쟁점주식은 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2020.12.31. 현재 주식회사 AAA(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 OOO주를 보유하고 있었고, 해당 주식이 2021.5.17. 액면분할, 2021.8.10. 유가증권시장에 상장된 후, 2021.8.12.부터 2021.11.19.까지 쟁점법인 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원에 양도하였다.
• 나. 청구인은 2022.2.28. 쟁점주식 양도에 대한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였고, 2022.3.10. 청구인이 소득세법 시행령제157조 제4항에서 정하는 대주주 요건을 충족하지 않았다는 이유로 위 양도소득세를 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 2022.5.12. 청구인이 소득세법상 주권상장법인의 대주주 요건을 충족하였다고 보아 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2022.8.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주식의 시가는 2019년말을 기준으로 OOO 미만이므로 청구인은 소득세법 시행령제157조에서 정하는 대주주에 해당되지 않는다. (1) 소득세법 시행령제157조 제4항 제2호는 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 OOO원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 규정하고 있다.

(2) 쟁점주식은 양도일 직전사업연도인 2020년말 현재 비상장주식 상태였으므로, 소득세법 시행령제157조 제7항에 따라 같은 령 제154조 제4항에 따른 기준시가를 적용하여야 하는데, 기준시가 계산시 순자산가액 계산의 기준이 되는 연도는 평가기준일(2020.12.31.)의 직전사업연도말 장부가액에 의해 계산하여야 하므로 쟁점주식의 양도에 대해서는 2019.12.31. 기준 재무제표를 기준으로 계산하는 것이 타당하다.

(3) 처분청은 2020년말을 기준으로 쟁점주식의 시가가 OOO원을 초과한다는 의견이나, 이는 양도차익의 산정에 한하여 적용되는 것이고, 대주주 판정시점은 직전사업연도말 기준이므로 2020년말 현재의 기준시가를 산정하기 위해서는 2019년말 기준 재무제표를 사용하여 아래 <표1>과 같이 계산하여야 하며, 쟁점주식은 OOO원에 미달한다. <표1> 2019년말 기준 쟁점주식 시가총액 ㅇㅇㅇ

• 나. 처분청 의견 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일(2020년말) 현재 시가는 OOO 이상이므로 청구인은 소득세법 시행령제157조에서 정하는 대주주에 해당된다. (1) 소득세법 시행령제157조 제7항 제2호에 따르면 양도일 직전사업연도 종료일 현재 비상장주식의 시가총액은 같은 령 제165조 제4항에 따른 평가액으로 계산하도록 규정하고 있고, 같은 항 제3호 다목은 양도일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 결손금이 있는 법인의 주식의 경우 같은 항 제1호 나목(순자산가치)의 산식에 따라 평가하도록 하고 있다.

(2) 쟁점법인은 양도일 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 결손금이 있는 법인에 해당하므로 쟁점주식의 시가총액은 양도일 직전사업연도 종료일(2020.12.31.) 기준 순자산가치로 평가하는 것이 타당하고, 순자산가치로 평가한 쟁점주식의 시가총액은 OOO원으로 OOO원 이상에 해당된다. <표2> 2020년말 기준 쟁점주식 시가총액 ㅇㅇㅇ

(3) 청구인은 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소득세법 시행령제157조 제4항 제2호 다목의 시가총액 요건을 판단하기 위해서는 같은 법 시행령 제165조 제4항에 따른 기준시가 계산시 양도일 직전사업연도 종료일의 직전사업연도 말인 2019년말 현재 재무제표를 기준으로 시가총액을 평가하여야 한다고 주장하나, 관련 법령상 순자산가치 평가방법은 “양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액 ÷ 발행주식총수”라고 규정되어 있다.

(4) 청구인의 주장대로 양도일 현재 대주주 해당 여부 판단시 지분율 요건은 양도일이 속하는 직전사업연도 종료일(2020.12.31.) 기준으로 판단하고, 시가총액 요건은 양도일이 속하는 직전사업연도의 직전사업연도(2019.12.31.) 기준으로 판단하게 되면, 하나의 양도 거래에 대한 대주주 요건을 기준일을 상이하게 적용하게 되어 법적 안정성을 해치고 예측가능성을 저해하는 결과를 초래하게 된다.

• 가. 쟁점 쟁점주식은 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(법률 제17757호, 2020.12.29., 일부개정) 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

• 가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

1. 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등 (2) 소득세법 시행령(대통령령 제31442호, 2021.2.17., 일부개정) 제157조【주권상장법인대주주의 범위 등】④ 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장 및 제225조의2에서 “주권상장법인대주주”라 한다)를 말한다.

1. 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(주식등의 양도일이 속하는 사업연도에 새로 설립된 법인의 경우에는 해당 법인의 설립등기일로 한다. 이하 이 조 및 제167조의8에서 같다) 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 소유주식의 비율이 100분의 1 이상이 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

• 가. 주주 1인 및 그와 법인세법 시행령제43조 제8항 제1호에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "주주 1인등"이라 한다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자 1) 국세기본법 시행령제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 2) 국세기본법 시행령제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자
• 나. 주주 1인등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1. 직계존비속 2) 국세기본법 시행령제1조의2 제1항 제3호에 해당하는 자 3) 국세기본법 시행령제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

• 다. 2020년 4월 1일부터 2022년 12월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우: 10억원

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정에 따른 시가총액을 계산할 때 시가는 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 주권상장법인의 주식등의 경우에는 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 따른다.

2. 제1호 외의 주식등의 경우에는 제165조 제4항에 따른 평가액 제165조【토지ㆍ건물외의 자산의 기준시가 산정】④ 법 제99조 제1항 제4호 후단에 따른 평가기준시기 및 평가액은 다음 각 호에 정하는 바에 따른다.

1. 1주당 가액의 평가는 가목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순손익가치"라 한다)과 나목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순자산가치"라 한다)을 각각 3과 2의 비율(법 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인의 경우에는 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다)로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액보다 적은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 평가액으로 한다.

• 나. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액(토지의 경우는 법 제99조 제1항 제1호 가목에 따른 기준시가) ÷ 발행주식총수

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 경우에는 제1호 각 목 외의 부분에 불구하고 제1호 나목의 산식에 따라 평가한 가액으로 한다.

• 다. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 결손금(법인세법상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액을 말한다)이 있는 법인의 주식등

4. 제1호 나목을 적용하는 경우 “발행주식총수”는 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재의 발행주식총수에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점주식의 양도에 대하여 양도소득세를 신고하였으나, 2019년말 기준 쟁점주식의 시가총액이 OOO원에 미달하여 소득세법 시행령제157조 제4항 제2호의 대주주 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 아래 <표3>과 같이 경정청구를 하였다. <표3> 양도소득세 신고 및 경정청구 내역 ㅇㅇㅇ

(2) 청구인은 쟁점주식의 양도일 직전 사업연도말 현재 쟁점법인의 발행주식총수 OOO주 중 OOO주를 소유하여 지분율이 0.087%이므로, 소득세법 시행령제157조 제4항 제1호의 지분율 요건(1% 기준)을 충족하지 않았으며, 이에 대해서는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 소득세법제94조 제1항 제3호 가목은 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식을 양도소득세 과세대상으로 규정하였고, 같은 법 시행령 제157조 제4항 제2호에서 “주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 OOO원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주”는 주권상장법인의 대주주로 규정하고 있다. 또한, 소득세법 시행령제157조 제7항 제2호는 대주주 해당 여부의 판단기준이 되는 시가총액을 계산함에 있어 비상장주식의 시가는 같은 령 제165조 제4항에 따른 평가액을 적용하도록 하였고, 해당 규정에 따르면, 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 결손금이 있는 법인의 주식등에 대해서는 순자산가치(양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액 ÷ 발행주식총수)로 평가하도록 규정하고 있다. (나) 이 건의 경우, 쟁점주식의 양도일(2021.8.12.〜2021.11.19.)이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일(2020.12.31.) 현재를 기준으로 소득세법 시행령제165조 제4항 제1호 나목에 따른 순자산가치를 평가하기 위해서는 2020.12.31. 현재 쟁점법인의 장부가액을 발행주식총수로 나누어 산정하여야 할 것이고, 이와 같은 방법으로 산정한 쟁점주식의 시가총액은 OOO원으로서 OOO원 이상이므로, 청구인은 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 쟁점법인의 대주주에 해당된다 하겠다. (다) 따라서 처분청이 청구인을 소득세법 시행령제157조 제4항에서 정하는 대주주 요건을 충족한 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.