조세심판원 심판청구 종합부동산세

공제되는 재산세 산정시 종합부동산세 공정가액비율을 적용하도록 규정한 종합부동산세법 시행령의 당부

사건번호 조심-2022-서-6252 선고일 2023.03.13

청구법인이 위헌임을 주장하는 종합부동산세법령에 대하여 헌법재판소나 대법원이 위헌이나 무효로 판단한 사실이 나타나지 않으므로 해당 규정은 일단 유효하다고 보아야 하는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 금융·보험업 등을 영위하는 법인으로 2016.6.1. 현재 종합부동산세 과세대상 560건의 물건에 대하여 2016년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 신고·납부하였다가 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 종합부동산세법 시행령제4조의2 및 제5조의3이 종합부동산세법에 위배되어 무효라는 이유로 위 납부세액의 반환을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였다.
  • 나. 처분청은 청구인에 대한 종합부동산세 과세근거인 종합부동산세법령상 규정들이 무효임이 확인된 사실이 없음을 이유로 2022.2.11. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.4.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 종합부동산세와 재산세는 동일 납세의무자의 동일한 과세물건에 대하여 두 가지의 조세가 부과되는 이중과세의 위험이 있다. 과거 헌법재판소는 토지초과이득세에 대한 위헌소원 사건에서 토지초과이득세가 양도소득세에서 완전하게 공제되지 못하고 부분적으로 이중과세가 이루어진다고 판단하여 헌법불합치 결정을 하면서 토지초과이득세액을 양도소득세액에서 전액 공제하지 아니하도록 한 부분은 조세법률주의상 실질과세원칙에 반한다고 판단한 바 있고, 또한 종합부동산세법의 이중과세 문제에 관한 위헌소원 판결[2008.11.13. 선고 2006헌바112, 2007헌바71·88·94, 2008헌바3·62, 2008헌가12(병합) 판결]에서 종합부동산세법은 종합부동산세의 세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하게 하였으므로 이중과세의 문제가 생기지 않는다고 판단한 바 있으며, 이로써 당시 위헌심판 대상이었던 종합부동산세법에서 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 대해 부과된 재산세액을 공제하는 경우 이중과세되는 부분이 생기지 않는다는 사실과 함께 재산세 공제제도의 의의는 완전한 이중과제 방지에 있음이 분명해졌다. 위 판결의 취지는 종합부동산세와 재산세가 중복하여 과세되는 부분에 대한 재산세 전부를 공제하여 줌으로써 이중과세로 인한 실질적 조세법률주의에 위배될 소지와 그에 따른 위헌성 시비를 차단하는데 있다.

(2) 대법원(2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)은 2008년말 개정 종합부동산세법의 재산세 공제 관련 법리에 대하여 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 변화가 없다고 하면서 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 시행령 산식에 따라 산정하여야 하므로 종합부동산세법 시행규칙 산식에 따라 산정하였다는 이유만으로 처분이 적법하다고 볼 수 없고 지방세법, 종합부동산세법 및 같은 법 시행령 등 개정 취지 등에 비추어 볼 때 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 (공시가격-과세기준금액)×재산세 공정시장가액비율×재산세율의 산식에 따라 산정하여야 한다고 그 법리를 확인해주었으며, 최근 대법원 전원합의체 판결(2018.7.19. 선고 2017다242409 판결)에서도 종합부동산세와 재산세가 중복하여 과세되는 부분에 대한 재산세 전부를 공제해야 한다는 법리는 계속 유지되고 있다.

(3) 대법원이 위와 같이 종합부동산세와 재산세가 중복으로 과세되는 부분에 대한 재산세를 전부 공제하는 것이 종합부동산세법의 취지에 부합한다고 판결하자 기획재정부는 종합부동산세법 시행규칙 별지서식에서 기술하고 있던 산식을 2015.11.31. 개정 같은 법 시행령에 직접 규정하였으나 서울고등법원(서울고등법원 2019.4.3. 선고 2018누47310 판결)은 재산세 중 일부에 대해 공제를 제한하여 종합부동산세와 재산세를 중복으로 과세하도록 규정한 개정 시행령은 법률의 위임범위를 벗어나 무효이고, 그에 따른 처분청의 과세처분은 위법하다고 판시하면서 같은 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 부과하고 재산세로 부과된 세액의 일부만을 공제하여 준다면 공제되지 않은 나머지 부분은 이중과세문제가 해소되지 않은 채 남아있게 된다고 할 것이며, 입법취지 등을 볼 때 공제규정과 위임규정은 공제대상 전부를 공제하도록 하되, 이를 산정하는 방법 등 기술적이고 세부적인 사항만을 위임한 것이지 재산세액의 공제범위를 정할 수 있는 권한까지 위임한 것은 아니라고 보아야 한다고 판단하였다. 이는 2015.11.31. 개정한 종합부동산세법 시행령이 종합부동산세와 재산세가 중복하여 과세되는 부분에 대한 재산세가 전부 공제되는 것을 금지함으로써 중복하여 과세되는 부분이 발생하게 되고, 이는 이중과세에 해당하는바 법률의 취지에 위배되고 법률에서 공제할 재산세액의 계산방식을 시행령에 위임하였을 뿐임에도 불구하고 법률에서 규정한 내용을 함부로 유추·확장하여 일부분 중복과세가 가능하다고 해석한 규정이어서 위임의 한계를 벗어난 것일 뿐만 아니라 조세법률주의에 반하여 무효라 할 것이다. 따라서 2016년 귀속 종합부동산세를 산출할 때에도 공제할 재산세액을 개정 시행령 산식에 따라 계산할 것이 아니라 법률에 따라 2015년 이전 귀속분과 동일하게 종합부동산세 공정시장가액비율 적용을 배제하고 (공시가격-과세기준금액)×재산세 공정시장가액비율×재산세률의 산식을 적용하여 정당한 세액을 산출하여야 하며 청구인이 정당한 세액을 초과하여 신고·납부한 부분은 환급되는 것이 타당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 대법원(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결) 판결 이후 정부는 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 종 합부동산세법 시행령제4조의2 및 제5조의3 개정을 통해 종합부동산세 산정시 기납부한 재산세액의 공제 산식을 명확히 하여 법집행의 안정성과 예측가능성을 높여 납세자의 재산권 침해소지를 제거하였다. (2) 종합부동산세법 제14조 제3항 및 제6항은 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세 부과된 세액을 토지분 종합부동산세액에서 공제하도록 규정하고 있고, 이 조항에 따르면 종합부동산세액에서 공제되어야 할 재산세는 과세대상 토지 등에 부과된 재산세 전액이 아니라 해당 토지의 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세만이 공제대상이라는 것이므로 공제대상 세액을 계산하기 위해서는 납세의무자에게 부과된 토지 등의 재산세 합계금액 중 종합부동산세 과세표준 금액에 대응하여 부과된 재산세액만을 공제 해줌으로써 종합부동산세 과세기준 초과금액에 대한 재산세 과세표준 구간을 명확히 하여 재산세액의 과다공제 방지를 조정하고자 하였다.

(3) 또한종합부동산세법제14조 제7항은 종합부동산세 과세표준 금액에 대해 재산세로 부과되는 세액공제에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있는데 입법자가 종합부동산세 과세표준금액에 대하여 부과된 재산세를 공제한다고 하였지 전부 공제하여야 한다고 규정하지 아니한 점, 대통령령으로 위임한 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항이란 그 공제의 범위도 포함되어 있다고 해석하는 것이 합목적적 해석에 부합하는 점, 전체 재산세액 중 재산세 과세표준에서 종합부동산세 과세표준이 차지하는 비율 만큼의 재산세액을 공제하고자 한 점 등에 비추어 종합부동산세법 시행령규정들은 합리적인 범위 내에서 비례에 원칙에 따라 이중과세의 문제를 조정하고자 한 것으로 종합부동산세법의 위임취지에도 부합 할 뿐 아니라 포괄위임입법금지원칙 위배되지도 아니하므로 위 시행령 규정에 근거하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단
쟁점

공제되는 재산세 산정시 종합부동산세 공정가액비율을 적용하도록 규정한 종합부동산세법 시행령의 당부

  • 나. 관련 법령 등

(1) 헌법 제38조 모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다. 제59조 조세의 종목과 세율은 법률로 정한다. 제107조 ① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.

② 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.

③ 재판의 전심절차로서 행정심판을 할 수 있다. 행정심판의 절차는 법률로 정하되, 사법절차가 준용되어야 한다.

(2) 종합부동산세법(2016.3.2. 법률 제14050호로 일부개정된 것) 제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액]에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제9조(세율 및 세액) ① 주택에 대한 종합부동산세는 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액(이하 “주택분 종합부동산세액”이라 한다)으로 한다.

③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “토지분 종합합산세액”이라 한다)으로 한다.

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

④ 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “토지분 별도합산세액”이라 한다)으로 한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 일부개정된 것) 제2조의4(공정시장가액비율) ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다. 제4조의2(주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산) ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 “주택분 종합부동산세액”이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 제1항을 적용할 때 제2조의3에 따른 1세대 1주택자의 경우에는 소유한 주택의 공시가격에서 3억원을 공제한 금액을 법 제8조에 따른 주택의 공시가격을 합산한 금액으로 본다.

③ 주택분 재산세 표준세율의 적용 등 제1항에 따른 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

③ 토지분 재산세 표준세율의 적용 등 제1항과 제2항에 따른 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (4) 종합부동산세법 시행규칙(2015.3.6. 기획재정부령 제469호로 일부개정된 것) [별지 제3호 서식] 종합부동산세 신고서(정기신고, 기한후 신고)

5. ⑥ 공정시장가액비율: 아래의 과세대상별로 구분한 연도별 공정시장가액비율을 적습니다. [종합부동산세 공정시장가액비율] 과세대상 2009년 2010년 2011년 이후 주 택 80% 80% 80% 종합합산토지 80% 80% 80% 별도합산토지 70% 75% 80%

6. ⑧ 해당연도 재산세액: 주택은 주택분 과세대상 물건명세서[별지 제4호의2서식(1)]

③ 부과된 재산세액란의 합계금액을 적고, 종합합산토지는 시ㆍ군ㆍ구 별로 작성된 종합합산토지분 과세대상 물건명세서[별지 제4호의3서식(1)]

③ 부과된 재산세액란의 합계금액을 더하여 적으며, 별도합산토지는 시ㆍ군ㆍ구 별로 작성된 별도합산토지분 과세대상 물건명세서[별지 제4호의4서식(1)]

③ 부과된 재산세액란의 합계금액을 더하여 적습니다.

7. ⑨ 과세표준 표준세율 재산세액: 주택은 [(③ 감면 후 공시가격 - 6억(1세대1주택은 9억)) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%], 종합합산토지는 [(③ 감면 후 공시가격 - 5억) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.5%], 별도합산토지는 [(③ 감면 후 공시가격 - 80억) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%]의 금액을 적습니다.

8. ⑩ 총표준세율 재산세액: 재산세 과세표준에 아래의 재산세 세율을 적용하여 과세대상별로 구분하여 [재산세 과세표준(=

③ 감면 후 공시가격 × 재산세 공정시장가액비율) × 세율 - 누진공제액]의 금액을 적습니다. [재산세 세율표] 주 택 종합합산토지 별도합산토지 과 세 표 준 세 율 누 진 공 제 액 과 세 표 준 세 율 누 진 공 제 액 과 세 표 준 세 율 누 진 공 제 액 6천만원 이하 0.1% 0원 5천만원 이하 0.2% 0원 2억원 이하 0.2% 0원 6천만원 초과 1억5천만원 이하 0.15% 30,000원 5천만원 초과 1억원 이하 0.3% 50,000원 2억원 초과 10억원 이하 0.3% 200,000원 1억5천만원 초과 3억원 이하 0.25% 180,000원 1억원 초과 0.5% 250,000원 10억원 초과 0.4% 1,200,000원 3억원 초과 0.4% 630,000원

(5) 지방세법 제110조(과세표준) ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장 가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2016년 종합부동산세 과세기준일(2016.6.1) 현재 보유하고 있는 종합합산토지 17건, 별도합산토지 534건, 주택 9건 합계 560건의 과세대상물건에 대하여 2016년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하면서 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 종합부동산세법 시행령제4조의2 및 제5조의3에 따라 계산하여 공제하였고, 이후 청구법인은 공제할 재산세액 계산시 종합부동산세 공정시장가액 비율적용을 배제하여 2016 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원으로 경정하여 줄 것을 청구하였으나 처분청은 2022.2.11. 이를 거부하였다. (나) 기획재정부 발간 2015 간추린 개정세법에 따르면, 기획재정부는 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 종합부동산세 시행령제4조의2 및 제5조의3에 의한 계산식을 아래와 같이 개정하였다. 종전 개정

□ 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세 공제액 산식 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 전체 재산세 표준세액

□ 공제액 산식 명확화 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × {(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율] × 재산세 표준세율 전체 재산세 표준세액 (다) 청구법인에 대한 이 건 종합부동산세 부과처분의 근거인 종합부동산세법 시행령에 대하여 헌법재판소나 대법원이 위헌이나 무효로 판단한 사실이 없다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 공제되는 재산세액 산정시 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용하도록 규정한 종합부동산세법 시행령종합부동산세법을 유추·확장하여 일부분 중복과세가 가능하다고 해석한 규정이므로 법의 위임한계를 넘어선 위법한 규정이라 주장하나, 종합부동산세법은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표 준으로, 지방세법은 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 2015.11.30. 종합부동산세법 시행령개정ㆍ시행으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있으며, 이는 전체 재산세액 중 재산세 과세표준에서 종합부동산세 과세표준이 차지하는 비율만큼의 재산세액을 공제하고자 한 점, 대통령령으로 위임한 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항이란 그 공제의 범위도 포함되어 있다고 해석하는 것이 합목적적 해석에 부합하는 점, 또한 헌법 제111조 제1항 및헌법재판소법제2조는 법률의 위헌 여부 및 헌법소원에 관한 심판은 헌법재판소가 관장하도록 규정하고 있고,국세기본법제55조 제1항에서 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리를 침해당한 자가 불복을 청구할 수 있도록 규정하고 있는바, 구체적인 처분이 세법에 위반되는지 여부가 아닌 처분의 근거 법률이 헌법에 위반되는지 여부는 조세심판청구의 불복사유에 해당하지 아니하는 점, 청구법인이 위헌임을 주장하는 종합부동산세법령에 대하여 헌법재판소나 대법원이 위헌이나 무효로 판단한 사실이 나타나지 않으므로 해당 규정은 일단 유효하다고 보아야 하는 점 등에 비추어 처분청이 공정시장가액비율을 정한 종합부동산세법 시행령제4조의2 및 제5조의3이 종합부동산세법에 위배되지 않는다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)