조세특례제한법 제97조의3은 민간임대주택법에 따른 장기일반민간임대주택으로 등록할 것을 요건으로 하고 있으나 쟁점주택은 이로 등록되지 아니하였으므로 위 규정을 적용할 수 없음
조세특례제한법 제97조의3은 민간임대주택법에 따른 장기일반민간임대주택으로 등록할 것을 요건으로 하고 있으나 쟁점주택은 이로 등록되지 아니하였으므로 위 규정을 적용할 수 없음
심판청구를 기각한다.
(1) 청구인은 2008년에 쟁점주택을 취득하여 임대를 시작한 이후 양도일까지 기간연장의 재계약을 체결하거나 새로운 계약을 체결할 때, 임대료의 대부분은 직전 임대료보다 5% 이상 임대보증금을 인상하였는데, 이는 계약 당시의 시세에 따른 보증금의 책정이었다.
(2) 처분청은 확정일자의 자료 등 광범위한 행정자료를 통하여 청구인이 이렇게 임대료를 인상한 사실을 확인할 수 있었을 것임에도 어떠한 조치도 하지 않은 채 현재까지 이어져 왔고, 조특법 시행령 제97조의3 제3항 제1호의 임대료 등의 증가에 대한 제한규정은 2014년 신설 때부터 규정되었다가 이후에 인상률이 100분의 5로 개정되어 현재까지에 이르고 있다. 그리고 청구인 이외의 다른 장기임대주택의 양도자에게 이러한 임대료 인상의 제한규정을 위반한 것에 대해 조특법 상의 특례규정을 적용할 수 없다는 처분을 한 예는 없는 것으로 알고 있다.
(3) 즉 처분청의 이러한 묵인의 관행은 2010년부터 2022년 초까지 청구인에게 계속 적용하여 오다가 2022년 4월에 갑자기 지금까지의 관행을 깨고 법령을 위반하였으므로 장기보유특별공제의 특례를 적용할 수 없다고 하면서 청구인에게 가산세를 포함한 이 건 양도소득세 부과처분을 한 것이다.
(4) 과세관청의 장기적인 묵인은 하나의 관행으로 보아야 하고, 이는 공적인 견해를 표명한 것으로 보아야 하므로 이를 믿고 납세의무를 성실히 이행한 청구인에게 처분청이 양도소득세를 부과한 처분은국세기본법제15조 및 18조를 명백히 위반한 처분으로 마땅히 취소되어야 한다.
(1) 조특법 제97조의3의 적용은 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간(준공공)임대주택을 등록하여 조특법 제97조의3 제1항 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에 한하여, 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는소득세법제95조 제1항에 따른 장기보유특별공제액을 계산할 때 100분의 50의 공제율을 적용하며, 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용하는 것이다.
(2) 청구인은 쟁점주택에 대하여 민간임대주택법 제5조 에 따라 장기일반민간임대주택으로 등록한 사실이 없어 조특법 제97조의3의 적용대상에 해당하지 아니하는 것으로 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 적법하다.
(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료에 따라 나타나는 사실관계는 다음과 같다. (가) 2008.3.14. OOO구청장이 발행한 청구인의 “임대사업자등록증”에 기재된 내용은 아래 <표2>와 같고, 임대주택의 종류는 “매입임대주택(아파트)”이며, 최초등록일은 2008.3.14., 등록된 주택은 쟁점주택 3호를 포함하여 모두 5호의 주택으로 되어 있다. <표2> 임대사업자등록증 내용 OOO * 쟁점주택 (나) 쟁점주택의 임대차계약내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점주택의 임대차계약내역 (단위: 천원, %) OOO (다) 청구인은 쟁점주택의 종류를 “준공공임대주택(2013.6.4. 신설된임대주택법)”이나 “장기일반민간임대주택(2018.1.16. 민간임대주택법으로 명칭 변경)”으로 등록한 내용은 없는 것으로 나타난다. (라) 처분청은 2020년과 2021년에 양도한 쟁점주택과 관련하여 조특법 제97조의3에 따른 장기보유특별공제율 70%는 배제하되,소득세법제95조에 따른 장기보유특별공제율(30%)에 조특법 제97조의4에 따른 추가 장기보유특별공제율 10%를 가산하여 2022.4.8. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원, 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 경정·고지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택의 임대기간 중 임대료 인상률이 대부분 5% 이상이나 이는 계약당시의 시세였고, 처분청이 이를 장기간 묵인하여 공적인 견해를 표명한 것으로 보아야 하므로 청구인에게 양도소득세를 부과처분한 것은 부당하다고 주장하나, 처분청은 쟁점주택에 대해 임대료 인상률 위반이 아니라 민간임대주택법 제5조 에 따른 장기일반민간임대주택으로 등록하지 않아 조특법 제97조의3의 적용을 배제한 것이고, 과세관청이 임대료 인상 제한규정을 위반한 장기임대주택의 양도와 관련하여 조특법 상의 특례규정을 적용할 수 없음을 알면서도 이를 적용한다는 의사를 표명한 바가 없으므로 비과세 관행이 성립되었다고도 볼 수 없는 점, 조특법 제97조의3 제1항은 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택으로 등록할 것을 요건으로 하고 있으나, 쟁점주택은 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택으로 등록되지 아니한 점, 준공공임대주택은 2013.6.4. 개정된 민간임대주택법에 따라 신설되었고, 2018.1.16. 개정된 위 법률에 따라 그 명칭이 장기일반민간임대주택으로 변경되었는데, 2013.6.4. 민간임대주택법 개정 시 부칙 제2조에 따르면 같은 법 제6조의2(준공공임대주택의 등록) 개정규정에 따라 등록이 가능한 주택은 2013.4.1. 이후 매매계약을 체결한 주택으로 규정되어 있는바, 2013.4.1. 전에 매매계약을 체결한 쟁점주택은 민간임대주택법에 따른 등록요건을 충족하지 못하는 점, 설령 변경등록이 가능하다고 보더라도 청구인은 쟁점주택을 민간임대주택법 제2조 제5호 의 장기일반민간임대주택 또는 2018.1.16. 개정되기 전의 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 준공공임대주택으로 등록한 사실이 없는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 조특법 제97조의3의 적용을 배제하여 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 소득세법(2020.6.9. 법률 제17339호로 개정된 것) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가 및빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (단서 및 표 2 생략) 표 1 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 6 4년 이상 5년 미만 100분의 8 5년 이상 6년 미만 100분의 10 6년 이상 7년 미만 100분의 12 7년 이상 8년 미만 100분의 14 8년 이상 9년 미만 100분의 16 9년 이상 10년 미만 100분의 18 10년 이상 11년 미만 100분의 20 11년 이상 12년 미만 100분의 22 12년 이상 13년 미만 100분의 24 13년 이상 14년 미만 100분의 26 14년 이상 15년 미만 100분의 28 15년 이상 100분의 30
(2) 조세특례제한법(2020.6.9. 법률 제17339호로 개정된 것) 제97조의3(장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 2022년 12월 31일까지민간임대주택에 관한 특별법제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록하여 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는소득세법제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.
1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우
2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우
② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다.
③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제97조의4(장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 비거주자가민간임대주택에 관한 특별법제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택, 같은 법 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택,공공주택 특별법제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택 또는 같은 법 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는소득세법제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 임대기간 추가공제율 6년 이상 7년 미만 100분의 2 7년 이상 8년 미만 100분의 4 8년 이상 9년 미만 100분의 6 9년 이상 10년 미만 100분의 8 10년 이상 100분의 10
② 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례의 적용신청을 하여야 한다.
③ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2020.6.2. 대통령령 제30723호로 개정된 것) 제97조의3(장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 법 제97조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란소득세법제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자를 말한다.
② 법 제97조의3 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는민간임대주택에 관한 특별법제2조 제4호의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발사업·재건축사업,빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모주택정비사업 또는주택법에 따른 리모델링으로 인하여 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다.
③ 법 제97조의3 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.
1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는민간임대주택에 관한 특별법제44조 제4항에 따라 정한 기준을 준용한다. 2.주택법제2조 제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것
3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것
4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것
④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조 제5항 제1호·제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우소득세법제168조에 따른 사업자등록과민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며,민간임대주택에 관한 특별법제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다. 제97조의4(장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 법 제97조의4 제1항에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제2호 가목 및 다목에 따른 장기임대주택(소득세법제1조의2 제1항 제2호에 따른 비거주자가 소유한 주택을 포함하며, 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 말한다.
② 법 제97조의4 제1항을 적용할 때 장기임대주택의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조 제5항 제1호·제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우소득세법제168조에 따른 사업자등록과민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자등록을 하거나, 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자로 지정되어 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.
(4) 임대주택법(2013.6.4. 법률 제11870호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “임대주택”이란 임대 목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.
3. “매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 주택 [주택법제2조 제1호의2에 따른 준주택 중 대통령령으로 정하는 오피스텔(이하 “오피스텔”이라 한다)을 포함한다]을 말한다. 3의3. “준공공임대주택”이란 매입임대주택으로서 국가, 지방자치단체, 한국토지주택공사 또는 지방공사 외의 임대사업자가 10년 이상 계속하여 임대하는 전용면적 85제곱미터 이하의 주택을 말한다. 제6조(임대사업자의 등록) ① 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장·군수·구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.
② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.
③ 제1항과 제2항에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제6조의2(준공공임대주택의 등록) ① 준공공임대주택을 임대하려는 자는 해당 주택이 소재하는 시장·군수·구청장에게 이를 등록하여야 한다.
② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다.
③ 제1항과 제2항에 따른 등록기준 및 등록·신고의 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙 <법률 제11870호, 2013.6.4.> 제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제2조 제1호의2, 제20조의2 제1항, 제20조의4 제1항 및 제38조 제4항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(준공공임대주택의 등록에 관한 적용례) 제6조의2의 개정규정에 따라 등록이 가능한 주택은 2013년 4월 1일 이후 매매계약을 체결한 주택으로 한다.
(5) 민간임대주택에 관한 특별법(2018.1.16. 법률 제15356호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.
3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.
5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.
6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장·군수·구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.
② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.
1. 삭제 <2018.1.16.>
2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택
3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택
③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하거나 말소하고자 할 경우 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.
④ 제1항부터 제3항까지에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙 <법률 제15356호, 2018.1.16.> 제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 제5조(이미 등록한 민간임대주택등에 관한 특례)
② 이 법 시행 후 제5조의 개정규정에 따라 임대사업자가 등록한 장기일반민간임대주택을 다른 법령에서 인용하는 경우 종전 규정에 따라 등록한 준공공임대주택을 포함한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.