쟁점물건이 양도 당시 조합원입주권에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인의 어머니 aaa(이하 “피상속인”이라 한다)는 2020.4.29. OOO(OOO 주택재건축사업지구에 속한 아파트이고, 이하 “쟁점물건”이라 한다)의 지분 100분의 97(이하 “쟁점지분”이라 한다)을 OOO원에 양도하고, OOO의 조합원들이 조합을 상대로 관리처분계획총회결의무효 확인소송을 제기한 결과 OOO의 관리처분계획취소판결(OOO 판결, 이하 “1심 판결”이라 한다)로 인해 관리처분계획인가가 무효이므로 쟁점지분의 양도가 조합원입주권의 지분양도가 아닌 주택의 지분양도인 것으로 보아 1세대 1주택(고가주택) 비과세 특례규정을 적용하여 2020.6.4. 처분청에 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2020.7.1. 피상속인의 사망으로 상속세 조사를 하면서 쟁점지분에 대한 양도소득세 조사를 함께 실시한 결과 OOO이 1심 판결을 취소하고 최초의 관리처분계획인가가 유효한 것으로 판결(OOO 판결, 이하 “2심 판결”이라 한다)하였고, 당초 관리처분계획인가일(2018.12.3.)에 쟁점물건이 주택에서 2조합원입주권(115㎡+59㎡)으로 전환되었으므로, 쟁점지분의 양도가 2조합원입주권의 지분양도인 것으로 보아 2021.10.20. 피상속인의 양도소득세 납세의무를 승계한 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.1.12. 이의신청을 거쳐 2022.5.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 피상속인은 관리처분계획인가를 무효인 것으로 판단한 1심 판결에 따라 쟁점지분의 양도가 1세대 1주택자의 주택 지분양도로 보아 양도소득세를 신고․납부하였고, 이후 2심 판결로 1심 판결의 효력이 상실되기 전까지는 쟁점지분의 양도가 1세대 1주택자의 주택 지분양도에 해당된다고 판단할 수 밖에 없었는바, 선량한 납세의무자의 신뢰이익이 보호되어야 하므로, 처분청이 쟁점지분의 양도를 2조합원입주권의 지분양도로 보아 한 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 피상속인은 관리처분계획인가일 이후 2조합원입주권으로 전환된 쟁점물건의 지분인 쟁점지분을 양도하였고, 쟁점지분의 양도와 관련된 매매계약서상 특약사항으로 조합원 자격을 매수인에게 인계하고 대지 또는 건축물의 명세 및 추산가액표(조합원번호 OOO bbb, OOO 피상속인, 평가액 OOO원, 115㎡+59㎡+OOO원 환급, 분양신청상태)를 첨부하여 계약한다고 명시하여 피상속인 등 매도인과 매수인 모두 쟁점지분의 양도가 주택의 지분양도가 아닌 조합원입주권의 지분양도에 해당한다는 것을 인지한 상태에서 쟁점지분의 양수도계약을 체결한 것으로 볼 수 있는바, 처분청이 쟁점지분의 양도가 2조합원입주권의 지분양도로 보아 한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점지분의 양도가 조합원입주권의 지분양도에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 소득세법(2020.8.18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
• 나. 지상권
• 다. 전세권과 등기된 부동산임차권 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(2) 국세기본법 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 피상속인은 1999.3.11. 쟁점물건을 경락으로 취득하였고, 2010.3.25. 피상속인의 배우자 bbb에게 쟁점물건의 지분 100분의 3을 증여하였다. (나) 피상속인과 bbb은 2019.5.14. 아래 <표1>과 같이 쟁점물건을 양도가액 OOO원에 ccc에게 양도하는 매매계약을 체결하였고, 2020.4.29. 쟁점물건의 소유권을 ccc에게 이전하였다. <표1> 쟁점물건 등 양수도계약서 OOO (다) 피상속인은 쟁점지분의 양도가 1세대 1주택(고가주택) 비과세 대상에 해당하는 것으로 보아 아래 <표2>와 같이 2020년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였다. <표2> 피상속인의 양도소득세 신고내역 (단위: 원) OOO (라) OOO 주택재건축사업 관련 사실관계는 다음과 같다.

1. OOO구청장은 2018.12.6. OOO 주택재건축정비사업 관리처분계획인가 고시(OOO호)를 하였다. <표3> 관리처분계획인가 고시 OOO

2. OOO 주택재건축 조합원 일부는 관리처분계획 총회결의무효확인소송을 제기하였고, OOO은 OOO구청장으로부터 2018.12.3. 인가받은 관리처분계획을 취소한다고 판결(1심 판결)하였다. <표4> 1심 판결(일부 발췌) OOO

3. OOO이 1심 판결에 대하여 항소를 제기한 결과, OOO은 1심 판결을 취소하고 당초 관리처분계획이 유효하다고 판결(2심 판결)하였다. <표5> 2심 판결(일부 발췌) OOO (마) 처분청이 OOO에 대한 조합원 권리금액 산출내역 및 청산금 확인을 요청한 결과, 피상속인 세대는 아래 <표6>과 같이 115㎡형+59㎡형 공동주택 분양신청을 한 것으로 나타난다. <표6> 조합원 권리금액 산출내역 및 청산금 내역 OOO

(2) 처분청은 쟁점지분의 양도가 2조합원입주권(115㎡+59㎡)의 지분양도로 보아 아래 <표7>과 같이 양도소득세를 경정․고지하였고, 가산세는 별도로 부과하지 아니하였다. <표7> 처분청의 양도소득세 경정 내역 (단위: 원) OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 법원의 판결에 따라 관리처분계획인가의 효력이 무효로 되었으므로 쟁점지분의 양도를 1세대 1주택의 지분을 양도한 것으로 보아야 하거나 법원의 판결을 신뢰하였음에도 처분청이 그 신뢰에 반하는 이 건 양도소득세 부과처분을 하였으므로 이는 위법․부당하다고 주장하나, 소득세법제89조 제2항은 재건축사업에 있어서 종전 부동산이 부동산을 취득할 수 있는 권리(조합원입주권)로 변환되는 시기를 관리처분계획 인가일로 보도록 규정하고 있고, 쟁점물건의 경우 2018.12.3. 관리처분계획인가로 조합원입주권으로 전환되었다고 볼 수 있으며, 피상속인은 관리처분계획인가일 이후에 쟁점지분을 양도한 점, 민사소송법상 1심 법원의 판결은 항소에 의하여 확정이 차단되고, 항소심 법원에서 원심과 다르게 결정한 경우 원심의 판결은 실효되는바, 2심 판결로 당초 관리처분계획인가의 효력이 유효한 것으로 확정되었으므로, 이 건 관리처분계획의 효력이 무효로 되었다고 볼 수 없고, 실제로도 재건축사업은 소송으로 사업절차가 지연되었을 뿐 심리일 현재 정상적으로 진행되고 있는 점, 1심 판결의 경우 상급심에서 그 결과가 변경될 수 있다는 점에 대하여는 청구인 또한 인지할 수 있는바, 이를 신뢰한 데에 대한 귀책사유가 없다고 볼 수는 없고, 법원의 1심 판결을 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명한 경우에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구인의 위 주장을 받아들이기는 어렵고, 따라서 처분청이 피상속인이 조합원입주권의 지분을 양도한 것으로 보아 피상속인의 납세의무를 승계한 청구인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.