재건축주택이 신규주택으로 전환된 경우 주택의 취득시기를 신규주택의 사용승인일로 보아 1세대1주택 비과세대상이 아니라고 본 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2006.6.8. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하고, 2017.9.29. 종전주택에 대한 재건축사업(이하 “쟁점재건축사업”이라 한다)에 따라 재건축하여 분양받은 OOO호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도가액 OOO원에 양도하였으며, 2017.10.11. 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제(2006.6.8.∼2017.9.29. 기간 동안)를 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. OOO청장은 2021년 6월 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제 및 비과세 양도차익에 대한 신고내용을 확인ㆍ점검하였고, 종전주택에 대한 재건축사업의 사업시행인가일이 2005.5.16.로 청구인이 종전주택을 취득할 때 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 소득령”이라 한다) 제155조 제16항에 따라 종전주택은 소득세법상 주택이 아닌 조합원입주권으로 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제를 받을 수 없다고 판단하여 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2022.1.17. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.1.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 서울고등법원 2020.8.21. 선고 2020누33260 판결에 따르면, 쟁점재건축사업 대상인 다른 주택에 대하여 도시 및 주거환경 정비법(이하 “도시정비법”이라 한다)이 제정(2003.7.1. 시행)됨에 따라 주택재건축의 경우에도 2003.7.1. 이후부터는 재건축조합이 도시정비법에 따라 사업시행인가를 받아도 관리처분계획인가를 받지 않은 이상 조합원들은 입주자로 선정된 지위를 취득하였다고 할 수 없다고 하였으나, 구 소득령 제155조 제16항의 취지는 도시정비법에서 관리처분계획인가일에 입주자로 선정되는 지위를 취득하는 것과 달리 주택재건축 정비사업의 조합원 중 이 규정의 적용을 받을 수 있는 조합원을 규정하기 위한 것이고, 이와 달리 입주자로 선정된 지위의 취득시기에 대한 일반적 규정이 아니라고 하는 한편, 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 소득세법”이라 한다) 제89조 제2항이 신설되기 이전에도 2003.7.1.부터 시행되는 도시정비법에 따라 ‘관리처분계획의 인가로 인하여 입주자로 선정된 지위’를 취득한 경우가 있어 이들의 신뢰를 보호하기 위하여 같은 법 부칙 제12조 제1항에 ‘2006.1.1. 이후 최초로 도시정비법에 따른 주택재건축 사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다’고 규정하게 된 것일 뿐 위 부칙 규정이 ‘도시정비법에 따른 사업시행인가’를 받은 경우의 신뢰 보호를 위한 규정은 아니라고 하였다.

(2) 위 서울고등법원의 전심인 서울행정법원 2020.1.14. 선고 2019구단64467 판결에서도 2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 소득세법 시행령(이하 “개정 소득령”이라 한다) 제155조 제16항 및 부칙 제4항에 따라 2005.5.16. 사업시행인가를 받은 주택재건축사업에 의하여 조합입주권을 취득하였다는 주장에 대하여, 법원은 부칙 제4항의 취지를 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 조합원입주권을 양도하는 경우 일정 요건 하에 이를 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택으로 본다는 취지에 불과한 것이라고 명확히 하였고, 2003.7.1. 이후 재건축조합원 소유 주택의 조합원입주권 전환시점에 대하여, 조합원입주권은 2005.5.16. 당시 시행 중이던 도시정비법(2005.7.13. 법률 제7597호로 개정되기 전의 것)에 의하여도 같은 법 제48조에 따라 관리처분계획을 인가받은 때에 취득하는 것으로 보아야 한다고 하였다.

(3) 따라서, 법원은 이 사건 쟁점재건축사업의 사업시행인가를 받은 주택의 “조합입주권으로의 전환시점”을 “관리처분계획의 인가를 받은 날”이라는 점을 명확히 확인하였다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인이 제시한 판결은 주택과 조합원입주권을 보유한 자가 주택을 양도하였을 때 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있는지와 관련된 내용으로 이 건과는 사실관계가 다르다. 청구인이 제시한 판결 요지는 ‘1세대가 주택과 도시정비법에 의한 조합원입주권을 보유하다 그 주택을 양도하는 경우, 도시정비법에 따른 관리처분계획인가일이 2006.1.1. 이후라고 한다면 소득세법 제89조 제2항 및 부칙 제12조 제1항에 따라 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용받을 수 없다’라는 내용으로, 2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 소득세법 제89조 제2항 은 주택과 같은 법 시행 후 최초로 관리처분이 인가된 조합원입주권을 함께 보유하다가 주택을 양도하는 경우 해당 주택의 양도는 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하지 않는다는 취지일 뿐이며, 조합원 입주권으로 변환되는 시기를 관리처분계획인가일로 확장하는 의미로 볼 수는 없다.

(2) 청구인은 종전주택을 사업시행인가일 이후 취득하였으므로 조합원입주권의 취득으로 보아야 한다. 청구인이 종전주택을 취득할 당시 권리변환시기에 대해서는 구 소득령 제155조 제16항에 따라 2005.5.16. 쟁점재건축사업 사업시행인가일을 권리변환시기로 보는 것이 타당하고, 청구인은 2006.6.8. 조합원입주권으로 변동된 이후에 종전주택을 취득하였으므로 쟁점주택의 사용승인일을 주택의 취득시기로 보아 1세대 1주택 비과세를 부인하고 장기보유특별공제를 배제한 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점주택을 조합원입주권 상태에서 취득한 것으로 보고 1세대 1주택 비과세 특례 및 장기보유 특별공제 적용을 배제한 과세처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 아래 <표1>과 같이 쟁점재건축사업에 대한 사업시행인가일(2005.5.16.)이 지난 후 구 소득령 제155조 제16항이 개정되어 시행(2005.5.31.)된 다음에 종전주택을 취득(2006.6.8.)하였고, 청구인이 종전주택을 취득한 후에 쟁점재건축사업에 대한 관리처분계획인가(2010.8.24.)가 있었다. <표1> 쟁점주택에 대한 취득ㆍ양도 및 쟁점재건축사업 진행내역 OOO

(2) 2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 구 소득령과 개정된 개정 소득령의 제155조 제16항의 조문을 비교하면 아래 <표2>와 같이, 개정 전에는 주택재건축사업과 주택재개발사업을 나누어 주택재건축사업은 사업시행인가일, 주택재개발사업은 관리처분계획승인일에 조합원의 지위를 인정하였으나, 개정 후 모두 관리처분계획 승인일로 통일하였다. <표2> 구 소득령, 개정 소득령의 제155조 제16항 개정내용 비교 OOO

(3) 개정 소득령의 부칙은 아래 <표3>과 같이, 제155조 제16항은 개정 소득령 시행일(2005.5.31.) 전에 주택재건축사업의 사업시행인가를 받은 경우에는 구 소득령에 따라 제155조 제16항을 적용하도록 규정하고 있다. <표3> 개정 소득령 부칙 OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 종전주택은 관리처분계획의 인가를 받은 날에 조합원입주권으로 전환되었으므로 청구인의 쟁점주택에 대한 양도소득세를 산정함에 있어서 1세대 1주택 비과세 특례 및 장기보유특별공제를 적용해야 한다고 주장하나, 종전주택에 대한 재건축사업의 사업시행인가일이 2005.5.16.이고 2005.5.31. 공포되어 시행된 개정 소득령은 부칙 제4항에서 구 소득령 시행 전에 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 구 소득령 제155조 및 제166조의 규정을 적용하도록 되어 있고, 청구인은 2006.6.8. 종전주택을 취득하면서 쟁점재건축사업의 조합원 지위를 승계하였으며, 쟁점재건축사업은 개정 소득령의 시행 전에 사업시행인가를 받은 주택재건축사업에 해당되므로 개정 소득령이 아닌 구 소득령 제155조 및 제166조의 규정을 적용받아야 하므로, 구 소득령 제155조 제15항에 따라 종전주택은 2005.5.16. 사업시행인가를 받음에 따라 조합원입주권으로 변경되어 쟁점주택이 준공된 2016.8.30.부터 주택으로 계산되므로 청구인이 2017.9.29. 쟁점주택을 양도한 것에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례 및 장기보유특별공제를 적용하지 않고 양도소득세를 부과한 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

• 가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것
• 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

5. 지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 감소되어 같은 법 제20조에 따라 지급받는 조정금 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. 표1 표2

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. (2) 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조 (1세대1주택의 특례) ⑯도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. (3) 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것) 제155조 (1세대1주택의 특례) ⑯도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. <부칙>

① (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

② (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행후 양도하는 분부터 적용한다.

④ (주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치) 이 영 시행전에 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.