조세심판원 심판청구 소득세

청구인이 신고한 쟁점건물 환산취득가액을 부인하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심 2022서6576 선고일 2023-02-15 조세심판원

[요지] 처분청이 청구인이 신고한 환산취득가액을 부인하고 쟁점건물 신축공사 관련 매입세금계산서 금액을 쟁점건물의 취득가액으로 하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

[참조결정] 조심2013구2147 / 조심2020서8666

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구인은 2005.6.22. OOO 토지(695.3㎡)를 취득하여 위 토지 지상에 교육연구 및 복지시설(3개 층 면적 합계 1,035.20㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하였고, 쟁점건물을 유치원으로 사용하다가 2019.7.10. AAA에게 건물 및 토지를 OOO원에 매도하였으며, 2019.10.31. 토지분 취득가액을 OOO원, 쟁점건물 취득가액을 환산취득가액인 OOO원(이하 “환산취득가액”이라 한다)으로 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 나. 처분청은 청구인이 쟁점건물에 대하여 취·등록세 과세표준으로 신고한 금액과 쟁점건물 시공사에서 교부한 세금계산서 금액을 근거로 환산취득가액을 부인하고 쟁점건물 취득가액을 OOO원(이하 “쟁점취득가액”이라 한다)으로 하여 2022.6.2. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.6.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장 쟁점건물은 실지취득가액이 불분명하므로 청구인이 신고한 환산취득가액을 취득가액으로 인정하여야 한다.

(1) 청구인은 2005년 12월 쟁점건물 신축당시 비용이 약 OOO원 정도로 기억되나 약 17년 전의 신축비용을 분명하게 입증하기란 매우 어려운 일이고 이는 처분청도 마찬가지 일 것이나 이러한 경우 그 입증책임은 처분청에 있다(수원고등법원 2020.6.21. 선고 2020누12472 판결, 참조).

(2) 당시 건설교통부가 고시한 표준 건축비는 2004년도 ㎡당 OOO원, 2005년은 ㎡당 OOO원으로 쟁점건물(1,035.20㎡)의 취득표준건축비는 OOO원으로 산정되나 처분청이 취득가액으로 산정한 OOO원은 2005년도 표준건축비의 33.2%에 불과하여 이는 상식적으로도 건축비로 보기에 불가능한 금액이다.

(3) 또한 지방자치단체장은 지방세 과세기준으로 시가표준액을 정하고 있고, 이는 실지거래금액보다 적은 것이 일반적인데 청구인은 쟁점건물 준공 후 OOO에 OOO원으로 신고하였으며, 당시 시가표준액은 OOO원으로 나타난다. 한편 지방세법 제10조 제2항은 취득자가 신고한 가액을 취득세 과세표준으로 하나 신고가액이 시가표준액보다 적은 경우에는 시가표준액으로 한다고 규정하고 있는바 이는 건물신축비용을 신고할 때 신축비용을 사실대로 신고하여야 하나 이를 적게 신고할 경우를 가정하여 최소한 시가표준액 이상으로 신고하도록 유도하는 규정으로 볼 수 있다. 그러므로 처분청이 쟁점건물 신축비용을 지방세 시가표준액보다 적은 OOO원으로 산정하여 청구인의 양도소득세를 경정하였으므로 이는 부당한 처분이다.

(4) 처분청은 청구인이 쟁점건물 신축당시 교부받은 세금계산서금액과 OOO에 신고한 금액을 참고로 하여 신축비용을 결정하였다는 의견이나 이는 인건비 등 세금계산서가 발행되지 않았던 비용이 누락되어 있는 금액이므로 이를 신축가액으로 보기는 어렵고, 청구인이 2005.12.17. 현금지급한 건축비 OOO원이 거래상대방이 확인되지 않는다는 이유로 불인정하였으며, 이 경우 소득세법제97조 제1항 제1호 나목에 따라 실지거래가액이 불분명한 경우 환산가액으로 결정하여야 하고, 조세심판원의 선결정례(조심 2013구2147, 2013.11.1., 조심 2020서8666, 2021.7.22.)는 이와 유사한 사례에서 환산가액으로 양도소득세를 결정하도록 한바 있으므로 환산취득가액을 인정하여 청구인에게 한 양도소득세 부과처분을 취소하는 것이 타당하다.

  • 나. 처분청 의견 쟁점건물 취득가액은 시공업체의 세금계산서 발행금액으로 보아야 하고, 청구인의 주장은 아래와 같은 이유로 타당하지 아니하다.

(1) 청구인이 주장하는 취·등록세 과세표준 신고내역을 보면 시가표준액으로 결정된 것이 아니고 납세자가 제출한 금액으로 결정되었으며, 이는 지방세법제10조에 따라 납세자가 제출한 실제취득가액으로 결정하였다는 의미이다.

(2) 또한 청구인은 자력으로 쟁점건물을 신축할 수 없어 전문건설업체인 ㈜AAA[구(舊) (유)BBB]에 의뢰한 것으로 확인되고, 대금지급상황을 볼 때 4개월 정도의 단기 공사로 확인되며, 일반적으로 단기 신축 도급공사계약을 할 때 도급인과 수급인은 도급금액을 일괄로 계약하고 용역제공 완료시 세금계산서를 발행하므로 시공업체의 세금계산서 발행금액을 쟁점건물 전체 공사금액으로 보아야 한다.

(3) 청구인에 대한 2018년도 양도소득세 조사시 청구인이 제시한 금융증빙 및 조사내역은 아래 <표1>과 같고, 금융거래조사내역을 보면 2005.12.7.자 OOO원은 현금으로 지급하여 거래상대방이 확인되지 않아 건축비로 인정하지 아니하였고, 2005.12.7. OOO원이 다시 청구인에게 입금된 사실이 확인되어 실제 건축비로 나간 금액은 OOO원이고 위 금액과 세금계산서상 금액 OOO원 중 큰 금액인 OOO원을 취득가액으로 산정하였다. 청구인은 취·등록세 신고시 OOO원을 쟁점건물의 취득가액으로 신고하고 매입세금계산서도 수취해 놓았음에도 지금에 와서 실지거래가액이 확인되지 않는다면서 환산취득가액을 인정해 달라는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다. <표1> 청구인의 계좌 쟁점건물 취득가액 관련 금융거래내역 ㅇㅇㅇ

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 청구인이 신고한 환산취득가액을 부인하고 쟁점건물 신축공사 관련 매입세금계산서 금액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

  • 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
  • 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

  • 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
  • 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법 개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
  • 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

  • 가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
  • 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

④ 삭제

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 “신고의무자”라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법 제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 “등기부 기재가액”이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 “감정평가업자”라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

(3) 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 일부개정되기 전의 건) 제111조 (과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 년부로 취득하는 경우에는 년부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

1. 부동산가격공시및감정평가에관한법률에 의하여 가격이 공시되는 토지 및 주택에 대하여는 동법에 의하여 공시된 가액. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장ㆍ군수가 동법의 규정에 의하여 건설교통부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 한다.

2. 제1호외의 건축물과 선박ㆍ항공기 그 밖의 과세대상에 대하여는 거래가격, 수입가격, 신축ㆍ건조ㆍ제조가격 등을 참작하여 정한 기준가격에 종류ㆍ구조ㆍ용도ㆍ경과연수 등 과세대상별 특성을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액

③ 건축물을 건축(新築 및 再築을 제외한다) 또는 개수한 경우와 대통령령이 정하는 선박ㆍ차량 및 기계장비의 종류변경 또는 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령이 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2003.3.3.부터 2019.8.1.까지 OOO유치원이라는 상호로 쟁점건물을 사업장 소재지로 하여 교육서비스업을 영위한 사업자로 2019.10.31. 아래 <표2>와 같이 토지와 쟁점건물 양도에 대하여 토지분 취득가액을 OOO원, 쟁점건물 취득가액을 OOO원(환산취득가액)으로 하여 2019년 귀속 양도소득세를 신고·납부하였고, 처분청은 청구인의 환산취득가액을 부인하고 ㈜AAA의 2005년 세금계산서 합계표상 금액 OOO원을 쟁점건물 취득가액으로 하여 2019년 귀속 양도소득세를 경정·고지하였다. <표2> 청구인의 2019년 귀속 양도소득세 신고 및 경정내역 ㅇㅇㅇ (나) 등기사항전부증명서에 의하면 OOO 토지는 지목이 대, 면적은 695.3㎡로 2005.6.20. 매매를 원인으로 청구인에게 소유권이전되었다가 2017.7.10. AAA에게 양도되었고, 쟁점건물은 위 토지 지상 1층 382.04㎡, 2층 383.77㎡, 3층 269.39㎡ 합계 1,035.20㎡인 교육연구 및 복지시설로 2005.12.8. 청구인에게 소유권보존되었다가 2019.7.10. AAA에게 양도되었으며, 매매목록에 쟁점건물과 토지를 합산한 거래가액은 OOO원으로 기재되어 있다.

(2) 청구인이 쟁점건물 취득가액을 입증하기 위하여 제출한 자료는 아래와 같다. (가) 건설교통부 표준건축비 고시는 OOO 지역에 건축하는 대형건축물에 부과되는 과밀부담금의 산정을 위하여 건설교통부가 1994년도부터 고시해온 것으로 이에 의하면 2003년은 1㎡당 1,192,000원(건설교통부 고시 제2002-307호), 2004년은 1,270,000원(건설교통부 고시 제2003-316호), 2005년은 132만1000원(건설교통부 고시 제2004-413호)으로 나타난다. (나) 2005년 12월 청구인이 OOO에 제출한 쟁점건물 소유권보존등기신청서에 의하면 쟁점건물의 시가표준액은 1㎡당 OOO원으로 하여 OOO원으로 산정하였고, 취득금액은 OOO원으로 기재되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물 취득가액은 소득세법 제97조 제1항 제1호의 쟁점건물 취득 당시의 실지거래가액 확인을 위하여 필요한 증빙서류가 없거나 미비된 경우에 해당하므로 이를 환산취득가액으로 산정하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제97조 제1항 제1호는 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 적용하도록 하고 있고, 같은 법 제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2 제1항 제1호는 취득 당시의 실지거래가액 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 미비된 경우 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 경정할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점건물 신축을 ㈜AAA에 시공의뢰하였고, 시공사에서 발행한 세금계산서상 금액이 OOO원으로 확인되므로 이는 증빙서류가 없거나 미비된 경우에 해당한다고 보기 어려운 점, 청구인 소유 계좌에서 출금된 금액 중 처분청이 쟁점건물 건축비로 확인한 금액은 OOO원이고, 청구인이 쟁점건물 취득당시 OOO장에 신고한 가액은 OOO원으로 확인되는바 이는 처분청이 인정한 취득가액 OOO원과 유사한 점, 청구인은 쟁점취득가액이 표준건축비 대비 32%에 불과하므로 이를 인정할 수 없다고 주장하나 표준건축비는 서울특별시 지역에 건축하는 대형건축물에 부과되는 과밀부담금의 산정을 위하여 건설교통부가 고시한 금액으로 쟁점건물 건축비와 비교·적용하기에 합리적인 금액으로 볼 수 없는 점 등에 비추어, 처분청에서 청구인이 신고한 환산취득가액을 부인하고 쟁점건물 신축공사 관련 매입세금계산서 금액을 쟁점건물의 취득가액으로 하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)