서를 수수하고 계약의 내용에 따라 성실히 각 의무를 이행하고 있었다. 5) 실제 원하는 데이터를 제공하지 못하였더라도 이를 제공하기 위하여 발전소에 데이터 수집장치를 추가한 것은 용역제공의 일환이다. 데이터를 실제 공급하기 위하여 데이터 수집장치를 추가하였는데 어떻게 이것을 가공계약에 의한 가공세금계산서라고 할 수 있는지 의문이다. 또한, 처분청은 조사 당시 청구법인이 추가적인 소명자료를 제출하지 못하였다고 하나, 당시 청구법인은 세무전문가의 조력을 받지 못한 상태였고 추가 자료를 제출하지 않았다고 하여 당사자 간의 거래자료가 허위자료가 되는 것은 아니다. (나) 쟁점매출세금계산서는 가공세금계산서가 아니다. 6) 청구법인은 2020.12.1. E와 공급가액 OOO원의 쟁점발전소 개발 및 구축사업 계약, 공급가액 OOO원의 차세대 EMS 솔루션 개발 사업 계약을 각각 체결하였다. 이후 청구법인은 2021년 1월경 쟁점발전소의 발전 효율 최적화를 위한 인공지능 기반 기술을 적용해 필요한 발전에 관련한 모든 데이터 수집/분석 기술 개발을 하고 수집된 모든 데이터의 소유권 이전 및 이에 관련한 기술을 개발하여 E에게 ‘쟁점발전소 데이터 수집/분석 개발 보고서’를 제출한 후 2021.2.15. OOO원, 2021.2.16. OOO원을 각각 지급받았다. 차세대 EMS 솔루션 개발 사업 계약 또한 총 대금 OOO원, 선금으로 계약 후 30일 이내 사업비의 40%(OOO원), 중도금(55%)은 진도율 보고 확인 후 진도율에 따라 수시로, 잔금(5%)은 검수 후, 기술료로 OOO원을 계약 후 30일 이내 각 지급받기로 각 약정하고, 청구법인은 2020.12.30. E로부터 선금 OOO원, 기술료 OOO원을 각각 지급받았다. 7) 청구법인은 2020.12.10. D와 태양광 발전 최적화 솔루션(EMS) 개발에 대하여 용역수행기간 2020.12.1.∼2021.4.30., 용역대금 OOO원의 용역계약을 체결한 후 30일 이내(1차 프로그램 시연 종료 후) 총액 OOO원 중 계약금 OOO원, 솔루션이 완성되어 프로그램을 제공할 때 잔금을 각각 지급받기로 약정하였다. 이후 계약의 내용에 따라 청구법인은 2020.12.30. D에게 중간점검 발표를 하면서 1차 프로그램을 시연한 후 2021.2.16. OOO원을 지급받았다. 8) 이후 위에서 언급한 바와 같이, A과 쟁점발전소의 양수도계약이 틀어져 이를 전제로 한 각종 계약 또한 합의해제된 것으로 이를 가공거래로 볼 수는 없다. 9) 한편, 처분청은 청구법인이 쟁점매출세금계산서 발급 전 E에 발급한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서에 대하여는 청구법인 고유의 기술력 제공에 대한 대가로 보아 정상거래로 인정하였는바, 청구법인은 EMS 기술용역, 태양광발전기술용역을 계속적·반복적으로 하는 법인이고, 결코 가공세금계산서를 발급하는 법인이 아니다. (4) 가공세금계산서를 발급·수취한 후 이를 취소하는 의미에서 수정세금계산서를 발급·수취한 경우 (-)수정세금계산서를 발급·수취한 행위는 가산세의 대상이 되지 않는다. 판례는 “ ｢조세범 처벌법｣ 제10조 제3항 의 문언과 체계, 입법 취지 등을 종합하면, 재화나 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 가공의 세금계산서를 발급ㆍ수취한 후 이를 취소하는 의미에서 같은 공급가액에 음의 표시를 하여 작성한 수정세금계산서를 발급ㆍ수취한 경우, 뒤의 공급가액이 음수인 수정세금계산서를 발급ㆍ수취한 행위는 새로이 재화나 용역을 공급하거나 공급받은 것을 내용으로 하는 가공의 세금계산서를 발급ㆍ수취하기 위한 것이 아니라 앞선 실물거래 없이 가공의 세금계산서를 발급ㆍ수취한 행위를 바로잡기 위한 방편에 불과하므로, ｢조세범 처벌법｣ 제10조 제3항 제1호 에서 정한 죄에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다”고 판시한 바 있다(대법원 2020.10.15. 선고 OOO 판결). 즉, 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 본다고 하더라도 그 뒤의 수정세금계산서는 이를 바로잡기 위한 방편이므로 이를 가산세 대상으로 삼을 순 없는 것이다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점세금계산서는 가공세금계산서이다. (가) 쟁점매입세금계산서는 실물 거래 없이 수취한 세금계산서이다. 청구법인은 계약의 내용에 따라 데이터 공급을 준비하였고, 대금을 지급하였으므로 쟁점매입세금계산서를 가공세금계산서로 볼 수 없고, 청구법인의 대표자인 A이 쟁점발전소를 매입하는 것을 전제로 쟁점매입세금계산서를 수취하였으나, 매입계약이 합의해제되어 데이터 공급이 이루어지지 않아 부득이하게 데이터 공급계약을 합의해제하고 수정신고를 한 것이라고 주장하나, 처분청은 최초 조사에 착수하여 청구법인을 방문하였을 당시 계약 첨부문서인 발전소 운영 제공데이터 건당 금액을 산정한 내역에 대하여 A이 객관적인 계산근거를 제시하지 않고 본인이 건당 대가를 산정하였다고 진술하여 제공받은 매입 데이터에 관한 실체가 존재하지 않는 것으로 보았다. 청구법인은 데이터 공급 준비만 하였다 하였고, A과 쟁점 발전소 간의 양수도계약이 합의해제되어 청구법인이 원하는 데이터를 제공받을 수 없었다고 주장하고 있는바, 이는 처분청이 당초 계약의 실물거래는 없는 것으로 본 것이 타당하다는 반증이라고 할 수 있다. 청구법인의 대표자 A은 조사 진행 중 추가 소명자료를 요청받았을 때, 최초 현지확인 및 조사 착수 초기 제출한 계약서와 대금증빙 외에는 더 이상 자료가 없다며 제출하지 않았고, 청구법인이 제출한 쟁점발전소와 A 간의 양수도계약서는 조사 당시에는 제출되지 않았다. 설령, 청구주장처럼 쟁점발전소와 A 간에 발전소 양수도계약서가 존재하였고, 둘 간의 분쟁이 쟁점발전소와 청구법인 간의 데이터 제공에 대한 계약해제의 원인이 되어 쟁점발전소에서 수정세금계산서를 발급하였다고 하여도, 이는 조사 착수 이후 발급한 수정세금계산서로 당초 수취한 세금계산서의 하자가 치유되지는 않는다. 더하여 청구법인에서는 계약의 해제 계약서도 제출하지 않았고, 대금을 돌려받은 증빙을 제출하지도 않았다. (나) 쟁점매출세금계산서는 가공세금계산서이다. 1) 청구법인은 정상적으로 용역제공 계약을 체결하고, 계약의 내용에 따라 대금을 지급받은 이후, 쟁점발전소와 A 간에 발전소양수도계약이 합의해제되어 정상적으로 수정세금계산서를 발급하였다고 주장하나, 처분청은 ① 청구법인에서 제공한 발전소 효율 최적화 솔루션(EMS) 개발과 관련된 객관적으로 증명할 근거자료인 계약서 제4조 사업의 내용과 관련된 자료가 제출되지 않은 점, ② A이 조사 진행 중 매입처인 쟁점발전소에 대한 조사결과가 가공거래로 확정되자 쟁점발전소가 세금계산서를 수정발급하고 7월 말까지 수정신고할 예정이라고 진술한 점, ③ 쟁점매출세금계산서는 쟁점매입세금계산서와 밀접하게 연관되어 있는 점 등을 종합적으로 고려하여 쟁점매출세금계산서를 가공세금계산서로 보았다. 청구법인의 대표자 A은 계약서와 대금증빙 외에는 더 이상 자료가 없다며 제출하지 않았고, D에게 중간점검발표를 한 자료, E와의 용역업무 표준계약서(2020.12.1. 변경계약서) 및 E에게 제출하였다는 쟁점발전소 데이터 수집/분석 개발 보고서는 이의신청 시 처음 제출된 자료이다. 청구법인이 제출한 쟁점발전소와 A 간의 발전소 양수도계약서 또한 조사 당시에는 제출되지 않았다. (2) 청구법인이 발급한 쟁점수정세금계산서는 당초 실물거래 없이 발급한 가공세금계산서에 대한 취소 건으로 세무조사 진행 중에 수수되어 가산세 적용 대상이다. 납세자가 스스로 세금계산서를 바로잡기 위하여 수정세금계산서를 발급하였을 경우는 가산세를 면제할 수 있으나, 조사 진행 중에 가산세를 감면받기 위한 목적으로 수정세금계산서를 발급한 행위의 경우까지 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는 것은 아니다. 그러므로 처분청의 당초 가산세 부과처분은 잘못이 없다.

① 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

② 쟁점수정세금계산서를 수수한 행위에 대하여 가산세를 부과한 처분의 당부

• 가. 관련 법령: <별지> 기재
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 국세청 전산자료에 의해 확인되는 내용은 아래와 같다. 1) 청구법인 및 쟁점세금계산서와 관련된 거래처의 사업자등록내역(2020년 제2기 당시)은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인 등의 사업자등록내역 상호 소재지 대표자 업종/업태 사업자 등록일 청구법인 서울특별시 동작구 A 서비스/기술사업 2012.12.7. A 대전광역시 중구 B 건설업/태양광발전시설 2016.11.14. B 서울특별시 동작구 C 전기업/태양광발전업 2018.4.6. E 서울특별시 동작구 A, D 서비스/기술사업 2020.4.7. D 경기도 안양시 E 건설업/전기공사업 2015.12.17. 2) 청구법인의 주요 사업자등록 변경이력은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인의 주요 사업자등록 변경이력 구분 내용 이력 발생일 변경 처리일 주식회사 G 2012.12.7. ㈜H 2013.2.19. 2013.2.19. ㈜I 2015.3.25. 2015.3.30. 상호 A 2015.11.13. 2015.11.16. 주식회사 E 2017.4.21. 2017.4.21. A 2020.4.8. 2020.4.10. J 주식회사 2022.4.13. 2022.4.13. A 2012.12.7. D 2014.1.7. 2014.1.7. 대표자 A 2014.11.6. 2014.11.6. D 2018.12.14. 2018.12.14. A 2018.12.28. 2018.12.28. F 2022.2.8. 2022.2.8. 서비스/소프트웨어 개발 및 공급업 2013.2.19. 서비스/전기 설계 및 감리업 2017.12.19. 2017.12.19. 주업종 서비스/기술사업 2017.12.21. 2017.12.21. 서비스/소프트웨어 개발 및 공급업 2021.10.5. 2021.10.6. (나) 청구법인의 2020년 제2기 부가가치세 수정신고 및 처분청의 경정 내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 2020년 제2기 부가가치세 수정신고 및 처분청 경정 내역 ㅇㅇㅇ (다) 처분청은 2021.4.2.∼2021.11.26. 청구법인의 2019년 제1기 및 제2기, 2020년 제2기 부가가치세 과세기간을 대상으로 거래 질서 관련 조사를 실시하던 중, 2021.6.10. 조세범칙조사로 전환하여 범칙조사를 실시하였고, 2021.12.3. 청구법인의 대표이사 A을 실행위자로, 청구법인을 양벌규정 적용 대상으로 하여 ｢조세범 처벌법｣ 등 위반으로 통 고처분을 하였으며, A은 통고처분금액을 납부한 것으로 나타난다. (라) 대전세무서장은 A에 대한 조사에서 아래 <표5>의 금융거래 흐름을 확인한 것으로 나타난다. (단위: 천원) 거래일 금융흐름 출금액 입금액 2021.2.8.∼ 2021.2.9. E → F → A → K → E OOO OOO 2021.2.9.∼ 2021.2.10. E → F → B → ㈜L → E OOO OOO 2021.2.10.∼ 2021.2.15. E → F → A → ㈜L → E OOO OOO 2021.2.15.∼ 2021.2.16. E → F → B → ㈜L → E OOO OOO 2021.2.15.∼ 2021.2.16. E → 청구법인 → A → ㈜L → E OOO OOO 합계 OOO OOO <표5> 금융거래내역 (마) 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련하여 제출한 계약서 내역은 아래 <표6>과 같다. <표6> 쟁점세금계산서 관련 계약서 목록 구분 계약서류 작성일자 계약자 (공급자, 받는 자) 계약대금 (공급가액) 비고

① 사전구매 의향서 (인공지능기반 스마트발전소 운영 솔루션) 2020.9.16. ∼11.20. ‧E ‧M 발전소 외 19 OOO ‧총 20건 ‧조사 당시 미제출

② 용역업무 표준계약서 (A 관리 기술 개발 및 구축사업) 2020.12.1. ‧A ‧청구법인 OOO ‧쟁점매입 세금계산서 용역업무 표준계약서 (B 에너지관리 기술 개발 및 구축사업) 2020.12.1. ‧B ‧청구법인 OOO

③ 용역업무 표준계약서 (A 개발 및 구축사업) 2020.12.1. ‧청구법인 ‧E OOO ‧쟁점매출 세금계산서 용역업무 표준계약서 (B 개발 및 구축사업) 2020.12.1. ‧청구법인 ‧E OOO 4 용역업무 표준계약서 (차세대 EMS 솔루션 개발사업 및 태양광‧수소발전용역) 2020.12.1. ‧청구법인 ‧E OOO ‧쟁점매출 세금계산서 ‧조사 당시 미제출 5 용역업무 표준계약서 (태양광 발전 최적화 솔루션 개발 용역) 2020.12.10. ‧청구법인 ‧D OOO ‧쟁점매출 세금계산서 6 A 양도/양수 계약서 2020.12.10. ‧B, G ‧A OOO ‧계약해제 주장 B 양도/양수 계약서 2020.12.10. ‧C, C수 ‧A OOO ‧조사 당시 미제출 7 A 에너지관리 기술 개발 및 구축사업 계약 연장에 관한 합의서 2021.1.29. ‧A ‧청구법인 ‧②계약의 연장 B 에너지관리 기술 개발 및 구축사업 계약 연장에 관한 합의서 2021.1.29. ‧B ‧청구법인 ‧조사 당시 미제출 8 A 에너지관리 기술 개발 및 구축사업 중지에 따른 합의서 2021.6.9. ‧태양광 ‧청구법인 ‧②계약의 연장 B 에너지관리 기술 개발 및 구축사업 중지에 따른 합의서 2021.6.9. ‧B ‧청구법인 ‧조사 당시 미제출 (단위: 백만원) (바) 쟁점매입세금계산서 수수 내역과 관련하여 처분청이 확인한 대금수수 내역은 아래 <표7>과 같다. <표7> 쟁점매입세금계산서 관련 대금수수 내역 ㅇㅇㅇ (사) 쟁점매출세금계산서 수수 내역과 관련하여 처분청이 확인한 대금수수 내역은 아래 <표8>과 같다. <표8> 쟁점매출세금계산서 관련 대금수수 내역 ㅇㅇㅇ (아) 청구법인과 A 사이에 체결된 용역계약서(<표6>의 ②)의 주요내용은 아래와 같다. 용역업무 표준계약서

○ 계약자: “갑” 청구법인 “을” A

○ 계약명: SUN태양광발전소 에너지관리 기술 개발 및 구축사업

○ 용역수행기간: 2020.12.1. ∼ 2021.1.31.

○ 계약금액: OOO원(VAT 별도)

○ 대금지급: 현금 (생략) 2020년 12월 1일 “갑” 청구법인 “을” A 용역업무 일반조건 제3조(대급지급) 세금계산서 발급 후 30일 이내 전액(OOO원-VAT별도) 현금 지급한다. 제4조(사업의 내용)

1. 발전소 효율 최적화 시 수집된 모든 데이터의 소유권 이전 및 이에 관련한 기술 개발 (자) 처분청은 2021.4.2.∼2021.11.26. 청구법인에 대해 거래질서 관련 조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 과세처분을 하였는바, 그 주요 조사내용은 아래와 같다.

□ 쟁점매입세금계산서 관련 ㅇ 최초 계약 첨부문서인 발전소 운영 데이터 명세에는 제공데이터 건당 금액을 산정한 내역에 대하여 A은 객관적인 계산근거를 제시하지 않고 본인이 건당 대가를 산정하였다고 진술하였으며, 이에 조사팀은 청구법인에서 제공받은 매입 데이터에 관한 실체가 존재하지 않은 것으로 판단하였고, ㅇ 청구법인의 대표자 A은 조사 진행중 매입처인 쟁점발전소의 조사결과가 가공거래로 확정되자 의도적인 가공매입은 절대 아니고 사업의 전체적인 진행과정에서 일어난 일로 수정세금계산서를 수취하였다고 진술하면서 가공매입을 인정하였음 ㅇ 금융조사 결과 조사대상 과세기간 내(2020.7.1.～12.31.) 청구법인 및 A 명의의 계좌에서 매입처로의 금융내역은 전혀 없음 ㅇ 제출된 입금확인증에는 용역대가의 지급이 계약서 용역수행기간 2020.12.1.～2021.1.31.(2개월) 이후인 2021.2.16.자로 확인되는바, 이는 가공매입을 정상거래로 보이기 위하여 금융증빙을 맞추기 위한 것으로 판단됨(이하 생략)

□ 쟁점매출세금계산서 관련 ㅇ 청구법인에서 제공한 발전소 효율 최적화 솔루션(EMS) 개발과 관련하여 객관적으로 증명할 근거자료인 계약서 제4조 사업의 내용(수요예측 알고리즘 성능 개선, EMS성능개선, 연료전지 기반 수소발전 지원기능, UI/UX 개선)과 관련된 자료를 제출하지 못하고 있으며, ㅇ 청구법인의 대표자 A은 조사 진행중 매입처 쟁점발전소에 대한 조사결과가 가공거래로 확정되자 세금계산서를 수정발급하고 7월말까지 수정신고할 예정이라고 진술하였고, 종결일 현재 부가가치세 수정신고(2021.7.22.) 사실이 확인되나, 수정신고 세액은 무납부 상태임 ㅇ 금융조사 결과 조사대상 과세기간 내(2020.7.1.～12.31.) E에서 청구법인으로 입금된 금액은 OOO원이고, A 명의의 계좌로 입금된 금액은 22건 OOO원이 확인되나 제출된 입출금내역으로 보아 쟁점매출세금계산서와는 무관한 것으로 판단됨 ㅇ 금융조사 결과 조사대상 과세기간 내(2020.7.1.～12.31.) D에서 청구법인으로 입금된 금액은 전혀 없음 (차) 청주세무서장의 B에 대한 재조사 종결보고서 중 청구법인과 관련된 주요내용은 아래와 같다. B은 매입처 ㈜L에 중도금 OOO원은 사용 전 검사 완료 후 2020.12.31. 이내에, 잔금 OOO원은 준공 완료 후 2주 이내에 지급하기로 정해져 있는데, 거래대금이 매출처인 청구법인으로부터 대금이 입금되고 나서야 매입금액을 지급하는 일반적인 거래에 반하는 금융거래형태를 보이고 있고, B은 청구법인과 분쟁이 생겨 계약을 합의해제하였다고 주장하나 합의해제하였다면 청구법인으로부터 입금된 금원을 반환해야 함에도 반환 내역은 확인되지 않음 (카) 처분청이 제출한 쟁점세금계산서 관련 거래구조는 아래와 같다. (그림 삽입을 위한 여백) ㅇㅇㅇ (타) 위 거래와 관련하여 거래처들의 사실과 다른 세금계산서 수수에 따른 과세 관련 불복진행 경과내역은 아래와 같다. 3) B의 거래는OOO 우리 원의 재조사결정(OOO)에 따른 재조사 결과 일부 정상거래가 인정되었고, 재차 제기된 심판청구는OOO기각결정(OOO) 되었다. 4) E의 심판청구는 2024.3.14. 기각결정(OOO) 되었다. 5) 주식회사 L(구 주식회사 K)의 심판청구는 2024.3.19. 기각결정(OOO) 되었다. (1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로 과세관청으로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이나, 과세관청이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 처분의 위법성을 다투는 납세의무자가 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증을 할 필요가 있다(대법원 1997.9.26. 선고 OOO 판결, 같은 뜻임). (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다고 주장하나, 쟁점발전소는 데이터 개발 및 구축용역 판매가액을 F와 청구법인으로부터 수령하였고, F와 청구법인은 E와 D에 다시 데이터 개발 및 구축 용역 명목으로 이를 재판매하여 관련 용역 대금을 수령하였으며, F 및 청구법인이 매입대금을 지급하면 쟁점발전소가 이를 시공사인 L로 지급하고, L는 다시 E에게 대금을 지급하는 등 일종의 순환거래구조의 형태를 보이는 점, 해당 거래의 실체를 확인할 수 있는 객관적이고 구체적인 증빙이 부족해 보이고, 조사과정에서 청구법인과 동일한 거래구조를 보이는 F의 대표자는 용역의 제공이 없었다고 진술한 바 있으며, 청구법인의 대표자인 A은 가공세금계산서 발급을 이유로 부과된 통고처분금액을 납부한 점, 청구법인은 쟁점발전소에 대한 매매계약의 분쟁으로 인하여 부득이하게 계약을 합의 해제하여 쟁점수정세금계산서를 발급‧수취하였다고 주장하나 관련 용역대금의 반환은 확인되지 아니하고, 처분청이 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 후 착오에 의한 이중발급 등을 이유로 쟁점세금계산서상 의 공급가액 전액에 대하여 수정세금계산서를 발급‧수취한 점 등 에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(OOO, 2023.8.7., OOO, 2024.3.14. 참조). (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점수정세금계산서도 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 그에 따른 가산세 부과처분이 적법하다는 의견이나, 재화나 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 가공의 세금계산서를 발급‧수취한 후 이를 취소하는 의미에서 같은 공급가액에 음의 표시를 하여 작성한 수정세금계산서를 발급‧수취한 경우, 뒤의 공급가액이 음수인 수정세금계산서를 발급‧수취한 행위는 새로이 재화나 용역을 공급하거나 공급받은 것을 내용으로 하는 가공의 세금계산서를 발급․수취하기 위한 것이 아니라 앞선 실물거래 없이 가공의 세금계산서를 발급‧수취한 행위를 바로잡기 위한 방편에 불과한 것으로(대법원 2020.10.15. 선고 OOO 판결, 같은 뜻임), 수정세금계산서는 당초의 세금계산서와 상관관계를 갖는 하나의 거래에 해당한다고 볼 수 있고, 당초 거짓으로 발행하였던 세금계산서를 취소하기 위하여 수정세금계산서를 발급‧수취하였음에도 수정세금계산서 역시 거짓세금계산서로 보아 가산세를 부과한다면, 잘못을 수정하려 한 납세자에게 더 큰 불이익을 지우게 되는 점(OOO, 2021.8.23. 같은 뜻임), 수정세금계산서의 발급에 대한 제재와 관계없이 당초의 거짓 세금계산서의 수수를 이유로 제재함으로써 거짓 세금계산서를 발급‧수취한 행위를 바로잡을 수 있는 점 등에 비추어 쟁점수정세금계산서에 대하여 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(OOO, 2024.3.14. 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것) 제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제17조(재화 및 용역의 공급시기의 특례) ② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

③ 제2항에도 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일이 지난 후 대가를 받더라도 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

1. 거래 당사자 간의 계약서·약정서 등에 대금 청구시기(세금계산서 발급일을 말한다)와 지급시기를 따로 적고, 대금 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내인 경우

2. 세금계산서 발급일이 속하는 과세기간(공급받는 자가 제59조 제2항에 따라 조기환급을 받은 경우에는 세금계산서 발급일부터 30일 이내)에 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하고 세금계산서에 적힌 대금을 지급받은 것이 확인되는 경우 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트 (1) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것) 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

• 가. 세무조사의 통지를 받은 경우
• 나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우
• 다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우
• 라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급