[요지] 재건축조합이 청구법인에게 지급하는 절차를 생략하고 곧바로 부가가치세를 포함한 쟁점건물의 양도대금 상당액을 부산광역시에 지급하였다고 하여 청구법인에게 쟁점건물 양도에 따른 부가가치세 신고의무가 소멸되는 것은 아닌 점 등에 비추어 청구법인과 부산광역시가 사후정산 등의 방식으로 부가가치세 상당액을 수수할 여지가 있음은 별론으로 하더라도 처분청에서 청구법인을 쟁점건물의 소유자로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) 제1항은 “과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다”고 규정하고 있다. 쟁점건물을 당초 청구법인 소유로 등기한 것은 OOO에 따른 것으로 중소벤처기업부에서 초기 중소유통물류센터 건립 시 민간참여를 적극 유도하기 위한 조치였다OOO. 쟁점건물 양도대가이며, 근저당설정등기말소 조건부로 수령한 OOO원은 OOO시로 세입조치 되었는바, 청구법인은 이 건 쟁점건물 양도 거래의 명의인일 뿐이고, 사실상 귀속자는 OOO시이므로 OOO시를 납세의무자로 보는 것이 타당하다. 다만 부가가치세법 제26조 제1항 제19호의 규정에 따르면 지방자치단체는 부가가치세 면제대상으로 규정되어 있고, 이 건 쟁점건물 양도가 부가가치세법 시행령 제46조 제1호 내지 제4호의 부가가치세 면제 제외사유에도 해당하지 아니한다.
(2) 쟁점건물 건립에 따른 사업경비(정부보조금)에 관련한 부가가치세 환급분은 공급자의 세금계산서 발급에 따라 정당한 절차로 실행된 환급이었는바, 단지 환급받은 주체가 청구법인이기 때문에 이 건 부가가치세의 실질적인 납세의무자라고 하는 것은 근거가 타당하지 않다.
(3) OOO에 대한 사용권․수익권․처분권 제한은 물론 실효적 재산권 확보차원으로 OOO시에서 쟁점건물에 근저당권 설정을 이행하고 있는바, 기획재정부 소속으로서 중앙행정기관인 OOO(처분청)에서 쟁점건물 등기부상 표현소유자에 불과한 청구법인을 쟁점건물의 실질소유자로 인정함은 중소벤처기업부 시행령(운영요령)에 배치된다.
(4) 쟁점건물 소유권이전 대가인 OOO원은 쟁점건물의 실질소유자인 OOO시에 세수(稅收)로 전액이 납입되어 있는바, 처분청에서는 이 건 부가가치세 OOO원에 대한 분리세수 협조를 요청함으로써 원만하게 해결할 수 있을 것으로 사료되고, 표현소유자 명의인인 청구법인에 다시 과세하여 결국 OOO시로 하여금 대납토록 하는 것은 많은 문제가 야기될 수도 있을 것으로 우려된다.
(1) 청구법인은 쟁점건물의 공부상 소유권자이며, 쟁점건물 매각의 당사자에 해당한다. 쟁점건물은 청구법인과 그 산하 조합 회원들이 공동으로 구매한 상품에 대한 보관·배송·포장 등을 하기 위한 장소로서 청구법인과 그 산하 조합원들이 쟁점건물 건립시부터 양도시까지 사용·수익하였다. 청구법인은 부가가치세가 과세되는 사업을 영위하는 부가가치세법상 사업자로서 부동산 등기부등본상 쟁점건물의 소유권자에 해당하고 OOO법원의 화해권고 결정에 따른 법률상 원인에 따라 쟁점건물을 재건축조합에 양도한 당사자이다.
(2) 청구법인은 쟁점건물에 대한 재산세 납세의무자이다. 지방세법 제107조(납세의무자) 제1항은 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있고, 대법원은 여기서 ‘재산을 사실상 소유하고 있는 자’라 함은 공부상 소유자로 등재되어 있는지 여부를 불문하고 당해 재산에 대한 실질적인 소유권을 가지고 있는 자를 말한다OOO고 판시한바, 청구법인은 쟁점건물에 대한 소유권보존 등기 이후 2004년 7월부터 2019년 7월까지 재산세를 부과받은 사실이 있으므로 쟁점건물을 사실상 소유하고 있는 자에 해당하며 청구법인이 쟁점건물의 명의상 소유자에 해당한다는 주장은 사실과 다르다.
(3) 청구법인은 쟁점건물을 구축물로 장부에 계상하고 감가상각해왔다. 청구법인은 쟁점건물 건립계획에 따라 2003년 10월부터 2004년 2월까지 물류센터를 건립하고, 물류센터를 본인의 자산으로 장부에 계상하여 감가상각해왔으며, 조사대상 사업연도에도 감가상각비 OOO 원을 계상한 사실이 있다.
(4) OOO시는 쟁점건물의 근저당권자에 불과하므로 이 건 부가가치세 납세의무자가 아니다. 만약, OOO시가 자기 책임과 계산 하에 쟁점건물을 취득하여 청구법인이 사용하도록 제공하였다고 한다면 이 건 부가가치세 납세의무는 OOO시에 있고 관련 법령을 적용받아야 하겠지만, OOO시는 쟁점건물의 소유권을 협약서상 명백히 청구법인에게 귀속되도록 하고 청구법인의 계산과 책임 하에 쟁점건물을 원시취득하도록 하여 청구법인 명의로 보존등기하도록 한 것이며, 단지 OOO시는 직접 쟁점건물을 취득하지 아니하는 대신 쟁점건물의 취득자금을 지원하는 방법을 사용하였고, 이는 보조금관리에 관한 법률 및 기타 정부 및 지방자치단체의 사업계획에 따라 지급된 것으로서 목적사업의 원활한 이행을 위해 여러 제약을 사전 약정한 것에 불과한 것이다. 쟁점건물과 관련한 법령 관련 계획, 관련 협약 등 어느 곳에도 OOO시가 쟁점건물의 소유주라고 명시한 바 없고, “근저당권은 실효적 재산권 확보를 위하여 조치한 것”이라는 협약서 문구 역시 OOO시가 쟁점건물의 소유권을 가지고 있다는 뜻이 아니고, 보조금 지급의무자로서 보조금 관리에 관한 법률에 따라 보조금이 목적사업에 적정하게 사용되도록 담보하기 위함인 것이다.
(5) OOO시는 쟁점건물에 대한 소유권자가 아닌 근저당권자로서 소송에 보조참가한 것이다. OOO시는 청구법인과 재건축조합과의 쟁점건물의 소유권 이전과 관련한 쟁송 시 보조참가인으로 참가한 사실이 있는바, 민사소송법상 보조참가는 소송 결과에 이해관계가 있는 제3자는 한 쪽 당사자를 돕기 위하여 법원에 계속 중인 소송에 참가할 수 있다고 규정되어 있으며, 이러한 이해관계는 사실상, 경제적, 감정상 이해관계가 아니라 법률상 이해관계에 해당하는지 여부가 고려될 뿐으로 쟁점건물에 대한 근저당권자로서 OOO시가 법률상 이해관계인으로서 소송에 보조참가를 할 수 있는 것이고, 이러한 보조참가 사실이 OOO시가 실제 쟁점건물의 실소유자라는 사실을 담보하는 근거가 될 수 없다.
(6) 청구법인이 본인의 과세사업과 관련하여 쟁점건물에 대한 매입세액을 공제받고 쟁점건물 공급 시 부가가치세를 부담하지 아니한다면 우리나라 부가가치세 과세체계를 훼손하는 것이다. 쟁점건물은 중소유통업 물류비용 감소를 목적으로 건립된 것으로 청구법인은 쟁점건물 건립․운영의 사업주체로서 2004년 제1기 부가가치세 신고 시 쟁점건물 건립과 관련된 매입세액을 공제받았고, 동 매입세액은 청구법인 및 산하 조합원들의 과세사업과 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제된 것인바, 환급당시에는 쟁점건물의 소유권자였으나 양도당시에는 실제 소유자가 아니라는 청구주장은 사실과 다르다. 만약, 청구법인이 쟁점건물을 과세사업에 직접 사용하여 쟁점건물 취득과 관련한 부가가치세 매입세액을 공제받았음에도 불구하고 쟁점건물 매각시 부가가치세 납세의무를 부담하지 아니한다면 이는 전단계세액공제 방식을 취하고 있는 우리나라 부가가치세 과세체계를 심각하게 훼손하게 되는 것이며, 쟁점건물의 양도와 관련한 부가가치세만큼 국고손실이 발생하는 것은 자명한 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
1. 사업자 제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.
② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액
⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다. 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액
(2) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(1) 청구법인의 개괄적인 사업내용 및 쟁점건물의 건립 과정과 관련하여 처분청 답변서 등에 기재된 내용은 아래와 같다.
(2) 쟁점건물 현황 및 소유권이전 진행사항과 관련하여 심판청구이유서에 기재된 내용은 아래와 같다.
(3) 쟁점건물 소유권이전 관련 OOO의 내용은 다음과 같다.
(4) 쟁점건물의 등기부등본상 일부 내용은 다음과 같고, 쟁점건물이 소재한 토지는 2009.6.4. 공매를 등기원인으로 하여 당초 소유자로부터 OOO시로 소유권이전된 것으로 나타난다.
(5) 청구법인이 쟁점건물 소유권 이전대가인 OOO원은 쟁점건물의 실질소유자인 OOO시에 귀속되었다고 주장하며 제출한 지방세외수입 납부확인서의 내용은 다음과 같다.
(6) OOO센터 건립․운영요령의 일부 내용은 OOO와 같다.
(7) 청구법인과 OOO시가 2004.5.27. 체결한 “OOO지역 중소유통 공동도매물류센터 운영협약서”의 일부 내용은 아래와 같다.
(8) 청구법인이 2004년 제1기 부가가치세 신고 시 쟁점건물 관련 매입세액을 공제받은 내용은 OOO와 같다.
(9) 청구법인의 2019.12.31. 현재 유형자산 명세서상 쟁점건물 관련 내용은 OOO와 같다.
(10) 쟁점건물과 관련하여 청구법인에게 부과된 재산세 내역은 다음과 같다.
(11) 처분청이 OOO시장에게 이 건 쟁점건물의 근저당권 설정 근거와 사유, 보조금 OOO원의 성격(반환조건부 보조금 등), 쟁점건물의 실질 소유권자가 OOO시인지 여부 등에 대해 의견을 요청하여 2021.10.25. 회신받은 내용의 일부는 다음과 같다.
(12) OOO시가 수립한 “중소유통업의 경쟁력 제고를 위한 영세슈퍼마켓 물류센터 건립계획(2003.10.16.)”의 일부 내용은 아래와 같다.
(13) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건물 양도대가가 법원의 화해권고결정에 따라 청구법인이 아닌 OOO시에 귀속되었고, 청구법인은 쟁점건물 등기부상 표현소유자에 불과하므로 이 건 부가가치세에 대한 납세의무가 없다고 주장하나, 청구법인이 쟁점건물을 재건축조합에 양도할 당시 쟁점건물 등기부등본상 청구법인이 소유자로 기재되어 있었고, 청구법인은 쟁점건물 신축 관련 매입세액을 신고하여 부가가치세를 환급받은 사실이 있으며, 청구법인의 장부에 쟁점건물을 자산으로 계상해 온 것으로 나타나는 점, 청구법인과 OOO시가 체결한 협약서 등에 나타난 쟁점건물 관련 각종 제한 규정은 사업의 원활한 이행과 청구법인의 쟁점건물 임의처분 및 부정사용 방지를 위해 서로 합의된 사항인 것으로 보이는 반면, 쟁점건물 양도대금이 법원의 화해권고결정에 따라 OOO시에 귀속되었다는 등의 사실만으로 OOO시를 쟁점건물의 실질소유자로서 이 건 부가가치세의 납세의무자로 간주하기는 어려운 점, 청구법인이 재건축조합으로부터 부가가치세를 포함한 쟁점건물의 양도대금을 지급받고 부가가치세를 납부함과 동시에 OOO시에게 근저당 채무를 상환하였어야 하나, 재건축조합이 청구법인에게 지급하는 절차를 생략하고 곧바로 부가가치세를 포함한 쟁점건물의 양도대금 상당액을 OOO시에 지급하였다고 하여 청구법인에게 쟁점건물 양도에 따른 부가가치세 신고의무가 소멸되는 것은 아닌 점 등에 비추어 청구법인과 OOO시가 사후정산 등의 방식으로 부가가치세 상당액을 수수할 여지가 있음은 별론으로 하더라도 처분청에서 청구법인을 쟁점건물의 소유자로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.