종전주택(쟁점입주권) 매매계약서의 특약사항에는 동 계약이 1+1조합원입주권을 분양 신청한 상태에서의 매매계약임과 매도인의 조합권 지위를 매수인에게 승계한다는 내용이 명시되어 있고, 청구인은 도정법§76를 위배하여 2개의 조합원입주권을 신청한 것이 당초부터 원인무효라고 주장하면서도 관리처분계획인가일로부터 약 2년 3개월 후 이루어진 2개(1+1)의 조합원입주권 매매계약의 효력과 관련하여서는 아무런 조치도 이행하지 아니하여 청구주장에 일관성이 없으며, 만약 판결 등에 따라 해당 매매계약이 무효로 확정되는 경우에는 별도의 경정청구 절차를 통해 세액의 환급을 구할 수도 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점입주권의 양도를 2개의 조합원입주권의 양도로 보아 과세한 이 건 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 처분청은 청구인의 조합원입주권 신청사실만으로 2개의 조합원입주권을 양도한 것으로 오인하였다. (가) 쟁점입주권 신청과 관련하여 재건축조합이 진행하는 공동주택재건축의 경우도시 및 주거환경정비법에 따라 관리처분인가계획 등 일련의 과정을 거쳐 청구인을 포함한 관리처분인가일 현재 조합원들에게 조합원입주권을 부여하고 있고, 이 경우 통상적으로 1주택에 대하여 1개의 조합원입주권을 부여하고 있다. (나) 다만, 사전 수요조사 과정에서 해당 법률의 특정요건을 충족하는 경우에 한하여 예외적으로 종전 1개의 주택에 2개(1+1)의 조합원입주권을 부여할 수 있는데, 그 요건으로 도시 및 주거환경정비법제76조 제1항 제7호 다목에서 ‘① 종전의 토지․건축물의 가격의 범위 내 또는 ② 종전 주택의 주거전용면적의 범위 내’라고 규정하고 있는바, 청구인은 재건축조합의 최초 수요조사에 따라 조합원입주권 신청만 한 것 일뿐, 2개의 조합원입주권 신청과 배정은 당초부터 해당 법률에 위배되므로 청구인이 2개의 조합원입주권을 부여 받았다고 할 수 없다. (다) 또한 청구인이 위 법률에 위배된 ‘1+1 조합원입주권’ 배정에 대하여 해당 재건축조합에 문의한 결과, 기초수요조사에 따른 반영일 뿐 실제 조합원입주권 배정확정은 아니라는 취지로 유선 답변하였다. <표1> 쟁점입주권 신청내역 ◯◯◯
(2) 입주권 수요조사를 통해 2개의 조합원입주권을 신청하여 해당 권리가액 정산 등을 안내받은 사실과 무관하게 청구인이 위 법률을 위배하여 2개의 조합원입주권을 신청한 것은 당초부터 원인무효이므로 청구인은 1개의 조합원입주권을 양도한 것으로 보아야 한다. (가) 처분청은 양도일 현재 청구인이 2개의 조합원입주권을 신청한 상태이므로 그 이유를 불문하고 2개(1+1)의 조합원입주권을 부여받고 양도한 것으로 간주하였으나, 다수의 판례에서 보듯이 양도행위의 과세물건이 법률상 원인무효인 경우 거래상대방이 실질적인 해당 소유권을 취득할 수 없고, 원인무효의 행위가 양도에 있어 소급효의 위치에 있다고 할 것이므로 당연히 청구인은 종전주택 양도와 관련하여 1개의 조합원입주권을 양도한 것으로 보아야 한다. (나) 또한 청구인은 쟁점입주권에 대하여 기존 조합원의 지위로 향후 진행될 재건축사업의 일환으로 입주권 수요조사에 따라 사전신청만 한 것으로, 양도일 현재 신청한 쟁점입주권이 2개의 입주권이라 할지라도 법률상 당연 원인무효에 따라 매수인에게 양도된 조합원입주권은 1개로 보아야 한다.
(3) 설령 쟁점입주권에 대하여 2개의 조합원입주권이 부여된 것이라 할지라도 양도소득세 과세표준 산정시 반영하여야 할 종전주택 보유에 따른 장기보유특별공제율은 ‘1세대 1주택 비과세 특례’를 충족하는 주택이므로 쟁점입주권 각각에 대하여 장기보유특별공제율은 80%를 적용하여야 한다. (가) 처분청은 2개의 조합원입주권이 동시에 양도된 것으로 간주하면서 장기보유특별공제(관리처분계획인가일 이전 종전주택의 양도차익분) 적용시 각각의 조합원입주권에 해당 공제율을소득세법제95조 제2항 표2에 따른 80%와 같은 법 같은 항 표1에 따른 30%의 공제율을 차등적용 하였는바, 이는소득세법제95조 제2항 단서 규정을 위배한 것이다. (나) 종전주택은 양도일 현재 ‘보유 및 거주요건이 30여년이 경과한 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하는 고가주택’으로, 쟁점입주권은 비과세 대상인 하나의 종전주택에서 동일하게 파생된 조합원입주권이라 할 것이다. 따라서 이는 소득세법제95조 제2항 단서 규정에서 명시하는 범위에 포함되므로 같은 법 같은 항 표2에 따른 80%의 장기보유특별공제율을 각각의 조합원입주권에 적용하여야 한다. (다) 처분청은 종전주택의 조합원입주권이 2개가 되는 이상 1개의 조합원입주권에 대해서는 과세, 1개의 조합원입주권에 대해서는 비과세가 적용되므로 당연히 1개의 조합원입주권에 대해서는 장기보유특별공제율 80%를 적용한다 하더라도, 나머지 1개의 조합원입주권에 대해서는 과세가 적용됨에 따라 1세대 1주택에서 파생되는 조합원입주권으로 볼 수 없어 장기보유특별공제율 30%를 적용하는 것이 타당하다고 주장하나, 장기보유특별공제율을 규정하고 있는소득세법제95조 어느 항목에도 이 건과 같이 1+1 조합원입주권 신청의 경우 장기보유특별공제율을 달리하여야 한다고 규정하는 바가 없으며, (라) 오히려 소득세법 제95조 제3항 에서 ‘비과세대상에서 제외되는 조합원입주권의 장기보유특별공제액’에 대하여 같은 법 시행령 제160조에 위임하면서 해당 시행령에는 별도 비과세 조합원입주권의 장기보유특별공제액 계산에 관하여 9억원 초과분에 대한 비과세 범위액 안분만 규정할 뿐 명시적으로 해당 공제율을 달리 적용하여야 한다는 사실이 없으므로 당연히 쟁점입주권을 2개의 조합원입주권으로 본다 하더라도 장기보유특별공제율은 각각 80%를 적용하여야 한다.
(1) 청구인은 OOO 주택재건축정비사업조합의 조합원으로서 해당 재건축조합의 입주권 수요조사시 2개의 조합원입주권을 신청하여 배정받았으나, 이는 기초 수요조사에 따른 반영일 뿐 실제 조합원입주권 배정이 확정된 것은 아니며, 도시 및 주거환경정비법을 위반하여 신청하였기에 원인무효에 해당하므로 1개의 조합원입주권의 양도로 보아야 한다고 주장하나, (가) 당해 재건축사업은 2018.12.3. OOO구청장으로부터 관리처분계획인가를 받았는바, 이에 따라 조합원들은 자신의 종전부동산이 관리처분계획인가 당시 얼마로 평가받았는지, 분양받을 주택의 면적과 추산가액은 얼마인지, 추가납부하거나 환급받을 청산금은 얼마인지가 최종 확정되었다고 볼 수 있다. (나) 청구인은 1+1 조합원입주권을 신청하여 주택 전용면적 OOO (분양추산액 OOO원) 및 전용면적 OOO(분양추산액 OOO원)을 각 분양받기로 예정되었고, 추가 납부할 분담금은 OOO원으로 결정되었다. 그리하여 청구인(청구인과 aaa를 합한 1세대, 이하 양도에 대해 같다)이 쟁점입주권을 2021.3.29. 양도할 때 ‘아파트 매매계약서’상 특약사항에 1+1 조합원입주권을 분양신청한 상태에서의 매매계약임을 기재하였고, 매수인은 당해 거래로 아파트 2채를 취득하게 될 것을 신뢰하고 쟁점입주권의 권리가액이 OOO원임에도 프리미엄 약 OOO원을 더해 OOO원에 매수한 것이다. (다) 청구인이 도시 및 주거환경정비법을 위반한 분양 신청이므로 1개의 조합원입주권 양도로 보아야 한다고 주장할 것이라면 먼저 재건축조합으로부터 분양대상자별 분양예정인 대지․건축물의 명세 및 추산가액을 재산정받아 제출하는 것이 순서라 할 것이다. 따라서 쟁점입주권의 양도를 1개의 조합원입주권 양도로 보아야 한다는 청구인의 주장은 이유 없다.
(2) 청구인이 양도한 물건은 관리처분계획인가 당시 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 고가주택이 관리처분계획인가로 인하여 1+1 조합원입주권(쟁점입주권)으로 전환된 것이고, 같은 날 동시에 양도된 쟁점입주권 중에서 먼저 양도한 것으로 보는 입주권은 과세되며, 나중에 양도한 것으로 보는 것은 비과세대상인바, 소득세법제95조 제2항 단서 규정에서 정하는 표2의 장기보유특별공제율(80%)을 적용받는 자산은 같은 법 시행령 제159조의4에 따라 1세대가 양도일 현재 보유하는 1주택(1주택으로 보는 주택 포함)에 대하여 적용하는 것으로, 청구인이 양도한 1+1 조합원입주권, 즉 쟁점입주권에서 먼저 양도한 것으로 보는 조합원입주권은 이에 해당하지 않는다. 따라서 청구인이 양도한 쟁점입주권 전부에 대하여 표2의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 이유 없다.
① (주위적 청구) 쟁점입주권의 양도를 1개의 조합원입주권 양도로 보아야 한다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 쟁점입주권에 대하여 장기보유특별공제율 80%를 각각 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17758호로 개정된 것) 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
9. “조합원입주권”이란 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. (2) 소득세법 시행령(2021.2.19. 대통령령 제31472호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ⑨ 법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 순서에 따라 주택을 양도한 것으로 본다. 제155조(1세대1주택의 특례) ⑰ 법 제89조 제1항 제4호 각 목 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우”란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우를 말한다. 제159조의4(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액
② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다. 제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.
2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액
④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.
1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.
2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일전후”는 “관리처분계획등 인가일 전후”로 본다.
⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.
1. 제1항 제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항 제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간
2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간
(3) 도시 및 주거환경정비법(2018.6.12. 법률 제15676호로 일부개정된 것) 제74조(관리처분계획의 인가 등) ① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수등에게 신고하여야 한다.
3. 분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액(임대관리 위탁주택에 관한 내용을 포함한다)
5. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물 명세 및 사업시행계획인가 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행계획인가 전에 제81조제3항에 따라 철거된 건축물은 시장ㆍ군수등에게 허가를 받은 날을 기준으로 한 가격)
6. 정비사업비의 추산액(재건축사업의 경우에는 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금에 관한 사항을 포함한다) 및 그에 따른 조합원 분담규모 및 분담시기
7. 분양대상자의 종전 토지 또는 건축물에 관한 소유권 외의 권리명세 제76조(관리처분계획의 수립기준) ① 제74조 제1항에 따른 관리처분계획의 내용은 다음 각 호의 기준에 따른다.
6. 1세대 또는 1명이 하나 이상의 주택 또는 토지를 소유한 경우 1주택을 공급하고, 같은 세대에 속하지 아니하는 2명 이상이 1주택 또는 1토지를 공유한 경우에는 1주택만 공급한다.
7. 제6호에도 불구하고 다음 각 목의 경우에는 각 목의 방법에 따라 주택을 공급할 수 있다.
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인은 1980.7.14. 종전주택을 취득한 후 2015.11.25. 그의 아들 aaa에게 지분 40%를 양도하였다. (나) 종전주택이 포함된 OOO 일대의 ‘OOO 주택재건축정비사업’은 관할 지방자치단체인 OOO구청으로부터 2017.9.27. 사업시행계획인가 및 2018.12.3. 관리처분계획인가를 받았는바, 청구인은 1+1 조합원입주권을 신청하여 주택 전용면적 OOO(분양추산액 OOO원) 및 OOO(분양추산액 OOO원)을 분양받기로 하였고, 청산추산액(분담금)은 OOO원으로 결정되었다. (다) 청구인과 aaa는 2021.3.29. bbbㆍccc에게 종전주택의 조합원입주권[청구인과 aaa의 지분 전부]을 총 OOO원에 매도하였는바(청구인의 지분 상당 양도가액은 OOO원), 해당 매매계약서상 ‘특약사항’에는 1+1 조합원입주권(쟁점입주권)을 분양신청한 상태에서의 매매계약임과 매도인의 조합원 지위를 매수인에게 승계한다는 내용이 기재되어 있다. ◯◯◯ (라) 청구인은 종전주택[쟁점입주권]을 1세대 1주택 비과세(고가주택)대상으로 보아 자신의 지분(60%)에 상당하는 양도차익에 대하여 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (마) 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여, 청구인이 2021.3.29. 양도한 쟁점입주권은 관리처분계획인가(2018.12.3.) 당시 1세대 1주택 비과세(고가주택)대상인 종전주택이 관리처분계획인가로 인하여 조합원입주권으로 전환되었는바, 같은 날 동시에 양도된 쟁점입주권 중 먼저 양도한 것으로 보는 1조합원입주권은 과세대상(장기보유특별공제율 30% 적용)으로, 나중에 양도된 것으로 보는 1조합원입주권은 비과세(고가주택)대상[장기보유특별공제율 80% 적용]으로 보아 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. <표2> 이 건 장기보유특별공제 관련 경정내역 ◯◯◯ (바) 한편, 이 건 심리일 현재 OOO 주택재건축정비사업이 2018.12.3.자로 인가된 관리처분계획에서 결정한 분양신청 배정결과를 변경한 사실은 확인되지 않는다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 2018.12.3. OOO구청장으로부터 인가받은 종전주택이 포함된 OOO 주택재건축정비사업의 관리처분계획인가서 등을 보면, 청구인은 종전주택에 대하여 조합원입주권을 2개(1+1)로 신청하여 전용면적 OOO(분양추산액 OOO원) 및 OOO(분양추산액 OOO원)의 주택을 분양받기로 하면서 분담금은 OOO원으로 정해진 점, 심리일 현재 해당 재건축조합이 2018.12.3.자로 인가된 관리처분계획에 따라 결정한 조합원 분양신청 배정결과를 변경한 사실이 확인되지 아니하는 점, 종전주택(쟁점입주권) 매매계약서의 특약사항에는 동 계약이 1+1 조합원입주권을 분양신청한 상태에서의 매매계약임과 매도인의 조합원 지위를 매수인에게 승계한다는 내용이 명시되어 있고, 매수인은 권리가액 OOO원에 약 OOO원 상당의 프리미엄을 추가하여 총 OOO원에 쟁점입주권을 매수한 것으로 보아 쟁점입주권 매수에 따른 2채의 주택을 취득하게 될 것임을 예정한 것으로 보이는 점, 한편, 청구인은 도시 및 주거환경정비법제76조를 위배하여 2개의 조합원입주권을 신청한 것이 당초부터 원인무효라고 주장하면서도 관리처분계획인가일로부터 약 2년 3개월 후 이루어진 2개(1+1)의 조합원입주권 매매계약의 효력과 관련하여서는 아무런 조치도 이행하지 아니하여 청구주장에 일관성이 없으며, 만약 판결 등에 따라 해당 매매계약이 무효로 확정되는 경우에는 별도의 경정청구 절차를 통해 세액의 환급을 구할 수도 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점입주권의 양도를 2개의 조합원입주권의 양도로 보아 과세한 이 건 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인이 양도한 물건은 관리처분계획인가 당시 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 고가주택이 관리처분계획인가로 인하여 1+1 조합원입주권으로 전환된 것으로, 소득세법 시행령 제154조 제1항 에 따라 같은 날(2021.3.29.)에 양도된 쟁점입주권(2개) 중에서 소유자가 선택하여 먼저 양도하는 것으로 보는 1개는 과세대상이고, 나중에 양도한 것으로 보는 1개만 비과세대상인 바, 소득세법제95조 제2항 단서 규정에서 정하는 표2의 장기보유특별공제율(최대 80%)을 적용받는 자산은 같은 법 시행령 제159조의4에 따라 1세대가 양도일 현재 보유 및 거주하는 1주택(1주택으로 보는 주택 포함)이나, 청구인이 양도한 쟁점입주권 중 먼저 양도한 것으로 보는 1조합원입주권은 비과세대상에 해당하지 아니하므로 소득세법 제95조 제2항 본문 규정에 따라 표1에 따른 장기보유특별공제율 30%를 적용하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.