조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점부동산의 양도에 대하여 소득세법§95② (표2)의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2022-서-7204 선고일 2022.12.30

해당 임차인들이 퇴거한 후 청구인의 아들들이 이를 주거용으로 사용하였는지 여부를 확인할 수 있는 구체적·객관적인 증빙이 제시되지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2003.9.7. 상속으로 취득한 OOO 316-16 소재의 대지 371.9㎡ 및 건물 280.7㎡(공부상 지상 1층은 소매점․공장․일반음식점 183.64㎡, 2층은 주택 97.06㎡로 등재되어 있고, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2020.5.29. OOO원에 양도하고, 쟁점부동산 전체를 1주택으로 보아 1세대 1주택 비과세(고가주택) 및 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 2020.7.17. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원 및 지방소득세 OOO원 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
  • 나. 처분청은 2022.3.2.부터 2022.4.5.까지 청구인에 대한 양도소득세조사를 실시한 결과, 쟁점부동산의 주택 외의 연면적이 주택의 연면적보다 크므로, 주택과 주택 외의 양도차익을 구분하여 주택 외의 부분에 대하여는 15년 이상의 일반건축물(근린생활시설 등)에 대한 OOO의 장기보유특별공제율(30%)을 적용하여 2022.5.18.․2022.6.16. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원 및 지방소득세 OOO원 합계 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.7.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 주택법제2조 제1호는 주택이란, 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 소득세법제89조 제7호는 주택이란 허가 여부나 공부상의 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다고 규정하고 있다. 또한, 소득세법 시행령제154조 제3항은 복합주택이란 하나의 건물이 주택과 주택 외 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 함께 있는 경우를 말하는 것으로 원칙적으로는 그 전부를 주택으로 보되, 주택의 연면적이 주택 이외의 연면적보다 작거나 같을 때에는 주택 부분 이외의 건물은 주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 주택을 주택 외 용도로 변경하여 사업장으로 사용하다가 이를 다시 주택으로 용도변경한 때에 주택의 보유기간 및 거주기간 계산은 건물 취득일부터 양도일까지의 기간 중 주택으로 사용한 기간을 통산하는 것이다(서면 5팀-1540, 2007.5.31. 참고)

(2) 쟁점부동산은 1971년 신축된 것으로, 2층은 주인이 거주하고, 1층은 임차인들의 취사와 숙식이 가능하도록 건축되었다. 청구인이 쟁점부동산을 양도할 때에는 ‘OOO’와 ‘OOO’(101, 104호 약 40㎡)가 사업장을 영위하는 곳만이 주택 외의 용도로 사용되었고, 나머지는 주거용으로 사용되었다. 청구인은 50년 이상 본인과 남편, 자녀 4명과 함께 쟁점부동산에 거주하였는데, 취득당시 쟁점부동산은 공장밀집지역내 비포장도로에 접한 주택으로, 1층 일부는 공장 노동자 등에게 대여하고, 양도시점에는 청구인의 아들들이 일부를 주택으로 사용하였다.

(3) 처분청은 청구인의 장남이 쟁점부동산 인근에서 사용한 카드사용내역 등에 대하여 검토하지 아니하였고, 쟁점부동산의 매매를 중개한 공인중개사나 양수인에게 연락조차 하지 아니하였는바, 세액의 산출근거에 대한 구체적인 설명 없이 양도소득세 및 지방소득세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 공부상 쟁점부동산은 주택 외 면적(1층 183.64㎡)이 주택면적(2층 97.06㎡)보다 크고, 1층은 사업용으로 임차한 것으로 부가가치세 신고내역 등에서 확인된다.

(2) 청구인은 1층의 일부를 주택으로 사용하였다고 주장하나, 거주기간을 확인할 수 있는 서류, 임차인의 전출시기 및 보증금 반환내역 등에 대하여 구체적으로 소명하지 못하고 있다.

(3) 주택 외의 연면적이 주택의 연면적보다 큰 겸용주택의 주택 외 면적 일부를 주택으로 용도변경하여 주택의 연면적이 주택 외 연면적을 초과하게 된 경우, 용도변경한 날부터 3년 이내에 해당 겸용주택을 양도할 때, 장기보유특별공제율은 주택과 주택 외의 양도차익을 구분하여 각각 적용하여야 한다. 설령 청구인의 주장대로 임차료 신고를 하지 아니한 2019년 하반기부터 청구인의 아들이 1층의 일부를 주거용도로 사용하였다 할지라도, 이 때부터 3년 이내에 쟁점부동산을 양도하였으므로 주택과 주택 외의 양도차익을 구분하여 장기보유특별공제율을 각각 적용하여야 한다.

(4) 지방세법제103조의9는 양도소득에 대한 개인지방소득세의 결정․경정에 관하여 같은 법 제97조의 규정을 준용하도록 규정하고 있고, 같은 법 제97조 제3항에서는 “납세지 관할 지방자치단체의 장은 개인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 소득세법에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다”고 규정하고 있는바, 관할 세무서장이 결정한 과세자료에 따라 지방소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도에 대하여 소득세법제95조 제2항 표2의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정된 것) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표1 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 6 4년 이상 5년 미만 100분의 8 5년 이상 6년 미만 100분의 10 5년 이상 7년 미만 100분의 12 7년 이상 8년 미만 100분의 14 8년 이상 9년 미만 100분의 16 9년 이상 10년 미만 100분의 18 10년 이상 11년 미만 100분의 20 11년 이상 12년 미만 100분의 22 12년 이상 13년 미만 100분의 24 13년 이상 14년 미만 100분의 26 14년 이상 15년 미만 100분의 28 15년 이상 100분의 30 표2 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 40 5년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 80

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다. 제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 신고 및 처분청의 경정내역은 아래 OOO과 같다.

(2) 쟁점부동산의 건축물대장에 의하면, 1층은 소매점(114.99㎡), 공장(26.4㎡), 일반음식점(42.25.㎡)으로, 2층은 주택(97.06㎡)으로 등재되어 있다.

(3) 처분청의 쟁점부동산에 대한 양도소득세 조사종결보고서(2022년 4월)의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구인은 쟁점부동산 을 양도하면서, 전부를 고가주택을 양도한 것으로 하여 양도소득세를 신고․납부하였다. (나) 청구인은 아들들이 2019년 중 공실인 상가를 사무실 겸 숙소로 사용하였다고 주장하나, 양수인과 임차인들을 상대로 탐문조사 및 금융조사를 실시한 결과, 1층을 주거용도로 사용하였는지 여부가 불분명하고, 설령 청구인의 아들들이 주거용도로 사용하였더라도 용도변경 후 3년 내에 양도하였으므로, 주택 외 부분에 대하여는 장기보유특별공제율 30%를 적용함이 타당하다.

(4) 처분청은 2022.3.8. 청구인에게 1층을 주거용도로 사용하게 된 경위, 생활비 사용내역 등의 자료를 요청하였고, 이에 대하여 청구인의 장남 AAA이 OOO카드 사용내역(2020.2.29.~2020.5.31.)을 첨부하여 2022.3.14. 처분청에 발송한 메일의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구인은 1973년 배우자 BBB(2003년 사망), 자녀 4형제(장남 AAA, 차남 CCC, 삼남 DDD, 막내 EEE)와 함께 쟁점부동산에서 거주하였는데, 건물구조(50평 정도)는 2층 건물 중 1층에는 6칸과 재래식 공용화장실이 있었고, 2층에는 30평 규모의 살림집(방 3개, 거실 1개, 주방 1개, 화장실 1개) 등이 있었다. (나) 쟁점부동산 2층은 청구인 가족이 거주할 목적으로 연탄보일러를 사용하도록 건축되었고, 비포장도로에 상권이 형성되지 않은 상황이어서 1층 6칸도 취사와 숙식이 가능하도록 연탄으로 난방하는 방과 수도가 있었으며, 많은 임차인들을 모두 기억할 수는 없지만, 도로가 깔리고 상권이 형성되기 시작한 1980년대 중반까지 10년 넘게 주변 공장에 다니는 개인이나 가족이 1층을 임차하였고, 청구인은 이들로부터 받은 임차료로 생활하였다. (다) 가장 오래 거주하였던 임차인은 1984년 가을에 보증금 OOO원, 월세 OOO원에 임차한 FFF과 그의 가족들로, 그 해 겨울에 FFF이 출생하였고, 1985년부터는 택시회사와 공장직원들을 상대로 작은 가게를 운영하다가 1990년대 중반 인근으로 이사하였는바, FFF의 모친이 쟁점부동산 1층에서 옷수선 가게를 20년 넘게 운영한바 있다. 또한, GGG의 가족은 청구인의 가족 이사시부터 쟁점부동산 1층 옷가게 자리에서 거주하다 1981년 HHH을 낳고, 1980년 중반경 보로가게, 부동산 등을 운영하다가 1990년대에 인근으로 이주하였으며, 그 외 순대국집 자리에 III, JJJ 등이 생활하다가 상권이 형성되면서 사업체를 운영한 후 이전하였다. (라) 청구인은 2019년 3월 쟁점부동산을 창고형태의 통전세로 임대하기 위해 1층 임차인들에게 2019년 9월말까지 비워줄 것을 통보하였다. 2019년 8월부터 11월까지 총 7명의 임차인 중 5명은 이전하였으나, 2명의 임차인(공구가게, 옷가게)은 주변시세가 너무 높고 권리금을 달라는 이유 등으로 퇴거하지 않아 임대계획에 차질이 발생하여, 쟁점부동산을 양도하게 되었다. (마) 장남 AAA은 2015년 39년간 다니던 OOO를 퇴사하고, 공유사무실에 입주하여 활동하였으나, 2020년 1월부터 코로나 19로 공유사무실이 폐쇄되어 2020년 1월부터 뒷마당과 제일 가까운 쟁점부동산 1층에 사무실 겸 숙소를 만들어 도시농업일지를 쓰면서 생활하였다. (바) 청구인을 모시고 살던 차남은 쟁점부동산 1층의 수선집이 있던 자리를 개인창고로 사용하였다. (사) 대행사 ㈜AAA를 운영하던 3남은 2019년 OOO에서 OOO로 사무실을 옮긴 후, 쟁점부동산 1층 가운데 공간에서 숙식, 응접 공간을 만들어 개인 사무공간으로 활용하고, 주말에는 취미생활을 하였다. (아) 공항에 다니는 4남은 평일 저녁과 주말에 활용할 계획으로 쟁점부동산 1층에 숙소 겸 연구공간을 마련하였으나, 2020.1.2.부터 건강상의 이유로 주말에만 종종 방문하여 사용하였다.

(5) 처분청이 확인한 쟁점부동산 1층을 임차하였던 임차인들의 확인서 및 주소지 변동이력 등을 정리하면, 아래 OOO와 같다.

(6) 청구인이 2020.3.12. 주식회사 BBB에게 쟁점부동산을 양도한 매매계약서에 따르면, 쟁점부동산의 용도는 ‘제1, 2종 근린생활시설, 단독주택’으로 표시되어 있고, 매매대금은 OOO원이며, ‘개업 공인중개사 세부 확인사항’ 란에 아래 OOO과 같이 표시되어 있다.

(7) 처분청이 제출한 청구인의 장남 AAA의 주민등록초본에 의하면, AAA은 1989.3.29. 쟁점부동산에서 전출한 후, 심리일 현재까지 쟁점부동산에 전입신고한 이력이 없다.

(8) 국세청의 전산자료에 의하면, 청구인은 쟁점부동산을 소재지로 하여 1972.7.1.부터 부동산업을 영위하는 것으로 신고를 하였고, 부동산 임대수입을 신고한 내역은 아래 OOO와 같다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 1층을 주거용으로 사용하였으므로 이는 주택으로 보아야 하고, 따라서 주택면적이 주택 외의 면적보다 크므로 쟁점부동산 전체에 대하여 1세대 1주택에 따른 장기보유특별공제율 80%를 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인은 1980년대 쟁점부동산 1층에 임차인들이 거주하였다고 주장할 뿐 이들의 구체적인 인적사항을 제시하거나 주거용으로 사용한 기간을 특정하지 못하고 있는 점, 쟁점부동산 1층은 2019년경까지 ‘OOO’, ‘(주)CCC’ 등의 사업장으로 사용된 것으로 부가가치세 신고내역 및 임차인들의 확인서 등에서 확인되는 점, 해당 임차인들이 퇴거한 후 청구인의 아들들이 이를 주거용으로 사용하였는지 여부를 확인할 수 있는 구체적․객관적인 증빙이 제시되지 아니한 점 등에 비추어, 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)