소득세법 제89조 제1항 제3호는 양도가액 9억원을 초과하는 고가주택에 대해서 1세대 1주택 비과세를 배제한다고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제160조 제1항은 고가주택의 양도차익 및 장기보유특별공제의 계산에 관하여 별도의 산식을 규정하고 있는 등 관련 법령에서 고가주택을 일반주택과 구분하여 과세대상으로 삼고 있는바, 쟁점주택의 경우 양도가액이 9억원을 초과하므로 고가주택에 해당하여 비과세 양도차익 초과분에 대하여는 1세대 1주택 비과세 혜택이 배제되고, 청구인이 쟁점주택을 포함하여 조정대상지역 내에 3주택을 보유하고 있으므로 3주택 이상 중과세율이 적용되는 것인 점 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 위 규정상 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호 와 제2호는 독립적으로 적용여부를 판단하는 것이 아니라 1호가 적용되면 2호도 자동으로 적용되는 구조를 취하고 있고, 그 적용대상은 소득세법 제89조 제1항 제3호 에서 제외되는 고가주택 중 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 9억 초과 주택이므로 9억원 초과비율에 대한 양도차익을 계산했다는 것은 소득세법 제95조 제3항 을 적용함에 있어서 1세대 1주택으로 보아 양도차익을 계산했다는 것이다. 그렇다면 장기보유특별공제를 적용함에 있어서도 1세대 1주택자로 보아 자동으로 적용되어야 하는바, 양도차익을 계산할 때에는 1세대 1주택으로 보고 장기보유 특별공제를 적용할 때는 다주택자로 판단하는 것은 소득세법 제95조 제3항 및 소득세법 시행령 제160조 의 구조와 전혀 맞지 않는 해석이다.
(2) 청구인의 경우 임대등록된 주택이 없었다면 소득세법 시행령 제155조 제1항 을 적용받는데 이 경우 장기보유특별공제와 일반세율 적용 대상이 되나, 임대등록된 주택을 소유함으로 인해 소득세법 시행령 제155조 제20항 과 제1항이 동시에 적용되고 장기보유특별공제가 배제되고 세율이 20% 가산되는바, 이는 차별과세가 되어 타당하지 않다. 또한 2021.2.17. 개정된 소득세법 시행령은 개정 취지를 양도소득세 중과세율이 적용되는 주택 범위 합리화라고 명시하고 있어 그간의 조세심판원의 기각 논리는 타당하지 않았음을 알 수 있다. 또한 일시적인 주택 취득으로 1세대 3주택이 된 경우 양도소득세 중과세율 적용 대상으로 볼 수 없다는 대법원 판례(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결)의 취지를 고려하더라도 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다.
(3) 청구인이 청구주장의 근거로 제시한 판례(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결)는 일반주택의 1세대 1주택 비과세 여부에 관한 것으로 이 건 처분과 직접적인 관계가 없으며, 오히려 최근 법원에서는 청구인과 동일하게 거주주택, 임대주택, 대체주택을 보유하다가 고가주택인 거주주택을 양도하는 경우 모두 1세대 3주택에 해당하므로 양도차익 중 9억원 초과분에 대해 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세율을 중과한다고 판시하고 있다(OOO 판결, OOO 판결).
(1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득금액) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (2) 소득세법 시행령(2019.6.25. 대통령령 제29892호로 개정된 것) 제154조(1세대 1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.
⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대 1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조(1세대 1주택의 특례) ⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것
2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것
3. 장기가정어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것 제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조 제3항 ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조 제3항 에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.
3. 조세특례제한법 제97조 ㆍ제97조의2 및 제98조에 따라 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택(이하 이 조에서 "감면대상장기임대주택"이라 한다)
5. 조세특례제한법 제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지 및 제99조, 제99조의2 및 제99조의3까지에 따라 양도소득세가 감면되는 주택
10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다) (3) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
13. 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택(2021.2.17. 신설)
(1) 청구인의 쟁점주택 양도 당시 청구인의 보유 주택 현황은 다음과 같다. <표2> 청구인의 주택 보유 현황 ◯◯◯
(2) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 청구인의 양도소득세 신고내역 및 경정청구 내역은 다음과 같다. <표3> 청구인의 양도소득세 신고내역 및 경정청구 내역 ◯◯◯
(3) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호 와 제2호, 소득세법 제95조 제3항 의 구조 등을 고려하면 고가주택 중 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 9억 초과 주택에 대한 양도소득금액을 계산할 경우 장기보유특별공제를 적용함에 있어서도 1세대 1주택자로 보아 자동으로 적용하여야한다고 주장하나, 소득세법령상 ‘1세대 1주택 비과세 규정’과 ‘다주택자에 대한 중과세 규정’은 각각 그 입법취지가 달라 별개로 적용되어야 하는 점, 소득세법제89조 제1항 제3호는 양도가액 9억원을 초과하는 고가주택에 대해서 1세대 1주택 비과세를 배제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제160조 제1항은 고가주택의 양도차익 및 장기보유특별공제의 계산에 관하여 별도의 산식을 규정하고 있는 등 관련 법령에서 고가주택을 일반주택과 구분하여 과세대상으로 삼고 있는바, 쟁점주택의 경우 양도가액이 9억원을 초과하므로 고가주택에 해당하여 비과세 양도차익 초과분에 대하여는 1세대 1주택 비과세 혜택이 배제되고, 청구인이 쟁점주택을 포함하여 조정대상지역 내에 3주택을 보유하고 있으므로 3주택 이상 중과세율이 적용되는 것인 점(OOO 같은 뜻임), 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.