2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) (주위적 청구) 쟁점자산은 양도 당시 쟁점판결 등으로 인해 조합원입주권이 아닌 주택이므로 소득세법 시행령 제155조 제20항 에 따른 거주주택 비과세 특례가 적용되어야 한다. 쟁점판결에서 해당 관리처분인가가 무효로 결정되었기 때문에 다시 새로운 관리처분계획이 인가를 받는 경우 그 새로운 인가일이 되어야 당해 조합원이 입주자로 선정된 지위를 취득하는 것이므로 새로운 관리처분계획이 인가되기 전까지는 관리처분계획이 없는 상태와 동일하다고 볼 수 있으므로 2020년 9월 양도 당시에는 쟁점자산을 조합원입주권이라 할 수 없기 때문에 주택으로 보아 해당 법령에 따른 거주주택 1세대 1주택 특례를 적용 받는 것이 타당하다. 관련 판례(대법원 2005.6.9. 선고 2005다11404 판결)에 의하면 재건축의 결의가 형평에 현저히 반하는 경우는 특별한 사정이 없는 한 무효인바, 쟁점판결에서는 OOO의 관리처분계획 총회결의는 일부 조합원들의 재산권의 본질적인 부분을 중대하게 침해하고 조합원들 간 권리배분의 왜곡을 불러와서 조합원들 간 신축 아파트 분양권의 귀속에 관한 형평의 원칙에 반하였다고 판단하여 관리처분 계획 전체의 취소를 판시하였다. 쟁점판결에서는 내용상 하자로 인한 관리처분계획의 전체취소를 명하였기 때문에 민법 제141조 (취소의 효과)에 따라 당초 취득한 조합원입주권의 효력은 상실되었을 뿐 아니라, 처음부터 무효인 것으로 보므로 청구인이 쟁점자산을 양도한 시점에서는 향후 관리처분총회결의 무효소송이 기각될지 합리적인 납세자의 입장에서 예측 가능 여부는 사실상 불가하며, 양도시점에서는 입주권의 효력이 상실되었다고 볼 수 있어 주택이 아닌 입주권으로 판단하기에 상당한 무리가 있다. 또한, 쟁점자산은 양도일인 2020년 9월 당시뿐만 아니라 그 이후 2021년까지도 주택으로 보아 주택분 재산세 및 종합부동산세를 납부하고 있는바, 입주권이 아닌 주택으로 보는 것이 올바른 세무처리라고 할 수 있다. 지방세법 시행령 제108조 (비과세)에서는 재산세를 부과하지 않는 대상에 대해 서술하고 있으며, 같은 조 제3항에서는 철거명령을 받은 부분에 대해서는 재산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 또한 국세기본법 제14조 (실질과세)는 형식 또는 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세해야 한다고 규정하고 있어 그 실질 내용에 따라 적용하는 것이 합리적이라고 할 수 있다. 쟁점자산은 2018년 12월 관리처분인가 이후 2019년 9월 양도일 현재에도 이주, 철거, 착공의 절차가 진행되지 않았고, 임차인이 쟁점자산에서 실제 거주를 영위하고 있었으며, 국토교통부에서 공개되는 실거래가 공개시스템에도 양도한 시점 이후인 2021년 3월까지 입주권이 아닌 아파트로 실거래가가 공개되어 있는 상태였다. 이와 같이 쟁점자산에서의 거주 현황 및 과세관청의 과세 현황 등을 종합적으로 고려하여 볼 때 입주권이라고 볼 수 있는 근거는 없으며, 주택으로 보는 것이 마땅하므로 쟁점자산은 주택으로 보아 양도소득세를 신고하는 것이 적정하다.
(2) (예비적 청구) 쟁점자산을 주택이 아닌 조합원입주권으로 보아야 한다면 청구인에게는 양도 당시 그 사실을 알 수 없다는 정당한 사유가 있으므로 가산세는 마땅히 환급되어야 한다. OOO의 관리처분인가계획과 같이 권리의 차등, 평형배정 등이 문제된 사안에서는 이미 다른 대법원 판결에서 전부 취소를 명한 사실이 있었기 때문에(대법원 2008.2.15. 선고 2006다77272 판결, 대법원 2005.6.9. 선고 2005다11404 판결) 청구인으로서는 쟁점자산에 대하여 양도 당시 제2심에서 승소가 될 지에 대해서 전혀 예상할 수가 없었다. 또한, OOO의 경우 관리처분인가계획 뿐만 아니라 시공사 선정으로 인한 소송과 한국토지주택공사와의 토지 소유권으로 인한 소송까지 같이 휘말려 있었던 상황이었기에 2심에서도 이길 수 있는지 청구인으로서는 예상하는 것은 불가능하였고, 재건축초과이익환수제로 인한 억울한 세부담까지도 이어질 수 있었던 상황이었다. 한편, OOO의 1심 승소로 항소가 들어오자 뉴스 및 신문 등의 매스컴에서 법률전문가들도 이미 유사한 경우에 대법원에서 전체 취소 판결을 내린 결과가 있었기 때문에 항소를 해도 피고인 재건축조합이 승소를 할 가능성이 낮다고 계속 주장하였으며, 1+1분양권의 권리의 차등에 대하여 원고들은 같은 분양원이었던 유명 아나운서를 이용하여 매스컴에 제보하는 방법까지 이용했었던 상황이었다. 청구인으로서는 쟁점자산이 관리처분계획인가 그대로 입주권으로 될지, 쟁점판결로 인하여 다시 아파트(공동주택)로 될 지에 대하여 알 수 없었던바, 신고, 납세의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세 감면에 따른 환급을 적용 받는 것이 타당하다. 관련 예규(징세-270, 2012.2.29., 기획재정부 조세정책과-945, 2009.9.22., 국세기본법 집행기준)에 따르면, 신고기한 내 정상적으로 신고 납부한 이후에 감사원 등 상위기관의 시정요구에 따라 경정 혹은 재신고(수정신고)하는 경우에는 납세의무자에게 귀책사유가 없는 정당한 사유로 보고 있다. 쟁점자산에 대한 양도소득세 신고 건에 대해서도 최초 양도소득세 신고납부 당시 관할세무서에서는 이를 인용하는 결정을 하였으나, 감사원 시정 결과 내용에 의해 쟁점자산을 주택이 아닌 조합원입주권으로 보아 법령에 따른 거주주택 비과세 특례를 적용하지 아니한다는 의견을 내어서 2021년 8월말경에 청구인에게 수정신고를 요청한 사실이 있으므로 가산세 감면에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있다. 또한 관리처분계획 총회결의 무효의 소가 상하급심 간의 견해 불일치에 의해 달라졌기 때문에 납세자의 주의가 아닌 소송 등으로 해당 납부세액이 달라졌다고 할 수 있어 고의나 과실로 납세의무를 해태한 것이 아니기 때문에 양도소득세 과소신고를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 있다. 따라서 청구인으로서는 양도일인 2019년 6월 당시에 해당 양도소득세 납세의무를 알 수 있는 것이 무리이며 과세관청 또한 처음의 신고를 받아들였다가 뒤늦게 상위기관의 감사 지적 사항에 의해 의견을 바꾼 결과 변동 가능성을 인지할 수 없는 상황이라고 볼 수 있는 바, 가산세 감면에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있어 수정신고로 인한 가산세액 OOO원을 환급 받는 것이 타당하다.
(1) 청구인은 쟁점자산에 대해 관리처분계획인가일 이후에도 주택분 재산세와 종합부동산세를 부담하고 쟁점자산에 거주하는 등 실질과세원칙에 따라 쟁점자산의 양도를 부동산의 양도로 보아야 한다고 주장하나, 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존의 주택이나 대지를 제공하고 그 사업계획에 따라 취득하게 되는 새로 건설되는 주택 및 부대ㆍ복리시설을 분양받을 권리는 장차 그 분양받을 주택 등에 대한 소유권을 취득할 때까지는 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목 소정의 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당하고, 이 경우 그 입주자로 선정된 지위의 취득시기는 관리처분계획인가가 있은 때라고 할 것이며, 청구인이 쟁점자산을 양도할 당시 아직 철거되지 않은 채 주거용으로 사용되고 있다고 하더라도 이미 쟁점자산은 재건축조합에 제공되어 관리처분계획인가가 있은 이상 쟁점자산에 대한 권리는 새로 건설되는 주택 등을 분양받을 권리로 변환되었다 할 것이므로 쟁점자산의 양도는 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목 소정의 “부동산을 취득할 수 있는 권리”의 양도에 해당하는 것인바(대법원 2007.6.15. 선고 2005두5369 판결, 같은 뜻임), 관리처분계획인가일(2018.12.3.) 이후 2020.9.14. 양도된 쟁점자산은 조합원입주권에 해당한다고 할 것이다.
(2) 청구인은 관리처분인가 무효소송 1심에서 무효로 결정되었기 때문에 새로운 관리처분계획이 인가되기 전까지는 쟁점자산을 조합원입주권으로 볼 수 없다고 주장하나, 당해 재건축사업에 대한 2018.12.3. 관리처분계획인가 외에 지방자치단체장이 관리처분계획인가를 취소하거나 관리처분계획변경인가 결정을 한 사실이 없고, 조합의 설립무효 또는 조합이 해산된 사실이 없었으므로 쟁점자산 양도 당시에도 청구인은 2018.12.3. 관리처분계획인가 시 쟁점자산을 조합에 제공하고 취득하기로 한 특정호수의 신축 아파트를 취득할 권리는 계속 유지된 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점자산은 부동산을 취득할 수 있는 권리인 조합원입주권에 해당한다.
(3) 장기임대주택과 조합원입주권을 보유하다가 조합원입주권을 양도한 경우 주택에 관한 1세대 1주택의 특례만을 규정하고 있는 소득세법 시행령 제155조 제20항 은 적용될 수 없으므로 쟁점자산의 양도에 대하여는 1세대 1주택 비과세 특례를 적용할 수 없다(대법원 2021.11.25. 선고 2021두47400 판결).
(4) 청구인은 가산세를 감면할만한 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 가산세는 과세의 적정을 꾀하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액 납부의 의무를 부과하고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상 제재로, 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 한하여 이를 부과할 수 없는 것인바(대법원 2011.2.10. 선고 2008두2330 판결 등 참조), 이 건의 경우 양도일 현재 기존의 관리처분계획인가가 취소되거나 관리처분계획변경인가 사실이 없었고 조합의 설립무효 또는 조합이 해산된 사실이 없었으며, 청구인이 이 건 쟁점자산의 법률적 성질을 “부동산”으로 잘못 판단하여 양도소득세액을 계산함으로써 위 양도소득세의 신고·납부의무를 위반하게 된 만큼 이를 가지고 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수는 없는 것이므로 가산세를 감면할만한 정당한 사유가 있었다는 청구주장은 부당하다.