청구법인은 쟁점매입세액에 대하여 조사청으로부터 수정수입세금계산서를 발급받지 못하였으므로 쟁점매입세액은 영수증을 교부받은 거래분에 해당하지 아니하므로 손금산입 대상에 해당하지 아니하는 점, 조사청은 청구법인에게 부가가치세법상 수정수입세금계산서를 발급할 사유가 없다고 보아 수정수입세금계산서를 발급하지 아니하였고, 조사청의 세액경정통지 공문에 의하면 범칙조사결과에 의하여 경정한다고 기재되어 있으며, 청구법인은 이에 대하여 귀책사유가 없다는 증거를 조사청이나 처분청에 제시하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액이 법인세법상 손금에 해당하지 않는다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점매입세액은 양도한 자산의 양도 당시 장부가액에 해당하므로 손금으로 인정되어야 한다. 청구법인은 제품을 수입하면서 실질적으로 매출원가에 해당하는 쟁점매입세액을 추가적으로 부담하였으나 세관장으로부터 수입세금계산서를 교부받지 못하여 쟁점매입세액을 공제받지 못하였다. 결국 쟁점매입세액은 재고자산 매입과 관련하여 청구법인이 부담하였고, 이는 법인세법제41조에 자산의 취득가액에 대해 규정한 재고자산 장부가액에 해당한다. 따라서 2015 및 2016사업연도에 걸쳐 세금과공과로 계상한 쟁점매입세액은 사실상 상품매출원가 성격으로 양도한 자산의 양도당시 장부가액에 해당하는바, 법인세법 시행령제19조에서 규정하고 있는 법인세법상 손금요건을 충족한다.
(2) 청구법인은 쟁점매입세액 부담에 대하여 귀책사유가 없으므로 쟁점매입세액을 손금으로 인정하는 것이 타당하다. (가) 법인세법제21조 제1호 및 같은 법 시행령 제22조 제1항, 같은 법 시행규칙 제11조에 의하면 사업자의 귀책사유 없이 매입세액공제를 받지 못한 매입세액은 법인세법상 손금으로 인정하고 있고, 법인세법 시행령제22조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제11조에서 규정한 손금으로 인정되는 부가가치세는 예시적 열거사항에 해당한다. 대법원은 법인세법 시행령제22조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제11조에서 규정하지 아니한 폐업시 잔존재화에 대하여 부담한 매출세액을 자산취득시 소요되는 기타 부대비용으로서 취득가액에 포함되어야 한다(대법원 2012.12.26. 선고 2012두12723 판결)고 한바 있다. (나) 조사청은 관세조사시 청구법인이 수입가격 변동분을 적시에 조정하지 아니하였다는 사유로 부가가치세를 부과하였으나, 청구법인은 가격조작이나 허위신고를 하지 않았고, 적출항목은 주로 무관세 제품으로 수입부가가치세는 청구법인의 매입세액공제대상이 되므로 해당 수입거래는 관세와 부가가치세의 실질적 부담이 없는 거래이며 부가가치세법상 매입세액 탈루 의도 역시 없었다. 청구법인은 관계사가 공급하는 수입제품의 원가정보에 대한 접근이 제한되어 있어 부품 구성원가의 세부적 변동까지 파악하도록 요구하는 것은 무리라 할 수 있고, 청구법인은 원가변동이 큰 제품에 대하여 충분히 주의를 기울이는 등 가격산정을 위한 제반 노력을 수행하였으므로 모든 제품에 대한 가격변동원인을 다 파악하지 못하였다하여 의무해태라고 볼 수는 없다. 그럼에도 수입가격변동을 적시에 하지 않았다는 이유만으로 매입세액불공제라는 불이익을 받는 동시에 가산세까지 부담하고 이에 더하여 법인세법상 손금까지 부인된다면 이는 청구법인에게 너무 가혹한 처분일 뿐만 아니라 헌법상 과잉금지원칙에도 위배될 소지가 있으므로 청구법인의 귀책사유없이 부담하게 된 쟁점매입세액을 손금으로 인정하는 것이 타당하다.
(3) 아래와 같은 사유로 처분청의 의견은 타당하지 아니하다. (가) 처분청은 조세법률주의 원칙상 쟁점매입세액이 손금요건에 해당되지 않아 법인세법쟁점매입세액이 손금에 해당하지 않는다는 의견이나, 국세기본법제14조는 실질과세원칙을 규정하고 있고, 세금계산서 교부와 무관하게 거래사실이 입증된다면 부가가치세를 공제받지 못했더라도 법인세법상 손금으로 인정되어야 하므로 세금계산서 교부자체의 형식보다는 실제 거래사실이 있었는지 여부로 법인세법상 손금인정여부에 대한 판단이 필요하다. 청구법인의 경우 실제로 재화수입거래행위가 있었는지, 이전가격 조정이 있었는지 여부에 대해서는 과세관청과 이견이 없으므로 수입세금계산서 교부와 무관하게 청구법인이 공제받지 못한 쟁점매입세액은 법인세법상 손금으로 인정되어야 한다. (나) 처분청은 청구법인이 귀책사유가 없음을 증명하는 서류를 제시하지 못했으므로 청구법인에게 귀책사유가 없다는 주장은 이유가 없다는 의견이나, 청구법인은 법인세법에 근거하여 귀책사유가 없다는 주장이고 관세법상 귀책사유가 있는지 여부는 관세법에 따라 판단할 부분이므로 이를 법인세법까지 확장시켜 판단할 근거는 없으므로 법인세법상 귀책사유가 있는지 여부의 판단은 별개의 사안이다. (다) 납세자의 의무불이행 등의 사유로 인한 부가가치세 매입세액은 법인세법상 귀책사유가 있기 때문에 손금부인되는 것이나, 청구법인의 사례와 같이 이전가격 조정에 따라 수정수입세금계산서를 발급받지 못하는 경우 법인세법상 귀책사유가 있다고 볼 정황은 없고, 이전가격 조정은 국제조세조정에 관한 법률 또는 법인세법상 통상적인 부분으로 조정금액을 손금으로 용인하고 있으므로 쟁점매입세액은 법인세법상 손금부인될 근거가 없고 청구법인이 쟁점매입세액을 부담한 사실이 확인되므로 쟁점매입세액을 손금으로 인정하는 것이 타당하다.
(1) 쟁점매입세액은 법인세법상 손금에 해당하지 아니한다. 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유없이 확장 또는 유추하여 해석하는 것은 허용되지 아니하는바, 법인세법제21조 제1호는 부가가치세의 매입세액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제22조 제1항 제3호는 법 제21조 제1호에서 기타 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 기획재정부령으로 정하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제11조 제1호는 같은 법 시행령 제22조 제1항 제3호에 의하여 손금에 산입할 수 있는 매입세액은 부가가치세법제36조 제1항부터 제3항까지의 규정에 의한 영수증을 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 매입세액공제대상이 아닌 금액으로 규정하고 있으므로 쟁점매입세액이 손금에 해당하려면 법인세법 시행령제22조 제1항 제3호의 예외규정에 해당하여야 한다. 그러나 쟁점매입세액은 영수증을 교부받은 거래분이 아니므로 법인세법제21조 제1호에 따른 손금불산입 대상이고, 예외적으로 손금산입할 수 있는 법인세법 시행령제22조 제1항 제3호에도 해당되지 아니하므로 청구법인의 각 사업연도 소득금액의 계산에 있어 쟁점매입세액은 손금에 해당하지 아니한다.
(2) 청구법인은 쟁점매입세액 불공제에 대한 귀책사유가 없음을 증명하지 못하였다. 부가가치세법제35조 제2항은 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우 세관장은 수입하는 자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 하고, 귀책사유가 없음은 청구법인이 증명하여야 하나 1차적으로 청구법인이 귀책사유가 없음을 증명하여야 하는 조사청은 청구법인에게 부가가치세법상 수정수입세금계산서 발급사유가 없다고 보아 수정세금계산서를 발급하지 아니하였다. 더구나 청구법인은 법인세 경정청구시 청구법인에 귀책사유가 없음을 증명하는 자료를 제출하지도 아니하여 청구법인이 쟁점매입세액 불공제에 대한 귀책사유가 없다는 증명을 하지 못하였으므로 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 타당하다.
(3) 법인세법상 쟁점매입세액을 손금으로 인정할 수 있는 근거가 없으므로 쟁점매입세액을 손금으로 인정하기 어렵다. 청구법인은 세금계산서 교부와 무관하게 실질과세원칙에 따라 실제 거래가 있었으므로 쟁점매입세액을 법인세법상 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나, 법인세법상 손금의 범위는 법인세법제19조에 규정하고 있으므로 제19조가 규정한 범위에서만 인정되고 법인세법제19조 제1항은 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생한 손실 또는 비용의 금액이라고 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련되는 것으로 한다고 정하고 있는바 청구법인의 순자산 감소를 발생시킨 쟁점매입세액이 손금에 해당하려면 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것에 해당하지 않아야 하나 쟁점매입세액은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 등에 해당하지 아니하므로 청구법인의 주장은 이유없다.
(1) 법인세법 제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 따른 외국법인세액을 포함한다) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다)
2. 판매하지 아니한 제품에 대한 반출필의 개별소비세, 주세 또는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세의 미납액. 다만, 제품가격에 그 세액상당액을 가산한 경우에는 예외로 한다.
3. 벌금, 과료(통고처분에 따른 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포함한다), 과태료(과료와 과태금을 포함한다), 가산금 및 체납처분비
4. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금
5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금
6. 연결모법인에 제76조의19 제2항에 따라 지급하였거나 지급할 금액 (2) 법인세법 시행령 제22조(부가가치세 매입세액의 손금산입 등) ① 법 제21조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 경우의 세액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 부가가치세법 제39조 제1항 제5호 에 따른 매입세액(제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출에 해당하는 것을 제외한다)
2. 부가가치세법 제39조 제1항 제6호 에 따른 매입세액
3. 기타 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 기획재정부령이 정하는 것
② 부가가치세법 제42조 의 규정에 의하여 공제받은 의제매입세액과 조세특례제한법 제108조 의 규정에 의하여 공제받은 매입세액은 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 원재료의 매입가액에서 이를 공제한다 (3) 법인세법 시행규칙 제11조(부가가치세 매입세액의 손금산입) 영 제22조 제1항 제3호의 규정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 매입세액은 다음 각호의 것으로 한다.
1. 부가가치세법 제36조 제1항 부터 제3항까지의 규정에 의한 영수증을 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 매입세액공제대상이 아닌 금액
2. 부동산 임차인이 부담한 전세금 및 임차보증금에 대한 매입세액
(4) 부가가치세법 제35조(수입세금계산서) ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 “수입세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.
② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 “수정수입세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.
1. 관세법에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우
2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
③ 제2항에 따라 수정수입세금계산서를 발급한 세관장은 제54조를 준용하여 작성한 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 해당 세관 소재지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 수입세금계산서 또는 수정수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
5. 개별소비세법 제1조 제2항 제3호 에 따른 자동차(운수업, 자 동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용 되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액
6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액 (5) 부가가치세법 시행령 제72조(수입세금계산서) ① 법 제35조 제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조 제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다.
② 세관장은 관세법에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조 제2항, 제38조의2 제1항ㆍ제2항, 제38조의3 제1항부터 제3항까지, 제38조의4 제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조 제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법 제38조의3 제1항 에 따른 수정신고를 하는 경우에는 법 제35조 제2항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당할 때에만 수정한 수입세금계산서를 발급한다.
③ 법 제35조 제2항 제2호 각 목 외의 부분에서 “세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.
1. 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위
2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위
3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위
④ 법 제35조 제2항 제2호 다목에서 “수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
관세법 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성ㆍ제출되었음이 확인된 경우
3. 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우
⑤ 세관장이 제2항과 제3항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우에는 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급한 날을 작성일로 적고 비고란에 최초 수입세금계산서 발급일 등을 덧붙여 적은 후 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 수입세금계산서 또는 수정한 수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.