처분청의 의견과 같이 이 건 부가가치세 2016년 제1기분(확정) 본세에 대하여 5년의 부과제척기간이 적용된다고 하더라도, 이 건 경정청구는 그 5년의 부과제척기간 및 경정청구기한인 2021.7.26.까지 적법하게 제기되었으므로, 이를 이유로 처분청이 청구법인에게 실물거래 없는 세금계산서 수수를 명목으로 해당 세금계산서 관련 가산세를 부과하면서도 관련 매출ㆍ매입세액에 대해서는 부과제척기간(5년) 도과를 이유로 감액하지 아니한 것은 합리적으로 보기 어려움
[주 문] OOO서장이 청구법인의 2021.3.31.자 2016년 제1기 부가가치세 경정청구에 대하여 한 거부처분(부작위)은, 청구법인이 해당 과세기간 동안 실물거래 없이 수수한 세금계산서 관련 매출 및 매입을 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) [쟁점①] 처분청은 청구법인의 2016년 제1기 부가가치세 경정청구에 대하여 국세기본법령에 규정된 통지를 전혀 이행하지 아니하였다. 청구법인은 조사청의 세무조사 결과통지를 받았을 뿐인데, 경정청구 처리통지와 세무조사 결과통지는 주체 등이 전혀 다른 사안일 뿐만 아니라, 해당 세무조사결과통지서에도 경정청구에 대한 처리결과는 전혀 기재되어 있지 아니한 바, 조사청의 세무조사결과에 따른 2016년 제1기 부가가치세 경정ㆍ고지를 경정청구에 대한 통지로 보아야 한다는 처분청의 주장은 타당하지 않다. (가) 처분청은 청구법인에게 국세기본법 제45조의2 제3항 에 따른 결과통지, 같은 조 제4항에 따른 경정청구 진행사항ㆍ불복 관련 통지 등을 전혀 하지 아니하였다. (나) 처분청은 조사청이 청구법인의 수정신고 및 경정청구를 기초로 범칙조사를 실시하였는바 이에 따른 부가가치세 경정ㆍ고지가 경정청구 결과 통지에 해당한다고 보나, 조사청의 세무조사는 2016년 제1기 과세기간에 대한 부과제척기간(2021.7.26.)이 도과한 2021년 9월에서야 착수되었고, 청구법인은 세무조사 진행상황에 대한 통지를 전혀 받지 못하여 조사청에 경정청구 관련 주장을 일체 하지 못하였을 뿐만 아니라, 청구법인의 경정청구서가 조사청으로 이관되지 아니하였으므로, 조사청의 세무조사 결과에는 청구법인의 경정청구 관련 판단이 결여되어 있다고 보아야 한다. (다) 이와 같이 처분청은 이 건 경정청구에 대한 통지를 전혀 이행하지 아니하였으므로, 납부고지서 송달일(2022.2.9.)을 기준으로 심판청구 기간이 도과하였다고 주장하는 처분청의 의견은 타당하지 아니하고, 따라서 이 건 심판청구는 적법하다.
(2) [쟁점②] 청구법인은 2016년 제1기 부가가치세에 대한 경정청구는 법정신고기한일(2016.7.25.)부터 5년 이내에 적법하게 제기하였으므로, 가산세 부과와 함께 본세도 환급되어야 한다. (가) 청구법인은 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따른 기한 내에 적법하게 경정청구를 제기하였으나, 현재까지도 경정청구 결과 통지를 전혀 받지 못하였다. 그러던 중 조사청은 세무조사를 착수한 2021년 9월 이미 부과제척기간이 도과되어 부가가치세 본세의 환급은 불가하다고 보아, 세금계산서불성실가산세 2%만 부과하는 것으로 조사를 종결하였다. (나) 처분청은 조사청에 경정청구서를 이관하였기 때문에, 조사청의 결정을 번복하여 환급할 수 없다는 의견이나, 청구법인이 조사청에 확인한 결과, 조사청은 경정청구서를 이관받은 사실이 없으므로, 당초 조사결정내용을 번복할 수 없다고 답변하였다. (다) 청구법인은 소속 직원의 가공세금계산서 수수 사실을 인지한 이후 자정노력으로 수정신고를 하고 세무조사에 성실히 임하였는데, 적법한 경정청구에 대하여 필요한 처분을 받지 못하여 권리를 부당하게 침해받았으므로, 2016년 제1기 부가가치세 본세 역시 환급되어야 한다.
(1) [쟁점①] 조사청의 세무조사 결과에 따라 2016년 제1기 부가가치세에 대하여 본세는 부과제척기간 5년을, 세금계산서 관련 가산세는 부과제척기간 10년을 적용하여 경정ㆍ고지하였는바, 경정청구에 대한 결정통지가 없다고 볼 수 없으므로, 이 건 납부고지서 송달일인 2022.2.9.부터 90일 이상 도과하여 2022.6.16. 제기된 이 건 심판청구는 부적법한 청구로서 각하대상에 해당한다. (가) 처분청(법인세과)은 2021.4.5. 처분청 내 조사과로 조사의뢰를 하였고, 2021.5.25. 조사결과에 따라 경정청구 결정이 달라질 수 있음을 청구인에게 공문으로 통지하였으므로, 경정청구에 대한 통지가 없었다는 청구주장은 타당하지 아니하다. (나) 나아가 조사청은 청구법인이 제출한 수정신고서 및 경정청구서에 기초하여 조세범칙조사를 실시한 결과, 2016년 제1기 귀속분뿐만 아니라, 2011년 제1기∼2021년 제1기 귀속분에 대한 과세표준 및 세액을 결정하여 경정ㆍ고지를 하였는바, 경정청구 관련 결과통지가 없었다고 할 수 없다. (다) 국세기본법 제45조의2 제3항 은 ‘결ㆍ경정청구를 받은 세무서장은 청구일부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결ㆍ경정하거나, 결ㆍ경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다’고 규정하고 있는데, 이는 결ㆍ경을 하거나 하지 아니하는 경우 그 뜻을 통지하여야 하는 것으로 뜻하는 것이므로, 2016년 제1기 부가가치세에 대해서는 경정이 이루어져 청구인이 납부고지서를 받았으므로, 이에 따라 경정할 이유가 없다는 뜻을 기재하여 경정청구 결과 통지서를 보내야 한다는 청구주장은 타당하지 아니하다. (라) 조사청은 경정청구 적정여부에 대한 검토의견 회신으로서 ‘본세는 부과제척기간 5년을, 세금계산서 관련 가산세는 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2에 따라 부과제척기간 10년을 적용하여 부과제척기간 내에 있는 가산세만 부과하고 조사를 종결’하는 것으로 회신하였는바, 본 세의 환급여부에 대하여 조사청에서 판단하지 않았다는 청구주장 역시 타당하지 아니하다. (마) 따라서, 본세 감액 없이 가산세만 부과한 이 건 과세처분에 대한 심판청구기한은 납부고지서 송달인인 2022.2.9.부터 90일인 2022.5.10.이나, 청구법인은 2022.6.16.에서야 비로소 불복청구를 하였는바, 이 건 심판청구는 청구기간을 도과한 부적법한 청구이다.
(2) [쟁점②] 조사청이 2016년 제1기 부가가치세의 경우 본세 부분은 부과제척기간 5년을 도과하였다고 보았으므로, 처분청은 2016년 제1기 부가가치세 본세에 대하여 감액 등의 조치를 취할 수 없다.
① 이 건 심판청구가 적법한지 여부
② 본세(국세 중 가산세 제외분)와 가산세의 부과제척기간을 달리 보아 청구법인에게 본세 감액 없이 가산세만을 부과한 처분의 당부
(1) 청구이유서, 처분청 답변서, 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인에 대한 2016년 제1기 부가가치세 부과내역은 OOO와 같고, 이에 의하면, 매출ㆍ매입세액 경정 없이 가산세만 부과된 것으로 나타난다. (나) 이 건의 주요 경과는 다음과 같다.
1. 처분청 소속 법인세과장은 2021.4.5. 처분청 내 조사과장에게 ‘청구법인의 이 건 수정신고 및 경정청구를 검토한 결과 실물거래 없이 세금계산서를 수수한 혐의가 있다’고 보아 조사의뢰를 하였다OOO.
2. 처분청은 2021.5.25.자 공문OOO을 통해 청구법인에 ‘청구법인이 2021.3.31. 제기한 부가가치세 2016년 제1기 확정신고분 OOO원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구OOO는, 같은 날 접수된 부가가치세 2016년 제1기(예정)∼2020년 제2기(확정) 과세기간 수정신고에 대한 2021.4.5.자 조사의뢰 결과에 따라 그 결과가 달라질 수 있으므로, 조사결과 통보시까지 경정청구 처리기한을 연장한다’는 내용을 통지하였다.
3. 청구법인의 2016년 제1기 부가가치세에 대한 부과제척기간은 2021.7.26.자로 종료되었는데, 조사청은 그 이후인 2021.9.2. 청구법인에 대한 조세범칙조사에 착수한 후 2022년 1월경 청구법인에 세무조사 결과를 통지OOO하였고, 이에 따라 처분청은 청구법인에게 2016년 제1기 부가가치세를 경정ㆍ고지한 것으로 나타난다.
4. 한편 조사청의 2022.3.21.자 시행 공문OOO 및 그 붙임서류에 의하면, 처분청은 2022년 3월초 조사청에 ‘청구법인의 2016년 제1기 부가가치세 부분조사에 대한 조사결과 및 경정청구에 대한 조사팀의 검토의견’을 요청OOO한 것으로 나타나고, 조사청은 이에 대하여 ‘2021.9.2.∼2022.1.3. 기간 동안 청구법인에 대하여 2010년 제2기∼2016년 제2기와 2021년 제1기 부가가치세 부분조사 및 2017∼2020사업연도 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 주식회사 AAA 등과 사실과 다른 세금계산서를 수수하고 그에 따라 금전을 수수한 것으로 확인되나, 거래당사자들이 이와 관련된 부가가치세를 모두 신고ㆍ납부하여 사기, 기타 부정한 행위를 통한 조세포탈 의도는 없다고 보아 본세는 부과제척기간 5년, 세금계산서 관련 가산세는 국세기본법 제26조의2 에 따라 부과제척기간 10년을 적용하여 경정하되, 이 건 경정청구와 관련된 2016년 제1기(확정) 부가가치세는 세무조사 당시 부과제척기간(2021년 7월)이 이미 도과하여 세금계산서 관련 가산세만 부과하고 종결한다’는 내용으로 그 검토의견을 회신한 것으로 되어 있다.
5. 처분청은 작성일자가 2022년 4월경으로 기재되어 있는 “부가가치세 경정청구 검토서”를 제출하였는데, 해당 검토서에는 ‘조사국에서 2016년 제1기 부가가치세를 결정하였으므로 경정청구를 종결한다’고 기재되어 있다. (다) 처분청이 청구법인에게 2021.3.31.자 경정청구에 대한 결과를 명시적으로 통지한 내역은 확인되지 아니한다. (라) 조사청은 2022.8.31. 우리 원 조사관실과의 유선상 문답과정에서 ‘조사청의 청구법인에 대한 조세범칙조사는 조사청의 자체판단에 따라 착수한 것으로, 처분청에서 청구법인의 경정청구를 근거로 하여 조사청에 조사의뢰를 한 사실은 없고, 세무조사 당시 2016년 제1기 부가가치세 경정ㆍ고지와 관련하여 본세에 대해서는 사기ㆍ기타 부정한 행위가 있었으나 포탈혐의가 없어 5년의 부과제척기간이 적용된다고 보았다’는 내용의 답변을 하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 이 건 심판청구의 적법 여부(쟁점①)에 대하여 살피건대, 처분청은 조사청의 세무조사 결과에 따라 이루어진 납부고지서 송달이 사실상 경정청구 결과통지에 해당하므로, 고지서 송달일인 2022.2.9.부터 90일 이상이 지나 제기된 이 건 심판청구는 청구기간 도과로 부적법한 청구에 해당하여 각하대상이라는 의견이나, 국세기본법 제45조의2 제3항 에 의하면, 경정청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 경정하거나 경정할 이유가 없다는 뜻을 그 청구자에게 통지하여야 하고, 그 청구를 한 자는 2개월 이내에 아무런 통지(같은 조 제4항에 따른 관련 진행상황 및 이후 불복에 대한 통지를 제외한다)를 받지 못한 경우에 통지를 받기 전이라도 심판청구 등을 할 수 있는바, 조사청의 세무조사 결과에 따른 이 건 2016년 제1기 부가가치세 경정ㆍ고지는 2022.2.9.에 이루어진 반면, 처분청이 조사청에 경정청구 관련 검토의견을 요청하고 그에 따라 경정청구 검토서를 작성한 시기는 2022년 3∼4월이므로, 시기상 이 건 2016년 제1기 부가가치세 경정ㆍ고지를 경정청구 검토에 따른 과세표준 및 세액의 경정으로 보기는 어려워 이 건 납부고지서 송달을 경정청구 결과 통지로 갈음할 수 없다 할 것이고, 달리 처분청이 이 건 경정청구일(2021.3.31.)부터 심판청구일(2022.6.16.)까지 청구법인에게 별도로 경정청구에 따라 경정하여야 할 이유가 없다는 취지의 명시적인 통지를 한 사정도 확인되지 않는 점 등에 비추어, 이 건 심판청구는 사실상 불복기한의 제한이 없어 적법하게 제기된 것이므로, 본안심리 대상에 해당하는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 본안(쟁점②)에 대하여 살피건대, 처분청은 거래당사자들이 부가가치세를 모두 신고ㆍ납부하여 국세포탈이 없었으므로 가산세와 달리 본세(국세 중 가산세 제외분)는 국세기본법령상 부과제척기간 10년의 적용요건을 충족하지 못하여 환급대상이 될 수 없다는 의견이나, 국세 부과제척기간은 납세자의 조세 채권ㆍ채무관계를 조속히 확정시킴으로써 납세자의 조세법률 관계를 안정시키기 위한 제도로 납세자에게 불리하게 작용할 수 없다 할 것이고, 따라서 경정청구가 청구기간 내에 적법하게 제기되었다면, 이후 부과제척기간이 경과하였다는 이유로 환급을 거부하는 것은 국세기본법 제26조의2 를 확정ㆍ유추해석하는 결과가 되어 부당하다고 볼 수 있는 점OOO, 그런데 이 건의 경우, 처분청의 의견과 같이 이 건 부가가치세 2016년 제1기분(확정) 본세에 대하여 5년의 부과제척기간이 적용된다고 하더라도, 이 건 경정청구는 그 5년의 부과제척기간 및 경정청구기한인 2021.7.26.까지 적법하게 제기되었으므로, 이를 이유로 처분청이 청구법인에게 실물거래 없는 세금계산서 수수를 명목으로 해당 세금계산서 관련 가산세를 부과하면서도 관련 매출ㆍ매입세액에 대해서는 부과제척기간(5년) 도과를 이유로 감액하지 아니한 것은 합리적으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 부과제척기간이 도과하였다고 보아 경정청구를 거부(부작위)한 이 건 처분은 청구법인이 2016년 제1기 과세기간 동안 실물거래 없이 수수한 세금계산서 관련 매출 및 매입을 모두 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 일부개정된 것) 제26조의2 [국세의 부과제척기간]
① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.
2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.
3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우: 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지(제4항에 따른 통지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다.
④ 제1항과 제2항에 따라 청구를 받은 세무서장은 제3항 본문에 따른 기간 내에 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 청구를 한 자에게 관련 진행상황 및 제3항 단서에 따라 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다는 사실을 통지하여야 한다. (2) 국세기본법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31452호로 일부개정된 것) 제12조의2 [부정행위의 유형 등]
① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 조세범 처벌법 제3조 제6항 에 해당하는 행위를 말한다.
(3) 조세범 처벌법(2018.12.31. 법률 제16108호로 일부개정된 것) 제3조 [조세 포탈 등]
⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐
5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작
6. 조세특례제한법 제5조의2 제1호 에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작
7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위
(4) 부가가치세법(2015.12.15. 법률 제13556호로 일부개정된 것) 제60조 [가산세]
③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)에 2퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우
2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우
3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우
4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우
결정 내용은 붙임과 같습니다.