쟁점안분규정에 따라 안분한 금액과 쟁점가액 간에 30% 이상 차이가 발생하는 경우가 상당한 수로 나타나고 있고, 전체 양도금액은 확정되어 있는 이상, 차이가 나는 해당 금액만을 선택적으로 조정할 수도 없는 점 등에 비추어, 쟁점안분규정을 적용하여 계산한 금액을 개별부동산의 실지양도가액으로 봄이 타당하다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
쟁점안분규정에 따라 안분한 금액과 쟁점가액 간에 30% 이상 차이가 발생하는 경우가 상당한 수로 나타나고 있고, 전체 양도금액은 확정되어 있는 이상, 차이가 나는 해당 금액만을 선택적으로 조정할 수도 없는 점 등에 비추어, 쟁점안분규정을 적용하여 계산한 금액을 개별부동산의 실지양도가액으로 봄이 타당하다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO서장이 2021.10.19. 청구법인에게 한 2017사업연도 법인세 OOO원의 환급경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 정리하면 OOO과 같다. (가) 청구법인의 수정신고 및 경정청구 내역은 아래 OOO과 같은데, 경정청구(기준시가 적용)의 경우 일괄양도가액 중 비사업용토지에 배분되는 값이 감소함에 따라 전체적인 법인세 부담이 감소하게 된다. (나) 쟁점부동산은 토지 91건, 집합건물 17건, 건물 7건 등 총 115건으로 구성되는데, 매매계약서 부속서류에는 각 개별부동산별로 소재지, 지목, 면적, 매매금액(쟁점가액) 등이 표로 기재되어 있고, 그 매매가액(쟁점가액)의 단순 합계는 OOO원이다. (다) 이 건에서 만약 위 일괄양도가액을 115건 개별부동산의 각 기준시가 비율로 안분ㆍ계산할 경우, 그 중 28건(25.7%)의 금액은 쟁점가액과 30% 이상의 차이가 발생(건물 6건은 거래가액 미기재)하는 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 쟁점가액에 대하여 일괄양도가액OOO을 단순편의상 임의로 배분한 것에 불과하다고 주장하는 반면, 처분청은 양수자인 지역주택조합이 감정평가법인에 의뢰(쟁점부동산 포함)한 감정평가액 등과 비교하면 일부 차이는 있으나 개별적으로 시가가 반영된 가액으로 보아야 한다며 아래와 같은 의견을 제시하였다.
(2) 처분청의 추가 의견을 정리하면 OOO과 같다.
(3) 청구법인의 항변 등을 정리하면 OOO과 같다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 매매계약서의 부속서류에 기재되어 있는 금액을 바탕으로 한 쟁점가액이 개별부동산의 실거래가액이므로 양도가액이 된다는 의견이나, 일괄 양도된 자산별 가액을 임의적으로 구분함에 따른 조세회피 행위를 방지하려는 쟁점안분규정의 취지를 고려할 때, 일괄양도가액을 기준시가의 비율로 안분․계산한 금액과 쟁점가액 간에 30% 이상의 차이가 발생한 이상, 개별부동산의 양도가액은 일률적으로 불분명한 경우로 간주하여 기준시가로 계산하는 것이 타당하고OOO, 특별한 사정이 없는 한 양도자가 법인인 경우에도 마찬가지로 봄이 합리적인 점, 이 사건의 경우 쟁점안분규정에 따라 안분한 금액과 쟁점가액 간에 30% 이상 차이가 발생하는 경우가 상당한 수로 나타나고 있고, 전체 양도금액은 확정되어 있는 이상, 차이가 나는 해당 금액만을 선택적으로 조정할 수도 없는 점 등에 비추어, 쟁점안분규정을 적용하여 계산한 금액을 개별부동산의 실지양도가액으로 봄이 타당하다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 법인세법 제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양·피서·위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 지방자치법 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌 주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제92조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ⑨ 법인이 각 사업연도에 법 제55조의2를 적용받는 2 이상의 토지등을 양도하는 경우에 토지등 양도소득은 해당 사업연도에 양도한 자산별로 법 제55조의2 제6항에 따라 계산한 금액을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 양도 당시의 장부가액이 양도금액을 초과하는 토지등이 있는 경우에는 그 초과하는 금액(이하 이 항에서 “양도차손”이라 한다)을 다음 각 호의 자산의 양도소득에서 순차로 차감하여 토지등 양도소득을 계산한다.
1. 양도차손이 발생한 자산과 같은 세율을 적용받는 자산의 양도소득
2. 양도차손이 발생한 자산과 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득
(3) 소득세법 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. <신설 2015.12.15>
④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. (4) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.
소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣ 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청
결정 내용은 붙임과 같습니다.