관할 지자체 통보한 내용에 따라 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 변경하여 종부세를 경정한 점, 우리원은 쟁점토지와 블록을 외형상 1필지가 아닌 서로 분리된 것으로 판단한 사실이 있는 점, 청구법인이 쟁점토지 취득 후 유예기간이 경과한 후에도 착공이 이루어지지 않았고 블록상에 건축물을 신축하였으나 이로부터 6년이 경과한 심리일 현재까지 쟁점토지상에 건축물을 준공하지 못하고 있는 점, 지방세법이 개정되면서 재산세가 경감되는 토지는 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한 점 등을 근거로 한 기각 결정(21지3148‧3149병합)과 달리 할 추가적인 사안이 확인 되지 않은 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 하여 청구법인에게 종부세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[ 주 문] 심판청구를 기각한다. [ 이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지는 업무용도에 직접 사용되고 있는 산업용 건축물의 부속토지에 해당됨에도 종합합산과세대상으로 본 이 건 처분은 타당하지 아니하다. (가) 청구법인은 OOO(이하 “OOO센터”라 한다) 조성사업을 계획하여 2014.12.31. OOO로부터 쟁점토지와 D19블록의 토지를 취득하였고, 이 건 토지를 취득할 당시 OOO가 분양하는 OOO 내 토지 중 OOO센터를 수용할 만한 대규모 택지를 희망하였으나 왕복 2차선 도로를 사이에 두고 쟁점 쟁점토지와 D19블록으로 분리된 토지밖에는 분양받을 수 없어 부득이하게 쟁점토지와 D19블록을 각각 취득할 수 밖에 없었으며, 2017.7.25. D19블록 지상에 윤활·화학실험동을 준공한 후 쟁점토지에 연구실험동 건축을 순차적으로 진행하고 있으므로 이는 경제적 일체성을 이루는 1구에 해당된다. (나) 청구법인이 이 건 토지 전체를 업무 용도에 직접 사용하고 있는지 여부는 1구를 기준으로 판단하여야 하고 직접 사용이란 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 법인의 목적사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하며, 사용의 범위는 당해 법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단(OOO 판결)하여야 한다. 행정안전부가 발행한 산업단지내 입주기업이 꼭 알아야 할 지방세 발간 자료를 보면 직접 사용 여부는 1구를 기준으로 판단하여야 한다고 해석하고 있고, 1구란 건물의 소유자가 건물 사용을 위하여 사실상 공여하는 부속토지의 면적을 뜻하며, 이러한 1구에 부속된 토지인지 여부는 당해 토지의 취득당시 현황과 이용실태에 의하여 결정되고 토지의 필지 수는 불문하는 것이라고 판결(OOO 판결)하였는바, 직접 사용의 범위는 1구를 기준으로 판단하여야 하고 1구의 범위는 외형상의 분리나 필지구분으로 판단할 것이 아니라 당해 법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 산업용 건축물과 부속토지 전체로서 경제적 일체성을 이루고 있는지 등을 종합하여 합목적적으로 판단하여야 한다. (다) 쟁점토지와 D19블록은 그 폭이 6m남짓에 불과한 매우 작은 도로로 나뉘어 있고, 이 건 토지를 하나의 OOO센터 조성사업으로 계획하여 서울특별시장과 입주계약을 체결한 뒤 OOO로부터 용도를 연구시설로 일괄 지정받아 순차적으로 건설사업을 진행하고 있는 것이므로 쟁점토지를 D19블록과 함께 1구로 보아 이 건 토지 취득일로부터 3년 이내 업무용도에 직접 사용하고 있는 것이므로 쟁점토지는 별도합산토지로 보아야 한다.
(2) 쟁점토지가 직접 사용되지 아니한 경우라 하더라도 쟁점토지에 건축공사를 계속 진행하고 있으므로 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용되지 아니한데 정당한 사유가 있다고 보아야 한다. (가) 청구법인은 2017.2.6. 쟁점토지에 착공신고를 하고 터파기 공사를 하는 등 연구실험동 공사중이나, 세계 유가 변화로 인해 건설공사가 다소 더디게 진행되고 있을 뿐이고, 이 세계 유가시장의 극심한 변동은 청구법인이 통제할 수 없는 상황변화임에도 불구하고 OOO센터 조성을 위하여 설계변경, 공사규모의 축소, 시공사 변경 및 사업기간 연장 등 가능한 모든 방법을 강구하여 건축공사를 진행하고 있다. (나) 또한 대법원은 건축중인 건축물이라 함은 과세기준일 현재 건축공사에 착수하여 건축을 하고 있는 건축물을 말한다고 하면서 터파기나 구조물 공사와 같이 건물을 신축하기 위한 공사에 착수한 경우는 물론 그 보다 앞서 건물의 신축에 필수적으로 전제되는 작업을 하는 경우에도 건물의 신축공사를 실질적으로 실행한 것으로 볼 수 있다면 그 시점에 이미 공사에 착수한 것으로 보아야 한다고 판시(OOO 판결)한바 있고, OOO청장은 2017년 토지분 재산세 부과 당시 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 분류하여 과세한 바 있으나 청구법인의 이의제기에 따라 쟁점토지에 대한 착공 후 공사를 진행하고 있다는 사실을 인정하여 2017년 재산세를 경정하였다. 또한 OOO 정책심의위원회도 쟁점토지에 건설중인 OOO센터 조성사업기간을 2023년 2월까지 연장승인을 하였으므로 연장된 사업기간까지는 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용되지 아니한데 정당한 사유가 있는 것으로 인정하여야 한다.
(3) 쟁점토지에 대해 감면된 재산세와 종합부동산세를 추징하는 것은 지방세특례제한법제78조의 취지에도 반한다. (가) 지방세특례제한법 제78조 제4항 은 산업단지에서 산업용 건축물을 건립하는 경우 취득세 등을 면제함으로써 산업단지 내 기업의 입주를 촉진하고 산업단지의 경쟁력을 높이기 위함이고, 감면된 취득세 등을 추징하는 것은 부동산의 시세차익을 노리거나 기타 세제상의 혜택만을 향유하고 그 용도를 변경하는 경우 등을 제재하기 위한 목적인바, 청구법인은 부동산의 시세차익을 노리거나 기타 세제상의 혜택만을 향유하고 그 용도를 변경하는 행위를 한 적이 없고, OOO센터를 건축중이므로 쟁점토지가 다른 용도로 사용될 가능성도 전혀 없다. (나) 청구법인은 2017년 D19블록에 실험동을 신축하여 기업부설연구소로 등록하였고 이는 순차적으로 공사하여 조속한 산업용 건축물을 건립해 영업에 착수하기 위한 것임에도 쟁점토지를 별도의 토지로 보아 청구법인의 건설공사가 장기간에 걸쳐 이루어진다는 이유로 쟁점토지에 대하여 종합부동산세 등을 부과한다면 이는 지방세특례제한법제78조의 입법취지에도 반하게 된다.
(4) (예비적 청구) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16194호로 개정된 것, 이하 같다) 제106조 제1항에서 재산세 과세대상 토지를 종합합산과세대상·별도합산과세대상·분리과세대상으로 각각 분류하도록 규정하고 있고, 재산세 과세대상 토지 중 재산세가 경감되는 부분의 토지 역시 위 규정에 따른 종합합산과세대상·별도합산과세대상·분리과세대상 중 어느 하나에 반드시 포함되어야 한다고 규정하고 있으며,지방세법제106조 제1항에서지방세법또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지에 대하여는 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정하고 있으므로 재산세가 경감되는 부분의 토지에 대하여는지방세법제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상에 명시적으로 해당하지 않더라도 정책적인 고려에 따라 마련된지방세법제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서의 규정으로 인하여 별도합산과세대상이나 종합합산과세대상이 아닌 분리과세대상으로 보아야 할 것(대법원 2018.11.29. 선고 2018두45725 판결, 같은 뜻임)이다. 설령 청구법인이 쟁점토지상에 산업용 건축물을 신축하지 못하여지방세특례제한법제78조 제4항 및 제5항에 따라 해당 용도대로 직접 사용하지 못하였거나 취득세 감면유예 기간을 경과한 정당한 사유에 해당하지 않는다 하더라도 이 건 토지 전체는 1구로서 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호 에 규정하는 재산세 추징사유에 해당하지 아니하여 취득후 5년간 재산세가 50% 감면되어야 하고 이 건 토지 중 지방세특례제한법 제78조 제4항 에 따라 재산세가 감면되는 비율에 해당하는 면적은 지방세법제106조 제1항 제1호 단서에 따라 종합합산과세대상에 해당하지 아니할 뿐만 아니라 같은 조 제1항 제2호 단서에 따라 별도합산과세대상에도 해당되지 아니하여 분리과세대상이므로 취득후 5년동안 재산세가 50% 감면되는 쟁점토지의 면적 17,619㎡중 감면비율(50%)에 해당하는 면적 8,809.5㎡는 2015년부터 2019년까지 분리과세대상에 해당하고 나머지 부분은 종합합산과세대상에 해당한다고 해석하여야 한다. D19블록은 재산세 및 종합부동산세 감면대상에 해당하나 2014년 취득당시 시행중인 지방세특례제한법 제78조 제4항 제2호 다목에서 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다고 명백하게 규정하고 있으므로 청구법인은 D19블록의 경우 5년간 50%를 경감받을 수 있는 기득권을 갖게 되었음에도 개정된 지방세특례제한법 제78조 제4항 을 적용하여 D19블록의 감면율을 35%로 하여 재산세와 종합부동산세 등을 산정하였으므로 D19블록 면적 11,480㎡ 중 감면비율 50%에 해당하는 면적 5,704㎡ 또한 2016년부터 2019년까지 분리과세대상에 해당하고 나머지 부분은 2016년부터 2017년까지는 별도합산과세대상 및 2018년부터 2019년까지는 분리과세대상으로 구분·적용하여 2016년 귀속분부터 2019년 귀속분까지 종합부동산세 등 OOO원은 취소하는 것이 타당하다. 덧붙여 과세대상 구분을 위한 토지 현황 적용시 지방세특례제한법 시행령제123조의 건축중 직접 사용 간주개념을 고려하여 D19블록의 2016년 및 2017년 귀속분 종합부동산세 등에 대해서는 감면되는 비율에 해당하는 면적뿐만 아니라 D19블록 전부를 분리과세대상으로 하여 과세표준을 계산하고 여기에 감면비율 50%를 곱하여 재산세 및 종합부동산세를 감면하였어야 하나 OOO청장은 2016년에는 D19블록 토지 전체를, 2017년도는 화학실험동 부속토지를 별도합산과세대상으로 구분하여 과세표준을 계산하고 여기에 감면율 50%를 곱하여 재산세를 감면함으로써 재산세를 과다부과하였고, 이러한 과세내역에 기반하여 처분청이 종합부동산세 등을 과다하게 부과하였는바, 정당한 세액을 초과하는 2016년 귀속분부터 2019년 귀속분까지 종합부동산세 등 OOO원은 취소하는 것이 타당하다.
(1) 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법제106조 제1항 제1호의 종합합산과세대상과 같은 법 제106조 제1항 제2호의 별도합산과세대상으로 구분하여 과세하는 것으로 종합부동산세법제16조 및 제21조에 따라 지방자치단체로부터 과세자료를 제공받아 과세하도록 규정하고 있고, 종합부동산세 과세대상 토지의 구분은 지방세법에 따른 것으로 지방세법제115조 제2항에서 지방자치단체의 장은 재산세 과세대상의 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 이미 부과한 세액을 변경하거나 수시 부과하여야 할 사유가 발생하면 수시로 부과․징수할 수 있다고 되어 있으며, 종합부동산세법제21조는 시장·군수는 재산세의 세액변경 또는 수시부과 사유가 발생한 때에는 그 부과자료를 행정안전부장관에게 제출하고, 행정안전부장관은 종합부동산세 납세의무자별로 과세표준과 세액을 계산하여 국세청장에게 통보하도록 되어 있다.
(2) 쟁점토지의 재산세 부과권자인 OOO청장은 2020.12.10. 쟁점토지를 당초 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 변경하여 2015년부터 2019년까지 재산세를 추가로 부과한 후 수시세액 조정자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 OOO청장이 통보한 내용에 따라 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 변경하여 종합부동산세 등을 경정하였다.
(3) 종합부동산세 과세체계상 하나의 토지에 재산세와 종합부동산세를 과세하면서 재산세는 종합합산과세대상으로, 종합부동산세는 별도합산과세대상으로 또는 그 반대로 분류하여 과세할 수는 없는 것으로 재산세 과세권자인 OOO청장이 청구법인의 쟁점토지에 대한 재산세를 당초 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 변경하여 추가로 재산세를 부과한 이상 처분청은 통보된 쟁점토지의 종합부동산세 수시세액 조정자료를 근거로 하여 쟁점토지를 종합합산과세대상 으로 변경하여 종합부동산세를 경정한 것이므로 이 건 처분은 타당하다.
(1) 종합부동산법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.
1. “시ㆍ군ㆍ구”라 함은 지방자치법 제2조 의 규정에 의한 지방자치단체인 시ㆍ군 및 자치구(이하 “시ㆍ군”이라 한다)를 말한다.
2. “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 함은 지방자치단체의 장인 시장ㆍ군수 및 자치구의 구청장(이하 “시장ㆍ군수”라 한다)을 말한다.
3. “주택”이라 함은 지방세법 제104조 제3호 에 의한 주택을 말한다. 다만, 같은 법 제13조 제3항 제1호에 따른 별장은 제외한다.
4. “토지”라 함은 지방세법 제104조 제1호 에 따른 토지를 말한다.
5. “주택분 재산세”라 함은 지방세법 제105조 및 제107조에 따라 주택에 대하여 부과하는 재산세를 말한다.
6. “토지분 재산세”라 함은 지방세법 제105조 및 제107조에 따라 토지에 대하여 부과하는 재산세를 말한다. 제3조(과세기준일) 종합부동산세의 과세기준일은 지방세법 제114조 에 따른 재산세의 과세기준일로 한다. 제5조(과세구분 및 세액)
① 종합부동산세는 주택에 대한 종합부동산세와 토지에 대한 종합부동산세의 세액을 합한 금액을 그 세액으로 한다.
② 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 제14조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 토지분 종합합산세액과 동조 제4항 내지 제6항의 규정에 의한 토지분 별도합산세액을 합한 금액으로 한다. 제6조(비과세 등) ① 지방세특례제한법 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.
② 지방세특례제한법 제4조 에 따른 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 재산세의 감면규정을 준용함에 있어서 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율(비과세 또는 과세면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다.
④ 제2항에 규정된 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정 또는 분리과세규정에 따라 종합부동산세를 경감하는 것이 종합부동산세를 부과하는 취지에 비추어 적합하지 않은 것으로 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 종합부동산세를 부과함에 있어서 제2항의 규정 또는 그 분리과세규정을 적용하지 아니한다. 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.
1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자
2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자 제21조(과세자료의 제공) ① 시장ㆍ군수는 지방세법에 따른 해당 연도 재산세의 부과자료 중 주택분 재산세의 부과자료는 7월 31일까지, 토지분 재산세의 부과자료는 9월 30일까지 행정안전부장관에게 제출하여야 한다. 다만, 시장ㆍ군수는 지방세법 제115조 제2항 에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유가 발생한 때에는 그 부과자료를 매 반기별로 해당 반기의 종료일부터 10일 이내에 행정안전부장관에게 제출하여야 한다.
② 행정안전부장관은 제7조에 규정된 주택에 대한 종합부동산세의 납세의무자를 조사하여 납세의무자별로 과세표준과 세액을 계산한 후, 매 년 8월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 국세청장에게 통보하여야 한다.
③ 행정안전부장관은 제12조에 규정된 토지에 대한 종합부동산세의 납세의무자를 조사하여 납세의무자별로 과세표준과 세액을 계산한 후, 매년 10월 15일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 국세청장에게 통보하여야 한다.
④ 행정안전부장관은 지방세법 제115조 제2항 에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유가 발생한 때에는 재산세 납세의무자별로 재산세 과세대상이 되는 주택 또는 토지에 대한 재산세 및 종합부동산세 과세표준과 세액을 재계산하여 매 반기별로 해당 반기의 종료일이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청장에게 통보하여야 한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제9조(결정ㆍ경정) ③ 법 제17조 제4항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 법 제22조의 규정에 의하여 시장ㆍ군수가 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신한 자료에 의한다.
(3) 지방세법 (2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것) 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
1. 토지: 매년 9월 16일부터 9월 30일까지
2. 건축물: 매년 7월 16일부터 7월 31일까지
② 제1항에도 불구하고 지방자치단체의 장은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 이미 부과한 세액을 변경하거나 수시부과하여야 할 사유가 발생하면 수시로 부과ㆍ징수할 수 있다.
(4) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정된 것) 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지.
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지.
1. 특별시ㆍ광역시(군 지역은 제외한다)ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역은 제외한다)의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지 제103조(건축물의 범위 등) ① 제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에는 다음 각 호의 건축물을 포함한다.
건축법 제18조 에 따라 착공이 제한된 건축물
3. 건축법에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물[개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법령에 따른 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지(법 제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상이 되는 토지는 제외한다)로서 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 토지조성공사에 착수하여 준공검사 또는 사용허가를 받기 전까지의 토지에 건축이 예정된 건축물(관계 행정기관이 허가 등으로 그 건축물의 용도 및 바닥면적을 확인한 건축물을 말한다)을 포함한다]. 다만, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다. (6) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 기업이 대통령령으로 정하는 기업부설연구소(이하 이 조에서 “기업부설연구소”라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다. 제58조(벤처기업 등에 대한 과세특례) ③ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제17조의2에 따라 지정된 신기술창업집적지역에서 산업용 건축물ㆍ연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령으로 정하는 건축물(이하 “산업용 건축물등”이라 한다)을 신축하거나 증축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 (7) 지방세특례제한법 시행령 제29조(산업용 건축물 등의 범위) 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.
1. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조 에 따른 공장・지식산업・문화산업・정보통신산업・자원비축시설용 건축물 및 이와 직접 관련된 교육・연구・정보처리・유통시설용 건축물
2. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제6조 제5항 에 따른 폐기물 수집운반・처리 및 원료재생업, 폐수처리업, 창고업, 화물터미널 또는 그 밖에 물류시설을 설치 및 운영하는 사업, 운송업(여객운송업은 제외한다), 산업용기계장비임대업, 전기업 및 농공단지에 입주하는 지역특화산업용 건축물, 도시가스사업법 제2조 제5호 에 따른 가스공급시설용 건축물 및 집단에너지사업법 제2조 제6호 에 따른 집단에너지공급시설용 건축물
3. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따른 연구개발시설 및 시험생산시설용 건축물 제123조(직접 사용의 범위) 법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 1976.1.6. OOO를 본점소재지로 하고, 유제품․가스, 윤활기유․윤활유․그리스, 화학제품 및 관련 제품의 제조․수송․저장 및 매매, 원유․석유제품 등의 수출입업 등의 사업을 영위하기 위하여 설립되었다. (나) 청구법인은 이 건 토지 취득이전 OOO센터를 신축하기 위하여 아래 <표1>과 같이 사업계획을 수립하고 OOO와 2014.2.19. 아래 <표2>와 같이 이 건 토지의 분양계약을 체결하였다. <표1> 청구법인의 OOO센터 신축 사업계획 ㅇㅇㅇ <표2> 청구법인과 OOO의 이 건 토지 분양계약 ㅇㅇㅇ (다) OOO센터 조성 건축허가서에 의하면, OOO청장(건축과장)은 2015.6.1. D19블록에 교육연구시설용 건축물 5,378.2㎡, 연면적 34,952.73㎡(사업명칭: OOO센터 조성사업[연구동], 착공일자 2016.2.11.)를, 같은 날 쟁점토지상에 교육연구시설용 건축물 4,797.44㎡, 연면적 8,853.13㎡(사업명칭: OOO센터 조성사업[실험동], 착공일자 2016.5.20.)를 각각 신축하는 건축 허가(OOO)를 한 것으로 나타나고, 청구법인은 OOO에 쟁점토지상 신축예정인 산업용 건축물의 1차 착공연기(당초 착공일 2017.2.6.)를 신청하였으며, OOO청장(건축과장)은 2016.5.20. 1차 착공연기(2017.5.31.까지)를 승인하였다. 이후 청구법인은 2019.10.18. OOO에 2차로 착공연기를 신청하였고, 이에 2019.10.30. 제43차 OOO 정책심의위원회(OOO)는 2020년 12월까지 토목공사 완료를 조건으로 하되, 기한 내에 토목공사를 완료하지 못할 경우 입주계약을 해지하는 조건으로 2023년 2월까지 준공기한을 2차 연장을 승인하였다. (라) OOO청장은 청구법인이 쟁점토지상 산업용 건축물을 신축하기 위하여 건축허가(2015.6.1.)를 받고 착공신고(2017.2.6.)까지 하였으나, 쟁점토지 취득일(2014.12.31.)로부터 3년이 경과한 2020.2.3. 현재까지 착공을 하지 않았다는 입증자료로 아래 <표3>과 같이 2017년부터 2019년까지의 현장사진을 제시하였으며, 2020.7.7. 청구법인이 쟁점토지상에 산업용 건축물 신축을 위한 착공을 하지 않은 사실을 확인한 후, 지방세특례제한법제78조 제5항 제1호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2020.12.10. 청구법인에게 쟁점토지 대한 취득세 등을 부과ㆍ고지하였다. <표3> 쟁점토지 이용현황 현장 확인사진 ㅇㅇㅇ (마) OOO청장이 처분청에 통보한 쟁점토지 수시세액 조정자료는 아래 <표4>와 같고, 처분청은 아래 자료를 근거로 쟁점토지를 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 조정하여 2016년부터 2019년 귀속분 종합부동산세 등을 경정·고지하였다. <표4> 쟁점토지 연도별 종합부동산세 수시세액 조정자료 ㅇㅇㅇ (바) 지방세법제106조 제1항 제1호 가목 및 나목 개정이유서에 의하면 현행 규정상 이 법 또는 관계법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지 등을 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상으로 보지 아니하도록 규정하고 있는 취지는 과세대상 구분 체계상 종합합산과세대상ㆍ별도합산과세대상에서 분리과세대상으로 전환하려는 것이 아니라 경감 비율에 해당하는 만큼을 과세표준에서 차감하려는 것인바, 그 의미를 명확히 하기 위하여 토지에 대한 재산세의 과세대상 구분에 관한 조항에 규정되어 있는 내용을 세율적용에 관한 조항으로 옮겨 규정하려는 것임이 나타난다. (사) 우리 원은 청구법인이 제기한 동일쟁점의 취득세·재산세 심판청구 (OOO 병합)에 대하여 2023.8.17. 아래 <표5>와 같이 결정하였다. <표5> OOO 병합 2023.8.17. 결정 ㅇㅇㅇ
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지는 D19블록에 신축한 건축물과 같은 1구에 속하는 부속토지로 취득일로부터 3년이내 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 이유를 인정하여 종합부동산세 등을 취소하는 것이 타당하다고 주장하나, 종합부동산세법제16조 및 제21조는 지방자치단체로부터 과세자료를 제공받아 종합부동산세를 과세하도록 규정하고 있고, 종합부동산세 과세대상 토지의 구분은 지방세법에 따른 것으로 지방세법제115조 제2항에서 지방자치단체의 장은 재산세 과세대상의 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 이미 부과한 세액을 변경하거나 수시 부과하여야 할 사유가 발생하면 수시로 부과․징수할 수 있다고 되어 있으며, 종합부동산세법제21조는 시장·군수는 재산세의 세액변경 또는 수시부과 사유가 발생한 때에는 그 부과자료를 행정안전부장관에게 제출하고, 행정안전부장관은 종합부동산세 납세의무자별로 과세표준과 세액을 계산하여 국세청장에게 통보하도록 규정하고 있는바, OOO청장은 2020.12.10. 쟁점토지를 당초 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 변경하여 2015년부터 2019년까지 재산세를 추가로 부과한 후 수시세액 조정자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 OOO청장이 통보한 내용에 따라 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 변경하여 종합부동산세를 경정한 점, 청구법인이 제기한 동일쟁점의 취득세·재산세 심판청구 (OOO 병합)에 대하여 우리 원은 쟁점토지와 D19블록은 각각 별개의 건축허가를 받았고 쟁점토지와 D19블록 사이에는 도로가 있으며 서로 경계구역(담장)이 설치된 것으로 보아 외형상 1필지가 아닌 서로 분리된 것으로 판단한 사실이 있는 점, 처분청 현지확인과 항공사진에 의하면 청구법인이 쟁점토지 취득 후 유예기간인 3년이 경과한 2020년도 현재까지도 착공이 이루어지지 않은 것으로 확인되는 점, 청구법인은 쟁점토지와 D19블록을 취득한 후 먼저 2017년 7월 D19블록상에 연구동인 산업용 건축물을 신축하였으나 이로부터 무려 6년이 경과한 심리일 현재까지도 쟁점토지상에 건축물을 준공하지 못하고 있는 점, 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 이전의 것) 제106조는 재산세가 경감되는 토지(경감비율에 해당하는 토지)를 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 보지 않겠다는 것일 뿐 재산세가 경감되지 않는 나머지 부분(쟁점토지)을 분리과세대상으로 구분한다는 것은 아닌 점, 위 규정을 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상이 아닌 경우 분리과세대상으로 구분한다는 의미로 해석한다면 지방세법 시행령제102조 제1항에서 열거하고 있는 분리과세대상토지에 해당하지 않는 쟁점토지의 경우에는 과세대상 구분체계(종합합산, 별도합산, 분리과세) 어디에도 속하지 않는 논리적 모순이 발생하는 점, 2019.12.3.지방세법이 개정되면서 재산세가 경감되는 토지는 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한 점 등을 근거로 2023.8.17. 기각 결정을 한 점, 동 결정과 달리 할 추가적인 사안이 확인되지 않는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 하여 청구법인에게 종합부동산세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.