쟁점부칙규정의 적용과 관련하여 2016․2019사업연도는 종전규정에 따라 소기업에 해당한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 광고업을 주업종으로 제조업을 영위하는 법인사업자로, 조세특례제한법제7조의 중소기업특별세액감면 규정의 소기업 감면율인 20%를 적용하여 2016·2019사업연도 법인세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 국세청 감사관실의 ‘수도권 소기업 중소기업 특별세액 부적정 감면 점검’에 의하여 2016사업연도부터 2019사업연도까지 청구법인의 법인세 신고내용을 검토하여, 청구법인이 2016·2019사업연도에 소기업에 해당하지 아니한다고 보아 중기업에 대한 감면율인 10%를 적용하여 청구법인에게 2022.3.21. 2016사업연도 법인세 OOO원을, 2022.5.17. 2019사업연도 법인세 OOO원을 각 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.6.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 2007년 법인 설립 후 현재까지 ‘제조/인쇄업’을 주업종으로 하는 성실납세자로, 이 건 쟁점과 관련된 조세특례제한법 시행령제6조 제5항(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것으로 이하 “쟁점시행령 규정” 또는 “개정규정”이라 하고, 개정되기 전의 것을 이하 “ 종전규정”이라 한다)이 개정되기 전인 2015사업연도에는 소기업에 해당하지 아니하나, 2016사업연도 및 2019사업연도는 종전규정에 따른 소기업에 해당한다. (2) 쟁점시행령 규정의 적용시기를 정한 부칙 제22조(이하 “쟁점부칙규정”이라 한다)와 관련하여, 대법원 등 다수의 판례에서 “2016.1.1. 개정 조세특례제한법 시행당시 종전의 시행령 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업”의 의미를 2016사업연도에 소기업에 해당되었던 기업으로 판단하고 있다. 이는 대상기업이 2016년과 2019년에 기존 이익이 침해되는지의 여부는 2016사업연도에 소기업에 해당하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 있었으나 위 개정된 쟁점시행령 규정으로 인하여 더 이상 소기업에 해당하지 아니하게 되어 중소기업특별세액감면을 받을 수 없게 되었는지 여부를 가지고 판단함이 타당하며(대법원 2020.7.29. 선고 2019두56333 판결 외 다수), 청구법인의 경우가 이에 해당한다. (3) 또한 최근 조세심판원에서도 “위 대법원 판결을 인용하여 쟁점부칙규정은 ‘법률 제13560호로 개정된 조특법 시행일인 2016.1.1. 당시인 2016사업연도의 경우 개정 전 규정 아래에서는 소기업에 해당하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 있었으나, 개정규정으로 인하여 더 이상 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받을 수 없게 된 기업’이라고 봄이 타당함(조심 2021전5956, 2021.12.30.)”이라고 적시하고 있으며, 이는 대법원의 판시와 같이 납세자의 기존의 이익이 침해되는지 여부는 계속해 종전규정이 적용되었더라면 당연히 혜택을 받을 수 있는 납세자를 보호하려는 규정으로 그 취지를 본 것이다. (4) 위와 같이 청구법인은 쟁점부칙규정이 적용되는 소기업이므로 2016·2019사업연도의 중소기업특별세액감면에 대해 소기업에 해당하는 감면율을 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 청구근거가 된 대법원 판례 및 조세심판례 중 ‘쟁점부칙규정의 적용대상은 2016사업연도 종전규정에 소기업에 해당하여 중소기업특별세액감면을 받았으나 개정규정으로 인하여 더 이상 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받을 수 없는 기업’이라고 판시한 내용을 근거로, 2016사업연도에 종전기준으로 소기업에 해당하면 쟁점부칙규정이 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 해당 대법원 판례는 2015사업연도에 종전기준으로 소기업에 해당했던 법인이 2016사업연도에 종전규정 및 개정규정 모두 소기업에 해당하지 않아 2016사업연도에 소기업으로 인정받지 못한 사례로, 해당 사건에서 해당 법인이 2016사업연도에 소기업으로 인정받을 수 있는 방법에 관하여 쟁점부칙규정을 설명한 것에 불과하다. 청구법인은 해당 대법원 판례의 경우 서울행정법원, 서울고등법원, 대법원까지 일괄되게 쟁점부칙규정의 ‘법률 제13560호로 조특법 일부개정법률 시행 당시’를 2016사업연도라고 판시하였다고 주장하나, 해당 내용은 해당 사건에서 해당 법인이 2016사업연도에 소기업으로 인정받을 수 있는 방법에 관한 쟁점부칙규정의 설명에 불과하다. (2) 조세심판례 또한 2015사업연도에 종전규정으로 소기업에 해당했던 법인이 2017·2018사업연도에 종전규정 및 개정규정 모두 소기업에 해당하지 않아 2017·2018사업연도에 소기업으로 인정받지 못한 사례로, 해당 사건에서 해당 법인이 2016사업연도부터 2019사업연도까지 소기업으로 인정받을 수 있는 방법에 관한 쟁점부칙규정의 설명에 불과하다. 오히려 해당 심판례에서 “결정례(조심 2017전4105, 2018.2.12.)는 2016사업연도와 관련한 쟁점부칙규정 적용여부는 ‘개정규정이 시행되기전 매출액 등이 확정된 2015사업연도를 기준으로 판단하여야 한다’거나, 기획재정부 해석례(기획재정부 조세특례제도과-266, 2018.4.6.)는 ‘쟁점부칙규정은 개정규정이 시행되기 직전인 2015사업연도에 소기업이었어야 적용할 수 있다’는 취지로 판단하고 있다”는 것을 언급하고 있는 점에서, 쟁점부칙규정에 대해 2015사업연도에 소기업이었어야 적용할 수 있다는 기존의 조세심판원 결정례 및 기획재정부의 해석사례와 입장을 같이 하고 있다고 보는 것이 타당하다. 따라서, 해당 판례를 근거로 2015사업연도 소기업에 해당하지 않았지만, 2016사업연도에 종전규정으로 소기업에 해당하는 법인은 쟁점부칙규정이 적용된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. (3) 더하여, 기획재정부 해석례에서 청구법인과 동일한 사례를 설명하고 있는데, 그 해석에 따르면 쟁점부칙규정 적용대상을 조세특례제한법일부개정법률 시행일(2016.1.1.)이 속하는 직전 과세연도에 종전규정에 따른 소기업에 해당하는 기업이라 하고 있으며, 2016사업연도에 종전규정에 따라 소기업에 해당하지 않는 기업이라 하더라도 2015과세연도에 소기업에 해당해야 적용할 수 있다고 설명하고 있다. 결국, 기획재정부 해석 또는 판례 등을 종합적으로 고려하였을 때 쟁점부칙규정의 판단 기준을 2015사업연도 보는 것이 타당한바 청구법인은 쟁점부칙규정이 적용되지 않는다.

쟁점부칙규정의 적용과 관련하여 2016·2019사업연도는 종전규정에 따라 소기업에 해당하므로 해당 사업연도에 대하여 중소기업특별세액감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

(1) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2012 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

• 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10
• 나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20
• 마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장: 100분의 10 (2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 작물재배업·어업·축산업·광업·건설업·출판업·물류산업 또는 운수업중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것 (3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 “평균매출액등”은 “매출액”으로 본다. 부칙 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행한다. 제22조【소기업의 범위에 관한 경과조치】법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 종전규정에 따라 아래 ＜표1＞과 같이 2016·2019사업연도에 소기업에 해당한다. ＜표1＞ 청구법인 주장 중소기업특별세액 감면 내용 OOO (나) 기획재정부가 2016년에 발간한 ‘2015 간추린 개정세법 해설’에 기재된 쟁점시행령 규정의 개정 취지 등은 아래와 같다.

□ 소기업 판단기준을 고용 친화적으로 개선(조세특례제한법 시행령 제6조) (1) 개정내용 종전 개정

□ 중소기업특별세액감면 적용시 소기업 기준 (①, ② 모두 충족) * 소기업은 소득·법인세 10∼30% 감면, 중기업은 소득·법인세 5∼15% 감면 ① 상시근로자 수 기준 업종 인원기준 제조업 100명 미만 광물, 건설업 등 50명 미만 기타 10명 미만 ② 매출액 기준: 100억원 미만

□ 소기업 판단기준을 매출액 기준으로 일원화 * 중소기업기본법 시행령 (2015.6.30. 개정, 2016.1.1. 시행) 과 일치 < 폐 지 >

○ 매출액 기준: 업종별 차등화 업 종 매출액 제조업, 전기·가스, 수도사업 등 120억원 농업, 광업, 건설업 등 80억원 도·소매업, 출판업 등 50억원 전문·과학·기술서비스업 등 30억원 숙박, 음식점업 등 10억원 (2) 개정이유 소기업이 고용을 늘리더라도 세제지원이 유지될 수 있도록 소기업 기준을 개선 (3) 적용시기 및 적용례 2016.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용 (4) 경과조치 종전규정에 따라 소기업에 해당했던 기업이 동 개정에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업 유예기간 적용 (2) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 서울특별시에 소재하는 광고 제조업을 주업으로 하는 법인사업자로, 2015사업연도부터 2019사업연도까지의 종업원은 50명 미만이고 매출액 및 중소기업기본법 시행령별지3에 따른 소기업 여부 판단은 다음 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구법인 매출액 및 소기업 여부 OOO (나) 청구법인은 쟁점부칙규정 중 ‘법률 제13560호로 조특법 일부개정법률 시행 당시(2016.1.1.) 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업’의 의미를 ‘개정규정이 시행된 2016사업연도’로 해석하여 2016사업연도는 종전규정에 따라 소기업에 해당하므로 청구법인이 쟁점부칙규정 적용대상으로 판단하였고, 이에 2016사업연도부터 2019사업연도까지 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 않더라도 종전규정에 따라 소기업에 해당하면 중소기업특별세액감면 규정의 소기업 감면율이 적용된다고 보아 아래 ＜표3＞과 같이 소기업에 대한 감면율을 적용하였다. ＜표3＞ 청구법인이 적용한 감면율 OOO (다) 처분청은 쟁점부칙규정의 의미를 ‘개정 직전인 2015사업연도’로 보아 청구법인이 2015사업연도에 소기업에 해당하지 아니하였으므로 쟁점부칙규정의 적용 대상이 아니라고 판단하여 이 건 처분을 하였다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부칙규정의 적용과 관련하여 2016·2019사업연도는 종전규정에 따라 소기업에 해당하므로 해당 사업연도에 대하여 소기업에 대한 중소기업특별세액 감면율을 적용하여야 한다고 주장하나, 종전규정에 따라 2015사업연도에 소기업에 해당되었던 기업을 전제로 유예기간인 2016∼2019사업연도에도 종전규정에 따라 소기업에 해당하는 경우에 한해 해당 과세연도에 중소기업특별세액감면을 적용함이 타당해 보이는 점, 개정부칙 제22조는 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부 개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업”이라고 규정하고 있는바, 위와 같이 “해당되었던”이라고 하여 해당 법령에서 그 시점을 과거로 규정하고 있으므로 2015사업연도에 매출액이 OOO원을 초과하여 종전규정에 따라 소기업에 해당하지 아니한 청구법인은 소기업 유예기간 적용대상으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인을 2016·2019사업연도에 쟁점부칙규정이 적용되는 소기업이 아니라고 보아 중소기업특별세액감면을 배제하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.