쟁점시행령규정(조특령 §65 ⑤)은 구 조특법 제68조 제5항의 위임에 따른 것이어서 농어업경영체 등록확인서의 제출을 요구하는 것이 위임입법의 한계를 벗어났다고 보기 어렵다 할 것인 점 등에 비추어 청구법인이 농업경영체 등록을 한 사실이 확인되지 아니하는 이상 이 건 처분은 잘못이 없음
쟁점시행령규정(조특령 §65 ⑤)은 구 조특법 제68조 제5항의 위임에 따른 것이어서 농어업경영체 등록확인서의 제출을 요구하는 것이 위임입법의 한계를 벗어났다고 보기 어렵다 할 것인 점 등에 비추어 청구법인이 농업경영체 등록을 한 사실이 확인되지 아니하는 이상 이 건 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 구 조특법 제68조 제1항에서 규정한 실질적 감면요건(농업회사법인 해당, 감면대상사업인 식량작물재배업 영위, 과세표준신고와 함께 세액감면신청서 및 면제세액계산서 제출)을 모두 갖추었음에도 불구하고, 처분청은 같은 법 시행령 제65조 제5항(이하 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 조특법 시행령 제65조 제5항을 “쟁점시행령규정”이라 한다)에서 규정한 신청 절차 중 ‘농업경영체 등록확인서’를 제출하지 아니하였다는 사유만으로 농업회사법인에 대한 법인세 감면의 적용을 배제하였는바, 이는 아래와 같은 사유로 부당하다. (가) 구 조특법 제68조 제1항은 농업회사법인에 대한 법인세의 감면 요건을 규정하고 같은 조 제5항에서 “제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다”고 하여 그 신청 절차에 관하여 대통령령에 위임하고 있다. 구 조특법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것) 제65조 제3항은 위와 같이 법 제68조 제5항의 위임에 따라 법에서 정한 감면요건을 모두 갖추어 감면을 신청하려는 농업회사법인은 시행규칙에서 정한 서식에 따른 세액감면신청서 및 면제세액계산서 등을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다는 절차적 사항을 정하고 있었다가, 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되면서 쟁점시행령규정에서 농업경영체 등록확인서를 제출서류로 추가하였다. 농업회사법인이 농업경영체 등록확인서를 제출하기 위해서는 농어업경영체육성법에 따른 농어업경영정보 등록을 하여야 하는데, 농어업경영체육성법은 농업인과 농업생산자단체 중 농업의 경영이나 농산물의 유통‧가공‧판매를 기업적으로 하려는 자는 농업회사법인을 설립할 수 있다고 정하면서, 그 중 농어업‧농어촌에 관련된 융자‧보조금 등을 지원받으려는 자에 한하여 농지 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 등 농어업경영정보를 등록하도록 규정하고 있는바, 이러한 농어업경영정보의 등록은 농어업경영체육성법에 따른 농업회사법인의 설립요건 또는 구 조특법상 감면요건과 무관한 의무로서, 2014.2.21. 개정된 쟁점시행령규정에서 창설적으로 요구하고 있는 새로운 의무이다. (나) 쟁점시행령규정은 모법으로부터 신청절차만을 위임받았음에도 불구하고 ‘농어업경영체 등록 및 등록확인서 제출’이라는 새로운 요건을 창설하고 있다는 점에서 모법의 규정취지에 반할 뿐만 아니라 그 위임 범위를 벗어난 것으로서 무효인 시행령 조항이다. 따라서 무효인 시행령 조항에서 요구하는 농업경영체 등록 및 등록확인서 제출을 하지 아니하였다는 사유만으로 청구법인에 대하여 농업회사법인에 대한 감면의 적용을 배제한 이 건 처분은 잘못이 있다.
(2) 예비적으로, 설령 쟁점시행령규정이 무효가 아니라고 보더라도, 이 건 처분 중 가산세 부분은 청구법인이 의무를 이행하지 아니한 데 정당한 사유가 있으므로 취소되어야 한다. 국세기본법제48조 제1항은 “정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있고, 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없는 것이다(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66판결, 같은 뜻임). 이 건의 경우, 쟁점시행령규정은 모법의 위임범위를 벗어난 것으로서 무효라고 해석될 수 있는바, 이는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석의 의의에 이른 것이라 할 것이고, 이러한 세법 해석의 의의로 인해 청구법인뿐 아니라 많은 농어업경영체들이 같은 이유로 감면 요건을 충족하지 못하였다고 판단되어 과세처분을 받고 불복절차를 진행 중이다. 청구법인은 설립 이후 식량작물재배업 등 농업을 영위하면서 농업회사법인에 대한 법인세 감면을 적용 받아왔는데, 쟁점시행령규정 시행 이후 감면요건으로서 농어업경영체 등록이 필요했다는 점이 세법 해석상 명확했다면 굳이 그러한 감면요건을 갖추지 않을 이유나 동기가 전혀 없었다. 따라서 청구법인이 2016사업연도 법인세 신고 및 감면신청 당시에 농업경영체 등록확인서를 제출하지 아니한 데에는 납세의무자인 청구법인에게 그 의무를 이행하지 아니한 데 정당한 사유가 인정되어야 한다.
(1) 구 조특법 제68조 제1항은 농어업경영체육성법에 따른 농업회사법인에 대해서는 작물재배업에서 발생하는 소득에 대해 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 감면하도록 규정하면서 같은 조 제5항에서 위 면제 등을 적용받으려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 쟁점시행령규정은 법인세 감면을 위해 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 이는 구 조특법 제68조 제5항의 위임에 따른 것이므로 농어업경영체 등록확인서의 제출을 요구하는 것이 위임의 한계를 벗어난다고 할 수 없다(수원지방법원 2019.6.20. 선고 2018구합73907 판결, 같은 뜻임).
(2) 청구법인이 쟁점시행령규정에서 요구하는 농업경영체 등록을 하지 아니한 것은 법령의 부지 또는 오인에 따른 것이며, 이는 가산세 감면의 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.
① 농업경영체 등록을 하지 아니한 청구법인에게 농업회사법인에 대한 법인세 감면을 적용할 수 있는지 여부
② 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 일부개정되기 전의 것) 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항을 준용하여 감면한다.
⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 일부개정되기 전의 것) 제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ⑤ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 일부개정되기 전의 것) 제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ③ 법 제68조 제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 및 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.
(4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(2020.2.11. 법률 제16965호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. “농업경영체”란 농업인과 농업법인을 말한다.
7. “농어업경영체”란 농업경영체와 어업경영체를 말한다. 제4조(농어업경영정보의 등록) ① 농어업·농어촌에 관련된 융자·보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 "농어업경영정보"라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.
1. 농업경영체: 농업·농촌 및 식품산업 기본법 제40조에 따른 농지·축사·임야·원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자·보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 "농업경영정보"라 한다) 제8조(자금 지원 등의 제한) 중앙행정기관의 장은 다음 각 호에 해당하는 농어업경영체에 대하여는 농어업경영체의 육성 및 소득 안정 등을 위한 각종 지원의 전부 또는 일부를 제한할 수 있다.
1. 농어업경영정보를 등록하지 아니하거나 등록정보를 수정하지 아니한 농어업경영체 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.
② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.
⑥ 농업회사법인 및 어업회사법인의 설립ㆍ출자, 부대사업의 범위 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2012.2.2. 농어업경영체육성법 제19조에 따라 설립되어 농산물의 공동출하 생산‧제조‧유통‧가공‧판매‧수출업 등을 영위하는 농업회사법인으로, 국립농산물품질관리원의 농어업경영체등록관리시스템 정보열람 결과(2022.9.6. 현재) 농업경영체로 등록된 사실이 확인되지 아니한다. (나) 청구법인은 2016사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 과세표준을 OOO원, 산출세액을 OOO원으로, 구 조특법 제68조에 따른 농업회사법인에 대한 감면세액을 OOO원으로 하였다. (다) 처분청은 국세청장의 ‘농어업경영체 미등록 농어업법인에 대한 법인세 감면 점검계획’에 따라 검토한 결과 청구법인이 농어업경영체로 등록하지 아니하고 구 조특법 제68조에 따른 농업회사법인에 대한 법인세 감면을 적용받은 사실을 확인하고, 농업회사법인에 대한 법인세 감면의 적용을 배제하여 2022.1.11. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원(과소신고가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 합계 OOO원을 포함)을 경정‧고지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시행령규정이 모법의 위임 범위를 벗어난 무효인 시행령 조항이므로 쟁점시행령규정에서 요구하는 농어업경영체 등록확인서를 제출하지 아니하였다는 사유로 청구법인에 대하여 농업회사법인에 대한 감면의 적용을 배제한 이 건 처분은 잘못이라고 주장하나, 헌법 제107조 제2항에 따라 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가지는 것으로서, 대법원에서 쟁점시행령규정이 헌법이나 법률에 위반된다고 판단한 바 없고, 쟁점시행령규정은 구 조특법 제68조 제5항의 위임에 따른 것이므로 농어업경영체 등록확인서의 제출을 요구하는 것이 위임의 한계를 벗어난다고 보기 어렵다 할 것인 점, 구 조특법 제68조 제1항 및 쟁점시행령규정은 농업회사법인에 대한 법인세를 감면받기 위해서는 과세표준 신고와 함께 세액감면신청서, 면제세액계산서 및 농어업경영체 등록확인서를 제출하도록 명확히 규정하고 있고, 농업경영체 등록확인서는 과세관청의 감면세액 결정에 협력하기 위하여 제출하는 세액면제신청서나 면제세액계산서와 다르게 농업회사법인에 해당하는지 여부를 확인하기 위한 것이므로 해당 사업연도 종료일 현재 농업경영체로 등록하지 않은 경우까지 동 규정의 감면 적용대상으로 보기는 어렵다고 할 것인 점(조심 2021중1715, 2021.8.9., 같은 뜻임) 등에 비추어, 청구법인이 2016사업연도에 농업경영체 등록을 한 사실이 확인되지 아니하는 이상 처분청에서 청구법인이 신청한 농업회사법인에 대한 법인세 감면을 배제하고 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 청구법인에 의무를 이행하지 아니한 데 정당한 사유가 있으므로 가산세 부분이 취소되어야 한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에서 규정한 각종 의무를 위반하는 경우에 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결 등, 같은 뜻임)고 할 것으로서, 앞서 본 바와 같이 구 조특법 제68조 제1항 및 쟁점시행령규정에서 농업회사법인이 법인세를 감면받기 위해서는 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 명확히 규정하고 있고, 국세청도 그와 같은 사실을 홈페이지를 통해 안내한 것으로 나타나는 점 등을 감안하면, 법령에서 정한 요건을 구비하지 아니하고 농업회사법인에 대한 법인세 감면을 신청한 것은 법령의 부지 또는 오인에 불과한 것으로 보이므로, 청구법인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.