지방세법§106①1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정은 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 또는 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지를 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정하고 있을 뿐 이에 해당되지 않는 경우 바로 분리과세대상이 된다고 규정하고 있지 아니한 점, 19.12.3. 지방세법§106 등이 개정되면서 재산세가 경감되는 토지는 분리과세대상이라는 취지가 아님을 명확히 한다는 내용이 입법이유서 등에 나타나는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 쟁점토지는 2016·2017년도분 재산세 과세시 별도합산과세대상 토지로 분류되었고,산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역에 해당하여 2016·2017년도분 재산세 과세시지방세특례제한법제78조에 따라 재산세가 50% 경감되었다.
(3) 대법원의 판례의 취지에 비추어 보면, 이 사건 처분들은 위법하다. (가) 대법원은지방세법상 별도합산과세대상에 해당하는 것을 전제로 재산세 부과 후 특별법에 따라 재산세의 50%가 경감된 사안에서 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 분리과세대상으로 분류되어 과세되어야 한다고 판단했다(OOO판결). 즉 과세대상 토지 중 재산세의 50%가 경감될 경우 경감비율에 해당하는 면적은 재산세 분리과세대상으로 간주되어 분리과세대상의 예에 따른 과세표준과 세율을 적용해야 하므로 만약 전체 과세대상이 재산세 별도합산과세대상에 속하는 것을 전제로 과세처분이 내려졌다면 그 중 50% 관련 부분에 관한 처분은 위법하다고 본 것이다. (나)지방세법은 재산세 과세대상인 토지를 분리과세대상·별도합산과세대상·종합합산과세대상으로 분류하고 있어 재산세가 경감되는 토지는 그 중 어느 하나에 포섭되어야 하는데, 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 별도합산과세대상이 아니고(지방세법제106조 제1항 제2호 단서 나목), 종합합산과세대상도 아니므로(지방세법제106조 제1항 제1호 단서 나목), 해당 토지가 명시적으로지방세법이 정한 분리과세대상에 해당하지 않더라도 정책적 고려에 따라 마련된지방세법제106조 제1항 제2호 단서 및 제1호 단서 나목의 규정으로 인하여 별도합산과세대상이나 종합합산과세대상이 아닌 분리과세대상으로 간주되어야 한다고 보았다. (다) 위와 같은 판례의 취지에 비추어 볼 때, 별도합산과세대상 토지의 재산세가 50% 경감될 경우 재산세 경감비율에 해당하는 토지면적(50% 상당)은 분리과세로, 나머지 면적(50% 상당)은 별도합산과세대상으로 보아 재산세를 각각 산출한 후,지방세특례제한법에 따라 50% 감면을 적용하여 재산세를 과세해야 한다. (라) 또한 종합부동산세 과세시 분리과세대상 토지는 종합부동산세 과세대상에서 제외하고, 별도합산과세대상 토지면적(50% 상당)만 종합부동산세 과세대상으로 보되종합부동산세법제6조에 의거하여지방세특례제한법에 따른 재산세 감면비율(50% 상당)에 상당하는 공시가격은 공제한 금액을 기준으로 종합부동산세를 과세해야 한다. (마) 따라서 청구법인은 법령 및 판례에 따른 정당한 세액보다 과도한 종합부동산세를 신고·납부하였으므로 청구법인의 2016·2017년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세는 감액 경정 및 환급되어야 할 것인바, 이 사건 처분들은 위법하다.
(2) 또한 분리과세대상은 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 의하여 분리과세함으로써 종합 또는 별도합산과세에서 오는 불합리함을 보완하고자 하는 것으로서 그 대상은지방세법제106조 및 같은 법 시행령 제102조에 한정적으로 규정되어 있고(대법원 2013.7.26. 선고 2011두19963 판결, 같은 뜻임), 2019.12.3. 법률 제16663호로 개정된지방세법의 입법목적 등을 살펴보면, 토지분 재산세를 경감할 때 그 비율에 해당하는 부분의 토지가 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 분리과세 대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 하고 있다.
(3) 따라서지방세법제106조 제1항 제1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정은 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지 등을 종합합산과세대상 내지 별도합산과세대상으로 보지 아니한다고 규정한 과세표준 감면 규정이지 이를 분리과세대상으로 분류하도록 정한 규정으로 볼 수 없다.
쟁점토지 중 재산세 경감비율에 상당하는 부분은 재산세 분리과세대상에 해당하여 종합부동산세 과세대상이 아니고, 그 외 부분에 대한 종합부동산세는 재산세 경감비율 상당액을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의해 나타나는 사실관계 등은 다음과 같다. (가) 청구법인을 대표법인으로 하고 OOO그룹의 계열사들로 구성된 OOO컨소시엄은 2012.12.13. OOO시장과 쟁점토지의 일원에 조성될 OOO단지의 입주계약을 체결하였고, 이후 2013.11.27. 변경계약을 거쳐, 2015.3.30.산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따라 추가 변경계약을 체결한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 쟁점토지와 관련하여 2016·2017년도분 재산세 과세시지방세특례제한법제78조에 따라 재산세 감면(100분의 50, OOO, 같은 동 OOO 중 OOO)을 적용받았고, 이에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼은 없다. (다) 이 건 2016·2017년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 신고·경정 및 경정청구 내역은 아래 <표1>·<표2>와 같다. <표1> 2016년 귀속 별도합산토지 신고·경정 및 경정청구 내역 ◯◯◯ <표2> 2017년 귀속 별도합산토지 신고·경정 및 경정청구 내역 ◯◯◯ (2)지방세법제106조 제1항과 관련한지방세법의 입법연혁을 살펴보면, 해당 규정은 1989.6.1. 처음으로지방세법에 신설되었고, 이후 재산세제 개편에 따라 2005년부터 종합토지세가 재산세(지방세)와 종합부동산세(국세)로 이원화되면서지방세법에 규정되었으며, 2005.1.5. 전까지는 “종합합산 또는 별도합산 과세표준에 합산하지 않는다.”고 규정되어 있었으나, 2005.1.5.부터는 이를 “종합 또는 별도합산과세대상 토지로 보지 않는다.”고 규정하고 있다.
(3) 2016·2017년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 지방세법령에 따른 재산세 과세대상의 구분은지방세법제106조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제101조에서 별도합산과세대상 토지를, 같은 법 제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조에서 분리과세대상 토지를 열거하고 있고, 위 별도합산과세대상과 분리과세대상 토지를 제외한 모든 토지를 종합합산과세대상으로 구분하고 있으며,지방세법상 쟁점토지와 같이 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 토지는 분리과세대상으로 열거되어 있지 않다. (4)종합부동산세법제6조 제1항은지방세특례제한법또는조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세·과세면제 또는 경감에 관한 규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 제1항에 의하여 재산세의 감면규정을 준용함에 있어서 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다고 규정하고 있으며,종합부동산세법제11조는 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여지방세법제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상 및 제2호에 따른 별도합산과세대상으로 구분하여 과세한다고 규정하고 있다.
(5) 최근 개정된지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정된 것)의 입법이유, 국회 회의록(행정안전위원회 검토보고서 등) 등을 보면, 토지분 재산세를 경감할 때 그 비율에 해당하는 부분의 토지가 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한다고 기재되어 있는바, 국회 행정안전위원회의 검토보고서, 회의록 및 입법이유서 등의 주요 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3>지방세법개정 관련 주요 내용 ◯◯◯
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지 중 재산세 경감비율에 상당하는 부분은 재산세 분리과세대상에 해당하여 종합부동산세의 과세대상이 될 수 없고, 그 외 부분에 대한 종합부동산세는 재산세 경감비율 상당액을 감면하여야 한다고 주장하나,종합부동산세법제11조에서 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여지방세법제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상으로 구분하여 과세하도록 규정되어 있고,종합부동산세법제6조 제1항에서지방세특례제한법또는조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세·과세면제 또는 경감에 관한 규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용하도록 규정하고 있는 점,지방세법제106조 제1항 제1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정은 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 또는 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지를 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정하고 있을 뿐 이에 해당되지 않는 경우 바로 분리과세대상이 된다고 규정하고 있지 아니한 점,지방세법제106조 제1항 제1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정의 의미를 종합 또는 별도합산과세대상이 아니면 분리과세대상이라는 의미로 해석을 한다면 쟁점토지는 위 법령에서 구체적으로 분리과세대상으로 열거되어 있지 아니하여 분리과세대상으로 볼 수 없고 종합합산 또는 별도합산과세대상에도 해당하지 아니하여 과세대상 구분체계 어디에도 속할 수 없는 논리적 모순이 발생하는 점, 2019.12.3.지방세법제106조 등이 개정되면서 재산세가 경감되는 토지는 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한다는 내용이 입법이유서 등에 나타나는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지에 대하여 별도합산과세대상임을 전제로 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 종합부동산세법 제6조(비과세 등) ①지방세특례제한법또는조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세·과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 "재산세의 감면규정"이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.
② 지방세특례제한법제4조에 따른 시·군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 재산세의 감면규정을 준용함에 있어서 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율(비과세 또는 과세면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다.
④ 제2항에 규정된 시·군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정 또는 분리과세규정에 따라 종합부동산세를 경감하는 것이 종합부동산세를 부과하는 취지에 비추어 적합하지 않은 것으로 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 종합부동산세를 부과함에 있어서 제2항의 규정 또는 그 분리과세규정을 적용하지 아니한다. 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여지방세법제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.
1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자
2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자
(2) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것) 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
1. 종합합산과세대상: 납세의무자가 소유하고 있는 해당 지방자치단체 관할구역에 있는 종합합산과세대상이 되는 토지의 가액을 모두 합한 금액을 과세표준으로 하여 제111조 제1항 제1호 가목의 세율을 적용한다.
2. 별도합산과세대상: 납세의무자가 소유하고 있는 해당 지방자치단체 관할구역에 있는 별도합산과세대상이 되는 토지의 가액을 모두 합한 금액을 과세표준으로 하여 제111조 제1항 제1호 나목의 세율을 적용한다.
3. 분리과세대상: 분리과세대상이 되는 해당 토지의 가액을 과세표준으로 하여 제111조 제1항 제1호 다목의 세율을 적용한다.
(3) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정된 것) 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지 (각 목 생략) 제113조(세율적용) ① 토지에 대한 재산세는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 세율을 적용한다. 다만, 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세를 경감할 때에는 다음 각 호의 과세표준에서 경감대상 토지의 과세표준액에 경감비율(비과세 또는 면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제하여 세율을 적용한다.
1. 종합합산과세대상: 납세의무자가 소유하고 있는 해당 지방자치단체 관할구역에 있는 종합합산과세대상이 되는 토지의 가액을 모두 합한 금액을 과세표준으로 하여 제111조 제1항 제1호 가목의 세율을 적용한다.
2. 별도합산과세대상: 납세의무자가 소유하고 있는 해당 지방자치단체 관할구역에 있는 별도합산과세대상이 되는 토지의 가액을 모두 합한 금액을 과세표준으로 하여 제111조 제1항 제1호 나목의 세율을 적용한다.
3. 분리과세대상: 분리과세대상이 되는 해당 토지의 가액을 과세표준으로 하여 제111조 제1항 제1호 다목의 세율을 적용한다.
(4) 지방세특례제한법 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ①산업입지 및 개발에 관한 법률제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는산업기술단지 지원에 관한 특례법제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
2. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 토지의 취득일(산업입지 및 개발에 관한 법률제19조의2에 따른 실시계획의 승인 고시 이전에 취득한 경우에는 실시계획 승인 고시일)부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 재산세를 추징한다.
② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발·조성한 후 대통령령으로 정하는 산업용 건축물등(이하 이 조에서 “산업용 건축물등”이라 한다)의 용도로 분양 또는 임대할 목적으로 취득·보유하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 제1항에 따른 사업시행자가 신축 또는 증축으로 2022년 12월 31일까지 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 그 산업용 건축물등에 대한 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지에 대해서는 100분의 60)를 각각 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 분양 또는 임대하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 지방세를 추징한다.
2. 제1항에 따른 사업시행자가 2022년 12월 31일까지 취득하여 보유하는 조성공사가 끝난 토지(사용승인을 받거나 사실상 사용하는 경우를 포함한다)에 대해서는 재산세 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 경감한다. 다만, 조성공사가 끝난 날부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 분양 또는 임대하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 재산세를 추징한다.
③ 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발·조성한 후 직접 사용하기 위하여 취득·보유하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 제1항에 따른 사업시행자가 신축 또는 증축으로 2022년 12월 31일까지 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 그 산업용 건축물등에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 지방세를 추징한다.
2. 제1항에 따른 사업시행자가 2022년 12월 31일까지 취득하여 보유하는 조성공사가 끝난 토지(사용승인을 받거나 사실상 사용하는 경우를 포함한다)에 대해서는 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 재산세를 추징한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.