합산배제되는 다가구주택의 임대등록 요건으로 세무서 사업자등록에 임대주택등록을 추가하였으나, 개정 시행령 부칙 제6조의 종전규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 개정규정에도 불구, 종전 규정에 따른다고 정하고 있는 점, 지자체에 임대사업자로 등록하였다가 1개월 내 말소한 것을 근거로 종합부동산세법 시행령 부칙 제6조를 적용 배제하는 것은 불합리해 보이는 점 등에 비추어 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO서장이 2021.11.29. 청구인에게 한 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
(1) 청구인은 쟁점다가구주택에 대하여 2003.4.3. OOO에 주택임대업으로 사업자등록(사업자등록번호: OOO) 하고 임대하면서 2005년 종합부동산세법제정 이래 2020년까지 쟁점다가구주택을 종합부동산세법 시행령제3조 제3항에 따른 기존임대주택으로 보아 종합부동산세 과세표준에서 합산배제하여 왔다. 청구인은 2020.8.18.민간임대주택에 관한 특별법(이하 “민특법”이라 한다) 개정 시 쟁점다가구주택을 민특법에 따른 장기임대주택으로 등록하지 않으면 향후 종합부동산세 합산배제주택에서 제외되는 것으로 착오 인지하여 2020.12.31. OOO에 임대사업자로 등록하였으나, 이후 민특법 개정내용을 잘못 이해한 것을 알게되었고 등록한지 20여일 만인 2021.1.22. 임대사업자등록 말소를 신청하여 2021.1.29. 말소 완료되었으며, OOO에서는 장기임대주택 신청이 단순 착오로 인정되어 임대의무기간 위배에 대한 과태료 부과처분 없이 임대사업자 등록을 말소하였다. (2) 종합부동산세법 시행령제3조 제1항에서 합산배제 임대주택은 민특법에 따른 임대사업자로서 세법에 따라 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 주택으로 규정하고 있다. 건축법 시행령별표1 제1호 다목의 규정에 따라 다가구주택은 단독주택에 해당하고, 2005년 종합부동산세법이 제정될 당시 구 임대 주택법 시행령제6조에 따르면 단독주택의 경우 2호 이상일 경우에만 임대주택법에 따른 임대사업자등록이 가능하였는바, 당시 종합부동산세법령 및 국세청 유권해석은 단독주택 1호만으로는 지방자치단체에 임대사업자등록이 불가하므로 세법상 사업자등록만으로 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하는 것으로 해석하여 왔다. 청구인은 종합부동산세법이 제정되기 이전인 2003.4.3.부터 실제로 주택임대사업에 종사하여 왔고 거주주택 이외에 쟁점다가구주택 1호만을 보유하였으므로 세법상 사업자등록만으로 종합부동산세법 시행령제3조 제3항에 따른 기존임대주택에 해당하여 합산배제임대주택요건을 득하였는바, 비록 청구인이 착오로 2020.12.31. OOO에 임대사업자등록을 신청하였다가 20여일 후 말소신청을 하였다고 하여 새로이 임대사업을 시작한 것으로는 볼 수 없고 쟁점다가구주택은 종합부동산세 제정 이전부터 국세청에 사업자등록을 하고 임대를 개시한 합산배제 주택에 해당한다. 2020.2.11. 종합부동산세법 시행령을 개정하면서 제3조 제3항을 삭제하였으나, 부칙 제6조를 살펴보면 ‘이 영 시행 전에 종전의 제3조 제3항 및 제4항에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 제3조 제3항 및 제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있는 점을 살펴보면 쟁점다가구주택은 합산배제 임대주택에 해당하는 것으로 봄이 타당하다.
(1) 종합부동산세법(2021.1.1. 법률 제17760호로 일부개정된 것) 제7조【납세의무자】
① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 제8조【과세표준】
① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조 제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.
1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 (2) 종합부동산세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31447호로 일부개정된 것) 제3조【합산배제 임대주택】 ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.
1. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택과 공공주택 특별법 제2조제1호 의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 “건설임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.
2. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택과 공공주택 특별법 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 “매입임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제3호 에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.
3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택
③ 삭제 <2020. 2. 11.>
④ 삭제 <2020. 2. 11.> (3) 종합부동산세법 시행령 부칙<제30404호, 2020.2.11.> 제6조【 다가구주택 임대사업자 등록에 관한 경과조치 】 이 영 시행 전에 종전의 제3조 제3항 및 제4항에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 제3조 제3항 및 제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (4) 종합부동산세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30404호로 일부개정되기 전의 것) 제3조【합산배제 임대주택】 ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제7호 에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다. (각 호 생략)
③ 다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.
④ 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구 임대주택이 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 본다. (5) 종합부동산세법 시행령(2005.12.31. 대통령령 제19253호로 일부개정된 것) 제3조【합산배제 임대주택】 ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 임대 주택법 제2조 제4호 의 규정에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 의 규정에 따른 사업자등록(이하 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다.(각 호 생략)
③ 다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자로서 임대 주택법 시행령 제6조 제1항 의 규정에 따른 등록기준 호수(戶數)에 미달하는 자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.
④ 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구 임대주택이 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 본다.
(6) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 일부개정된 것) 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.
7. “임대사업자”란 공공주택 특별법 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제5조【임대사업자의 등록】 ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.
② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다. 2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택
3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 제6조【임대사업자 등록의 말소】 ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.
3. 제5조 제1항에 따라 등록한 날부터 1개월이 지나기 전 또는 제43조의 임대의무기간이 지난 후 등록 말소를 신청하는 경우
(7) 임대주택법(2003.11.30. 법률 제6916호로 일부개정된 것) 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.
1. “임대주택”이라 함은 임대목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.
2. “건설임대주택”이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 주택을 말하며, 그 종류는 대통령령으로 정한다.
3. “매입임대주택”이라 함은 임대사업자가 매매등에 의하여 소유권을 취득하여 임대하는 주택을 말한다.
4. “임대사업자”라 함은 국가ㆍ지방자치단체ㆍ대한주택공사ㆍ 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 “지방공사”라 한다)ㆍ제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제6조의2의 규정에 의하여 설립된 임대주택조합을 말한다. 제6조【임대사업자의 등록】 ① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장ㆍ군수 또는 구청장(自治區의 區廳長을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다. (8) 임대 주택법 시행령(2004.3.17. 대통령령 제18312호로 일부개정 된 것) 제6조【임대사업자의 범위 및 등록기준 등】 ① 법 제6조 제1항에서 “대통령령이 정하는 호수”라 함은 단독주택의 경우에는 2호, 공동주택의 경우에는 2세대를 말한다.
(1) 처분청이 제출한 청구인에 대한 주택분 과세대상 물건명세서의 내역은 아래 <표1>와 같고, 2021년 종합부동산세 등 세액 결정내역은 아래 <표2>와 같다. <표1> 과세대상 물건내역 (단위: ㎡, 천원) OOO <표2> 2021년 종합부동산세 등 세액 결정내역 (단위: 원) OOO
(2) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 쟁점다가구주택에 대한 세무서 주택임대 사업자등록 현황은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점다가구주택 사업자등록 현황 OOO
(3) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 쟁점다가구주택 신축당시부터 2020.12.30.까지 관할 지방자치단체에 임대사업자로 등록한 사실이 없는 것으로 나타나고, 2020.12.31. OOO에 임대사업자등록(등록번호: OOO)을 하였다가, 2021.1.28. 폐업한 사항이 국세통합전산망 조회자료(국토교통부 임대사업자등록자료)로 확인된다. 청구인이 제출한 쟁점다세대주택에 대한 임대사업자등록증과 등록말소 신고 접수증에는 말소 사유에 대한 기재는 없다.
(4) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구인은 2005∼2021년까지 쟁점다가구주택에 대하여 종합부동산세 임대주택 합산배제 신청을 하였고, 처분청은 2005∼2020년 기간 동안 이를 합산배제 임대주택으로 보아 종합부동산세 과세대상에서 제외한 사실이 나타나며, 쟁점다가구주택의 건축물대장상 2021.11.26. 건축 대수선 허가신청하여 2022.1.7. 근린생활시설로 용도변경한 내역이 확인된다.
(5) 2020.2.11. 종합부동산세법 시행령제3조 제3항 및 제4항 개정과 관련하여 2020년 개정세법 해설내용을 살펴보면, 개정취지는 다가구 주택도 일반 임대주택과 같이 시군구 임대주택등록 의무화로 나타나고, 개정내용은 합산배제되는 다가구주택 임대등록 요건을 당초 세무서 사업자등록에서 시군구 임대주택등록을 추가한 것으로 나타난다. 위 개정규정은 2020.2.11. 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용하도록 하고 있으나, 경과조치로 종전규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전규정에 따르도록 하고 있다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 2020.12.31. 쟁점다가구주택에 대하여 OOO에 임대사업자등록을 하였다가 이후 임대사업자등록이 말소되어 2021년 종합부동산세 과세기준일 현재에는 임대사업자등록이 되어 있지 않으므로 쟁점다가구주택을 합산배제 임대주택으로 보지 아니하고 종합부동산세 등을 부과한 처분은 정당하다는 의견이나, 2020.2.11. 대통령령 제30404호로 개정되기 전의 종합부동산세법 시행령제3조 제3항에서 다가구임대주택과 관련하여 관할세무서에 사업자등록을 하는 경우 관할 지방자치단체에 등록을 한 임대사업자로 보도록 규정하고 있었고, 같은 조 제4항에서 이러한 임대사업자가 임대하는 다가구 임대주택은 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 보도록 규정하고 있었는바, 청구인은 쟁점다가구주택을 2003.4.3. 처분청에 사업자등록한 후 주택임대사업을 영위하여 왔고 상기 종합부동산세법 시행령제3조 제3항 및 제4항에 따라 2020년까지 쟁점다가구주택을 합산배제 임대주택으로 보아 종합부동산세 과세대상에서 제외하였으며 처분청도 이를 인정하여 온 점, 2020.2.11. 대통령령 제30404호로 종합부동산세법 시행령이 개정되어 제3조 제3항 및 제4항이 삭제되면서 합산배제되는 다가구주택의 임대등록 요건으로 당초 ‘세무서에 대한 사업자등록’만 있다가 ‘관할 지방자치단체에 대한 임대주택등록’이 추가되었으나, 개정 시행령 부칙 제6조에서 종전규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전규정에 따른다고 정하고 있는 점, 청 구인은 비록 2020.12.31. OOO에 임대사업자로 등록하였다가 1개월 내인 2021.1.29. 말소가 되었으나, 이를 근거로 상기 종합부동산세법 시행령부칙 제6조의 적용을 배제하는 것은 명시적인 배제규정이 없는 상태에서 그 적용대상을 축소하는 것이어서 납세자인 청구인에게 불리해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인에게 이 건 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.