쟁점다가구주택 중 일부를 합산배제 임대주택에서 배제하여 종합부동산세를 과세한 처분의 당부

OOO서장이 2021.11.19. 청구인에게 한 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1.) 현재 OOO(이하 “OOO아파트”라 한다)와 OOO 소재 다가구주택(총 13가구로 이하 “쟁점다가구주택”이라 한다)을 보유하고 있다. 청구인은 2007.4.6. 쟁점다가구주택에 대한 주택임대 사업자등록을 관할세무서에 하였고, 쟁점다가구주택 3층에서 거주하다가 2008.10.27. 위 OOO아파트로 전출하였다.
• 나. 처분청은 아래 ＜표1＞과 같이 청구인이 관할세무서에 사업자등록을 한 2007.4.6. 현재 임대하고 있던 쟁점다가구주택의 12가구에 대하여는 임대주택 합산배제를 적용하였으나, 청구인이 거주하였던 3층(면적 130.23㎡)에 대하여는 임대주택 합산배제 규정을 적용하지 아니하여 2021.11.19. 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 경정·고지하였다. ＜표1＞ 쟁점다가구주택 중 합산배제 면적 산정내역 등 OOO
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.1.5. 이의신청을 거쳐 2022.4.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 2020.2.11. 종합부동산세법 시행령제3조가 개정(이하 “개정규정”이라 한다)되기는 하였으나 부칙 제6조(이하 “쟁점부칙”이라 한다)를 고려할 때 쟁점다가구주택은 합산배제 대상 임대주택에 해당한다. 2020.2.11. 종합부동산세법 시행령개정이 있기 전까지 종합부동산세법제3조 제3항 및 제4항(이하 “종전규정”이라 한다)에 따라, 다가구임대주택은 일반 임대주택과는 그 취급을 달리하여 세무서에 주택임대업 사업자등록만 하면 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 보도록 규정되었다. 개정규정의 쟁점부칙에서는 “이 영 시행 전에 종전의 제3조 제3항 및 제4항에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 제3조 제3항 및 제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”고 규정하였다. (2) 처분청은 2020.2.11.의 개정규정에 따라 다가구임대주택도 일반임대주택과 같이 관할구청에 임대사업자등록을 하여야 함에도 청구인이 이를 이행하지 아니하였다는 이유로 쟁점다가구주택 중 3층 부분이 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다고 보아 이 건 처분을 하였으나, 청구인은 쟁점다가구주택과 관련하여 2007.4.6. 관할세무서에 임대사업자등록을 하였으므로 종전규정에 따른 임대사업자에 해당하여 쟁점부칙에 따라 쟁점다가구주택 전부를 합산배제 임대주택으로 보아야 한다. 즉 2020.2.11. 개정규정에 따라 종전규정이 삭제되었으나 쟁점부칙에 따라 종전규정이 적용되므로 쟁점다가구주택 전부를 종합부동산세 과세대상에서 합산배제하는 것이 타당하다. 처분청에서도 청구인이 관할세무서에 쟁점주택에 대한 사업자등록을 한 이후 계속하여 종합부동산세 합산배제를 적용해 왔고, 2020년 종합부동산세 과세 때에도 2021년 귀속 이 건 경정과 다르게 쟁점다가구주택 3층도 합산배제 임대주택으로 보았다.
• 나. 처분청 의견 (1) 2008.11.26. 민간임대주택에 관한 특별법의 개정으로 매입임대주택의 경우, 1호(세대) 이상 임대하는 것으로 지방자치단체 임대사업자 등록기준이 완화되었고, 쟁점다가구주택은 2008.10.27.부터 소유자가 거주하는 부분이 없어 관할구청에 임대사업자 등록이 가능함에도 불구하고, 청구인은 2021.12.8.에서야 사업자등록을 하였다. (2) 2020.2.11. 종합부동산세법 시행령의 개정으로 다가구주택도 일반주택과 같이 시·군·구 임대주택 등록과 세무서 사업자등록을 한 경우에 합산배제가 가능하다. 다만 2020.2.11. 전에 종전의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르는 것으로, 2020.2.11. 삭제된 종합부동산세법 시행령제3조 제3항에 의하면 다가구주택을 소유한 납세의무자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다고 되어 있다. 따라서 청구인이 2007.4.6. 관할세무서에 주택임대업으로 사업자등록을 하였을 당시에 본인이 거주하였던 3층 130.23㎡를 제외한 12가구 423.79㎡에 대하여만 합산배제를 적용한 당초 처분은 정당하다 할 것이다.

쟁점다가구주택 중 일부를 합산배제 임대주택에서 배제하여 종합부동산세를 과세한 처분의 당부

(1) 종합부동산세법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

3. “주택”이라 함은 지방세법제104조 제3호에 의한 주택을 말한다. 다만, 같은 법 제13조 제5항 제1호에 따른 별장은 제외한다.

5. “주택분 재산세”라 함은 지방세법제105조 및 제107조에 따라 주택에 부과하는 재산세를 말한다. 제7조【납세의무자】① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 제8조【과세표준】① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액]에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

2. 제1호의 주택외에 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택, 주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양주택, 가정어린이집용 주택, 수도권정비계획법제2조 제1호에 따른 수도권 외 지역에 소재하는 1주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 주택. 이 경우 수도권 외 지역에 소재하는 1주택의 경우에는 2009년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중 납세의무가 성립하는 분에 한정한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2019.12.31. 대통령령 제30285호로 개정된 것) 제3조【합산배제 임대주택】① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이란 공공주택 특별법제4조에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법제168조 또는 법인세법제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

② 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 다가구 임대주택”이라 함은 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 건축법 시행령별표 1 제1호 다목의 규정에 따른 다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 말한다.

③ 다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.

④ 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구 임대주택이 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 본다. (3) 종합부동산세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30404호로 개정된 것) 제3조【합산배제 임대주택】① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 공공주택 특별법제4조에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법제168조 또는 법인세법제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

② 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 다가구 임대주택”이란 임대사업자로서 사업자등록을 한 자가 임대하는 건축법 시행령별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택(이하 “다가구주택”이라 한다)을 말한다.

③ 삭제

④ 삭제 부칙 제6조【다가구주택 임대사업자 등록에 관한 경과조치】이 영 시행 전에 종전의 제3조 제3항 및 제4항에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 제3조 제3항 및 제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (4) 주택법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “임대주택”이란 임대를 목적으로 하는 주택으로서, 공공주택 특별법제2조 제1호 가목에 따른 공공임대주택과 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제1호에 따른 민간임대주택으로 구분한다. (5) 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

• 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택
• 나. 주택법제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

7. “임대사업자”란 공공주택 특별법제4조 제1항에 따른 공공주택사업자가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제5조【임대사업자의 등록】① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장·군수·구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 (6) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령(2017.7.11. 대통령령 제28181호로 일부개정된 것) 제2조의2【일부만을 임대하는 주택의 범위】법 제2조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택”이란 건축법 시행령별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택으로서 임대사업자 본인이 거주하는 실(室)(한 세대가 독립하여 구분 사용할 수 있도록 구획된 부분을 말한다)을 제외한 나머지 실 전부를 임대하는 주택을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하여 확인되는 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구인은 1996.12.31. 쟁점다가구주택을 신축하여 2007.4.6. 처분청에 OOO를 사업장소재지로 하고 주거용건물임대업으로 사업자등록을 하였다. (나) 청구인은 2008.10.27. OOO아파트로 이주하였고, 2021.12.8. 관할구청에 임대사업자등록을 하였다. (다) 국세청 전산자료에 의하면, 2021.6.1. 기준 청구인의 주택분 과세대상 물건명세서 내역은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 주택분 과세대상 물건명세서 내역 OOO (라) 청구인에 대한 2021년 귀속 종합부동산세 결정 내용은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 2021년 귀속 종합부동산세 결정 내용 OOO (마) 처분청은 청구인에 대한 2020년 귀속 종합부동산세 과세시 쟁점다가구주택 전부를 합산배제 임대주택으로 보아 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함하지 아니한 것으로 확인된다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 2007.4.6. 쟁점다가구주택에 대한 주택임대 사업자등록을 관할세무서에 하였으나, 3층 부분은 청구인이 직접 거주하던 부분이어서 주택임대 사업자등록의 대상이 될 수 없는 것으로 볼 수 있고, 이와 같이 볼 경우 청구인이 거주하였던 3층 부분은 주택임대 사업자등록이 되어 있지 아니한 것이어서 쟁점부칙의 적용대상이 되지 않는다는 의견이나, 쟁점부칙에서 “종전의 제3항 및 제4항에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있고, 종전규정 제3항에서는 “다가구주택을 소유한 납세의무자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다”고 규정하고 있는 점, 청구인의 경우 2007.4.6. 쟁점다가구주택에 대하여 관할세무서에 주택임대 사업자등록을 하였으므로 그 날부터 임대사업자에 해당하여 쟁점다가구주택을 임대한 것이 되므로 종전의 규정에 따라 쟁점다가구주택 전부를 합산배제 임대주택으로 보는 것이 타당해 보이는 점, 관할세무서에 하는 주택임대 사업자등록의 경우 임대부동산 전체에 대하여 주택임대 사업자등록을 하는 것이므로 처분청 의견과 같이 사업자등록 당시 청구인 본인이 거주하였던 3층 부분만을 별도로 분리하여 주택임대 사업자등록이 되지 아니한 것이라 하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점다가구주택 중 일부(3층 130.23㎡)에 대하여 임대주택 합산배제 규정을 적용하지 아니하여 이 건 종합부동산세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.