쟁점금액은 직접공사비가 아닌, 기술지원비용, 사무실운영비, 이윤 등으로 구성된 간접경비로 보이는바, 당초의 공사별집계표 등에 포함되지 않은 경비로 볼 수 있고, 공사용역에 대한 대가가 아니라고 단정하기 어려움
쟁점금액은 직접공사비가 아닌, 기술지원비용, 사무실운영비, 이윤 등으로 구성된 간접경비로 보이는바, 당초의 공사별집계표 등에 포함되지 않은 경비로 볼 수 있고, 공사용역에 대한 대가가 아니라고 단정하기 어려움
[주 문] OOO서장이 2022.3.8. 청구법인에게 한 2017년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점금액은 건설용역에 대한 대가로 지급한 금액이므로 매입세액으로 공제되어야 한다. (가) 부가가치세법 제29조 제3항 에서 공급가액은 대금, 요금, 수수료, 그 밖의 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치를 모두 포함한다고 규정하고 있고, 제1호에서 금전으로 대가를 받는 경우 그 대가를 공급가액으로 명시하고 있다. (나) 대법원도 공급가액에 대하여 금전으로 받은 경우 재화나 용역의 공급에 대가관계가 있는 가액 곧 대가라고 판단하였는바(대법원 1984.3.13. 선고 81누412 판결), 사업자가 공급하는 재화․용역과 그 대가가 서로 연결되어 있으면 공급가액이라는 것이다. (다) 청구법인은 당초계약의 ‘민간건설공사 도급계약 일반조건’ 제36조 제1항에 근거하여 계약변경합의서를 작성하였고, 계약변경합의서는 쟁점공사업체가 쟁점공사와 관련하여 발생한 직․간접비 및 이윤을 포함하여 정하였는바, 이는 청구법인이 제공받은 건설용역과 서로 연결되어 있는 것이다. (라) 처분청은 쟁점금액의 산정내역에 해당하는 ‘일반관리비 및 이윤’ 문서에서 인건비 등의 산정기간이 공사기간 이후인 2017년 11월부터 2018년 7월까지로 기재되어 있는 점을 처분의 근거로 제시하고 있으나, 계약변경합의서상 공사기간(2016년 11월～2017년 7월) 등을 고려할 때 단순기재오류로 보아야 한다.
(2) 처분청의 의견처럼 쟁점금액을 쟁점공사업체의 손실보전을 위한 지출금액으로 보더라도 부가가치세 과세대상(매입세액 공제대상)에 해당한다. (가) 대법원은 재화나 용역을 공급받는 자가 지불한 금원의 명목이 위약금으로 되어 있다 하더라도 전체적으로 볼 때 당해 재화나 용역의 공급에 대한 대가인 경우에는 부가가치세 과세대상이라고 판시하고 있다(대법원 2019.9.10. 선고 2017두61119 판결). (나) 처분청은 쟁점금액을 공급가액으로 보기 어렵다는 의견이나, 쟁점공사라는 하나의 거래를 원인으로 수수한 가액을 그 구성요소별로 구분하여 일부는 과세로, 일부는 면세로 나누는 것은 부당하다. (다) 거래대상이 되는 재화․용역은 전부 과세요소와 면세요소를 동시에 포함하고 있으나, 해당 거래가 과세대상인지 여부는 대상 거래 당시의 대상 재화 또는 용역의 성상에 따라 일괄적으로 판단하는 것이지 구성요소별로 나눌 수 없다.
(1) 쟁점금액의 실질은 계약의 해지로 인하여 지급한 위약금 또는 보상금에 해당한다. (가) 쟁점토지 매매계약서에 의하면 청구법인이 철거공사 및 흙막이공사에 대하여 쟁점공사업체와 OOO원 및 OOO원으로 정산한 사실을 알 수 있다. (나) 이미 철거공사 및 흙막이공사까지의 공정에 대하여 투입원가 대비 이윤 등을 산정하여 정산한 사실이 계약변경합의서에 명시되어 있음에도 구체적인 증빙 없이 추가공사를 진행하고 그 대가를 지급한 것이라는 청구주장은 신빙성이 없다. (다) 청구법인은 추가공사와 관련하여 2017년 11월부터 2018년 7월까지 예정 인건비 및 이윤 등으로 기재된 것을 표기오류라고 주장하나, 쟁점토지 매매계약 당시 이미 토지매수자 및 쟁점공사업체와의 정산을 통해 완결된 흙막이 공사 이외에 추가공사가 진행된 사실이 없음이 확인되는바, 쟁점금액은 쟁점공사 중단에 따라 하도급업체들이 입게 될 손실 등을 보전할 목적의 금원으로 보아야 한다. (라) 따라서 쟁점금액은 청구법인이 제공받은 건설용역과는 직접적으로 관련이 없는 지출로 공급가액과는 무관하다 할 것이다.
(2) 쟁점공사는 완성도기준지급조건부로 용역을 제공하는 경우에 해당하여 완성도를 측정하고 기성고를 청구하며 그 대가를 확정하는 일련의 행위에 의해 공급가액이 확정되나, 쟁점금액은 그와 무관하게 지출된 금액이므로 공급가액에 해당하지 아니한다. (가) 당초계약에 의하면 선금, 중도금(매2개월 지급), 잔금으로 청구하게 되어 있고, 청구법인은 쟁점공사업체에 2016.11.14. 선금을, 2017.6.12. 철거공사대금을 지급하였으며, 2017.7.20. 계약변경합의서 등에 따라 추가로 정산금을 지급하였다. (나) 쟁점공사업체의 2021.7.21. 2차 기성신청내역 및 총괄집계표 등에 쟁점금액이 기재되어 있으나, 공사별집계표 등과 같은 공정별 세부기성내역에 쟁점금액의 원가명세가 기재되어 있지 아니하는바, 쟁점금액은 명목상 간접경비로 처리한 것일 뿐, 쟁점공사용역의 대가로 볼 수 없고, 쟁점공사와 무관하게 지출된 금액에 해당한다. (다) 대법원도 위약금이나 손해배상금은 부가가치세 공급가액에 해당하지 않는다고 판단하고 있는바(대법원 1984.3.13. 선고 81누412 판결), 청구법인이 쟁점금액을 위약금 또는 보상금으로 명시하고 있지는 않으나 그 실질이 발주자인 청구법인의 책임으로 도급계약이 해지되고 이로 인하여 하도급업체들이 입게 되는 손실을 위해 지급된 금액인바, 이는 부가가치세 과세표준인 공급가액에 해당한다고 볼 수 없다.
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액
2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
3. 폐업하는 경우: 폐업 시 남아 있는 재화의 시가
4. 제10조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항 및 제12조 제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가
5. 제10조 제3항에 따라 재화를 공급하는 것으로 보는 경우: 해당 재화의 취득가액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 가액
6. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우: 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
(1) 청구법인은 아래 OOO과 같이 쟁점공사업체로부터 매입세금계산서를 교부받아 각 과세기간별로 해당 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였고, 처분청은 쟁점금액에 대한 매입세액을 불공제하여 2022.3.8. 청구법인에게 2017년 제2기 부가가치세 OOO원을 부과하였다.
(2) 청구법인은 2016.11.11. 쟁점공사업체와 도급계약(당초계약)을 체결한 후 기존건물의 철거공사와 흙막이 공사를 진행하다가, 2017.5.24. 쟁점토지매수자에게 쟁점토지를 매도하였고, 2017.7.20. 쟁점공사업체와 정산을 위해 당초계약의 내용을 변경하였다.
(3) 당초계약의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 당초계약에 따른 공사기간은 2016.11.14.부터 2018.12.31.까지이고, 총 계약금액은 OOO(공급가액)이며, 첨부문서로 ‘민간건설공사 도급계약 일반조건’, ‘공사계약특수조건’, ‘도급(계약)내역서’가 있다. (나) ‘민간건설공사 도급계약 일반조건’ 제36조(계약해지시의 처리)에 의하면, 제1항에서 공사금액의 정산, 제2항에서 배상청구에 대하여 정하고 있는바, 청구법인은 제1항에 따라 기성부분의 공사금액을 정산하고자 계약변경합의서를 작성하여 쟁점금액을 지급한 것이며 배상문제는 발생하지 않았으므로 쟁점금액은 쟁점공사용역의 대가에 해당한다고 주장한다. (다) ‘공사계약특수조건’ 문건에 철거공사는 OOO원, 본공사는 OOO원(공급가액)으로 기재되어 있다.
(4) 쟁점토지매매계약의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 2017.5.24. 쟁점토지매수자와 쟁점토지를 OOO원에 매매하는 계약을 체결하였는바, 제3조(매매완결)에서 매매완결일을 ‘2017.7.28. 또는 쟁점공사업체가 흙막이 공사를 완료한 날로부터 3영업일이 경과한 날 중 늦게 도래하는 날’로 정하고 있고, 제5조(확약)에서는 청구법인은 쟁점공사업체 및 그 협력업체들로부터 당초계약의 해지에 관한 확인서를 징구하여 쟁점토지매수자에게 교부하여야 하며, 합의해지에 따른 정산금을 매매완결일 이전까지 쟁점공사업체에 지급하고 그 영수증을 매매완결일에 쟁점토지매수자에게 제공하여야 한다고 정하고 있다. (나) 쟁점토지매매계약에 별지(3-1)로 포함된 쟁점공사업체의 확인서 서식에는 철거공사비가 OOO원으로 기재되어 있다. (다) 쟁점토지매매계약 제3.4조(비용 및 수입의 배분) 제f항에 의하면, 청구법인과 쟁점토지매수자는 아래 OOO과 같은 내용으로 정산에 합의하였는바, 기성공사대금인 ‘흙막이공사까지의 기성’을 OOO원으로 기재하고 있다.
(5) 계약변경합의서의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 2017.7.20. 쟁점공사업체와 당초계약에 대한 변경을 합의하여 총 계약금액을 OOO원(공급가액)으로 변경하였고, 그 첨부문서인 ‘변경계약내역서(최종)’에서 아래 OOO와 같이 세부변경내역이 기재되어 있는바, ‘직접공사비, 간접공사비, 공과잡비’의 합계가 OOO원으로 나타나고, 추가경비로 쟁점금액 OOO원 등 합계 OOO원의 경비가 추가된 것으로 나타난다. (나) 처분청은 쟁점공사업체의 공사별집계표, 기성내역서(공종별집계표 등) 등에서 기성공사비의 세부산정내역이 확인되는 것과 달리 쟁점금액은 세부내역이 확인되지 아니하고, 그 산정내역으로 볼 수 있는 아래 OOO의 ‘일반관리비 및 이윤’ 문서를 보면 계약변경합의서 작성 이후 시점인 2017년 11월부터 2018년 7월까지의 인건비 등을 그 산정내역으로 하고 있는바, 이는 공사중단에 따른 하도급업체들의 손실 등을 보전하기 위하여 예정인건비를 산정한 것이라는 의견이다. (다) 청구법인은 변경계약내역서에서 나타나듯이 쟁점금액은 쟁점공사업체와 쟁점공사용역의 대가를 정산한 것이고, ‘일반관리비 및 이윤’ 문건도 계약변경합의서의 공사기간(2016.11.14.～2017.7.28.)의 연도를 2017년 및 2018년으로 잘못 기재한 것에 불과하다고 주장하며 쟁점공사업체의 확인서를 제시하였다.
(6) 쟁점공사업체는 2017.7.21. ‘제2회 기성부분 검사원’ 등을 통해 아래 OOO과 같이 청구법인에게 기성부분 공사대금 OOO원(공급가액)을 청구하였는바, ‘제2회 기성부분 검사서의 계약부분’(아래 OOO) 및 ‘제2회 기성신청서’(아래 OOO) 및 변경계약내역서의 내용을 고려할 때 쟁점금액을 간접공사비 내지 추가경비로 구분한 것으로 확인된다. 처분청은 직접공사비에 비해 쟁점금액 및 간접공사비가 지나치게 많아 이를 쟁점공사용역의 대가로 보기 어렵다는 의견이다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 당초계약을 해지하면서 쟁점금액을 하도급업체 등의 손실보전을 위해 지급한 것이므로 위약금 또는 보상금에 해당하여 해당 매입세액을 공제할 수 없다는 의견이나, 조세부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 점(대법원 1990.4.27. 선고 89누6006 판결 외 다수, 같은 뜻임), 쟁점금액을 위약금으로 볼만한 객관적․구체적인 증빙이 제시되지 아니한 점, 공급자인 쟁점공사업체도 쟁점금액을 공급가액으로 보아 부가가치세를 납부한 것으로 확인된 점, 처분청은 공사별집계표, 기성내역서 등에서 쟁점금액의 산정내역이 확인되지 않는다는 의견이나, 공사대금 청구내역, 일반관리비 및 이윤, 기성신청서 등에 의하면 쟁점금액은 직접공사비가 아닌, 기술지원비용, 사무실운영비, 이윤 등으로 구성된 간접경비로 보이는바, 당초의 공사별집계표 등에 포함되지 않은 경비로 볼 수 있고, 공사용역에 대한 대가가 아니라고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액을 위약금으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 위법하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.