쟁점아파트가 「법인세법 시행령」제92조의2 제2항에 따라 토지 등 양도소득에 대한 과세특례의 대상에서 제외되는지 여부

[주 문] OOO서장이 2021.10.13. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1960.7.7.부터 OOO에서 사무용기계 제조업을 영위하는 법인으로, 2000.9.22. OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득하고 지방거주자의 본사 출장시 숙소 등으로 사용하여 오다 2020.3.20. 이를 양도한 후, 그 양도소득을 2020사업연도의 소득금액에 반영하여 법인세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 신고내용을 검토한 결과, 쟁점아파트를 상시 주거용으로 사용된 사택으로 보기 어렵다는 이유에서 법인세법제55조의2 제1항 제2호에 의한 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’의 추가 납부대상에 해당하는 것으로 보아, 2021.10.13. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.11.9. 이의신청을 거쳐, 2022.3.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 조세법률주의 원칙상 과세요건 등은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않는다. 법인세법제55조의2 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제92조의2 제2항 제2호는 ‘주주등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택’으로 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택의 경우에는 법인세 추가납부 대상에 해당하지 아니한다고 규정하고 있다. 청구법인은 2000.9.22.부터 2020.3.20. 양도시까지 지방에 거주하는 직원들이 출장 또는 교육 등의 사유로 OOO에서 숙박하여야 하는 경우 사택으로 활용할 수 있도록 본사 인근(도보 15분 거리)의 쟁점아파트를 제공하였고, 상시 주거용으로 사용할 수 있도록 안전 및 위생관리를 하였으므로 쟁점아파트는 법인세 추가납부 대상이 아니다. 법인세법상 ‘사택’의 정의를 명시적으로 규정하고 있지는 아니하나, 법인세법 시행규칙제412조의3은 임차사택에 대하여 “법인이 직접 임차하여 임원 또는 직원에게 무상으로 제공하는 주택”을 의미한다고 규정하고 있고, 소득세법 시행규칙제9조의2는 사택은 사용자가 소유하고 있는 주택을 종업원 및 임원에게 무상 또는 저가로 제공하거나 사용자가 직접 임차하여 종업원 등에게 무상으로 제공하는 주택을 말한다고 규정하고 있다. 즉, 사택을 정의하는 개념에 ① 대상자 요건(종업원 등), ② 대가 요건(“무상 또는 저가”)이 있을 뿐, 기간요건(1년 단위)이나 제공목적(직원 주거안정 등)에 대한 규정은 없으므로 직원 등에게 무상으로 거주하도록 제공된 쟁점아파트는 사택에 해당한다 할 것이다.

(2) 설령 쟁점아파트가 사택의 범위에 포함되지 않더라도 쟁점아파트는 법인세법 시행령제92조의2 제2항 제2호에서 규정한 “그 밖의 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 무상제공기간이 10년 이상인 주택”에 해당하므로 양도소득에 대한 법인세 추가납부 대상에서 제외되어야 한다.

(3) 나아가 법인세법제55조의2 제1항 제2호 후단은 “주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양․피서․위락 등의 용도로 사용되는 건축물”인 경우 양도소득에 대한 법인세 추가납부 대상에 해당한다고 규정하고 있으나, 청구법인은 지방거주 직원에게 쟁점아파트를 출장이나 교육기간에 상시 주거용으로 사용하도록 제공하였으므로 법인세 추가납부 대상에 해당하지 아니한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 소득세법 시행령제8조의2 제2항은 “주택이란 상시 주거용으로 사용하는 건물”을 말한다고 규정하고 있고, 법인세법 시행규칙제42조의3은 임차사택의 범위를 임차기간 동안 “직원 등이 거주하고 있는 주택”을 말한다고 규정하고 있다. 청구법인의 교육용 숙소 사용신청서에 따르면, 쟁점아파트는 연 40～79일 정도만 사용된 것으로 나타나는바, 상시 주거용이 아닌 짧게는 1일, 길게는 한달정도 머무르는 숙소에 불과하므로 사택을 제공한 것으로 볼 수 없다. 국세청 질의회신OOO에 의하면, “사택이 아닌 출장직원의 숙소로 사용한 주택은 법인세 추가과세의 적용대상”이라고 하였는데, 예규 또는 질의회신은 그 자체가 법규로서의 효력을 가지지는 아니하나 계속적․반복적으로 적용되어 관행으로 정립되었다면 정당한 것으로 인정된다OOO. 청구법인은 법인세법상 사택은 같은 법 시행규칙 제42조의3이 규정한 바와 같이 ‘법인이 임원 또는 직원에게 무상으로 제공하는 주택’으로 해석되는데, 쟁점아파트도 무상으로 제공해왔으므로 사택의 범위에 해당한다고 주장하나, 임차사택은 ‘임차기간 동안 직원 등이 거주하고 있는 주택’을 말하고, 법인 소유주택의 경우에는 유․무상 사용여부를 불문하고 부당행위계산 대상에서 제외하고 있는 점 등을 고려할 때, 무상제공하였다는 사실만으로 사택에 해당한다고 볼 수 없다.

(2) 청구법인은 쟁점아파트가 ‘사택’이 아니더라도 법인세법 시행령제92조의2 제2항 제2호에서 규정한 “그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 무상제공기간이 10년 이상인 주택”에 해당한다고 주장하나, 법인세법제55조의2 제1항 제2호에서 별장인 경우에도 상시 주거용으로 사용한 경우에는 과세제외한다고 규정한 입법취지를 감안할 때, 무상으로 제공하였다 하더라도 주택 본래의 기능(일정한 곳에 자리잡고 머물러 사는 곳)인 주거용도가 아니라 출장직원의 숙소(집을 떠난 사람이 임시로 묵는 곳)용도로 사용한 경우에는 양도소득에 대한 법인세의 추가납부 대상에 해당한다 할 것이다.

(3) 청구법인은 출장 직원이 사용할 수 있도록 관리비와 가스료를 납부하는 등 상시 주거용으로 관리하고 있고, 별장 등 다른 용도로 사용하지 않았으므로 양도소득에 대한 법인세 추가납부 대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 앞서 언급한 바와 같이 쟁점아파트는 직원 등에게 일시적 숙소로 제공되었을 뿐 상시 주거용으로 제공된 사실이 없고, 별장 등의 경우에도 상시 주거용으로 제공한 경우에는 과세대상에서 제외하고 있으므로 쟁점아파트는 양도소득에 대한 법인세 추가납부 대상에 해당한다.

• 가. 쟁점 쟁점아파트를 법인세법 시행령제92조의2 제2항에서 정한 ‘주주 등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택’에 해당하는 것으로 보아 토지 등 양도소득에 대한 추가 법인세 과세대상에서 제외할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 등

(1) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 것) 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 “별장”이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 지방자치법 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다. (2) 법인세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30396호로 개정된 것) 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 직원에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우 제92조의2(토지등양도소득에 대한 과세특례) ② 법 제55조의2 제1항 제2호 본문에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 주주등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택 (3) 법인세법 시행규칙(2020.3.13. 기획재정부령 제774호로 개정된 것) 제42조의3(임차사택의 범위) 영 제88조 제1항 제6호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 임차사택”이란 법인이 직접 임차하여 임원 또는 직원(이하 이 조에서 “직원등”이라 한다)에게 무상으로 제공하는 주택으로서 다음 각 호의 경우를 제외하고는 임차기간 동안 직원등이 거주하고 있는 주택을 말한다.

1. 입주한 직원등이 전근ㆍ퇴직 또는 이사한 후에 해당 법인의 직원등 중에서 입주 희망자가 없는 경우

2. 해당 임차사택의 계약 잔여기간이 1년 이하인 경우로서 주택임대인이 주택 임대차계약의 갱신을 거부하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 청구법인에 대한 추가 법인세 신고여부 검토조서(2021.9.7.)에 의하면, 처분청은 청구법인이 2000.9.22. 취득하여 2020.3.20. 양도한 쟁점아파트가 지방 거주 출장직원들의 숙소용 주택으로 사용되었다는 이유에서 법인세법제55조의2 및 같은 법 시행령 제92조의2에 따른 법인세 추가과세 대상으로 판단한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점아파트 관련 교육용 숙소 사용승인서 등에 의하면, 쟁점아파트는 청구법인의 본점 소재지에서 도보로 약 15분 거리에 위치해 있고, 청구법인이 쟁점아파트 보유기간 동안 지속적으로 유지 및 관리보수를 하였으며, 교육용 숙소로 사용한 일수는 아래 OOO와 같은데, 2000년∼2011년은 청구법인의 직원출장시 숙소용으로 사용되었고, 2012∼2018년은 청구법인이 100% 출자한 OOO 현지법인OOO 직원들의 한국 방문시 숙소로 사용된 것으로 나타난다.

(3) 청구법인의 2019년 귀속 종합부동산세 결정내역에 의하면, 쟁점아파트는 합산대상 배제대상인 사원용주택으로 분류되어 있다.

(4) 청구법인이 쟁점아파트를 보유하고 있는 동안 주소지로 전입한 이력은 없는 것으로 나타난다.

(5) 청구법인은 지방 소재 직원들이 본사 출장이나 교육시 거주할 수 있도록 쟁점아파트를 제공하였다고 주장하며, 도시가스 사용내역, 관리비 납부확인서, 교육용 숙소 사용 신청서OOO 등을 제출하였다.

(6) 청구법인의 경리팀장 AAA과 대리인은 2022.7.7. 개최된 조세심판관회의에 출석하여, 당초 청구이유와 같은 취지의 진술과 더불어 청구법인의 OOO에는 연수원과 기숙사가 있지만, OOO에 그러한 숙소를 마련하기 어려워 본사 인근에 쟁점아파트를 취득하게 되었고, 2019년부터 출장수요가 감소하자 2020년 이를 매각하게 되었으며, 청구법인은 직원들이 언제든지 사용할 수 있도록 회사의 경비를 들여 안전 및 위생관리를 하였는데, 쟁점아파트를 보유하고 있는 동안 쟁점아파트 관련 재산세나 관리비 등과 같은 지출비용이 업무무관자산임을 이유로 부인되는 등과 같이 세무조사시 문제된 사실이 없다는 취지로 진술하였고, 쟁점아파트 취득시 청구법인에서 작성한 내부문서(2000.7.10. 작성, 지사직원 숙박용 및 신입사원 교육용으로 사용하기 위하여 쟁점아파트를 구입한다고 기재되어 있음) 등을 제출하였다.

(7) 법인세법제55조의2 제1항 제2호는 대통령령으로 정하는 주택 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양․피서․위락 등의 용도로 사용하는 건축물을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제92조의2 제2항 제2호는 ‘주주 등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택’은 법인세 추가납부 규정이 적용되지 아니한다고 규정하고 있다. (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점아파트가 출장 직원 숙소로 사용되었고, 그 사용일수 등에 비추어 법인세법 시행령제92조의2 제2항 제2호에서 정한 ‘주주 등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택’에 해당하지 아니한다는 의견이나, 청구법인의 교육용 숙소 사용승인서 등에 의하면, 청구법인은 2000.9.22. 쟁점아파트를 직원들의 숙소 용도로 취득하여 약 20여년간 출장이나 교육을 오는 직원들이 이를 무상으로 사용할 수 있도록 제공하고 있는 것으로 나타나고, 청구법인이 쟁점아파트를 보유하고 있는 동안 직원 외 제3자에게 이를 사용하도록 제공한 사실이 확인되지 않으며, 게다가 업무와 관련 없이 주택을 보유하고 있다는 사유로 유지관리비 등의 관련 비용이 손금부인된 사실도 나타나지 않는 점, 법인세법제55조의2 제1항 제2호는 법인의 업무와 관련 없이 일시적인 휴양․피서․위락 등의 용도로 사용하는 주택의 양도소득에 대하여 추가 법인세 납세의무를 지우고 있는데, 앞서 본 보유목적, 기간 및 실제 사용내역을 감안할 때 쟁점아파트가 이에 해당하는 것으로 단정하기 어렵고, 특히 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제2호 는 추가 법인세 과세제외 대상으로 ‘주주 등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택’을 규정하고 있을 뿐, 특정한 사용목적이나 용도․형태 등을 기 준으로 그 적용을 제한하는 규정을 두고 있지는 않은 점 등에 비추어, 쟁점아파트는 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제2호 에서 정한 법인세 추가납부 대상에서 제외되는 주택에 해당한다고 봄이 타당하므로 처분청이 쟁점아파트 양도소득에 대하여 법인세법제55조의2에 의한 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정을 적용하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기 본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.