쟁점토지가 종교행위 목적에 사용되지 않았다고 보아 종합부동산세법 제6조의 적용을 배제하고 종합합산과세대상토지로 분류하여 종합부동산세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 복음사역 등을 목적으로 2014.1.1. 설립된 단체(국세기본법제13조 제2항의 법인으로 보는 단체에 해당하는 비법인사단임)인데, 2021.6.1. 당시 OOO 대 1,006㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)는 청구법인의 소유로, 이 사건 토지 상에 있는 지하2층ㆍ지상4층의 무허가건축물(이하 “이 사건 건물”이라 한다)은 타인의 소유로 되어 있었다.
• 나. OOO은 이 사건 건물 중 지상2층부터 지상4층까지는 예배 등 종교행위 목적에 사용되고 있다고 보아 지방세특례제한법제50조 제2항에 따라 재산세를 면제하였으나, 그 외 지하1층 및 지상1층 부분(이하 “쟁점건물”이라 한다)은 종교행위 외 목적에 사용되고 있다고 보아 같은 항 단서 및 지방세법 시행령제101조 제1항 단서 등에 따라 이 사건 토지 중 쟁점건물의 부속토지에 해당하는 토지 553.96㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)을 종합합산과세대상토지로 분류하여 2021.9.10. 재산세 OOO원을 부과ㆍ고지(이후 OOO은 2022.1.10. 재산세를 OOO원으로 감액ㆍ경정하였음)하는 한편 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2021.11.29. 청구법인에게 쟁점토지에 관하여 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원을 경정ㆍ고지(OOO의 2022.1.10.자 재산세 감액ㆍ경정에 따라 2022.3.2. 종합부동산세를 OOO원으로 감액ㆍ경정하였음, 이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.1.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 종교단체로 쟁점건물을 포함한 이 사건 건물을 수익사업을 위하여 사용한 사실이 없으므로 지방세특례제한법제50조 제2항 및 종합부동산세법제6조 제1항 등에 따라 쟁점토지는 비과세대상이다. (가) 청구법인은 교회설립을 위한 목적으로 2018.6.19. 이 사건 토지를 공매로 취득한 즉시 이 사건 토지 상에 불법건축물을 소유하고 있던 AAA를 상대로 이 사건 건물의 철거소송을 제기하여 OOO 및 OOO으로부터 승소판결을 받았고, 위 판결은 2019.10.26. 확정되었다. (나) 그러나 주식회사 AAA이 금전적 이득을 위한 목적에서 2020.10.20. 이 사건 건물을 경매로 취득한 뒤 쟁점건물에 대한 유치권을 행사하기 시작하였고, 장애인 및 용역업체 직원들을 동원하고 사다리차를 이용해 4층까지 올라가 이 사건 건물 전체를 점유하려는 시도까지 하였다. 청구법인은 쟁점건물을 점유하고 있는 자들을 상대로 퇴거소송을 제기하고 승소판결을 받았으나 주식회사 AAA은 점유자를 수차례 바꾸는 등의 방법으로 퇴거명령의 집행을 방해하였고, 그 과정에서 쟁점건물에 대하여는 실질적인 권리를 행사할 수 없었다. (다) 청구법인은 쟁점건물의 점유자들과 임대차계약을 체결하거나 무상으로 사용하게 해 준 사실이 없으며, 이 사건 건물을 침탈당하지 않기 위하여 갖은 노력을 하면서 경제적 피해를 보고 있는 상황임에도 처분청은 정확한 사실관계를 확인하지 않은 채 종합부동산세를 부과하였는데, 지방세특례제한법 및 종합부동산세법이 종교단체의 사회봉사와 헌신을 보호하기 위하여 재산세 및 종합부동산세를 면제하고 있음에 비추어 볼 때 너무나 부당한 처분이라고 생각된다.

(2) 설령, 쟁점토지가 종합부동산세 과세대상이 된다고 하더라도 이 사건 건물은 근린생활시설이고, 쟁점토지는 이러한 근린생활시설의 부속토지로 별도합산과세대상에 해당하는바, 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 분류하여 종합부동산세를 부과하는 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 종합부동산세의 과세대상 토지의 분류는 지방세법에 따르는 것으로 OOO이 쟁점토지를 종합합산과세대상 토지로 분류하여 재산세를 부과한 이상, 이를 근거로 종합부동산세 및 같은 법 시행령의 관련 규정들에 따라 청구법인에게 종합부동산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 종교행위 목적에 사용되지 않았다고 보아 종합부동산세법제6조의 적용을 배제하고 종합합산과세대상토지로 분류하여 종합부동산세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 참조
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지에 대한 재산세 부과처분 내역, 당해 재산세 부과처분 관련 우리 원 결정문, 이 사건 토지 및 건물의 등기사항전부증명서 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 이 사건 토지를 취득하기까지의 과정은 다음과 같다.

1. AAA는 2006.12.5. 이 사건 토지 및 그 지상 건물을 매매로 취득하여 2007.1.27. 소유권이전등기를 마쳤다가, 같은 날 주식회사 BBB(이하 “주-BBB”이라 한다)과 사이에 주식회사 CCC(이하 “주-CCC”이라 한다)을 우선수익자로 하는 내용으로 부동산담보신탁계약을 체결하고, 주-BBB 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.

2. 이후 2007년 6월 경 이 사건 토지 상에 구 건물이 멸실되고 이 사건 건물이 신축되었으나 유치권을 주장하는 자들과의 다툼 등으로 사용승인을 받지 못하다가 가압류등기의 촉탁으로 인하여 2008.12.17. AAA 명의로 소유권보존등기가 마쳐졌다.

3. AAA가 주-CCC에 대한 채무를 이행하지 않자, 우선수익자인 주-CCC의 요청 등에 의하여 주-BBB이 2018.6.19. 신탁재산인 이 사건 토지를 BBB에게 OOO원에 처분(공매)하고 2018.8.9. 이 사건 토지에 관하여 BBB 명의의 소유권이전등기가 이루어졌다.

4. BBB은 2020.1.19. 청구법인에게 이 사건 토지를 증여하였다. (나) 청구법인이 이 사건 건물의 철거 및 점유자 퇴거를 위하여 제기한 소송 경위 및 결과는 다음과 같다.

1. BBB은 2018.6.28. AAA를 상대로 이 사건 토지의 인도 및 이 사건 건물의 철거를 구하는 소송을 제기하였고, OOO은 2018.11.15. OOO로 원고승소판결을 하였으며, OOO 역시 2019.10.4. 같은 취지의 판결을 하였다(AAA는 2019.10.4. 대법원에 상고하였으나 2019.11.22. 각하되었음).

2. 한편, AAA의 채권자인 주식회사 DDD는 2013.1.29. OOO로 이 사건 건물의 경매를 신청하였고, 2018.9.18.부터 9차례의 유찰 끝에 2020.10.20. 주식회사 AAA에게 OOO원에 낙찰되었다.

3. BBB(2020.1.19. 이후 청구법인이 승계참가함)은 2019.6.25. 이 사건 건물의 점유자들을 상대로 건물퇴거 등의 청구소송을 제기하였고, 2022.3.31. 대법원에서 최종승소판결을 받았다.

4. 청구법인은 2022.6.9. 이 사건 건축물을 철거하기 위하여 OOO 소재 주식회사 EEE과 OOO원을 공사금액으로 하여 공사도급계약을 체결한 것으로 나타난다. (다) OOO은 2021.6.1. 당시 쟁점건물(지하 2개 호실 및 지상 1층 9개 호실)이 마트 등으로 사용되고 있었고, 나머지 호실은 예배목적으로 사용되고 있었다고 보아 쟁점건물의 부속토지인 쟁점토지를 종합합산과세대상 토지로 보아 청구법인에게 재산세 OOO원 등을 부과ㆍ고지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2022.1.25. 조심 OOO로 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 쟁점토지를 종교행위 목적에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다고 보아 2022.9.29. 기각하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴보건대, 청구법인은 2021.6.1. 당시 불법 점유자들이 무허가건물인 쟁점건물을 수익사업으로 사용하였다는 이유로 그 부속토지인 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 분류하여 종합부동산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 지방세특례제한법제50조 제2항이 종교목적에 사용하지 못한 재산에 대해서 재산세를 면제하지 않는다고 규정하고 있을 뿐 별도로 정당한 사유의 존부까지 고려하고 있지 않은 점, 비록 청구법인이 쟁점건물에 관한 실질적인 권리행사를 할 수 없는 상태였다고는 하나 쟁점건물이 종교목적이 아닌 목적으로 사용된 것으로 보이는 점, 지방세법 시행령제101조 제1항에서 사용승인을 받지 아니하고 사용 중인 건축물 등의 부속토지를 별도합산과세대상토지에서 제외한다고 규정하고 있는 점, OOO이 쟁점토지가 종교목적에 사용되지 않았다고 보아 종합합산과세대상토지로 분류하여 재산세를 부과한 처분에 대하여 우리 원이 정당한 것으로 판단한 점 등에 비추어 처분청이 OOO과 같은 입장에서 쟁점토지를 종합합산과세대상 토지로 분류하여 종합부동산세를 부과한 이 사건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 종합부동산세법 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

4. “토지”라 함은 지방세법 제104조 제1호 에 따른 토지를 말한다. 제6조(비과세 등) ① 지방세특례제한법 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다. 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제9조 (결정ㆍ경정) ① 법 제17조 제1항의 규정에 의한 결정은 법 제21조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 행정안전부장관이 국세청장에게 통보한 과세자료에 의한다.

③ 법 제17조 제4항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 법 제22조의 규정에 의하여 시장ㆍ군수가 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신한 자료에 의한다.

④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징을 함에 있어서 행정안전부장관에게 의견조회를 할 수 있다. (3) 지방세법 제104조 (정의) 재산세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “토지”란 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부의 등록대상이 되는 토지와 그 밖에 사용되고 있는 사실상의 토지를 말한다.

2. “건축물”이란 제6조 제4호에 따른 건축물을 말한다. 제105조(과세대상) 재산세는 토지, 건축물, 주택, 항공기 및 선박(이하 이 장에서 “재산”이라 한다)을 과세대상으로 한다. 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

• 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
• 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지 (4) 지방세법 시행령 제101조 (별도합산과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제2호 가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 건축법 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지는 제외한다.

1. 특별시ㆍ광역시(군 지역은 제외한다)ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역은 제외한다)의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지

• 가. 읍ㆍ면지역
• 나. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 지정된 공업지역

2. 건축물(제1호에 따른 공장용 건축물은 제외한다)의 부속토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지

• 가. 법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지 안의 건축물의 부속토지
• 나. 건축물의 시가표준액이 해당 부속토지의 시가표준액의 100분의 2에 미달하는 건축물의 부속토지 중 그 건축물의 바닥면적을 제외한 부속토지 제103조(건축물의 범위 등) ① 제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에는 다음 각 호의 건축물을 포함한다.

건축법 제18조 에 따라 착공이 제한된 건축물

3. 건축법에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물[개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법령에 따른 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지(법 제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상이 되는 토지는 제외한다)로서 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 토지조성공사에 착수하여 준공검사 또는 사용허가를 받기 전까지의 토지에 건축이 예정된 건축물(관계 행정기관이 허가 등으로 그 건축물의 용도 및 바닥면적을 확인한 건축물을 말한다)을 포함한다]. 다만, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다. 제119조(재산세의 현황부과) 재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재 현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상 현황에 따라 재산세를 부과한다. (5) 지방세특례제한법 제50조 (종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법 제112조 에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제3항 에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다. (6) 지방세특례제한법 시행령 제25조 (종교 및 제사를 목적으로 하는 단체에 대한 면제대상 사업의 범위 등) ① 법 제50조 제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다.