처분청은 쟁점공통매입세액의 항목별로 본점에서 독립적으로 영위하는 사업과의 관련성 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 본점에서 독립적으로 영위하는 사업과 관련하여 발생한 공통매입세액의 경우 본점의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 안분계산하여 세액을 경정함이 타당하다고 판단됨
처분청은 쟁점공통매입세액의 항목별로 본점에서 독립적으로 영위하는 사업과의 관련성 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 본점에서 독립적으로 영위하는 사업과 관련하여 발생한 공통매입세액의 경우 본점의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 안분계산하여 세액을 경정함이 타당하다고 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2021.12.27. 청구법인에게 한 2016년 제2기～2021년 제1기 부가가치세 합계 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 본점의 공통매입세액 합계 OOO원 중 본점에서 독립적으로 영위하는 사업과 관련된 공통매입세액이 얼마인지 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 특정사업장(OOO사업장)에서 발생한 쟁점공통매입세액이 다른 사업장에 일부 직/간접적으로 관련이 있다고 하여 쟁점공통매입세액 전부를 전체사업장에 대한 공급가액비율로 안분해야 한다는 처분청의 의견은 법령상 근거가 존재하지 아니할 뿐만 아니라, 부가가치세법 및 판례에서 일관되게 확인해주고 있는 부가가치세의 대원칙인 사업장별 과세원칙에 반하는 것이다. (가) OOO지방법원(2012구합OOO)은 처분청이 경제적 효과라는 개념을 통하여 공통매입세액을 전체사업장에 대한 공급가액비율로 안분해야 한다는 확대해석은 사업장별 과세원칙의 붕괴를 가져온다고 판시한 바 있고, 대법원도 각 사업장은 과세 상 독립된 장소적 단위가 되므로 공통매입세액은 전체 사업장이 아닌 해당 사업장만의 공급가액비율로 안분해야 한다고 판시하고 있다(대법원 2009.5.14. 선고 2007두4896 판결 등 참조). (나) OOO사업장에서 발생한 쟁점공통매입세액은 동 사업장의 고유 업무에 해당하는 것으로 동 사업장에 소속된 인적/물적 자원을 소비하여 발생하였기 때문에 OOO사업장의 공급가액비율로 안분하는 것이 사업장별 과세원칙에 명확히 부합되는 것이다.
(2) OOO사업장과 OOO사업장은 각각 청구법인이 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로서 부가가치세법제6조 제2항의 사업장의 정의에 부합하는 독립된 사업장임에도, OOO사업장을 OOO사업장에 종된 사업장으로 판단하여 쟁점공통매입세액 전부를 전체 사업장의 공급가액비율에 따라 안분하여야 한다면서 경정청구를 거부한 처분은 사업목적, 사업의 행태, 그 운영방식 및 지리적 요건 등을 종합적으로 판단하였을 때 부당하다. (가) 부가가치세법제6조 제2항에 따르면 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소라고 정의하고 있다. (나) OOO사업장은 부동산 투자, 개발, 임대 및 매매업, 도서류, 교구, 교재, 기타 물품의 통신판매(전자상거래) 및 방문판매 등 유통업, 인터넷 콘텐츠 개발 및 서비스업, 학원사업, 강사파견사업 및 기타 교육 서비스업(프랜차이즈업 포함), CD, 오디오, 비디오 등 영상물의 제작 및 판매업, 스마트폰, 태블릿PC 등 각종 디바이스에 적합한 전자출판물의 제작 및 판매업, 인터넷을 통한 회원제 서비스업, 저작권 중개업을 사업목적으로 하고 있고, 저작권 매출(과세사업), 전자책 매출(면세), 교육사업 및 교육관련 인터넷 AI 등 인적용역관련 사업과 미래지향적인 교육관련 사업을 주요사업으로 하고 있으며, 위에서 언급한 사업의 전부 또는 일부를 하고 있는 고정된 장소인 OOO사업장은 사업장의 정의에 부합한다. (다) 사업장의 독립성과 관련하여 부가가치세법에서 명확하 게 명시하고 있지는 아니하고, 처분청은 대법원판례(대법원 2016.12.29. 선고 2014두10714 판결) 등을 제시하고 있는데, 처분청이 제시한 사업장의 독립성과 관련한 판례나 예규의 경우, 지리적 요건이 동일(본관/별관)한 병원이라는 특수한 업종으로 사업목적이 법률에 의하여 정의된 의료기관(의료법제3조)이라는 명확히 여러 사업이 공존할 수 없는 경우에 해당하는 것으로, 논란의 여지가 없는 동일한 사업장을 본 건 사업장인 OOO사업장으로 확장하여 적용하려는 오류를 범하고 있다. (라) OOO사업장은 국정도서의 번각 및 발행, 교육부 지정 도서의 출판 및 공급, 검정 및 인정 도서, 일반도서, 학습교재의 출판 및 공급(면세), 인쇄업 및 인쇄용 물품의 구입 및 판매(과세), 박물관 운영업 등을 사업으로 하고 있고, 이상의 사업은 주로 인쇄관련 제조ㆍ판매와 관련된 사업으로 위에서 언급한 OOO사업장과 명백히 구분되어 운영되고 있는바, 처분청이 주장하는 판례와도 모든 면에서 전혀 다르다.
(1) 청구법인은 고등법원 판례(대전고등법원 2012.2.9. 선고 2011누1861 판결)를 제시하면서 전기통신사업법에 따른 전기통신사업자 및한국철도공사법에 따른 한국철도공사가 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액의 경우 전사업장의 면세공급가액비율에 따라 안분하여 계산할 수 있도록 한 것(부가가치세법 시행령제81조 제3항)은 납세자에게 선택권을 부여한 규정이라고 주장하나, 해당 판결 내용에서의 선택권을 부여한다는 것은 자의적 선택권이 아닌 실제 사업현황과 맞게 안분계산하여야 한다는 주문인 것으로, 공통매입세액이 각 사업내역에 공통으로 사용되는 매입세액은 안분계산하여야 하는 것이다.
(2) 청구 대상 공통매입세액은 본점에만 귀속되는 비용이 아닌 본ㆍ지점 각 사업장에 공통으로 사용되는 매입세액으로, 사업자가 여러 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산함에 있어서 여러 사업 중 공통매입세액에 관련되는 과세사업과 면세사업을 가려내어 그 부분만의 해당 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하여야 한다.
(3) 한편, 공통매입세액이 하나의 과세사업 또는 면세사업 중 일부분에 관련 되는 경우에, 그 부분이 사업장소와 운영실태 등에 비추어 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업부분이라고 볼 수 없다면 해당 사업 전체의 공급가액을 기준으로 하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 한다는 취지의 판결(대법원 2016.12.29. 선고 2014두10714 판결)에 따라 전체 공급가액을 기준으로 안분계산하여야 한다.
(4) 쟁점공통매입세액은 일반관리비(전기료, 통신요금, 물품비, 서버 유지보수비 등), 복리후생비(직원 교육 관련 비용 등), 자문수수료(회계·세무관련, 노무관련, 경영컨설팅 관련 등), 광고료 등으로 구성되어 있는데, 동 비용은 본점의 주요 매출인 저작권 매출과 전자책 매출에만 귀속된다고 볼 수 없고, 청구법인(본ㆍ지점 전체 사업장) 기업의 전반적인 운영과 관련된 매입세액인바, 각 사업장의 사업부문에 공통으로 사용되는 매입세액에 해당하므로 해당 사업전체의 공급가액을 기준으로 안분계산하는 것이 타당하다.
(5) 청구법인은 사업장별 과세원칙상 본점에서 발생한 공통매입세액의 안분계산은 본점의 면세공급비율을 사용하여 계산하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 운영실태를 비추어 볼 때, 본점과 지점사업장이 각각 별개의 독립된 사업부문이라 할 수 없고, 본점이 전체 사업장을 총괄하는 것으로 보는 것이 타당하므로, 쟁점공통매입세액은 본점에서만 사용된다고 보기 어려운바, 해당 사업전체의 공급가액을 기준으로 하여 안분계산하는 것이 타당하다. (가) 청구법인의 사업 분야는 크게 ① 교과서·교육·출판사업 ② 인쇄사업 ③ 임대사업의 3가지로 구성되어 있고, 그 중 교과서·교육·출판 사업이 가장 큰 비중을 차지하고 있으며, 본점인 OOO사업장은 회사의 운영·관리 전반을 담당하고, 콘텐츠 개발, 지적재산 관리, 영업 및 영업지원, 신사업개발, 계열사 관리 등의 기능을 수행하며, 지점인 OOO사업장은 생산 공장으로 본점에서 개발·발행한 교과서 등 서적제품을 최종 인쇄하여 판매하고, 그 외 시험지, 일간지, 기타 상업 인쇄물의 인쇄 사업을 수행하고 있다. 청구법인의 전사 조직도를 보면 OOO사업장에는 P&P사업본부만 존재하여 제품의 생산과 인쇄업만 담당하고 그 외 주요 부서는 본점에 존재하는 것을 확인할 수 있다. (나) 교과서 등 서적 매출이 OOO사업장에서 발생하는 것은, 부가가치세법 시행령제8조에 따라 제조업의 경우 최종제품을 완성하는 장소를 사업장으로 하고 있어 교과서 등 서적 매출이 인쇄되어 최종 완성되는 장소가 OOO사업장이기 때문이고, ‘인쇄’라는 작업을 통해 최종제품이 완성되는 장소가 OOO사업장일 뿐 공통매입세액이 하나의 과세사업 또는 면세사업 중 일부분에 관련되는 경우 그 부분이 사업장소와 운영실태 등에 비추어 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업부문이라고 볼 수 없다면 해당 사업 전체의 공급가액을 기준으로 면세관련 매입세액을 계산하여야 한다. 특히, 교과서 등의 서적출판업이라는 사업을 담당하는 사업부문은 본점의 기획관리 기능과 긴밀히 연계되어 있는 등 본점에서 발생한 쟁점공통매입세액은 해당 사업전체의 공급가액을 기준으로 하여 안분 계산하는 것이 타당하다.
(1) 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제11조【사업자등록 신청과 사업자등록증 발급】① 법 제8조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록 신청서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.
3. 사업 개시 연월일 또는 사업장 설치 착수 연월일
② 제1항에도 불구하고 법 제8조 제3항부터 제5항까지의 규정에 따라 사업자 단위 과세 사업자로 등록을 신청하려는 사업자는 본점 또는 주사무소(이하 “사업자 단위 과세 적용 사업장”이라 한다)에 대하여 제1항 각 호의 사항을 적은 사업자 등록신청서를 사업자 단위 과세 적용 사업장 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 제81조【공통매입세액 안분계산】① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정 신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. OOO
③ 제1항을 적용할 때 전기통신사업법에 따른 전기통신사업자 및 한국철도공사법에 따른 한국철도공사는 실지귀속을 구분하기 어려운 재화 또는 용역에 대해서만 다음 계산식에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산할 수 있다. OOO (3) 부가가치세법 시행규칙 제54조【공통매입세액 안분 계산】② 영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조 제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다.
③ 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간 중에 그 재화를 공급하여 영 제63조 제1항 및 제2항에 따라 공급가액을 계산한 경우 그 재화에 대한 매입세액의 안분(按分) 계산은 영 제63조 제1항 및 제2항에 따라 계산한다.
④ 영 제81조 제3항의 계산식에 따른 전 사업장의 총공급가액은 해당 과세기간의 모든 사업장(전기통신사업법에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업등에 대한 수입금액의 합계액으로 하고, 같은 항의 계산식에 따른 전 사업장의 면세공급가액은 해당 과세기간의 모든 사업장(전기통신사업법에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 면세사업등에 대한 수입금액으로 한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 본점(과․면세 겸영), OOO사업장(과․면세 겸영), OOO사업장(과세) 및 OOO사업장(과세)의 4개 사업장으로 구성되어있고, 본점에서 발생한 쟁점공통매입세액에 대한 안분계산시 전사업장(본․지점 전체) 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산하여 부가가치세를 신고․납부하였다가, 사업장별 과세원칙 상 본점에서 발생한 쟁점공통매입세액은 본점의 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산하여야 한다는 취지로 이 건 경정청구를 하였으며, 과세기간별 공통매입세액 및 당초 신고 및 경정청구시 적용한 면세 공급가액 비율은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인 사업장별․과세기간별 과세․면세 공급가액 비율 OOO (나) 청구법인이 제출한 쟁점공통매입세액 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점공통매입세액 내역 OOO (다) 처분청은 쟁점공통매입세액 중 광고선전비와 관련하여 TV광고․지면광고는 청구법인 자체를 홍보하는 성격으로 해당 비용이 본점 사업에만 관련된 매입세액으로 볼 수 없다면서 청구법인의 TV광고 캡쳐화면 및 지면광고 등을 제출하였고, 청구법인은 OOO사업장에서 영위하는 사업은 주로 일반 대중을 상대로 하는 것이 아니라 정부 등에서 진행하는 입찰에 참여하여 이루어지므로 브랜드 홍보는 OOO사업장의 사업과 밀접한 관련이 있다고 보기 어렵다고 주장한다. (라) 처분청은 본점인 OOO사업장은 회사의 운영·관리 전반을 담당하고, 콘텐츠 개발, 지적재산 관리, 영업 및 영업지원, 신사업개발, 계열사 관리 등의 기능을 수행하며, 지점인 OOO사업장은 생산 공장으로 본점에서 개발·발행한 교과서 등 서적제품을 최종 인쇄하여 판매하고, 그 외 시험지, 일간지, 기타 상업 인쇄물의 인쇄 사업을 수행하고 있으므로, OOO사업장의 면세매출액은 사실상 본점(OOO사업장)과 독립적인 매출로 보기 어려우며, 제품이 최종 완성되는 장소가 OOO사업장인 이유로 OOO사업장의 매출을 구성하는 것뿐이라는 의견이고, 처분청이 제시한 청구법인의 2021년 전사조직도에 의하면 OOO사업장은 P&P사업본부로 표기되어 있으며, P&P영업실과 P&P지원실로 구성되고, 자체적으로 영업팀, 생산기획팀 등을 운영하고 있으며, 그 외 생산지원팀, 생산운영팀, 안전보건관리파트 등으로 구성되어 있고, OOO사업장은 교과서개발본부, 교과서사업실, 교육개발실, 출판개발실, 개발기획실, CS본부(CMR실, 교육영업실, 출판영업실), 디자인실, 미래전략실, 경영지원본부 등으로 구성되어 있는 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 OOO사업장이 생산직 147명과 관리직 34명 등 181명이 종사하고 있는 사업장으로, 주요 업무는 제판, 인쇄, 제책, 코팅과 후가공, 패키징 및 물류 등으로 이루어져 있고, 생산되는 제품으로는 교과서, 상업 인쇄물, 수학능력평가 시험지 등 각종 시험지, 온라인 인쇄 등이 있으며, 이들 각각의 업무만으로 충분히 사업의 영역이 될 수 있고, OOO사업장에서 이루어지는 컨텐츠 개발 등이 OOO사업장의 사업의 일부(검인정 교과서)와 관련이 될 수 있으나, OOO사업장의 전체사업(상업인쇄물, 시험지 인쇄, 온라인 인쇄 등 다수 사업)과 관련이 있다고 볼 수는 없으므로, OOO사업장과 OOO사업장은 독립된 사업장으로 보아야 한다고 주장하면서 OOO사업장 소개자료를 제출하였으며, 동 소개자료에 의하면 OOO사업장의 내부생산점유율은 교과서(국정 국어/특수 교과서, 성인문해 교과서) 48%, 인쇄(상업수주물, 시험지, 온라인, 통장 등) 15%, 교육(중고등 검․인정 교과서, 초중고 참고서) 28%, 출판(도서) 9%로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점공통매입세액이 독립된 사업장인 본점에서 발생한 공통매입세액이므로 본점의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 안분계산하여야 한다고 주장하나, 부가가치세법제17조 제1항 및 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 매출세액에서 공제하지 아니하는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우에는 원칙적으로 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하도록 규정하고 있는 점, 청구법인이 본점(OOO사업장)을 운용함으로써 얻는 효용은 비단 본점 안에만 미치는 것이 아니라 청구법인 전체에 미친다고 할 것이고, OOO사업장 매출의 대부분을 차지하는 교과서, 교육 및 출판 등 사업과 관련하여 컨텐츠개발 등 주요 기능을 OOO사업장에서 수행하고 있는 점에 비추어 일부 사업에 있어 본점과 OOO사업장은 독립된 사업장으로 보기도 어려우므로, 쟁점공통매입세액 중 지점사업장과 공통으로 영위하는 사업에 관련된 공통매입세액의 경우 관련된 모든 사업장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 안분계산하여야 할 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 다만, 쟁점공통매입세액에는 광고선전비나 예치보증금 등 일부 매입세액이 청구법인의 전사업장에서 영위하는 사업에 관련이 있어 보이는 한편, 본점은 인쇄업을 주업으로 하는 OOO사업장과 달리 전자컨텐츠 사업 등 OOO사업장의 사업과 무관한 사업을 독립적으로 영위하고 있는 것으로 보이므로, 본사 건물관련 비용, 개발비(무형자산), 제수수료, 비품/소모품비, 복리후생비 및 일반관리비 등 본사발생비용 전체가 전사업장의 사업과 관련된 공통매입세액에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단되므로, 처분청은 쟁점공통매입세액의 항목별로 본점에서 독립적으로 영위하는 사업과의 관련성 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 본점에서 독립적으로 영위하는 사업과 관련하여 발생한 공통매입세액의 경우 본점의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용하여 안분계산하여 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.