2주택을 보유하던 중 1주택이 관리처분계획인가에 따라 입주권으로 전환된 후 나머지 1주택을 양도한 경우 소득세법 제59조 제2항 및 같은 법 시행령 제156조의2 제2항에 따른 주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택 특례대상이라는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다 [이 유]

• 가. 청구인은 2002.10.16. OOO(이하 “쟁점①주택”이라 한다)를, 2004.7.9. OOO 대지 및 무허가주택(이하 “쟁점②주택”이라 한다)를 취득하였는바, 쟁점②주택은 소재지 일대의 OOO(인가일 2011.6.15.) 및 관리처분계획(인가일 2016.9.28.)에 따라 조합원입주권(이하 “쟁점조합원입주권”이라 한다)으로 전환되었다.
• 나. 이후 청구인은 쟁점①주택과 쟁점조합원입주권을 보유하던 중 2021.5.18. 쟁점① 주택을 OOO원에 매매하고, 소득세법제104조 제7항 제2호에 따른 중과세율을 적용하여 2021.7.30. 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다가, 소득세 법 시행령제156조의2 제4항에 따라 쟁점①주택을 1세대1주택으로 보아 양도소득세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 2021.11.9. 처분청에 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 청구인과 같이 2주택을 보유하던 중 1주택이 조합원입주권으로 전환된 경우 소득세법 시행령제156조의2 제4항에 따른 1세대1주택 특례대상에 해당하지 않고, 대체주택인 쟁점②주택을 취득한 후 3년이 경과한 이상 쟁점①주택의 양도에 대해 1세대1주택 특례를 적용할 수 없다고 보아 2022.1.11. 이를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2022.3.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 시행령제156조의2 제4항에 의거 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원 입 주권을 소유하게 된 경우 그 1주택이 1세대1주택 비과세요건을 갖추고 재개발주택 완공 후 2년 이내 그 재개발주택으로 세대원 전원이 이사하여 1년 이상 거주하며 1주택을 재개발주택 완공 전후 2년 이내 양도한 이상 1세대1주택 특례 적용대상이
• 다. 나. 처분청 의견 소득세법 시행령제156조의2 제3항ㆍ제4항은 국내에 1주택을 소유한 상태에서 조합원입주권을 취득한 경우 적용 가능한 조항으로 청구인과 같이 2주택을 소유하다가 그 중 1주택이 조합원입주권으로 전환된 경우에는 적용할 수 없는 것이다. 법원 판례(서울행정법원 2021.11.24. 선고 2021구단59918 판결) 및 조세심판원 선결정례(조심 2020서8388, 2021.2.3., 조심 2009서3554, 2010.1.21.)와 국세청 예규 (사전2021-법규재산-1042, 2022.1.11. 외 다수) 모두 같은 취지로 해석하고 있다. 만약 청구인과 같이 해석한다면, 1주택 보유자가 1주택을 추가로 취득하게 되어 2주택을 보유하게 되는 경우 소득세법 시행령제155조 제1항에 따라 일시적 2주택 비과세 특례를 적용받을 수 있고, 해당 특례를 적용받을 수 있는 기한이 지나더라도 신규 취득한 주택이 재개발ㆍ재건축 사업의 시행을 통해 조합원입주권으로 전환되면 또다시 소득세법 시행령제156조의2 제3항ㆍ제4항에 따라 비과세 특례를 적용받을 수 있어 조세공평에도 부합하지 않는다.

• 가. 쟁 점 2주택을 보유하던 중 1주택이 조합원입주권으로 전환된 후 다른 1주택을 양도한 경우 소득세법 시행령제156조의2 제4항 각 호의 요건을 충족하는 이상 1세대1주택의 양도로 보아 양도소득세를 산정하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2021.12.8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것) 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세 (이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권 (조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토 지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. 표 2 보유기간 공제율 거주기간 공제율 10년 이상 100분의 40 10년 이상 100분의 40

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별 공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상 지역”이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. (2) 소득세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것) 제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63 조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세 대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. 제155조【1세대1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1 세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다] 하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

• 가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 주민등록법 제16조에 따라 전입신고를 마친 경우
• 나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우 제156조【고가주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액 {1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. 제156조의2【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례】

② 법 제89조 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우로서 제3항부터 제11항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우 (3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 조합원입주권을 취득하는 요건을 적용하지 아니한다.

④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 3년이 지나 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것

2. 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업의 관리처분계획등에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도할 것

⑬ 제4항 또는 제5항의 규정을 적용받은 1세대(제7항·제10항 또는 제11항의 규정에 따라 제4항 또는 제5항의 규정을 적용받은 1세대를 포함한다)가 제4항 제1호 또는 제5항 제2호의 요건을 충족하지 못하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 주택 양도당시 제4항 또는 제5항을 적용받지 아니할 경우에 납부하였을 세액을 양도소득세로 신고·납부하여야 한다. 제160조【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】

① 법 제95조제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항에 따른 양도차익 × 양도가액 - 9억원 양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 × 양도가액 - 9억원 양도가액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국토교통부 공고 제2017-1305호(2017.9.6.)에 의하면, 국토교통부장관은 쟁점①주택이 소재한 서울특별시 마포구를 포함한 서울특별시 전역을 조정대상지역 예정지로 공고하였고, 동 지역은 주택법(2017.8.9. 법률 제14866호로 개정된 것) 제63조의2 규정의 시행일인 2017.11.10.부터 조정대상지역으로 지정된 것으로 나타난다.

(2) OOO(쟁점②주택 및 쟁점조합원입주권 관련)의 진행 경과는 아래 <표1>과 같다. <표1> OOO 진행 경과 ◯◯◯

(3) 청구인의 쟁점주택 양도에 관한 당초신고 및 경정청구 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점주택 양도에 관한 당초신고 및 경정청구 내역 ◯◯◯

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 청구인이 소유한 2주택 중 1주택이 조합원입주권으로 전환됨으로써 1주택자가 1조합원입주권을 취득한 것으로 볼 수 있으므로 소득세법 시행령제154조의2 제4항에 따라 쟁점

① 주택의 양도에 대해 1세대1주택 특례규정을 적용할 수 있다고 주장하나, 소득세법 시행령제156조의2 제4항 소정의 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우’라 함은 1세대가 1주택만을 소유한 상태에서 조합권입주권을 취득함으로써 일시적 으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우를 말하는 것인바, 청구인과 같이 1세대가 2주택을 소유하다가 그 중 1주택이 조합원입주권으로 전환되는 경우에는 그에 해당하지 않는다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점①주택의 양도에 대해 1세대1주택 특례규정을 적용할 수 없다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.