종합부동산세에서 공제되는 재산세액 산정시 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정하는 것은 위법하다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 처분청은 2021.11.25. 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1.) 현재 청구법인이 보유중인 주택(OOO)및 별도합산과세대상토지(OOO)에 대하여 청구법인에게 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원(농어촌특별세 OOO원 포함)을 결정·고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 대법원은 2015.6.23. 선고 OOO 판결을 통하여 종합부동산세에서 중복되는 재산세 부분을 추가로 공제하기 위해서는 공제되는 재산세를 “[(공시가격-과세기준금액)×재산세 공정시장가액비율×재산세율]”로 산정함이 타당하다고 판단하여, ‘재산세 공정시장가액비율’만을 반영하도록 하였음에도 불구하고, 현행 종합부동산세법 시행령제4조의2 제1항 및 제5조의3 제2항(이하 “쟁점시행령”이라 한다)은 공제되는 재산세를 “[(감면후 공시가격-과세기준금액)×종합부동산세 공정시장가액비율×재산세 공정시장가액비율×재산세율]”로 규정하여 ‘종합부동산세 공정시장가액비율’까지 고려하도록 규정하고 있다. 최근 OOO법원에서는 종합부동산세법제9조 제3항 및 제14조 제6항은 동일한 과세대상 부동산에 부과된 재산세를 공제하라고 규정하고 있음에도 불구하고, 쟁점시행령은 부과된 재산세를 모두 공제하지 않고 종합부동산세와 재산세의 이중과세 부분이 발생하도록 규정하였다는 이유로 위법하여 효력이 없는 시행령에 해당한다고 판단(OOO 판결)하였다. 그럼에도 불구하고 처분청은 쟁점시행령에 근거하여 이중과세 되는 재산세를 모두 공제하지 아니하고 이 건 처분을 하였으므로, 재산세와 이중과세가 발생하는 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구주장과 같이 종합부동산세가 과세된 과세대상 부동산에 납부한 재산세 중 일부 공제되지 않은 부분이 남게 된다고 하더라도, 재산세와 종합부동산세의 과세대상 및 세율, 공정시장가액비율 등이 서로 달라 재산세와 종합부동산세가 중복되는 부분의 세액을 언제나 정확하게 가려낼 수 있는지 의문이 있고, 과세를 배제하거나 완화하는 구체적인 규정의 입법은 결국 국가재정, 사회경제, 국민소득, 국민생활 등의 실태를 따져 정확한 자료를 기초로 하는 정책적, 기술적 판단에 맡길 수 밖에 없는 점, 쟁점시행령과 같이 종합부동산세의 과세표준을 기준으로 하여 공제할 재산세액을 계산하는 방식이 현저히 불합리하다고는 보이지 않는 점에 더하여, 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평성 제고, 부동산 가격의 안정, 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전에 이바지하고자 하는 종합부동산세의 입법목적 등을 고려하여 보면, 청구법인이 주장하는 사유만으로는 쟁점시행령이 위법한 시행령이라고 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 종합부동산세에서 공제되는 재산세액 산정시 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정하는 것은 위법하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법 제7조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 제9조(세율 및 세액) ① 주택에 대한 종합부동산세는 다음 각 호와 같이 납세의무자가 소유한 주택 수에 따라 과세표준에 해당 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액(이하 “주택분 종합부동산세액”이라 한다)으로 한다. (각 호 생략)

③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액을 계산할 때 주택 수 계산 및 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자 제14조(세율 및 세액) ④ 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “토지분 별도합산세액”이라 한다)으로 한다. (세율 생략)

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액을 계산할 때 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제4조의2(주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산) ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 “주택분 종합부동산세액”이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제시한 종합부동산세 납부고지서에 의하면 아래 <표>와 같이 종합부동산세가 과세된 것으로 나타난다. <표> 종합부동산세 과세내역

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 대법원 2015.6.23. 선고 OOO 판결 취지에 비추어 볼 때 쟁점시행령은 재산세와 이중과세가 발생하도록 규정하여 무효인 시행령에 해당함에도 불구하고 처분청은 쟁점시행령을 기초로 종합부동산세에서 공제할 재산세액을 산정하여 이중과세가 발생하였으므로 이 부분 종합부동산세는 취소되어야 한다고 주장한다. 그러나, 대법원에서 위 판결을 통하여 종전 종합부동산세법 시행령(2011.3.31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것)이 정한 산식이 일부 무효라는 취지로 선고한 이후 종합부동산세법 시행령은 쟁점시행령 내용으로 개정되었는데, 대법원은 이와 같이 개정된 쟁점시행령이 위법·무효라는 판결을 확정한바 없으며, 재판의 전제가 되는 시행령의 위법·무효에 대한 판단은 법원의 권한으로서 우리 원의 판단 범위가 될 수 없다 할 것(조심 2015서882, 2015.4.9., 같은 뜻임)인바, 쟁점시행령을 위법·무효인 시행령에 해당한다고 볼 수 없으므로, 처분청이 쟁점시행령에 따라 종합부동산세 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 ‘공제되는 재산세액’을 산정한 후 이를 기초로 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다(OOO 외 다수, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.