가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] OOO서장이 2022.1.12. 청구인들 각각에게 한 2018년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 납부불성실가산세를 계산함에 있어 2018.11.29. 다음날부터 그 부과처분일까지의 기간분은 부과하지 않는 것으로 하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

• 가. AAA․BBB(이하 “청구인들”이라 한다)은 2009.10.7. OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 공동으로 취득(각 2분의1 지분)하고, 2018.3.30. 쟁점아파트의 재건축(2016.8.31. 사용승인)으로 분양받은 OOO(이하 “분양아파트”라 한다)를 양도한 후 분양아파트의 취득시기를 2009.10.7.로 보아 ‘1세대 1주택 양도에 대한 장기보유특별공제’의 공제율을 64%로 적용하여 2018.4.16. 처분청에 관련 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 이후 청구인들은 아래 <표1>과 같이 2018.7.16. 분양아파트의 양도에 대하여 1세대 2주택 일반세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원(각 OOO원)을 수정신고․납부하였다가 2018.10.1. 처분청에게 1세대 1주택 일반세율 적용대상이라는 이유로 이를 환급해 달라는 경정청구를 하였고, 처분청은 2018.11.29. 청구인들의 경정청구를 일부 인용하여 1세대 1주택 고가주택에 대한 중과세율(일반세율에 10%p 가산)을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 환급하였다. <표1> 청구인별 양도소득세 신고, 경정청구, 경정결정 내역 OOO
• 다. OOO청장은 2021년 6월 승계취득한 조합원입주권의 장기보유특별공제 과다 적용 및 비과세 양도차익 과다신고 조사를 실시하여 쟁점아파트의 주택재건축정비사업은 2005.5.16. 사업시행인가를 받아 청구인들이 쟁점아파트를 취득할 당시에 쟁점아파트는 주택이 아닌 조합원입주권으로 전환되었으므로 장기보유특별공제가 적용되는 보유기간을 분양아파트의 사용승인일인 2016.8.30.부터 양도일인 2018.3.30.까지로 보아 지정 지역내 1세대 3주택 중과세율을 적용하여 과세할 것을 2022.1.5. 처분청에 통보하였고, 처분청은 2022.1.12. 청구인들에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원(신고불성실 가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 포함)을 각각 경정․고지하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2022.3.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인들 주장 (1) 쟁점아파트의 조합원입주권 전환시기는 사업시행인가 시점(2005.5.16.)이나 최 초 관리처분계획인가 시점(2010.8.24.) 아닌 관리처분계획변경인가 시점(2013.11.8.)으로 보아야 하고, 청구인들이 쟁점아파트를 취득할 당시 쟁점아파트는 관리처분계획인가를 받지 못하여 주택상태였으며, 쟁점아파트 매매계약서 어디에도 이를 주택이 아닌 조합원입주권으로 볼 근거는 없으므로 처분청이 장기보유특별공제가 적용되는 보유기간을 분양아파트의 사용승인일(2016.8.30.)부터 양도일(2018.3.30.)까지로 보아 1세대1주택 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하다. (가) 소득세법 제88조 제9호 에 의하면, “조합원입주권이란 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위” 라고 정의하고 있고, 관리처분계획인가일(2005.5.30. 이전은 사업시행인가일)에 대해서는 “부동산을 분양받을 수 있는 권리가 확정되는 날”(서면5팀-846, 2007.3.14.) 또는 “조합원입주권의 권리가 확정된 날”(소득세집행기준 89-156의2-1)로 해석하고 있다. 청구인들이 2009년에 쟁점아파트를 취득할 당시 쟁점아파트는 2005년에 사업시행 인가를 받은 후 관리처분계획인가를 받지 않은 상태로서 조합원입주권이 아닌 주택으로 거래되었고, 쟁점아파트는 2005년 사업시행인가 이후 2013년에 대폭적으로 건축계획을 변경하여 완전히 새롭게 분양신청을 받은 후 시공사와의 손익귀속 형태를 확정지분제에서 도급제로 변경함으로써 종전의 인가는 효력을 상실하였다고 보아야 한다(서울행정법원 2014.5.9. 선고 2012구단21614 판결 등 참조). (나) 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호 의 재건축사업 조합원입주권 양도차익 산정 계산식을 보면, 재건축사업에서 원조합원이 청산금을 납부하고 신축된 주택을 양도할 경우 양도차익은 “청산금납부분 양도차익”과 “기존건물분 양도차익”으로 구분하도록 정하고 있고, 소득세법 시행령 제166조 제5항 제2호 에서는 청산금 납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간은 관리처분계획등인가일부터 신축 주택 양도일까지의 기간으로 하도록 규정하고 있는바, 이는 종전주택이 조합원입주권으로 전환된 이후에야 납부할 청산금 금액이 확정되어 실제로 납부가 개시 되기 때문에 공제 기간의 시작점을 종전주택 취득일이 아닌 조합원입주권으로의 변경시기로 하는 것이 합리적이기 때문이다. 이 건의 경우 2005.5.16.자 최초사업시행인가 계획으로는 분담금 확정 및 납부 등이 전혀 이루어지지 않았고, 이후 2010.8.24.자 관리처분계획인가 내용으로도 분담금 확정 및 납부가 이루어지지 않았으며, 실제 건축계획 및 분양신청, 분담금 확정 및 납부는 완전히 새롭게 계획을 수립하고 분양신청을 새로 받은 2013년 계획으로 진행되었는바, 2005.5.16.이 조합원입주권으로 전환된 날이라는 처분청의 의견은 청산금 납부분 양도차익에 장기보유특별공제를 적용할 때 실제 건축계획 및 분담금 등과는 무관한 2005년부터 공제하여야 한다는 것으로서 부당하다 하겠다. (2) 국세기본법 제48조 제1항 에서는 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.”라고 규정하고 있는바, 청구인이 2018.10.1. 경정청구를 통해 쟁점아파트의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용받는 등 쟁점아파트가 조합원입주권으로 변경된 시기가 2013.11.8.이라는 것을 세무서로부터 확인받은 바 있으므로 설령 이 건 쟁점아파트의 조합원입주권 전환시점을 2005.5.16.으로 본다고 하더라도 이 건 가산세 부과처분은 취소되어야 한다. 조세심판원은 “처분청이 자신의 판단에 따라 청구법인이 납부한 세금을 환급하였다가 조사청의 감사 지적에 따라 같은 세금을 재차 부과한 사정이라면, 청구법인에게는 이 건 처분과 관련하여 법인세를 납부하지 못한 것에 대한 귀책사유가 없다.”라고 결정하였고(조심 2020부2016, 2020.10.13.), “청구인이 신축주택 양도로 신축주택취득자에 대한 과세특례규정을 적용하지 아니하고, 양도소득세를 신고․납부한 이후, 조세특례제한법 제99조의3 에 따라 양도소득세가 전부 감면되는 것으로 경정청구를 하여, 처분청이 이를 적법한 경정청구로 받아들여 양도소득세 를 환급 하였다가, OOO청장의 기획점검에 따라 다시 감면적용 방법을 달리하여 기 환급한 양도소득세를 추징하였다면 청구인에게 미납행위에 대한 귀책사유를 지우기 어려운 정당한 사유가 있는 것으로 보인다.”라고 결정한 바 있다(조심 2013서4611, 2014.2.26., 조심 2011서2460, 2012.4.20. 참조).
• 나. 처분청 의견

(1) 청구인들이 쟁점아파트를 취득할 당시 쟁점아파트는 이미 사업시행인가 (2005.5.16.)를 받아 조합원입주권으로 전환된 상태였으므로 청구인들은 쟁점아파트를 조합원입주권 상태로 취득하였고, 장기보유특별공제가 적용되는 보유기간을 분양아파트 사용승인일(2016.8.30.)부터 양도일(2018.3.30.)까지 1년 7개월로 보아 1세대 1주택 고가주택 비과세양도차익을 부인하고, 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다. 청구인들은 이 건 경정청구시 최초의 사업시행인가(2005.5.16.)는 무효이고 사업시행변경인가(OOO 고시 제2013-100호, 2013.8.26.)에 따른 관리처분계획인가(2013.11.18.)를 최초의 관리처분인가로 주장하나, 쟁점아파트와 관련한 신반포1차 아파트 주택재건축정비사업 공사완료고시(OOO 고시 제2016-84호)에서도 “OOO고시 제2005-47호(2005.5.19)로 사업시행인가 고시된 재건축조합의 공사완료를 고시 한다”는 내용이 명시되어 있으므로 최초의 사업시행인가(2005.5.16.)는 유효한 사업 시행인가이고 위 고시에서는 사업기간을 2005년 5월부터 2016년 8월까지로 명시하고 있다. (

2. 청구인들은 당초 양도소득세 신고·납부 후 수정신고, 경정청구를 거치면서 세무서로부터 쟁점아파트가 조합원입주권으로 변경된 시기가 2013.11.8.이라고 확인 받은 것이므로 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 정당한 사유가 있다고 주장하나, 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고‧납세의무 등을 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의‧과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 또는 오인은국세기본법제48조 제1항에서 규정하는 정당한 사유에 해당하지 않는 것인바, 청구인의 수정신고 및 경정청구시 쟁점사항은 청구인들이 분양아파트를 양도할 당시 소유한 다른 주택의 장기임대주택 해당여부 등이었고, ‘쟁점아파트가 입주권으로 변경된 시기’에 관한 것이 아니어서 이에 대하여 청구인과 처분청간 견해의 대립이 있었다고 볼 수는 없 으므로 이후 조사청이 청구인이 신고한 내용에 오류가 있음을 확인하여 이에 따라 처분청이 가산세를 포함하여 이 건 과세처분을 한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 청구인들이 쟁점주택을 취득할 당시 쟁점주택이 조합원입주권 상태였는지 여부

② 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2020.8.18. 법률 제17477호로 일부개정되기 전의 것) 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다) 에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유 기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물 분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (다음 표 생략) (2) 소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것)

⑯ 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가 일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. 제155조【1세대1주택의 특례】(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것)

⑯ 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우 에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. 부 칙 <대통령령 제18850호, 2005.5.31.>

④ 【주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치】이 영 시행 전에 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 제166조【양도차익의 산정】(2018.2.9. 대통령령 제28627호로 개정된 것)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따 른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 제1항 제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항 제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

• 가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
• 나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

(3) 국세기본법 제48조【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점아파트의 매매계약서 및 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인들은 2009.8.3. 매도인 CCC으로부터 쟁점아파트를 OOO원에 매수하는 계약을 체결하여 2009.10.7. 소유권이전등기를 경료하였고, 2012.11.26. OOO재건축주택조합에 쟁점아파트 지분전부를 신탁한 것으로 나타난다. (나) 분양아파트의 매매계약서에 의하면, 청구인들은 2017.12.22. 매수인 DDD에게 분양아파트를 OOO원에 매도하는 계약(잔금일 2018.3.30.)을 체결한 것으로 나타난다. (다) 쟁점아파트의 재건축사업 진행과정은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점아파트의 재건축사업 진행과정 OOO (라) 쟁점아파트의 최초 사업시행인가고시(OOO고시 제2005-47호, 2005.5.19.)에 의하면, 쟁점아파트의 재건축정비사업인가일은 2005.5.16.이고, 정비사업 명칭은 ‘OOO주택재건축정비사업’이며, 사업내용은 OOO에 지상 20〜30층 아파트 16개동 및 부대시설을 건축한다는 내용이 나타난다. (마) 쟁점아파트의 1차 관리처분계획변경인가고시(OOO고시 제2013-100호, 2013.8.26.)에 의하면, 쟁점아파트의 최초 사업시행인가(2005.5.16.)와 관련하여 조합 으로부터 사업시행변경인가 신청(변경사유: 특별건축구역지정 및 법적상한용적률 확정에 따른 건축계획 변경)이 있어 인가하고 고시한다는 내용이 나타난다. (바) 쟁점아파트의 주택재건축정비사업공사완료고시(OOO고시 제2016-84호, 2016.9.1.)에 의하면, 쟁점아파트의 최초 사업시행인가(2005.5.16.)로 고시된 주택재건축정비사업이 준공(준공인가일 2016.8.30.)되어 고시한다는 내용이 나타난다.

(2) 청구인 AAA의 이 건 양도소득세 수정신고, 처분청의 경정결정 및 이 건 처분내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구인 AAA의 수정신고, 처분청의 경정결정(환급) 및 이 건 처분내역 OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 구 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것)제155조 제16항에서는 조합원입주권의 전환기준을 주택재개발사업은 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업은 사업시행인가일로 구분하고 있다가 이후 개정된 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정 된 것)제155조 제16항에서 주택재개발사업과 주택재건축사업의 구분 없이 관리처분계획의 인가일로 통일된 점, OOO고시(제2005-47호, 2005.5.19.)에서 쟁점아파트는 2005.5.16. 도시정비법에 따른 사업시행인가를 받은 것으로 확인되고, 소득세법 시행령부칙(2005.5.31. 제18850호)에서 “이 영 시행 전에 도시정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도 차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.”라고 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청에서 청구인들이 쟁점아파트를 취득할 당시에 쟁점아파트는 주택이 아닌 조합원입주권으로 전환된 상태였다고 보아 보유기간을 분양아파트의 사용승인일인 2016.8.30.부터 양도일인 2018.3.30.까지 1년 7개월로 하여 1세대 1주택 고가주택 비과세양도차익을 부인하고, 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2020서8262․8263, 2021.11.1., 같은 뜻임). (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인들이 2018.10.1. 분양아파트 양도 소득세 경정청구에 대하여 처분청은 분양아파트의 양도를 일시적 2주택 고가주택 양도에 대한 중과세율을 적용하여 양도소득세를 환급하였으므로 이는 처분청이 쟁점아파트가 조합원입주권으로 변경된 시점을 청구인들이 신고한 2013.11.8.로 인정한 것으로 볼 수 있고, 이후 조사청의 조사 결과에 따라 쟁점아파트의 조합원입주권 전환시점을 2005.5.16.으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한다고 하더라도 처분청이 자신의 판단에 따라 이 건 분양아파트의 양도에 대하여 1세대 1주택 장기보유특별공제를 적용하여 청구인들이 납부한 세금을 환급하였다가 OOO청장의 조사결과에 따라 이 건 처분을 통해 환급세액 등을 추징한 사정이라면, 처분청의 이 건 경정처분은 청구인의 잘못에 기인한 것이 아니라 세액을 과다환급한 처분청에 귀책사유가 있는 것으로서 이 건 처분에 따라 증액된 세액이 납부되지 아니한 것에 대한 책임을 청구인들에게 지우는 것은 과도한 것으로 보이는 점 등에 비추어 당초 환급경정결정 통지일(2018.11.29.) 다음날부터의 기간에 대해서는 청구인들에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다 할 것이므로 처분청이 납부불성실가산세를 가산하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 일부 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.