부가가치세법제43조는 과세사업에 사용하던 재화를 면세사업에 사용하는 경우 재화의 공급으로 보아 과세하는 논리와 동일하게 면세사업에 사용하던 감가상각자산을 과세사업에 사용하는 경우에도 매입세액 중 일부를 공제함으로써 과세형평성을 제고하기 위해 신설된 것인 점 등에 비추어 쟁점매입세액은 공제특례의 적용대상으로 보는 것이 타당하다고 할 것임
부가가치세법제43조는 과세사업에 사용하던 재화를 면세사업에 사용하는 경우 재화의 공급으로 보아 과세하는 논리와 동일하게 면세사업에 사용하던 감가상각자산을 과세사업에 사용하는 경우에도 매입세액 중 일부를 공제함으로써 과세형평성을 제고하기 위해 신설된 것인 점 등에 비추어 쟁점매입세액은 공제특례의 적용대상으로 보는 것이 타당하다고 할 것임
OOO서장이 2021.12.10. 청구인 aaa, 2022.1.12. 청구인 bbb, 2021.12.6. 청구인 ccc에게 한 2019년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 각 취소한다.
(1) 청구인들은 쟁점건물을 일반주택 임대목적의 감가상각자산으로 사용하기 위해 건설하였다. (가) 청구인들은 2017.12.28. 부동산 임대업(일반주택)을 주업종으로 하여 면세사업자등록을 하였고, 쟁점건물을 신축하고 난 후 실제로 주택임대업을 영위하였는바, 이는 제출한 주택 임대차계약서를 통해 모두 확인가능하다. (나) 나아가 청구인은 쟁점건물을 ‘건설 중인 자산’으로 보아 회계처리하였는바, 2018년 귀속 종합소득세 신고시 제출한 표준재무제표에도 쟁점건물이 ‘건설 중인 자산’으로 계상된 사실을 확인할 수 있다.
(2) 청구인들은 당초 사업계획을 변경하여 쟁점건물을 판매하기로 하였는바, 이에 대해 부가가치세법제43조의 매입세액공제 특례를 적용하여 쟁점매입세액을 공제받을 수 있다고 보아야 한다. (가) 청구인들은 쟁점건물을 신축하는 과정에서 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서를 수취하였으나 이에 관한 매입세액을 공제받고자 하지 않았다. (나) 청구인들은 쟁점건물을 판매하기로 한바, 부가가치세 과세사업의 사업개시일인 쟁점건물의 소유권이전 등기접수일에 처분청에 지체 없이 부가가치세 과세사업자 등록신청을 하고, 기존 부가가치세 면제사업자 폐업신고를 함으로써 과세전환임을 밝혔다. (다) 만약 청구인들이 쟁점건물을 당초부터 판매할 계획이었다면 면 쟁점건물 신축 시 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 한 후 관련 매입세액을 전액 공제받았을 것이고, 당해 건과 같이 매입세액의 일부만을 공제받지 아니하였을 것이다. (라) 이와 같은 사실관계를 고려하면, 청구인들이 당초 부가가치세 면제사업자로 사업자 등록을 한 후 부가가치세 과세사업자로 전환한 것은 당초부터 쟁점건물을 판매할 계획이 있었다고 볼 것이 아니라 당초의 사업계획을 변경한 것으로 보아야 하며 조세심판원도 같은 취지로 부가가치세 면제사업장의 명의로 수취한 매입세금계산서의 매입세액에 대해 부가가치세법제43조의 매입세액공제 특례를 적용할 수 있다고 결정한바 있다(조심 2019중4594, 2020.7.8. 참조).
(3) 청구인들이 세법 및 기업회계기준에 따라 적법하게 부가가치세 신고ㆍ납부를 한 이상 이에 관련된 내용이 사실과 다를 경우 관련 입증책임은 처분청에 있는 것이고, 처분청이 제시한 근거만으로는 위 내용을 번복하기 어려우며 달리 이를 인정할 근거가 없다. (가) 처분청은 청구인들이 2018.2.19. 부동산 개발 및 공급업(비주거용 건물 개발 및 공급업, 업종코드: 703021)을 부업종으로 추가하면서 부가가치세 과세사업자로 전환하지 아니하였다는 점을 과세근거로 제시하나, 청구인들은 쟁점건물 신축에 관하여 원활한 대출승인을 받기 위해 해당 업종을 부업종으로 추가하였을 뿐이고, 청구인들이 일반주택 임대업을 주업종으로 영위하였다는 사실은 변경된바 없으므로 이를 과세근거로 삼을 수 없다. (나) 또한 처분청은 청구인들이 2019.11.4. 부가가치세 과세사업자 등록을 신청하면서 제출한 이유서를 과세근거로 제시하나, 해당 이유서에 기재된 사항은 청구인들이 쟁점건물의 양도를 부가가치세 과세대상으로 보아 면세사업을 과세사업으로 전환하고 부가가치세를 신고ㆍ납부한 경위를 서술한 것이므로 이를 과세근거로 삼을 수 없다. (다) 나아가 처분청은 쟁점건물이 종국적으로 판매되었다는 사실을 두고 당초부터 청구인들이 쟁점건물을 판매목적으로 신축하였다는 의견인바, 이는 단순한 추측에 지나지 아니하므로 과세근거가 될 수 없는 것이고, 청구인들이 쟁점건물 신축과 관련하여 최초로 매입세금계산서를 수취한 2018.3.9.부터 쟁점건물을 판매한 시점인 2019.11.4.까지 약 1년 8개월이 경과하였는바, 청구인들이 쟁점건물을 일시적ㆍ잠정적으로 임대하다가 판매한 것으로도 볼 수 없다.
(1) 부가가치세법제43조의 매입세액공제 특례를 적용받기 위해서는 면세사업에 사용하던 감가상각자산을 과세사업으로 전환하여 사용하는 경우에 해당하여야 하나 청구인들은 쟁점건물을 일시적ㆍ잠정적으로 임대하다가 판매한 것에 불과하므로 이를 적용할 수 없다.
(2) 이에 대해 청구인들은 쟁점건물의 신축과 관련하여 최초로 매입세금계산서를 수취한 2018.3.9.부터 쟁점건물을 판매한 시점인 2019.11.4.까지 약 1년 8개월이 경과하였으므로 쟁점건물을 일시적ㆍ잠정적으로 임대한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 청구인들은 쟁점건물을 2019년 1월부터 임대하다가 짧은 기간인 약 10개월 후 매도하였으며 실제 다중주택은 공실인 경우보다 임차인이 거주하고 있는 경우 보다 유리하게 판매할 수 있으므로 청구인이 쟁점건물의 판매를 위해 이를 일시적ㆍ잠정적으로 임대하였다고 판단함에 무리가 없다.
(3) 나아가 청구인들은 2019.11.4. 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 신청하면서 “본 사업의 형태를 주택신축판매업으로 봄이 타당하고 이는 부가가치세법상 과세대상에 해당하므로 과세사업 전환하고자 한다.”고 기재하였는바, 이는 쟁점건물이 당초부터 재고자산에 해당하는 것이지 감가상각자산에 해당하는 것은 아니라는 사실을 의미한다.
(4) 또한 청구인들은 2018.2.19. 부동산 개발 및 공급업(비주거용 건물 개발 및 공급업, 업종코드: 703021)을 부업종으로 추가하였는바, 해당 업종은 부가가치세 과세사업임이 분명함에도 부가가치세 과세사업자로 전환하지 아니한 채 면세사업자를 유지하였다.
(5) “ 부가가치세법 집행기준 43-85-2” 는 “면세사업용 감가상각자산을 과세사업용으로 전환함에 따른 매입세액을 공제받기 위해서는 다음의 요건을 모두 충족하여야 한다.”고 정하면서 제2호로 “해당 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간 이후에 과세사업에 전용하거나 과세사업과 면세사업에 겸용으로 사용 또는 소비할 것”이라고 정하고 있는바, 청구인들은 계속적으로 과세사업을 유지하려는 목적 없이 과세사업 전환과 동시에 폐업하였으므로 이를 정당한 과세사업 전환으로 볼 수 없다.
(6) 한편, 국세청 법령해석과는 “사업자가 당초 매매를 목적으로 신축하여 매입세액이 공제된 다중주택을 주택임대사업에 사용하다 양도하는 경우 해당 주택의 양도는 부가가치세법제14조 제2항 제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 것이나, 매매가 되지 아니하여 일시적ㆍ잠정적으로 임대하다 양도하는 경우에는 같은 법 제9조에 따라 부가가치세가 과세되는 것”이라고 해석하였는바(국세청 서면-2018-법령해석부가-2593, 2019.1.23. 참조), 청구인들은 쟁점건물의 임대가 일시적ㆍ잠정적으로 인식되어 향후 쟁점건물의 판매에 따른 부가가치세 과세문제가 발생할 수 있다고 판단한 후 쟁점매입세액을 공제받을 목적으로 쟁점건물의 잔금청산일인 2019.11.4. 당일 과세사업자로 사업자등록하고, 바로 폐업한 것이라고 합리적으로 의심할 만하다.
(1) 부가가치세법 제4조【과세대상】부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제29조【과세표준】⑪ 제10조 제1항ㆍ제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 재화의 공급으로 보는 재화가 대통령령으로 정하는 감가상각자산(이하 “감가상각자산”이라 한다)인 경우에는 제3항 제3호 및 제4호에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제43조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】사업자는 제39조 제1항 제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다. (2) 부가가치세법 시행령 제66조【감가상각자산 자가공급 등의 공급가액 계산】① 법 제29조 제11항에서 “대통령령으로 정하는 감가상각자산”이란 소득세법 시행령제62조 또는 법인세법 시행령제24조에 따른 감가상각자산(이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다. 제85조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액 공제 특례】① 사업자가 법 제39조 제1항 제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 법 제43조에 따라 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조 제2항 후단을 준용한다. 공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업등과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 (경과된 과세기간의 수)
② 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용하거나 소비하는 경우에 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 하되, 그 과세사업에 의한 과세공급가액이 총공급가액 중 5퍼센트 미만일 때에는 공제세액이 없는 것으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조 제2항 후단을 준용한다. 공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업등과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 (경과된 과세기간의 수) 과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 과세공급가액 과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액
③ 제2항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 그 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 취득 시 면세사업등과 관련하여 매입세액이 공제되지 아니한 건물에 대하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액에 대한 과세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 과세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 과세사업에 관련된 예정사용면적의 비율
⑤ 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
⑧ 제1항부터 제7항까지에서 규정한 사항 외에 면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액 공제 특례에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (3) 부가가치세법 시행규칙 제57조【면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 공제되는 매입세액의 안분계산】영 제85조 제2항 및 제4항에 따른 총공급가액은 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용ㆍ소비한 날이 속하는 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업등에 대한 수입금액의 합계액으로 한다. ※ 부가가치세법 집행기준 43-85-2【과세전환 감가상각자산의 매입세액 공제 요건】면세사업용 감가상각자산을 과세사업용으로 전환함에 따른 매입세액을 공제받기 위해서는 다음의 요건을 모두 충족하여야 한다.
1. 면세사업에 사용하기 위한 자산에 해당하여 면세사업 관련 매입세액으로 불공제된 감가상각자산일 것
2. 해당 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간 이후에 과세사업에 전용하거나 과세사업과 면세사업에 겸용으로 사용 또는 소비할 것
3. 과세사업 또는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용ㆍ소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고시 ‘과세사업전환 감가상각자산신고서’에 의해 사업장 관할세무서장에게 신고할 것 (4) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정된 것) 제62조【감가상각액의 필요경비계산】② 제1항에서 "사업용 고정자산"이라 함은 당해 사업에 직접 사용하는 다음 각호의 1에 해당하는 자산(시간의 경과에 따라 그 가치가 감소되지 아니하는 것을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.
1. 다음 각목의 1에 해당하는 유형고정자산
(5) 국세기본법(2020.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것) 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
(1) 등기사항전부증명서 및 일반건축물대장에 의하면, 청구인들은 2018.1.25. 쟁점토지를 2017.11.22.자 매매를 원인으로 취득하였고, 2018.2.8. 건축허가를 받아 2018.2.19. 착공하여 2018.11.29. 쟁점건물의 사용승인을 받았으며, 청구인들은 2018.12.10. 쟁점건물에 관하여 소유권보존등기를 접수한 것으로 나타나는바, 쟁점건물의 층별 용도 및 면적은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점건물의 층별 공부상 용도 및 면적 ◯◯◯
(2) 청구인들은 쟁점건물을 신축한 후 이를 주택으로 임대하였다고 주장하면서 각 임대계약서를 제출하였는바, 그 주요 내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점건물의 임대차 주요 내용 ◯◯◯
(3) 청구인들은 쟁점건물을 임대목적으로 사용하기 위해 신축하여 이를 유형자산으로 회계처리하였다고 주장하면서 그 증거서류로 청구인들의 2018.12.31.자 표준재무상태표를 제출하였고, 해당 재무상태표에는 ‘건설 중인 자산’ OOO원이 계상되어 있는 것으로 나타난다.
(4) 쟁점토지 매매계약서 및 쟁점건물 매매계약서에 의하면, 청구인들은 2019.8.11. 쟁점토지를 OOO원, 쟁점건물을 OOO원에 매도하기로 하고 잔금청산일을 2019.11.4.로 정하였는바, 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지와 쟁점건물은 2019.11.4. 매매를 원인으로 소유권이 이전된 것으로 나타난다.
(5) 청구인들의 사업자등록 관련 신청내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구인들의 사업자등록 신청 내역 ◯◯◯
(6) 청구인들이 2019.11.4. 처분청에 부가가치세 과세사업자 등록신청을 하면서 제출한 사업자등록신청이유서의 주요 내용은 아래와 같다. ◯◯◯
(7) 청구인들이 쟁점건물을 신축하는 과정에서 수취한 매입세금계산서는 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점건물 신축 관련 매입세금계산서 ◯◯◯
(8) 청구인들은 2019년 제2기 부가가치세를 신고하면서 위 <표4>의 매입세금계산서 매입세액 합계 OOO원 중 OOO원(쟁점매입세액)을 부가가치세법제43조의 과세사업 전환 매입세액 공제대상으로 보아 과세사업전환 감가상각자산신고서를 제출하였고, 처분청은 쟁점매입세액이 이에 해당하지 않는다고 보아 이 건 과세처분을 하였는바, 청구인들의 2019년 제2기 부가가치세 신고내역과 처분청의 경정내역은 <표5>와 같다. <표5> 청구인들의 당초 부가가치세 신고내역과 처분청의 경정내역 ◯◯◯
(9) 부가가치세법제43조는 2006.12.30. 법률 제8142호로 개정된 부가가치세법제17조 제6호로 신설된 것인바, 기획재정부 2007년 간추린 개정세법의 관련 내용은 아래와 같다. ◯◯◯
(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인들이 쟁점건물을 일시적․잠정적으로 임대하다가 판매한 것에 불과하므로 면세사업에 사용하던 감가상각자산을 과세사업에 전환한 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 과세요건사실에 대한 입증책임은 과세관청에 있는바, 청구인들이 쟁점건물을 짧은 기간 임대하다가 매도하였다는 사정만으로는 청구인들이 당초부터 쟁점건물을 판매목적으로 신축하였음에도 주택임대업을 영위하는 것으로 하여 부가가치세 면제사업자로 등록하였다가 부가가치세법제43조의 매입세액공제 특례를 적용받기 위해 부가가치세 과세사업자 등록을 한 것으로 객관적으로 입증되었다고 보기 어려운 점, 부가가치세법제43조는 면세사업에 사용하던 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 불공제한 매입세액의 일부를 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있도록 규정하고 있는바, 청구인들의 사업자등록이력, 2018.12.31.자 표준재무상태표 및 쟁점건물의 임대차 내역에 의하면, 청구인들은 쟁점건물을 상시 주거용 주택의 임대사업에 사용하고자 신축한 것으로 보이고, 청구인들 스스로도 쟁점건물을 신축하면서 수취한 매입세금계산서의 매입세액을 면세사업에 관련된 매입세액으로 보아 공제받지 아니한 것으로 보이는 점, 청구인들은 쟁점건물의 양도를 부가가치세 과세대상으로 보아 2019년 제2기 부가가치세를 신고ㆍ납부하면서 면세사업(주택임대업)에 사용된 쟁점건물을 과세사업(부동산매매업)에 사용한 후 불공제된 매입세액의 일부인 쟁점매입세액을 공제받는 것으로 하여 과세사업 전환 감가상각자산 신고서를 작성ㆍ제출한 점, 부가가치세법제43조는 과세사업에 사용하던 재화를 면세사업에 사용하는 경우 재화의 공급으로 보아 과세하는 논리와 동일하게 면세사업에 사용하던 감가상각자산을 과세사업에 사용하는 경우에도 취득 시 공제받지 못했던 매입세액 중 일부를 공제함으로써 과세형평성을 제고하기 위해 신설된 것인 점 등에 비추어 쟁점매입세액은 부가가치세법제43조의 매입세액 공제특례의 적용대상으로 보는 것이 타당하다고 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점매입세액을 부가가치세법제43조의 매입세액공제 특례 적용대상이 아니라고 보아 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.