조세심판원 심판청구 법인세

청구법인은 쟁점토지를 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하였으므로 쟁점토지의 처분으로 인한 수입을 과세소득에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2022-서-5277 선고일 2022.09.22

쟁점토지의 항공사진 등을 살펴보면, 쟁점토지의 대부분은 임야 상태의 자연림으로 확인되며, 쟁점토지를 야외기도 활동 등으로 사용하였다고 주장하며 사진 등을 제출하였으나, 이는 간접적․일시적으로 종교목적에 사용되었을 뿐, 직접적․계속적으로 고유목적에 사용된 것이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1969.4.3. 설립된 종교단체로서, 1987.2.5. 취득한 OOO 산29 11,405㎡(이하 “산29”라 한다), 산30 14,230㎡(이하 “산30”이라 한다), 산30-2 648㎡(이하 “산30-2”라 한다), 468-4 잡종지 990㎡(이하 “468-4”라 한다) 등 토지 4필지 및 건물(이하 “양도부동산”이라 한다)을 2020.11.25. 양도하고 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 비영리내국법인의 양도소득세에 대한 법인세로 OOO원을 예정신고 및 납부하였다.
  • 나. 청구법인은 2021.3.31. 2020사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하면서 양도부동산은 3년 이상 고유목적사업에 사용되었으므로 그 처분으로 발생한 수입은 과세소득에서 제외하여 양도소득세 예정신고시 기납부한 법인세를 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다.
  • 다. 처분청은 양도부동산 중 산29, 산30토지 일부는 3년 이상 고유목적사업에 사용한 것으로 보기 어렵다고 판단하여 산29 토지 11,124㎡와 산30 토지 12,930㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 제외한 양도부동산에 대하여 2021.9.1. 법인세 OOO원을 환급결정 하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.10.19. 이의신청을 거쳐 2022.2.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 1987.7.25. 취득한 양도부동산은 당초 가축농장을 운영하던 곳으로, 교인들의 노력 봉사로 지상에 연수원 시설을 만들고, 관리인이 상주하며 시설을 관리하였으며, 연수원은 전체 교인들의 정기적인 예배 및 기도장소, 성경캠프 및 청소년 수련회 등 각종 친교모임에 사용하였다. (2) 쟁점토지 중 산29에는 식당일부와 예배당의 일부, 샤워장이 포함되어 있고, 식당 위쪽으로 지저분한 수목을 베고 잣나무 묘목을 구입해 직접 식재하여 야외 예배장소로 사용하였으며, 밤에 이용하는 신도를 위하여 통로에 전기조명을 설치한 것 등이 증거로 제출된 사진 등을 통하여 확인된다. (3) 산30에는 교인들의 숙소가 일부 있고, 숙소 위쪽에 목사 사택과 창고 등이 있으며, 좌측공간은 야외 행사 장소로 사용하였고, 목사 사택의 뒤쪽의 완만한 경사지는 청소년 훈련장소나 산책 및 산상기도 장소로 사용하였다. (4) 처분청은 산30 중 1,300㎡만 계획관리지역으로 되어있다고 하여 종교시설로 사용한 것을 인정하였으나, 토지이용계획상 산29 및 산30 전체가 계획관리지역으로 확인되므로 쟁점토지 전체를 종교시설로 보아야 하고, 양도부동산은 2009년까지 종교시설로 비과세였다가 2010년부터 산29 및 산30 일부가 과세로 변경되었으나, 이는 단순히 해당지역에 건물이 없고 숲이 우거져있어 부당하게 부과된 것으로 청구법인은 당시 행정업무를 담당하는 교회 부목사가 세금에 무지하여 이의없이 소액의 지방세를 납부하여 왔다.

(5) 청구법인은 2017년부터 2020년까지 연수원에서 240회의 기도회, 수련회, 야외예배, 이불세탁 등을 하였고, 이에 대한 증빙으로 사진 등을 제출하였으며, 이를 통하여 교인들이 양도부동산 곳곳을 연수원으로 사용한 사실을 확인할 수 있으므로 청구법인이 간접적 또는 일시적으로 쟁점토지를 사용한 것이라는 처분청의 주장에 대한 입증책임은 처분청에 있다.

(6) 청구법인은 처분청의 의견에 대하여 다음과 같이 항변하였다. (가) 처분청이 연수원 시설이 대부분이 있다고 주장하는 468-4와 산30-2에는 관리인 숙소와 예배당 일부, 화장실 및 도로가 있을 뿐이고 대부분의 연수원 시설은 산29와 산30에 위치하고 있다. (나) 처분청은 산29에 예배당 일부와 식당이 위치하긴 하지만 주출입구는 산29의 반대방향으로 형성되어 있었다고 주장하나, 식당의 출입구는 총 3개로 처분청의 주장은 사실과 다르고, 산29에 위치한 식당과 예배당 주변은 늘 많은 신도들의 왕래가 빈번했던 곳이었으나, 이를 무시하고 식당과 예배당의 바닥면적만을 고유목적사업에 사용되었다고 인정한 것은 부당하다. (다) 처분청은 위의 그림 선부분을 넘어서 야외예배, 소규모 운동회 등을 개최하였다는 수많은 활동사진에도 불구하고 이를 부인하는 것은 부당하고, 연수원 시설에 한정하여 고유목적사업에 사용되었다고 하는 것은 연수원의 설립과 운영목적에 대한 이해부족이라고 할 것이다. (라) 연수원은 코로나로 인해 연수원 행사취소로 2020년 2월부터 운영하지 못하다가 2020년 8월 연수원 매각 계약을 체결하고 2020.11.25. AAA 주식회사에 매각한 것으로 인수한 회사도 공장 신축허가가 나지 않아 방치된 장소를 1년 5개월 후에 과세관청 담당자가 현장확인한 후 고유목적사업 여부를 판단한 것은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 법인세법등에서 과세대상에서 제외하고 있는 것은 처분일 현재 3년 이상 계속하여 직접 고유목적을 위해 사용한 유형자산만을 제외하고 있으므로 사용하지 않은 인접 부속 영역까지 고유목적의 범위를 확장할 수 없다.

(2) 청구 법인의 정관 제2조 제2항에 따르면 청구법인은 예배, 교육, 복음 전도, 봉사 그리고 올바른 성도의 교제를 목적으로 하고 있어, 청구 법인의 고유목적으로 설치된 시설물 및 그 시설물을 위하여 사용하는 부지에 한하여 비과세를 적용하여야 하고, 종교시설이 있는 전체토지를 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부의 입증 책임은 청구법인에 있다.

(3) 양도부동산의 총 면적은 27,273㎡로 사용현황은 아래 <표1>과 같은바, 468-4 잡종지 990㎡와 산30-2 임야 648㎡에는 예배당 1동, 숙소 1동, 식당 1동, 그 외 시설 2동이 존재하고, 숙소와 식당은 연결되어 있으며, 재산세를 계속하여 비과세를 받은 점 등으로 보아 대부분의 시설물이 위치하는 468-4와 산30-2는 종교목적으로 사용된 것으로 판단된다. 468-4와 산30-2와 연접한 281㎡에는 종교시설이 있고, 산30 임야 14,230㎡는 임업용산지 12,930㎡와 계획관리지역 1,300㎡로 나누어져 있으며, 계획관리지역 내 관사 1동과 창고 1동이 설치되어 산29와 산30 중 1,581㎡는 종교목적으로 사용된 것으로 판단된다. <표1> 청구법인의 양도부동산 사용현황 OOO

(4) 처분청은 2021.5.13. 양도부동산을 현장방문하여 확인한 바, 468-4, 산30-2, 산30 중 계획관리지역으로 분류된 지역에는 예배당을 중심으로 하여 숙소, 식당, 관사 및 창고 등 건물이 존재하며, 이 건물들을 연결하는 도로 및 잔디밭, 주차장 등의 시설이 모두 밀집해 있어 산29, 산30의 임야지역과 확연히 구분되는 것으로 보았다. 산29에 예배당 일부와 식당이 위치하나 주출입구는 산29의 반대방향으로 형성되어 있고, 산29, 산30의 임야지역에 고유목적을 위하여 다수의 교인들이 방문·이용하였다면 자연적으로 조성된 길이나 시설물 등이 있어야 할 것인데 이는 확인되지 않았다.

(5) 종교목적으로 사용된 토지 외 쟁점토지(24,054㎡)의 항공사진을 살펴보면, 건물, 시설물 등이 확인되지 않고 자연임야의 상태로 유지되었고, 2010년 이후부터 분리과세 대상으로 전환되어 재산세가 과세된 것으로 확인되며, 청구법인은 산30 14,230㎡ 중 일부 12,807㎡는 재산세가 비과세되었다고 주장하고 있으나, 재산세(토지) 과세대장 상 산30의 전체면적을 1,423㎡로 (오류)기재하여 그 전체면적 1,423㎡에 대해 100% 분리과세를 적용한 것으로 전체면적 14,230㎡가 1,423㎡로 기재됨에 따라 나머지 면적이 기재 누락된 것으로 판단되므로 나머지 12,807㎡의 비과세감면을 적시하고 있는 것은 아니라고 할 것이다.

(6) 토지이용계획 상 쟁점토지는 임업용산지로서 임야의 경우 비사업용 토지에 해당하여 고유목적사업에 사용한 토지임을 청구법인이 입증하여야 하고, 제출된 증빙만으로는 쟁점토지가 간접 또는 일시적 종교목적에 사용한 사실을 입증할 뿐 계속적으로 종교법인의 고유목적사업에 직접 사용한 사실을 확인할 수 없으며, 종교 야외행사 역시 쟁점토지가 아닌 연수원시설 부지(468-4, 산30-2)와 468-2를 임차하여 사용하였던 것으로 확인된다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구법인은 쟁점토지를 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하였으므로 쟁점토지의 처분으로 인한 수입을 과세소득에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것) 제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.
1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조에 따른 미환류소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 소득세법 제88조 제9호 에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

  • 가. 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따라 지정된 채종림(採種林)ㆍ시험림, 산림보호법 제7조 에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호ㆍ육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것
  • 나. 임업을 주된 사업으로 하는 법인이나 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것
  • 다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

  • 가. 지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
  • 나. 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
  • 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 법인세법 시행령 제3조(수익사업의 범위) ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(국가균형발전 특별법 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO를 소재지로 하여 1969.4.3. 개업하여 1998.11.7. 법인으로 보는 단체로 등록하였으며, 설립목적은 교회정관 제2조에 따르면, 청구법인은 “예수 그리스도를 머리로 한 몸 된 교회로서 성경에 명시된 진리에 따라 예배, 교육, 복음 전도, 봉사 그리고 올바른 성도의 교제”를 목적으로 하고 있고, 부속시설로는 시행세칙 제4조에서 “OOO 산30 외 4필지에 기도원이 위치한다”고 규정하고 있다. (나) 청구법인의 양도부동산에 대한 신고내역 및 처분청의 일부 환급결정 내역은 아래 <표2> 및 <표3>과 같다. <표2> 양도부동산에 대한 신고 내역 OOO <표3> 처분청의 법인세 일부 환급결정 내역 OOO (다) 청구법인의 지방세 세목별 과세증명서를 살펴보면, 2000년부터 2009년까지 양도부동산에 대하여 재산세가 과세되지 않았고, 2010년부터 2020년까지 산29외 1건(면적 12,828㎡)에 대한 재산세가 과세된 것으로 나타나며 2017년∼2020년의 내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 양도부동산의 재산세 과세대장 내역 OOO (라) 양도부동산에 대한 연도별 항공사진은 아래와 같다. OOO (마) 양도부동산 중 산29와 산30의 토지이용계획을 살펴보면, 계획관리지역과 농림지역으로 나타난다. OOO (바) 양도부동산 내에 청구법인의 예배당 등 건물 위치는 아래와 같고, 처분청이 고유목적사업에 사용한 것으로 인정한 토지는 468-4 잡종지 990㎡, 산30-2 임야 648㎡, 산29 임야 11,405㎡ 중 예배당과 식당 바닥면적 281㎡, 산30 임야 14,230㎡ 중 계획관리지역 1,300㎡ 등 총 3,219㎡로 나타난다. OOO (사) 처분청은 양도부동산에 대한 현장방문한 후 OOO국세청 과세사실판단자문위원회에 자문하여 2021.8.8. 아래와 같은 의결결과를 통보받았다. OOO

(2) 청구법인이 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하였다고 주장하며 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 연도별 연수원 이용현황은 아래 <표5>와 같다. OOO (나) 청구법인이 쟁점토지를 야외 기도장소로 기도의 숲 등으로 사용하였다고 주장하며 숲에서 기도하는 사진 및 야외행사 사진 등 108장을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하였으므로 쟁점토지의 처분으로 인한 수입을 과세소득에서 제외하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지의 항공사진 등을 살펴보면, 쟁점토지의 대부분은 임야 상태의 자연림으로 확인되고, 쟁점토지를 야외기도 활동 등으로 사용하였다고 주장하며 사진 등을 제출하였으나, 이는 간접적․일시적으로 종교목적에 사용되었을 뿐, 직접적․계속적으로 고유목적에 사용된 것이라고 보기 어려운 점, 고유목적사업으로 사용되었다고 인정받은 계획관리지역은 예배당과 관리인 숙소, 관사 등의 연수원 건물과 이 건물들을 연결하는 도로와 잔디밭, 주차장 등이 모두 포함되는 것으로 나타나 이를 제외한 쟁점토지를 고유목적사업에 제공된 토지에서 제외한 것은 잘못이 없어 보이는 점, 쟁점토지는 2010년 이후 재산세가 과세되어 온 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)