면세사업자 등록번호로 수취한 세금계산서상 매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인 aaa, bbb, ccc, ddd(이하 “청구인들”이라 한다)은 2018.3.20. ‘EEE’라는 상호로 주택신축판매업을 주업종(부업종: 주택임대)으로 하여 부가가치세 면세사업자등록을 신청하고 OOO의 다중주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 신축하여 2020.7.31. OOO원에 양도한 후 이를 2020년 귀속 면세 수입금액으로 보아 사업장현황신고를 하였고, 2020년 제2기 부가가치세는 무신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점주택이 건축물대장상 다중주택이고, 연면적(OOO)이 국민주택규모(85㎡)를 초과하여 부가가치세가 면제되는 주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세사업자로 직권등록 한 후 쟁점주택의 건물분 공급가액 OOO원에 대하여 청구인들에게 2020년 제2기 부가가치세 OOO원(미등록가산세 OOO원, 무신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 포함)을 2021.12.2. 결정ㆍ고지 하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2022.2.25. 이의신청을 거쳐 2022.7.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인들 주장

(1) 청구인들은 2018.3.20. OOO 소재 지번에 건설/주택신축판매업으로 하는 면세사업자등록을 신청하고 신축되는 주택 용도는 단독주택으로서 다중주택임을 알 수 있는 건축허가서 및 설계도면을 제시하고 담당 직원과 상담을 통하여 면세사업자 등록증을 교부받았다.

(2) 청구인들은 동 면세사업자등록증을 교부 받은 후 관할구청으로부터 교부받은 건축허가서와 관련 도면을 제출하고 단독주택(다중주택) 신축에 해당하는 업종으로 사업자등록을 정정신청하였다.

(3) 청구인들이 사업자등록 정정신청하면서 다중주택 신축에 해당하는 업태와 종목을 접수 담당 공무원과 충분히 상담하였으며, 기존의 면세사업자등록에서 다중주택신축 판매업으로 업종을 정정신청하는 것이 맞다는 권고에 따라 정정신고를 하였던 것이다.

(4) 청구인들은 면세사업자등록증을 교부받은 후 사업장소재지에 쟁점주택을 신축하고 2018.11.19. 준공 후 2018년부터 2020년까지 기간에 대한 공사비 지출금액 및 일부 임대에 따른 수입금액등을 정리하여 세금계산서 등 증빙자료 명세서를 첨부한 사업장현황신고서를 법정기한내에 제출하였다.

(5) 청구인들이 면세사업자로 등록하고 적법절차에 따라 신고를 하였음에도 과세사업자로서 면세사업자로 등록한 사실과 부가가치세법에 준하는 세금계산서를 제출하지 않았다는 사유로 일반무신고 및 미등록 가산세 등을 가산하여 부과한 이 건 처분은 부당하며, 면세사업자로서 사업장현황신고를 할 때 기한내에 적법하게 제출한 매입세금계산서상 부가가치세액에 대하여도 불공제한 이 건 부과처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 면세사업자 등록번호로 수취한 세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 적법하다. (가) 청구인들은 담당 세무공무원과 상담을 거쳐 면세사업자로 등록 후 적법절차에 따라 사업장현황신고를 한 사실을 무시하고 면세사업자로서 사업장현황신고 시 수취한 세금계산서를 불공제한 것은 부당하다고 주장하나 청구인들이 사업자등록 신청 시 제출한 서류에는 청구인들 스스로 면세사업자로 사업자등록을 신청한 사실이 확인되고, 상담을 입증할 수 있는 증빙도 부재할 뿐 아니라 구두로 상담이 이루어졌다 하더라도 그러한 사실만으로는 처분청이 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없다(OOO 참조). (나) 청구인들의 면세사업자 등록 이전부터 국세청 예규 및 심사례에서는 다중주택의 경우 ‘1동 전체의 전용면적을 기준으로 국민주택규모의 주택에 해당하는지 여부를 판단’하도록 공적인 견해표명을 명확히, 지속적으로 하였는바(심사부가 2013-0041, 2013.6.12., 서면인터넷방문상담3팀-1674, 2007.6.7.), 단순한 담당공무원과의 상담이 있었다는 연유로 신의성실의 원칙에 어긋난다는 청구인들의 주장은 받아들이기 어렵다. (다) 또한 부가가치세법상 사업자 등록 전 매입세액 공제는 부가가치세법제39조 제1항 제8호에서 제한적으로 인정하고 있으며, 면세사업자 등록번호로 수취한 세금계산서에 대한 별도의 과세특례가 존재하지 않는다. 따라서 청구인들의 주장은 조세법의 대원칙인 조세법률주의에 위반되는 주장으로써 처분청이 청구인들에게 면세사업자 등록번호로 수취한 세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 적법하다.

(2) 가산세 감면의 정당한 사유가 없으므로 이 건 가산세 부과처분은 적법하다 (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.(대법원 2005두3714, 2006.10.26.) (나) 청구인들이 쟁점주택의 공급을 면세사업에 해당하는 것으로 알고 면세사업자용 사업자등록을 신청하고 부가가치세를 신고하지 아니한 것은 단순히 법령을 잘못 해석한 것에 기인한 것이므로 그 의무를 이행하지 않은데 대한 정당한 사유가 있다고 할 수 없으므로 처분청이 청구인들에게 부과한 이 건 가산세 부과처분은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁점

① 면세사업자 등록번호로 수취한 세금계산서상 매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부

② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련 법령 등 (1) 부가가치세법 제3조(납세의무자) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다. 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다. (2) 소득세법 제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.

② 부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.

(3) 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다) (4) 조세특례제한법 시행령 제51조의2(자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례) ③ 법 제55조의2 제4항에서 “대통령령으로 정하는 규모”란 주택법에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다. 제106조(부가가치세 면제 등) ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택 (5) 주택법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “국민주택규모”란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 “주거전용면적”이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(수도권정비계획법 제2조제1호 에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 쟁점주택은 다중주택(단독주택)으로 연면적(OOO)이 조세특례제한법 시행령제51조의2 제3항에 규정된 주택법에 따른 국민주택 규모(85㎡)를 초과하는 것으로 나타난다. (나) 청구인들은 2018.3.20. 아래 <그림1>과 같이 ‘EEE’라는 상호로 주업종은 ‘주택신축판매업’, 부업종은 ‘주택임대’로 부가가치세 면세사업자등록을 신청하였고, 처분청은 2018.3.22. 주택신축판매업을 제외한 ‘주택임대’ 면세사업자 등록번호(OOO)를 교부하였다. <표 1> 사업자등록 신청서 ◯◯◯ (다) 청구인들은 부가가치세 면세사업자등록을 신청하면서 쟁점주택 소재지 부동산 매매 계약서, 청구인들의 동업계약서(인감증명서 포함)를 제출하였다. (라) 청구인들은 2018.5.28. 아래 <그림2>와 같이 EEE의 사업자등록 정정신고서를 제출하면서 추가할 사항에 ‘건설업 신축판매업’을 기재하였고, 첨부서류로 건축ㆍ대수선ㆍ용도변경 허가서(아래 <그림3> 참조), 건축개요(아래 <그림4> 참조), 배치도, 단면도, 평면도 등을 제출하였으며, 처분청은 2018.5.29. EEE의 부업종으로 주거용 건물 건설업(451105 코드)을 추가하였다. <그림2> 사업자등록 정정신고서 ◯◯◯ <그림3> 건축ㆍ대수선ㆍ용도변경 허가서 ◯◯◯ <그림4> 건축개요 ◯◯◯ (마) 청구인들은 2021.4.27. 사업 양도ㆍ양수를 사유로 2020.7.31.을 폐업일자로하여 면세사업자등록 폐업신고를 하였다. (바) 쟁점주택의 건축물대장의 주요내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 건축물대장의 주요내용 ◯◯◯ (사) 청구인들은 2018년∼2020년 귀속 면세사업장현황신고서와 그 부속서류로 매입처별 세금계산서 합계표 등을 첨부하여 신고기한 내 제출하였고, 청구인들의 면세사업장 현황신고 내역은 아래 <표6>과 같다. <표6> 면세사업장 현황신고 내역 ◯◯◯ (아) 처분청은 쟁점주택의 연면적(OOO)이 국민규모주택(85㎡)을 초과하는 다중주택으로 쟁점주택의 공급이 면세가 아닌 부가가치세 과세대상으로 판단하여 2021.9.28. 과세사업자로 직권등록하고, 쟁점주택의 양도가액 OOO원 중 건물분 공급가액을 OOO원으로 하여 아래 <표7>과 같이 결정하였다. <표7> 이 건 2020년 제2기 부가가치세 결정 내역 ◯◯◯ (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 담당 공무원과 상담을 거쳐 면세사업자로 등록하고 사업장현황신고 및 매입처별 세금계산서 합계표 등을 신고기한 내 제출하였으므로 면세사업자 등록 번호로 수취한 세금계산서상 매입세액은 공제되어야 한다고 주장하나, 조세특례제한법제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항 제1호에서 주택법에 따른 국민주택 규모 이하의 주택의 공급에 대하여 부가가치세를 면제하는 것으로 규정하고 있고, 부가가치세법제39조 제1항 제8호에서 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 쟁점주택은 건축물대장상 다중주택(단독주택)으로 등록되어 있고, 그 연면적(OOO)이 주택법에 따른 국민주택 규모(85㎡)를 초과하므로 쟁점주택의 공급은 부가가치세 면제대상에 해당하지 않는 점, 청구인들이 부가가치세 면세사업자로 등록한 경우 부가가치세법에 따른 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없어 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 ‘등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수는 없는 점(대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결, 같은 뜻임), 국세청은 청구인들의 쟁점주택 양도 이전부터 서면인터넷방문상담3팀-1674(2007.6.7.) 해석사례 등에서, 다중주택의 국민주택 규모 해당여부는 1동 전체의 전용면적을 기준으로 판정한 점, 세무공무원의 일반적인 상담내용만으로는 과세관청이 공적 견해를 표명한 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인들은 면세사업자로 등록하고 적법절차에 따라 사업장현황신고 등을 하였으므로 이 건 가산세 부과처분이 부당하다고 주장하나, 세법상 가산세는 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는바(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결, 같은 뜻임), 청구인들이 주거전용면적이 국민주택 규모를 초과하는 쟁점주택의 공급이 부가가치세가 면제되는 것으로 보아 면세사업자로 사업자등록을 하였으므로 이는 단순한 법령의 부지 또는 오인으로서 납세의무를 이행하지 아니한 정당한 사유로 인정하기 어려워 보이는 점, 처분청이 청구인들에게 면세사업자등록증을 교부하였더라도 이를 가산세 감면의 정당한 사유로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한