쟁점주택을 재건축조합원입주권으로 보아 관리처분계획인가일 이후 보유기간을 장기보유특별공제 산정 시 배제한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1991.6.8. OOO(OOO㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 2019.4.30. OOO원에 양도하고 과세대상 양도차익에 대하여 취득일부터 양도일까지 전체 보유기간에 대해 장기보유특별공제를 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청이 2021.10.5.부터 2021.10.24.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과 쟁점주택이 ‘OOO 주택재건축정비사업(이하 “이 건 재건축사업”이라 한다)에 따른 조합원 입주권으로 관리처분계획인가일을 기준으로 기존 부동산 양도차익과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익으로 구분되므로 관리처분계획인가일(2017.11.13.) 이후 부분의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 배제하여 2021.12.3. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.2.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 1991.6.8. 쟁점주택을 취득하여 2019.4.30. 양도하였는데 당시 이 건 재건축조합은 재건축조합이 결성된 이후 다양한 이해관계에 따라 각종 소송 등이 진행되었다. 청구인은 쟁점주택을 취득한 이후 계속 거주해오다가 2018년 11월경에 쟁점주택에 대해 전세계약(계약기간: 2018.12.31.부터 2020.12.30.까지)을 체결하여 임대 중이었고 쟁점주택은 이 건 양도일 당시 주거용 아파트로서 임차인이 실제 거주하여 생활하고 있는 주택이었다. 따라서, 쟁점주택은 양도 당시 주택으로서 실질과세의 원칙에 따라 부동산의 양도에 해당하므로 쟁점주택 보유기간 전체의 양도차익에 대해 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

(2) OOO법원은 2017.10.20. 쟁점주택 관련 상가 소유자들이 조합설립 인가권자인 OOO청장 등을 상대로 제기한 조합설립인가 무효확인소송에서 “조합설립에 필요한 동별 동의요건을 갖추지 못하였다.”는 상가 조합원들의 주장이 받아들여져 조합설립인가는 무효로 판결하였으므로 당초 관리처분계획인가는 그 효력을 상실하였다. 이에 따라 처분청에 쟁점주택을 조합원입주권으로 본다고 할지라도 그 시기는 관리처분인가일이 아닌 OOO청장과 조합을 상대로 조합설립인가 무효소송 등이 확정된 대법원 판결일 이후로 봄이 적법․타당하다 할 것이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 이 건 재건축사업은 2017.11.13. OOO청장으로부터 관리처분계획을 인가받은 재건축사업으로 쟁점주택은 당해 재개발 사업구역 내 위치하고 있고, 청구인도 관리계획처분인가 시 부동산을 취득할 수 있는 권리를 취득하였다. 소득세법제95조 제1항에 따른 장기보유특별공제액은 기존건물과 그 부수토지의 관리처분계획인가일까지의 양도차익에 대하여 해당 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간에 해당하는 공제율을 곱하여 계산한 금액을 적용하는 것으로 같은 법 제95조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제1항에 규정하고 있다. 청구인이 매수인과 체결한 매매계약서의 특약사항을 살펴보면, 청구인은 매수인에게 조합원지위를 승계해 주는 조건이고 분양평수 111㎡를 신청하였다고 기재되어 있는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다. 조합원입주권의 장기보유특별공제의 경우 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분 계획인가 전으로 한정한다고 규정하고 있고, 판결(OOO) 및 조세심판원 결정례(OOO) 그리고 유권해석(OOO)에서도 이는 같은 의미로 해석되고 있다. 따라서, 쟁점주택의 양도를 조합원입주권의 양도로 취득일로부터 관리처분계획인가일까지의 기간 동안 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 쟁점주택을 조합원입주권으로 본다 하더라도 그 시기는 관리처분 인가일이 아닌 “조합설립인가 무효소송”이 확정된 대법원 판결일 이후로 보아야 한다고 주장하나, 조합설립인가무효 확인 소송은 상가 소유자들이 조합 및 OOO청장을 상대로 재건축조합 설립인가를 무효로 요구하는 소송으로 1심(OOO)에서는 상가 소유자들이 승소하였으나, 2심 및 최종심에서 피고인 OOO청장 및 조합원들이 승소하였다(OOO 판결). 그러므로, 최종심을 통해 조합설립이 법적지위가 확보되었고, 당초 관리처분계획인가는 유효한 것으로 판단되며, 청구인은 상가 소유자도 아니고 재건축 사업과 관련하여 사업구역 내 부동산의 법률적 성격이 ‘조합원입주권’으로 전환되는 시점은 소득세법 제89조 제2항 에 따라 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획인가일을 의미하므로 관리처분계획인가일 이후의 보유기간을 제외하여 장기보유특별공제를 산정하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① (주위적 청구) 쟁점주택을 재건축조합원입주권으로 보아 ‘관리처분계획인가일’ 이후 보유기간을 장기보유특별공제 산정 시 배제하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

② (예비적 청구) 쟁점주택을 재건축조합원입주권으로 볼 경우 조합원입주권으로 전환되는 시기는 관련 소송의 최종확정일(대법원 선고일) 이후라는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 등 (1) 소득세법 제89조[비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

• 가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것
• 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제95조[양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다 (2) 소득세법 시행령 제166조[양도차익의 산정 등] ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

• 가. [양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비]
• 나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

제1항 제2호에 따른 가액

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다.

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. 관리처분계획 등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일전후”는 “관리처분계획 등 인가일 전후”로 본다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 제1항 제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항 제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획 등 인가일까지의 기간

2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

• 가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획 등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
• 나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

⑦ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획 등에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획 등 인가일 전일까지의 양도차익: 관리처분계획 등 인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) － 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 － 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획 등 인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익: 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 － 관리처분계획 등 인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익: 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 － 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) － 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

(3) 도시 및 주거환경정비법 제74조[관리처분계획의 인가 등] ① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수 등에게 신고하여야 한다.

3. 분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액(임대관리 위탁주택에 관한 내용을 포함한다)

4. 다음 각 목에 해당하는 보류지 등의 명세와 추산액 및 처분방법. 다만, 나목의 경우에는 제30조 제1항에 따라 선정된 임대사업자의 성명 및 주소(법인인 경우에는 법인의 명칭 및 소재지와 대표자의 성명 및 주소)를 포함한다.

• 가. 일반 분양분
• 나. 공공지원민간임대주택
• 다. 임대주택
• 라. 그 밖에 부대시설ㆍ복리시설 등

5. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물 명세 및 사업시행계획인가 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행계획인가 전에 제81조제3항에 따라 철거된 건축물은 시장ㆍ군수등에게 허가를 받은 날을 기준으로 한 가격)

6. 정비사업비의 추산액(재건축사업의 경우에는 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금에 관한 사항을 포함한다) 및 그에 따른 조합원 분담규모 및 분담시기

7. 분양대상자의 종전 토지 또는 건축물에 관한 소유권 외의 권리명세

8. 세입자별 손실보상을 위한 권리명세 및 그 평가액

9. 그 밖에 정비사업과 관련한 권리 등에 관하여 대통령령으로 정하는 사항

② 정비사업에서 제1항 제3호ㆍ제5호 및 제8호에 따라 재산 또는 권리를 평가할 때에는 다음 각 호의 방법에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자 중 다음 각 목의 구분에 따른 감정평가업자가 평가한 금액을 산술평균하여 산정한다. 다만, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우 분양예정 대상인 대지 또는 건축물의 추산액과 종전의 토지 또는 건축물의 가격은 사업시행자 및 토지등소유자 전원이 합의하여 산정할 수 있다.

• 가. 주거환경개선사업 또는 재개발사업: 시장ㆍ군수등이 선정ㆍ계약한 2인 이상의 감정평가업자
• 나. 재건축사업: 시장ㆍ군수 등이 선정ㆍ계약한 1인 이상의 감정평가업자와 조합총회의 의결로 선정ㆍ계약한 1인 이상의 감정평가업자(중략)
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 관리처분계획인가일(2017.11.13.) 이후인 2019.4.30. aaa 및 bbb에게 쟁점주택을 양도하였다.

(2) 청구인이 제출한 증빙 등과 처분청 심리자료는 다음과 같다. (가) 처분청이 제출한 양도소득세 조사종결보고서(2021년 11월)의 주요 내용은 아래 <표>와 같다. <표> 이 건 양도소득세 조사종결보고서 주요 내용 ◯◯◯ (나) 이 건 세액결의서에 따르면 처분청은 양도소득세 조사결과에 따라 조합원입주권 관리처분계획인가일까지의 기간에 해당하는 장기보유특별공제를 적용하여 이 건 양도소득세(OOO원)를 경정한 것으로 나타난다. (다) 처분청이 제출한 OOO청장의 주택재건축 사업 관리처분계획인가일 확인요청에 따른 회신(OOO 재건축) 내용을 살펴보면, 이 건 재건축사업의 관리처분계획인가일은 “2017.11.13.”이다. (라) 쟁점주택에 대한 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 2019.5.1. aaa 및 bbb에게 쟁점주택의 소유권을 등기이전(등기원인: 2018.12.4. 매매, 거래가액: OOO원)한 것으로 나타난다. (마) 청구인이 제출한 쟁점주택 매매계약서에 따르면, 청구인은 2018.12.4. aaa과 bbb에게 쟁점주택을 매매하기로 하는 아파트 매매계약서를 작성(매매대금: OOO원, 잔금일: 2019.4.30.)하였는데, 특약사항에서 전세계약(보증금: OOO원, 만기일: 2020.12.30. 이내 협의조건) 및 조합원지위 승계조건으로서 분양평수신청(1순위 111제곱미터) 내용이 기재되어 있다. (바) 청구인이 제출한 쟁점주택 전세계약서를 살펴보면, 청구인은 2018년 11월경 ccc와 쟁점주택에 전세계약을 체결(전세보증금: OOO원, 계약기간: 2018.12.31.부터 2020.12.29.까지)하였고, 특약사항으로 “재건축으로 이주 시 조합이 정한 이주기간 중 임차인은 조건 없이 이주하고 임대인은 보증금 전액을 반환하도록 약정하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 주위적 청구에 대하여 살피건대, 조합원입주권이 구 소득세법 시행령(2015.12.28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항에 따라 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택으로 의제되고 9억원을 초과하는 고가주택에 해당하는 경우, 장기보유 특별공제의 대상은 이 사건 괄호 규정에 따라 조합원입주권의 양도차익 중 ‘관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정되는 것이고 조합원입주권의 전체 양도차익으로까지 확대되는 것은 아니라고 봄이 타당하다 할 것이다(대법원 2017.6.14. 선고 2017두52504 판결, 같은 뜻임). 청구인은 이 건 재건축 사업이 관리처분계획인가일(2017.11.17.) 이후 소송 등으로 해당 재건축 사업이 중단되었고, 쟁점주택에는 전세입자가 계속하여 거주하였는바, 이러한 경우 장기보유특별공제액 산정 시 관리처분계획인가일 이후 보유기간도 포함되어야 한다고 주장하나, 소득세법 제95조 제2항 에 따르면 장기보유특별공제액 산정 시 조합원입주권을 양도한 경우에는 “관리처분계획인가일 전 토지분 또는 건물분의 양도차익”으로 한정하도록 규정하고 있는 점, 장기보유특별공제액은 양도소득금액 산정 시 물가상승분을 공제하기 위한 제도임을 감안한다면 관리처분계획인가일 이후의 양도차익분을 제외하는 것이 재건축이나 재개발로 인하여 발생하는 양도차익에 대해서 장기보유특별공제를 배제하고자 하는 입법취지에 부합되는 측면 등에 비추어 관리처분계획인가일 이후 보유기간은 장기보유 특별공제액 산정 시 제외하는 것이 타당하다 할 것이다. (나) 다음으로 예비적 청구에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택을 재건축조합원입주권으로 볼 경우에 조합원입주권으로 전환되는 시기는 관련 소송의 최종확정일인 대법원 선고일 이후라 주장하나, 이 건 재건축사업의 관리처분계획인가일은 2017.11.13.이고 이는 이 건 양도일(2019.4.30.)에 선행하므로 쟁점주택은 양도 당시에 재건축조합원입주권에 해당하는 점, OOO법원 및 OOO 소송의 결과를 살펴보면, 이 건 상가 소유주들이 제기한 조합설립 무효소송에서 최종적으로 패소하였으므로 당초의 조합설립 및 재건축 진행 그리고 이에 따른 관리처분계획인가는 유효한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점주택이 조합원입주권으로 전환되는 시기는 관리처분계획인가일로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점주택의 양도차익 가운데 관리처분계획인가일 이후분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.