쟁점부동산①의 취득가액을 전소유자의 양도가액(등기부등본상가액)으로 하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2021.2.3. OOO 외 2 대 803㎡ 및 그 지상건물(이하 OOO 토지 712㎡ 및 그 지상건물을 “쟁점부동산①”이라 하고, OOO 토지 68㎡, 155-2 토지 23㎡를 “쟁점부동산②”라 하며, OOO 1층 근린생활시설 22.62㎡, 7층 주택 117.21㎡를 “쟁점부동산③”이라 하고, 이를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 양도한 후, 2021.4.30. 취득가액을 OOO원, 양도가액을 OOO원으로 하여 2021년도 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다. ＜표1＞ 쟁점부동산 목록 OOO
• 나. 처분청은 청구인이 신고한 취득가액이 쟁점부동산의 등기사항전부증명서상의 가액(OOO원)과 상이한 사실을 확인하고, 2021.7.19.부터 2021.8.27.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점부동산①의 취득가액을 전소유자 양도가액인 OOO원으로 하여, 2021.11.4. 청구인에게 2021년도 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.11.25. 이의신청을 거쳐 2022.3.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산①을 OOO원에 취득하였고, 임차인들에 대한 보증금 OOO원에 대한 지급채무를 청구인이 인수하기로 하면서 실제 매매금액에서 위 보증금을 제외한 나머지 OOO원을 이를 양도한 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 한다)에 지급하기로 약정하였다. 다만, AAA의 실사업자 BBB는 매매계약서상 거래가액을 OOO원으로 기재하는 것을 조건으로 하여 당초 OOO원에 매물로 나왔던 쟁점부동산①의 매매금액을 OOO원으로 조정하여 주었다. 청구인은 2007.10.30. 텔레뱅킹을 통해 OOO원을 AAA에 지급하였고, OOO원은 ＜표2＞ 기재와 같이 수표로 지급하였다. ＜표2＞ 쟁점부동산① 매매대금 지급내역 OOO 청구인이 수표를 발급받은 일자는 부동산거래계약 신고필증에 기재된 계약금, 중도금, 잔금의 각 지급일과 일치하고, 제출된 부동산거래계약서 신고필증에 의하면, 2007.11.5. 중도금 OOO원을 지급한 것으로 기재되어 있는데, 실제로 청구인은 2007.11.5. AAA의 본사가 위치한 OOO지점에서 OOO원을 수표로 출금하여 AAA에 지급한 점에 비추어 청구인이 출금된 수표를 AAA에 지급한 사실을 확인할 수 있다. 위와 같이 쟁점부동산①의 취득가액이 OOO원임이 명백함에도 전소유자의 양도가액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 결정한 이 건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점부동산①의 취득가액이 OOO원이라고 주장하나, 이를 입증하기 위한 쟁점부동산①에 대한 실제계약서나 다운계약서 모두 제시하지 못하고 있고 매매대금 지급내역 역시 제출하지 못하였다. OOO 시청 토지정보과에 확인한바 청구인은 쟁점부동산①의 매매가액을 OOO원으로 부동산거래계약신고를 하였고, 등기사항전부증명서상에 나타나는 매매가액 또한 OOO원이며 종합소득세 신고(부동산 임대업)시 쟁점부동산①의 취득가액을 복식부기에 따라 OOO원으로 장부계상한 것으로 확인된다. AAA 대표자 CCC에게 부동산 거래와 관련된 사실관계 및 부동산 매매계약서, 매매대금 수령증빙을 공문요청 하였는바, 매매가액이 OOO인지 OOO인지 정확하게 기억이 나지 않고 관련 서류는 없다고 답변하였다. 금융증빙으로 청구인은 AAA에 이체한 내역 OOO원과 수표로 인출된 내역 OOO원을 지출하였으나 실제 AAA에 지급되었는지 불분명하고 이를 입증할만한 객관적인 자료는 제출하지 못하였다. 그 외에 청구인이 승계하였다고 주장하는 임차인들에 대한 보증금 OOO원에 대한 지급채무는 임대차계약서상 성명과 주민등록번호가 일치하지 않거나 임대차계약서상 임차인의 도장이 없고, 청구인이 임대차보증금을 승계하였다고 주장하는 시점에 이미 임대차기간이 만료되어 있는 등 수많은 오류가 확인되며, 더욱이 청구인이 종합소득세 신고시 제출한 표준재무상태표상 임대보증금은 OOO원에 불과하고, 이의신청 과정에서 주장한 임대차 보증금 승계금액은 OOO원이었다가 심판청구 과정에서 OOO원으로 변경되는 등 신뢰할 수 없다. 따라서 전소유자의 양도가액을 청구인의 취득가액으로 보아 이 건 양도소득세를 경정․고지한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점부동산①의 취득가액을 전소유자의 양도가액(등기부등본상 가액)으로 하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2021.2.3. 쟁점부동산을 양도한 후, 2021.4.30. 취득가액을 OOO원, 양도가액을 OOO원으로 하여 계산한 2021년도 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다. ＜표3＞ 청구인이 신고한 쟁점부동산의 취득가액 내역 OOO

(2) 처분청은 세무조사 결과 쟁점부동산①의 취득가액을 부동산등기부등본상 기재가액인 OOO원으로 결정한바 조사내용은 아래와 같다. ＜표4＞ 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역 OOO (가) 쟁점부동산①에 대한 실제매매계약서나 다운계약서는 모두 제출되지 아니하였다. (나) 청구인은 2007.10.30. 텔레뱅킹을 통해 OOO원을 AAA에 지급한 것으로 확인된다. 그 외에 총 OOO원이 ＜표5＞ 기재와 같이 청구인의 계좌에서 수표로 출금되었으나 해당금액이 AAA에 지급되었다는 점은 확인되지 않는다. ＜표5＞ 쟁점부동산① 매매대금 지급내역 OOO (다) 처분청은 세무조사가 진행 중이던 2021.8.20. AAA(대표자 CCC)에게 출석요청 공문을 발송하였고, CCC는 2021.8.23. 아래 ＜표6＞과 같이 쟁점부동산①의 매매가액이 OOO원～OOO원이라는 내용의 의견을 기재하여 팩스로 회신하였다. ＜표6＞ 조사당시 CCC의 회신내용 OOO (라) 처분청이 OOO시청 토지정보과에 확인한 바, 청구인이 부동산거래계약 신고시 신고한 쟁점부동산① 가액은 OOO원으로 나타난다. (마) 부동산 등기사항전부증명서상 쟁점부동산① 매매목록가액은 OOO원으로 확인된다. (바) 청구인은 부동산임대업에 대한 종합소득세 신고시 쟁점부동산①의 취득가액을 복식부기에 따라 OOO원으로 장부계상하여 신고한 것으로 나타난다. (사) AAA은 쟁점부동산①과 관련하여 2007사업연도 법인세 신고시 제출한 재무제표 내역은 아래 ＜표7＞과 같다. ＜표7＞ AAA 재무제표(2007사업연도) OOO (아) 청구인은 쟁점부동산①의 임차인들에 대한 보증금 OOO원에 대한 지급채무를 승계하였다고 주장하며 임대차계약서를 제출하였으나, 임대차계약서상 성명과 주민등록번호가 일치하지 않거나, 임대차계약서상 임차인의 도장이 없거나, 청구인이 임대차보증금을 승계하였다고 주장하는 시점에 이미 임대차기간이 만료되어 있는 것으로 확인된다. ＜표8＞ 임차인 이름 오류, 주민등록번호 및 임대차기간 오류 세대 OOO ＜표9＞ 임차인 날인이 없는 세대 OOO ＜표10＞ 임대차기간 만료세대 OOO (자) 청구인이 2007년 종합소득세 신고시 제출한 표준재무상태표상 임대보증금은 OOO원으로 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점부동산①의 취득가액이 OOO원이라고 주장하며 다음과 같은 심리자료를 제출하였다. (가) 쟁점부동산① 부동산거래계약 신고필증의 기재내용은 다음과 같다. ＜표11＞ 부동산 거래계약 신고필증(발췌) OOO (나) 쟁점부동산①에 대한 임대차계약서 제출 내역은 다음과 같다. ＜표12＞ 임대차계약서 제출내역 OOO (다) 청구인 명의 OOO은행 계좌 금융거래내역에 의하면, 쟁점부동산① 잔금지급일인 2007.11.23.이후 도래하는 차임지급일인 2007.11.28. DDD(OOO원), EEE(OOO원) 등으로부터 월차임을 지급받은 내역이 확인되는 등 제출된 총 38건의 임대차계약서상 임차인들 중 13인으로부터 임차료를 지급받은 사실이 확인된다. (라) 청구인이 제출한 임대차계약 수동관리대장의 주요내용은 다음과 같다. ＜표13＞ 임대차계약 수동관리대장 OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산① 취득 당시 임차인들에 대한 보증금 OOO원에 대한 지급채무를 청구인이 인수하기로 하면서 실제 매매금액에서 위 보증금을 제외한 나머지 OOO원을 이를 양도한 AAA에 지급하였으므로 쟁점부동산①의 취득가액은 OOO원인데, 이를 전소유자의 양도가액인 OOO원으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 위법하다고 주장한다. 양도소득세의 과세표준은 양도가액으로부터 취득가액 등 필요경비를 공제한 것이므로 양도가액 및 취득가액 등 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 취득가액 등 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 취득가액 등 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다고 할 것인 점(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결 등, 참조), 청구인이 주장하는 쟁점부동산①의 취득가액 OOO원을 뒷받침할만한 증빙(계약서 등)이 제출되지 않아 이를 매매가액으로 인정하기 어려운 점, 청구인의 계좌에서 AAA계좌에 2007.10.30. OOO원을 이체한 내역은 확인되는 반면, 그 외 수표로 출금하였다고 하는 OOO원은 실제 AAA에 지급되었는지 확인되지 않는 점, 처분청이 쟁점부동산①을 매도한 AAA(대표자 CCC)에 거래사실 확인을 요청하자 CCC는 쟁점부동산①의 매매가액을 OOO원～OOO원으로 답변한 점, 처분청이 OOO시청 토지정보과에 확인한 바, 청구인이 부동산거래계약 신고시 신고한 쟁점부동산① 가액 및 부동산 등기사항전부증명서상 쟁점부동산① 매매목록가액은 OOO원으로 나타나고, 청구인은 부동산임대업에 대한 종합소득세 신고시 쟁점부동산①의 취득가액을 복식부기에 따라 OOO원으로 장부계상하여 신고한 것으로 나타나는 점, 청구인은 쟁점부동산①의 임차인들에 대한 보증금 OOO원에 대한 지급채무를 승계하였다고 주장하며 임대차계약서를 제출하였으나, 임차인들의 성명과 주민등록번호가 일치하지 않고, 임대차계약서에 임차인의 도장이 찍혀있지 않거나, 일부는 임대차기간이 만료되어 있는 것으로 확인되는 점, 청구인이 종합소득세 신고시 제출한 표준재무상태표상 임대보증금이 OOO원인 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 소득세법 제97조[양도소득의 필요경비 계산] ② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법 개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

• 가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
• 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

④ 삭제 ＜2014.1.1＞

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ＜개정 2014.1.1＞

⑥ 삭제 ＜2014.1.1＞

⑦ 제1항 제1호 가목을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. ＜개정 2017.12.19＞

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우 제114조[양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지] ⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법 제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령 제163조[양도자산의 필요경비] ⑪ 법 제97조 제7항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

2. 거주자가 부동산 취득시 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조 제1항에 따른 부동산의 실제거래가격(이하 이 호에서 "실제거래가격"이라 한다)을 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다.