소득세법 제95조 제4항에서 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고 있으며, 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제5호는 상속으로 취득한 자산의 취득시기를 상속개시일로 규정하고 있는바, 소득세법 제95조 제2항의 장기보유 특별공제액의 보유기간 및 거주기간의 공제율 계산은 상속개시일 이후 청구인이 보유·거주한 기간을 기준으로 산정하는 것이 타당하다고 판단됨
소득세법 제95조 제4항에서 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고 있으며, 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제5호는 상속으로 취득한 자산의 취득시기를 상속개시일로 규정하고 있는바, 소득세법 제95조 제2항의 장기보유 특별공제액의 보유기간 및 거주기간의 공제율 계산은 상속개시일 이후 청구인이 보유·거주한 기간을 기준으로 산정하는 것이 타당하다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
(1) 장기보유특별공제 적용시 소득세법제95조 제2항 표2를 적용할지 여부는 물론 장기보유공제율을 산정할 때에도 청구인이 피상속인과 동일세대원으로 거주한 기간을 통산하는 것이 타당하다. (가) 처분청은 동일세대원으로부터 상속받은 1세대1주택(고가주택)의 장기보유특별공제 적용시, 소득세법제95조 제2항 표2 적용대상 여부를 판정함에 있어 피상속인과 상속인이 동일세대원으로서 보유기간 및 거주기간을 통산한다고 하는 기획재정부의 해석OOO은 표2의 공제율을 적용할지 여부를 판단할 때만 적용되는 것일뿐 피상속인의 거주기간에 대해 전체 거주기간을 통산한다는 의미가 아니라는 의견이나, 이러한 해석은 장기보유특별공제의 취지에 어긋나는 것으로 투기의도가 없는 동일세대원인 상속인에게까지 장기보유특별공제를 배제하는 불합리한 해석이다. (나) 소득세법제95조 제2항 표2가 적용되기 위한 요건으로 거주기간 2년 이상을 요구하는 것은 투기수요를 근절하고 실수요자를 보호하기 위해 도입된 것이다. 이 건은 동일세대 내에서의 상속이라는 부득이한 결과로 주택의 소유권이 변동되는 경우로 투기목적의 거래가 아닌 점을 감안하면 당초 소유자였던 피상속인과 같은 세대의 기본단위인 청구인에게 상속된 경우에 한하여 거주기간을 통산하는 것이 당초 장기보유특별공제 취지에 부합한다. 따라서 소득세법제95조 제2항 표2를 적용할지 여부뿐만 아니라 실제 장기보유공제율을 산정할 때에도 거주기간을 통산하는 것이 옳다. (2) 소득세법 시행령제154조 제8항은 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간을 통산한다고 규정하고 있으므로 하위개념인 장기보유특별공제 적용시에도 거주기간을 통산하는 것이 타당하다. (가) 소득세법 시행령제154조 제8항은 동일세대원이 상속을 원인으로 인하여 1세대1주택을 취득하게 된 것은 상속인이 의도하지 아니한 행위인바, 기존 동일세대원이였던 피상속인의 보유와 거주요건을 동일세대원인 상속인에게 그대로 인정해줌으로써 양도소득세의 과도한 부담으로부터 주거생활의 안정 등을 보장해주기 위한 취지이다. (나) 특히 상속인이 동일세대원이자 피상속인의 배우자일 경우에는 더욱 그러하다. 세대구성의 기본단위는 거주자와 그 배우자이기 때문이다. 또한 동일 주소 또는 거소에서 생계를 같이 한 거주자와 그 배우자를 한 단위로 1세대1주택의 양도소득에 대한 비과세를 적용하고 있다는 것은 1세대라는 단위당 1주택의 양도로 인해 발생하는 소득은 과세하지 않는 것이므로, 상속 등의 원인으로 같은 동일세대원 내에서 소유자 변동이 있다고 해서 상속인이 보유한 시기부터 보유 및 거주기간을 기산하는 것은 세대단위로 비과세 혜택을 주고자 하는 당초 취지에 어긋난다.
(1) 장기보유특별공제율 산정시 보유·거주기간은 통산하지 않는 것이 타당하다. (가) 위 기획재정부 해석은 소득세법제95조 제2항 표2의 적용대상 여부를 판정할 때 피상속인과 상속인이 동일세대원으로 보유·거주한 기간은 통산한다는 것이고, 위 기획재정부 해석을 보완한 국세청 법령해석과의 해석OOO은 위 표2의 공제율을 계산할 때 피상속인과 상속인이 동일세대원으로 보유·거주한 기간을 통산하는지 문제는 표2 적용대상 해당여부 판정과는 별개라고 해석하였다. 피상속인과 동일세대원으로 거주한 기간을 통산하는 것은 표2 대상인 1세대1주택 요건 판정시에만 적용하는 것이고, 실제로 표2 내에서 공제율을 계산할 때에는 보유기간 중 거주기간만을 적용하는 것이다. (나) 즉 장기보유특별공제 계산을 위한 보유기간은 소득세법제95조 제4항에 따라 원칙적으로 자산의 취득일부터 양도일까지이고, 이는 과세대상 양도차익의 발생기간에 한정한다는 의미이다. 결국 청구인이 피상속인과 동일세대원으로 보유·거주한 기간을 통산하면 1세대1주택 요건에 해당하여 표2를 적용하되, 보유기간 중 거주기간은 2년 미만이므로 거주기간별 공제 없이 보유기간별 공제율 40%를 적용해야 한다.
(2) 1세대1주택 비과세 판단시 동일세대 상속인 경우 거주ㆍ보유기간을 통산하는 취지는 다음과 같다. (가) 위 기획재정부 해석은 2020.7.31. 양도거래에 대한 질의회신으로서, 당시 소득세법 제95조 제2항 표2는 ‘보유기간별’ 공제율(80% 한도)만 규정된 상태여서, 거주기간 통산을 통해 1세대1주택 요건을 충족하여 표2를 적용하게 되면, ‘보유기간 중 거주기간’이든 ‘통산 거주기간’이든 상관없이 ‘보유기간별 공제율’만을 적용하면 되는 상황이었다. (나) 2017.9.19. 이후 조정대상지역 양도분부터 1세대1주택 비과세대상에 거주요건이 추가되었고, 장기보유특별공제 규정에 거주요건을 반영하는 과정 중 과도기인 2020년에는 소득세법 시행령제159의3의 1세대1주택 해당여부에 따라 표1(30% 한도)과 표2(80% 한도) 사이에 최대 50%의 공제율 차이가 발생하였으나, 2021.1.1. 이후 양도분부터 표2는 보유기간과 거주기간 공제율을 각각 계산함으로써 표1과의 공제율 차이가 많이 줄어들게 되었다.
(1) 청구인의 신고 및 처분청의 경정내용은 아래 OOO와 같다.
(2) 쟁점주택의 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점주택은 1988.3.22. 피상속인 유정곤이 취득하였다가 1999.2.7. 상속을 원인으로 청구인이 취득한 후, 2021.2.26. 양도가액 OOO원에 양도되었다.
(3) 청구인 및 피상속인의 주민등록초본에 따르면, 1988.2.20. 이후 상속개시일인 1999.2.7.까지 쟁점주택에서 청구인과 피상속인이 동일세대원으로 함께 거주해온 사실이 확인된다.
(4) 이 건과 관련된 법령의 개정연혁은 다음과 같다. (가) 2018.10.23. 소득세법 시행령제159조의3 개정시 종전에는 1세대1주택자가 보유기간에 따라 소득세법제95조 제2항 표2의 1세대1주택 장기보유특별공제를 적용받았으나, 2020.1.1. 이후 양도하는 분부터 2년 이상 거주한 경우에 한하여 1세대 1주택 장기보유특별공제를 적용받도록 요건을 강화하였다. (나) 2017.12.19. 소득세법 제95조 제2항 개정시 물가안정과 주택정책을 뒷받침하기 위하여 부동산 및 조합원입주권의 보유기간별 장기보유특별공제율을 종전 10%〜30%에서 6%〜30%로 인하하되, 동 개정규정은 2019.1.1. 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용하도록 하였다. (다) 2020.8.18. 소득세법 제95조 제2항 개정시 실거주 목적의 주택 소유를 유도하기 위해 종전에 1세대 1주택자의 보유기간에 비례하여 적용하던 장기보유특별공제 공제율에 거주기간을 추가하여 보유기간에 따른 공제액과 거주기간에 따른 공제액을 합산하여 장기보유특별공제액을 계산하도록 하되, 동 개정규정은 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였다.
(5) 청구인은 쟁점주택 양도일 현재 다른 주택을 소유하고 있지 않은 경우로서 1세대1주택에 해당하며, 양도가액이 9억원을 초과하여 쟁점주택이 고가주택에 해당한다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간 다툼이 없다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 소득세법제95조 제2항 표2의 ‘장기보유 특별공제의 보유기간 및 거주기간별 공제율’ 적용시 청구인이 피상속인과 동일세대원으로 함께 보유·거주한 기간을 통산하여야 한다고 주장하나, 같은 법 제95조 제4항에서 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제5호에서 상속으로 취득한 자산의 취득시기를 상속개시일로 규정하고 있는바, 위 표2의 ‘장기보유 특별공제의 보유기간 및 거주기간별 공제율’ 은 상속개시일 이후 청구인이 보유·거주한 기간을 기준으로 적용하는 것이 타당하다고 판단된다OOO.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 소득세법(2020.8.18. 법률 제17477호로 개정된 것) 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
6. "1세대"란 거주자 및 그 배우자(법률상 이혼을 하였으나 생계를 같이 하는 등 사실상 이혼한 것으로 보기 어려운 관계에 있는 사람을 포함한다. 이하 이 호에서 같다)가 그들과 같은 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 자[거주자 및 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학, 질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소에서 일시 퇴거한 사람을 포함한다]와 함께 구성하는 가족단위를 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 배우자가 없어도 1세대로 본다. 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.
⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제97조의2(양도소득의 필요경비 계산 특례) ① 거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자(양도 당시 혼인관계가 소멸된 경우를 포함하되, 사망으로 혼인관계가 소멸된 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 직계존비속으로부터 증여받은 제94조 제1항 제1호에 따른 자산이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조 제2항에 따르되, 취득가액은 그 배우자 또는 직계존비속의 취득 당시 제97조 제1항 제1호에 따른 금액으로 한다. 이 경우 거주자가 증여받은 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우에는 제97조 제2항에도 불구하고 필요경비에 산입한다.
④ 상속세 및 증여세법 제18조 제2항 제1호에 따른 공제(이하 이 항에서 “가업상속공제”라 한다)가 적용된 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조 제2항에 따른다. 다만, 취득가액은 다음 각 호의 금액을 합한 금액으로 한다.
1. 피상속인의 취득가액(제97조 제1항 제1호에 따른 금액) × 해당 자산가액 중 가업상속공제가 적용된 비율(이하 이 조에서 “가업상속공제적용률”이라 한다) 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. ※ 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제2조(일반적 적용례) 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다. (2) 소득세법 시행령(2021.5.4. 대통령령 제31659호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.
⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.
1. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ무너짐ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간
2. 비거주자가 해당 주택을 3년 이상 계속 보유하고 그 주택에서 거주한 상태로 거주자로 전환된 경우에는 해당 주택에 대한 거주기간 및 보유기간
3. 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간 제159조의4(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날
결정 내용은 붙임과 같습니다.