청구인이 보유하던 종전주택이 재건축에 따라 2개의 조합원입주권으로 전환되자 쟁점주택을 취득하였다가 위 2개의 조합입주권에 따른 주택의 사용승인을 받은 후 쟁점주택을 양도한 경우, 소득세법 제89조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제156조의2 제5항에 따른 1세대 1주택 특례규정 적용대상이라는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인들은 2003.6.27. OOO(OOO아파트, 이하 “종전주택”이라 한다)를 공동명의로 취득하여 보유하던 중 도시 및 주거환경정비법에 의해 종전주택에 대한 재건축이 진행됨에 따라 65평형(209.88㎡)인 종전주택을 대신하여 25평형인 조합원 입주권 1개(84㎡, 110동 1303호)와 33평형(111㎡, 105동 803호)인 조합원 입주권 1개를 각 취득하였고, 해당 건물은 2020.9.25. OOO구청장에게 사용승인을 받았다.
• 나. 한편, 청구인들은 2017.3.8. OOO(OOO, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 재건축사업 기간 중 거주하다가 종전주택의 재건축이 완료된 후인 2021.5.3. 쟁점주택을 양도하고, 이에 대한 양도소득세를 신고하면서 1세대3주택 중과세율을 적용하여 계산한 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 다. 청구인들은 2021.10.7. 쟁점주택이 종전주택의 재건축사업 시행기간 중 취득한 대체주택에 해당하므로 1세대 1주택 비과세가 적용되어야 한다는 내용의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.12.6. 이를 거부하였다. <표1> 양도소득세 신고․납부 및 경정청구 내역 OOO
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2021.12.28. 이의신청을 거쳐 2022.4.29. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목에 의하면 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득한 경우 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제156조의2 제5항에 의하면 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 재건축사업 등의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 “대체주택”)을 취득한 경우로서 ① 재건축사업 등의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것, ② 재건축사업 등의 관리처분계획 등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사하여 1년 이상 계속하여 거주할 것, ③ 재건축사업 등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 대체주택을 양도할 것의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있다. 청구인들은 종전주택에 대한 재건축사업시행인가일(2015.8.19.) 이후인 2017.3.18. 쟁점주택을 취득하였고, 2017.3.30.부터 2021.4.19.까지 약 4년간 쟁점주택에서 거주하였으며, 재건축사업 등의 관리처분계획 등에 따라 취득하는 주택이 완공(2020.9.25.)된 후 2년 이내에 해당하는 2021.4.20. 세대전원이 완공된 주택으로 이사하여 현재까지 거주하고 있고, 재건축사업 관리처분계획인가에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 해당하는 2021.5.3. 대체주택을 양도하였다. 앞서 살펴본 바와 같이 관련 법령은 대체주택에 대하여 1세대 1주택으로 양도소득세를 비과세하는 요건으로 재건축사업 등을 통하여 취득하는 조합원입주권의 개수를 제한하고 있지 않고, 청구인들은 법에서 정하는 대체주택에 대한 비과세요건을 모두 충족하였다. 종전주택이 재건축되었고, 재건축사업 등에 따라 취득하는 주택에 종전주택과 같은 평형(65평)이 없어 작은 평수의 아파트 2개로 나누어 조합원입주권을 취득한 것일 뿐임에도 종전주택의 재건축사업 등의 시행기간 동안 거주할 목적으로 취득하였던 대체주택에 대하여 양도소득세를 과세하는 것은 부당하다. 따라서 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인들이 쟁점주택을 양도할 당시인 2021.5.3. 청구인들은 쟁점주택과 종전주택의 재건축사업 등의 관리처분계획 등에 따라 취득한 주택 2채(사용승인일 2020.9.25.)를 보유한 상태로, 조정지역내 3주택 보유자로 확인되는바, 그러한 상황에서 종전주택의 재건축사업 등의 시행기간 동안 거주하기 위하여 취득한 쟁점주택을 양도한 경우에도 이를 1세대 1주택으로 볼 수 있는 법률상 근거가 없으므로 쟁점주택의 양도는 1세대 1주택 비과세 적용대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 종전주택의 관리처분계획인가로 2개의 조합원입주권을 취득하게 된 경우, 종전주택의 재건축기간에 거주할 목적으로 취득한 다른 주택을 대체주택으로 보아 해당 주택의 양도시 1세대 1주택 비과세 특례를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 2003.6.27. 종전주택을 공동명의로 취득하여 보유하던 중 도시 및 주거환경정비법에 의해 종전주택에 대한 재건축이 진행됨에 따라 65평형(209.88㎡)인 종전주택을 대신하여 25평형인 조합원 입주권 1개(84㎡, 110동 1303호)와 33평형(111㎡, 105동 803호)인 조합원 입주권 1개를 각 취득하였고, 2020.9.25. OOO구청장으로부터 재건축사업 등의 관리처분계획 등에 따라 취득하는 주택(OOO아파트)에 대한 사용승인을 받았다. <표2> 종전주택 OOO (가) 청구인들의 종전주택 부동산등기부등본(폐쇄)에 의하면 청구인들은 2003.6.27. 종전주택을 각 1/2지분으로 하여 취득하였고, 2017.2.1. OOO아파트 주택재건축정비사업조합에 소유권을 이전(신탁등기)한 것으로 확인된다. (나) 청구인들이 제출한 조합원입주권 계약서에 의하면 청구인들은 종전주택에 대한 재건축사업으로 인하여 25평형인 조합원 입주권 1개(84㎡, 110동 1303호)와 33평형(111㎡, 105동 803호)인 조합원 입주권 1개를 각 취득한 것으로 확인된다.

(2) 청구인들은 2017.3.8. 쟁점주택을 취득하여 종전주택의 재건축사업 기간 중 거주하다가 종전주택의 재건축이 완료된 후인 2021.5.3. 쟁점주택을 양도하고, 이에 대한 양도소득세를 신고하면서 1세대 3주택 중과세율을 적용하여 계산한 양도소득세를 신고․납부하였다. <표3> 쟁점주택 OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 소득세법 제89조 제2항 은 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제156조의2 제3항은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우를 예외적으로 비과세대상으로 규정하고 있다. 청구인들은 종전주택의 관리처분계획인가로 2개의 조합원입주권을 취득한 것이므로, 종전주택의 재건축기간에 거주할 목적으로 취득한 다른 주택을 대체주택으로 보아 해당 주택의 양도시 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인들이 쟁점주택을 양도할 당시인 2021.5.3. 청구인들은 쟁점주택과 종전주택의 재건축사업 등의 관리처분계획 등에 따라 취득한 주택 2채(사용승인일 2020.9.25.)를 보유한 상태로, 조정지역내 3주택 보유자로 확인되는데, 관계법령에서 규정된 것 외에 청구인들과 같이 종전주택의 재건축사업으로 2개의 조합원입주권을 취득하고, 그로 인하여 종전주택의 재건축사업 시행기간 동안 거주하기 위하여 취득한 쟁점주택을 양도할 당시 1세대 3주택에 해당하는 경우에도 예외적으로 이를 1세대 1주택으로 보아 비과세를 인정할 수 있는 법률상 근거가 없는 것으로 확인되는바, 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 소득세법 제89조[비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

• 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것
• 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제94조[양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 제95조[양도소득금액] ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (단서 생략) (2) 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (단서 생략) 제155조[1세대1주택의 특례] ⑰ 법 제89조 제1항 제4호 각 목 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우”란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우를 말한다. 제156조의2[주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례] ② 법 제89조 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우로서 제3항부터 제11항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (이하 생략) (3) 소득세법 시행규칙 제75조[주택과 조합원입주권 또는 주택과 분양권을 소유한 경우의 경매 등으로 인한 1세대1주택 특례의 요건] ① 영 제156조의2 제3항 전단 및 제156조의3 제2항 전단에서 “3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우”란 각각 조합원입주권 또는 분양권을 취득한 날부터 3년이 되는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 해당 각 호의 어느 하나의 방법에 따라 양도된 경우를 말한다.

1. 한국자산관리공사에 매각을 의뢰한 경우

3. 국세징수법에 따른 공매가 진행 중인 경우