청구인이 법정 경정청구기간(법정신고기한으로부터 5년) 내인 22.3.25. 이 건 경정청구를 제기하여 22.5.2. 처분청으로부터 경정청구 각하(거부)처분을 받아 심판청구기간(90일) 내인 22.7.29. 이 건 심판청구를 제기한 점 등에 비추어 이 건 심판청구는 적법한 것으로 판단됨
청구인이 법정 경정청구기간(법정신고기한으로부터 5년) 내인 22.3.25. 이 건 경정청구를 제기하여 22.5.2. 처분청으로부터 경정청구 각하(거부)처분을 받아 심판청구기간(90일) 내인 22.7.29. 이 건 심판청구를 제기한 점 등에 비추어 이 건 심판청구는 적법한 것으로 판단됨
OOO서장이 2022.5.2. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세의 경정청구 거부(각하)처분은 이를 취소한다.
(1) 처분청이 청구인의 경정청구에 대해 기간경과를 사유로 각하한 처분은 이를 취소하여야 한다. (가) 청구인은 당초 다가구주택인 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세대상인 고가주택의 양도로 OOO서장에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 청구인은 쟁점주택의 양도가 1세대1주택의 양도가 아닌조세특례제한법제97조 제1항의 규정에 의한 양도소득세 감면대상 주택으로서 쟁점주택의 전체 8개호 중 5개호에 대해서는 10년 이상 임대주택으로, 나머지 3개호인 쟁점호수에 대해서는 5년 이상 임대주택으로 하여 과세표준과 세액을 수정하여 신고하면서 나머지 세액을 추가로 납부하였으며, 이에 OOO서장은 청구인이 수정하여 신고납부한 과세표준과 세액을 인정하여 양도소득세 조사결과를 통보하였다. (나) 그 후, 청구인은 쟁점호수도 임대기간이 10년 이상에 해당하여 양도소득세 100% 감면대상에 해당하므로 양도소득세를 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 처분청은국세기본법제45조의2 제1항 단서의 “결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다”는 규정을 들어 청구인의 2019년 귀속 양도소득세를 OOO서장이 경정한 때로부터 90일을 경과하여 경정청구를 하였다는 사유로 경정청구를 각하하는 결정을 하였다. (다) 그러나, 청구인은 OOO서장이 세무조사결과를 통지하기 전에 2019년 귀속 양도소득세를 수정신고·납부하였고, OOO서장은 청구인이 수정신고·납부한 내용과 동일하게 세무조사결과를 통지함으로써 청구인이 수정하여 신고·납부한 내용을 확정하였다는 내용을 통지한 것이므로 OOO서장의 세무조사결과 통지에 의해 청구인의 수정신고에 따른 과세표준과 세액이 증가된 것이 아니며, 수정신고내용을 확정한 것에 불과하므로국세기본법제45조의2 제1항 단서의 규정에 따른 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준과 세액을 통지한 것이 아니다. (라) 따라서, 청구인이 2022.3.25. 제기한 이 건 경정청구는 2019년 귀속 양도소득세 과세표준을 최초 신고한 2019.2.28.로부터 5년이내에 청구된 정당한 경정청구임에도 이를 간과하고 경정청구기간이 경과한 것으로 보아 경정을 거부한 처분은 위법·부당하므로 이를 취소하여야 한다.
(2) 청구인이 한 수정신고·납부내용과 달리 쟁점호수(3가구)는 쟁점주택을 양도하기 전까지 10년 이상 임대에 공하여 온 주택으로서조세특례제한법제97조 제1항의 규정에 의한 양도소득세 면제 대상이므로 그에 따라 청구인이 신고·납부한 세액을 경정하여야 한다. (가) 청구인이 수정신고·납부시 5년 이상 10년 미만 임대호수로 신고한 쟁점호수는 각 101호, 201호, 302호로서 양도소득세 50% 감면대상으로 신고되었으나, 실제로는 10년 이상을 계속하여 임대에 공하여 온 주택으로서 양도소득세 면제(100% 감면)대상에 해당한다. (나) 쟁점주택은 1992.2.24. 신축된 8가구의 다가구주택으로서 청구인이 2000.1.17. 증여에 의해 취득하였는바, 취득당시부터 2019.2.22. 양도시까지 계속하여 쟁점주택의 전체호수를 계속하여 임대하여 왔으므로 쟁점주택 전부가조세특례제한법제97조 제1항 단서의 규정에 따라 양도소득세 면제대상 주택에 해당한다. (다) 그러나, 청구인은 수정신고시 착오로 쟁점호수를 5년이상 10년 미만의 임대주택인 양도소득세 50% 감면대상으로 신고하였기에 이를 바로잡아 양도소득세 100% 감면대상으로 경정청구를 하였던 것이다. (라) 이러한 사실은 쟁점주택 증여계약서, 쟁점호수 확정일자 내역, 전기사용내역 및 도시가스사용내역, 임차보증금현황 등에 의해 확인되고 있다. (마) 따라서, 쟁점호수에 대해서도 양도소득세 감면률 100%를 적용하여 2019년 귀속 양도소득세를 경정하여야 한다.
(1) 청구인이 2022.3.25. 경정청구 시 제출한 증빙은 양도소득세 조사과정에서 기제출하여 세무조사 결정통지 시 결정·경정한 사항으로 국세기본법제45조의2 제2항의 후발적 사유에 의한 경정청구에 해당하지 않는다. 또한 같은 법 제45조의2 제1항 단서규정에서 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 해당 사건은 세무조사결과통지서 수령일인 2019.11.2.로부터 90일이 경과하였으므로 이 건 심판청구는 청구기간이 도과된 부적법한 청구이다. 청구인에게 2019.11.7. 송달된 아래 <그림1>의 세무조사 결과통지서에 “장기임대주택 감면결정(수정신고)”하였음이 “2. 세무조사 결과” 조사내용에 기재되어 있고, “3. 세무조사 결과통지에 대한 권리구제 절차 등”에 불복 청구 등의 절차와 90일 이내에 불복청구를 하여야 함이 적시되어 있으며, 이 건 심판청구는 청구기간이 도과된 부적법한 청구로 “각하”되어야 한다. <그림1> 세무조사 결과 통지(2019.11.7., 일부발췌) ◯◯◯ (2)조세특례제한법제97조 제1항의 규정에 따른 장기임대주택 감면신청 요건은 아래 <표1>의 판례 내용과 같이 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 것으로, 청구인이 쟁점호수를 10년이상 임대하였다는 것을 확인할 수 있는 임대차계약서 등을 제출하지 아니하여 이를 인정할 근거가 없으므로 당초 처분 정당하다. <표1> 장기임대주택 감면에 대한 법원 판례 ◯◯◯
① 이 건 심판청구의 적법여부
② 쟁점호수가 10년 이상 임대한 주택으로 양도소득세 100% 감면대상인지 여부
(1) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다. 제45조(수정신고) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법 제73조 제1항 제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때
2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때
3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)
③ 과세표준수정신고서의 기재사항 및 신고 절차에 관한 사항은 대통령령으로 정한다. 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다. 1.조세범 처벌절차법에 따른 통고처분 2.감사원법에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분
3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분 제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.
1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.
1. 심사청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우
2. 심사청구의 대상이 되는 처분으로 권리나 이익을 침해당하지 않는 경우
3. 법 제59조에 따른 대리인이 아닌 자가 대리인으로서 불복을 청구하는 경우 (3) 조세특례제한법 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만,민간임대주택에 관한 특별법또는공공주택 특별법에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.
1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택
2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택
② 소득세법제89조 제1항 제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제97조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. 이 경우 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다.
② 법 제97조 제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 소득세법 시행령제122조 제4항 및 제5항을 준용한다.
③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
1. 민간임대주택에 관한 특별법 시행령제4조 제4항에 따른 임대사업자 등록증 또는공공주택 특별법제4조에 따른 공공주택사업자로의 지정을 증명하는 자료
3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본. 이 경우주민등록법제29조 제1항에 따라 열람한 주민등록 전입세대의 열람내역 제출로 갈음할 수 있다.
4. 삭제 <2006. 6. 12.>
5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류
⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서“주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.
1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것
2. 삭제 <2001. 12. 31.>
3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것 3의2. 삭제 <2001. 12. 31.>
4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것
5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것
⑥ 법 제97조 제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지 관할세무서장은전자정부법제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기사항증명서 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인하여야 한다. (5) 조세특례제한법 시행규칙 제44조(주택임대기간의 계산) 영 제97조 제5항 제5호에서 “기획재정부령이 정하는 기간”이라 함은 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지의 기간으로서 3월이내의 기간을 말한다.
(2) 청구인은 쟁점호수를 10년 이상 임대하였다는 주장에 대한 증거자료(아래 <표2> 참조)로 쟁점주택 취득 당시 증여계약서(아래 <그림3> 참조)상 2000.1.10. 현재 임대차 현황, 쟁점호수 도시가스 사용내역(아래 <그림4>～<그림6> 참조), 전기 사용내역(아래 <그림7>～<그림9> 참조), 확정일자 내역(아래 <그림10>～<그림13> 참조), 전세금 입출금 내역(아래 <그림13> 참조) 등을 제출하였다. <표2> 청구인이 제출한 쟁점호수 10년 이상 임대에 관한 증거자료 ◯◯◯ <그림3> 쟁점주택의 증여계약서상 2000.1.10. 현재 임대차 현황 ◯◯◯ <그림4> 쟁점호수 중 101호 도시가스 사용내역서(납부일: 2008년 1월 ～2019년 1월, 납입자명: OOO, 일부발췌) <그림5> 쟁점호수 중 201호 도시가스 사용내역서(납부일: 2008년 1월～2019년 3월, 납입자명: OOO, 일부발췌) ◯◯◯ <그림6> 쟁점호수 중 302호 도시가스 사용내역서(납부일: 2009년 6월～2017년 11월, 납입자명: OOO, 일부발췌) ◯◯◯ <그림7> 쟁점호수 중 101호 전기 사용내역(2005년 1월～2019년 3월 요금, 일부발췌) ◯◯◯ <그림8> 쟁점호수 중 201호 전기 사용내역(2005년 1월～2019년 3월 요금, 일부발췌) ◯◯◯ <그림9> 쟁점호수 중 302호 전기 사용내역(2005년 1월～2019년 3월 요금, 일부발췌) ◯◯◯ <그림10> 쟁점호수 중 101호 임차인 김OOO 및 여OOO의 확정일자 내역 ◯◯◯ <그림11> 쟁점호수 중 201호 임차인 남OOO 확정일자 내역(임대차기간: 2015.3.3.～2019.3.2.) ◯◯◯ <그림12> 쟁점호수 중 302호 임차인 문OOO 확정일자 내역(임대차기간: 2017.11.7.～2019.11.6.) ◯◯◯ <그림13> 청구인이 제출한 쟁점호수에 대한 전세금 입출금 내역(2009.2.6.～2018.11.19.) ◯◯◯
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 국세기본법제45조 제1항에서 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(소득세법제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다’고 규정하고 있고,국세기본법제45조의 2 제1항에서 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있되, 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다’고 규정하고 있으며, 같은 항 제1호에서 ‘과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’로 규정하고 있는바, 청구인은 2019.2.22. 쟁점주택을 양도한 후 2019.2.28. 해당 양도에 대하여 양도소득세 예정신고를 하였고, 쟁점주택의 양도에 대하여 조세특례제한법제97조 제1항의 규정에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 세무조사 결과통지일(2019.11.7.) 전으로서 국세의 부과제척기간(5년)이 끝나기 전인 2019.10.31. 수정신고하였으므로 쟁점주택 양도에 대한 청구인의 수정신고는 통상의 경정청구 대상(법정신고기간으로부터 5년간 청구할 수 있는 것)에 해당하는 적법한 수정신고인 것으로 보이는 점, 처분청이 2019.11.7. 청구인에게 한 세무조사 결과통지는 쟁점주택의 양도에 대하여 청구인이 수정신고한 과세표준 및 세액을 그대로 시인하여 추가 고지세액이 없다는 내용인바, 동 세무조사에서 결정․경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액이 없는 것으로 나타나는 점, 청구인이 법정 경정청구기간(법정신고기한으로부터 5년) 내인 2022.3.25. 이 건 경정청구를 제기하여 2022.5.2. 처분청으로부터 경정청구 각하(거부)처분을 받아 심판청구기간(90일) 내인 2022.7.29. 이 건 심판청구를 제기한 점 등에 비추어 이 건 심판청구는 적법한 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점호수를 10년 이상 임대하였다는 것을 확인할 수 있는 임대차계약서 등을 제출하지 않아 이를 인정할 근거가 없으므로 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, 쟁점주택의 취득당시 증여계약서에 따르면 청구인이 증여자로부터 2000.1.10. 현재 지하층(임차인: OOO), 1층(임차인: OOO), 2층(임차인: OOO) 및 3층(임차인: OOO)의 임대차계약을 승계한 것으로 나타나는 점, 쟁점호수에 대한 도시가스 및 전기 사용내역, 확정일자 내역, 전세금 입출금 내역 등을 고려할 때 쟁점호수를 10년 이상 임대하였다는 청구주장에 신빙성이 있다고 보이는 점, 청구인이 2000.1.17. 쟁점주택을 증여로 취득한 후 19년 동안 장기간 보유한 점 등에 비추어 쟁점호수를 조세특례제한법제97조 제1항 단서에 따른 10년 이상 임대한 임대주택으로 보아 양도소득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 쟁점호수를 10년 이상 임대한 주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.